排氣系統
與普通V型發動機相比，VR6在進、排氣系統上采用的是不對稱的設計，氣缸與氣缸之間相互交錯意味着從進氣總管引入的新鮮空氣很難進入遠端的氣缸側，反之廢氣也很難從遠端的氣缸彙總到排氣總管。同時由于進、排氣系統相對複雜的結構占用了氣缸蓋的大量空間，使得氣缸蓋周圍的溫度很高。因此大衆在早期的VR6發動機上都采用的是每缸兩氣門的設計，以保證其良好的散熱以及結構的簡單化，而且采用了橢圓形的近缸進氣道和圓形的遠缸進氣道來控制空氣流速，務求盡量平均。
凸輪軸系統
如果VR6發動機按照主流的DOHC每缸四氣門的設計，這就需要在狹小的氣缸蓋内安裝4根凸輪軸，這幾乎是不可能的事情，而大衆的工程師則給出了一個很巧妙的回答。與傳統的DOHC和SOHC不同，雖然4氣門的VR6仍在氣缸蓋内布置了兩根凸輪軸，但是每根凸輪軸可以同時控制兩列氣缸的進氣門或排氣門。這樣則很好的解決了空間不足等問題，而且這種設計也可以将可變氣門正時系統引入其中。如果說到它的不完美，則是需要通過搖臂來控制氣門的運動，因此要損失一部分能量。
可變氣門正時
全新的VR6發動機另一個較大的變化就是缸體材質由鑄鐵換成了鋁合金鑄造，讓發動機的散熱更良好。同時在進氣系統上，VR6發動機采用了塑鋼材質的進氣道，同時帶有進氣長度可變的控制裝置，通過旋轉可以在不同的進氣通道間切換，實現高低轉速下更佳的扭矩輸出。
可變進氣歧管的核心部件通過翻轉來達到改變進氣道長度的作用。
曆史
采用13度夾角的VR4發動機大衆公司是從上個世紀的80年代開始着手VR發動機的設計與開發的，直至1991年，第一代VR6發動機被搭載在第三代帕薩特上，它的排量為2.8L，最大功率為178馬力。随後這種氣缸排列比較特殊的發動機在大衆的車型上被廣泛應用，而且又推出了3.2L和3.6L兩個排量。其中3.2L的VR6曾搭載于高爾夫R32以及兄弟廠的奧迪TT上，3.6L的型号則應用于R36、途銳、輝騰等。
可變氣門正時系統早期SOHC兩氣門的VR6同時采用不同形狀的進氣道來控制空氣流速。每缸兩氣門的設計雖然暫時解決了散熱和結構複雜的問題，但是兩氣門的不足也十分明顯，那就是容易産生積碳，而且燃油經濟性也較差。同時由于一根凸輪軸要同時控制進、排氣門的開啟和關閉，這樣也就無法應用可變氣門正時系統。所以對它的升級換代勢在必行，其實早在每缸4氣門的第二代VR6正式面世前，大衆的工程師就已經開始了對氣缸蓋部分的重新設計。
在VR6的發展曆程中，大衆的工程師在其基礎上砍掉一個缸，這樣就衍生出了VR5發動機，排量也減為2.3L。對于這樣奇數氣缸V型排列的形式的确令人匪夷所思，但是在結構上比VR6要更加簡單。這款發動機則被應用在當時的寶來、甲殼蟲和帕薩特等車型上。
