背景
在舊南斯拉夫開始解體時，波斯尼亞黑塞哥維那亦在1992年宣告獨立。獨立當時約430萬人口，民族的組成為33%的塞爾維亞人，另外有17%的克羅地亞人及44%的波斯尼亞克人想要和塞爾維亞人分離。因此從同年4月開始進行了長達3年半以上的戰争。兩者紛争的結果造成了約20萬人死亡，難民和逃難的民衆約有200萬人。
戰争的開始
紛争的起點
以克羅地亞戰争作為契機，想要尋求獨立的克羅地亞人和波斯尼亞克人同反對獨立的塞爾維亞人之間的嫌隙加深。在這種情況之下1992年2月29日到3月1日之間該國進行了獨立公投，因為多數的塞爾維亞人抵制投票，結果投票結果有90%以上的票贊成獨立。根據此次投票，波斯尼亞黑塞哥維那宣布獨立，到4月6日并得到歐洲共同體的承認。但是對于獨立表示不滿的塞爾維亞人，以此事件為契機展開大規模的軍事行動，翌日波斯尼亞・塞爾維亞議會發布塞族共和國的獨立宣言。
92至93年之間塞爾維亞人占優勢
内戰開始之後不久，因為裝備的數量和品質塞爾維亞人占優勢。因為波斯尼亞克人裝備的品質較差，克羅地亞人人數較少等理由居于劣勢。而且波斯尼亞克人和克羅地亞人并非一直都是緊密的同盟關系，所以塞爾維亞最初的攻勢時就占領了全國六成的領土，并且包圍首都薩拉熱窩進行圍城。克羅地亞人此時以守住赫塞哥維納地區西部為主，波斯尼亞克族人則是僅守住包含薩拉熱窩、斯雷布雷尼察、哥拉謝迪、傑巴等主要都市在内三成的範圍。國際社會雖有進行對于塞爾維亞的制裁和對薩拉熱窩進行人道救援行動，但是尚且無法影響大局，這個情況一直持續到92年中。
93年春，波斯尼亞克人和克羅地亞人之間産生嫌隙。而且因為克羅地亞人和塞爾維亞人所争奪的勢力範圍較少，甚至和塞爾維亞人結盟。而因為争奪莫斯塔爾(波斯尼亞赫塞哥維納地區的南部中心都市)，波斯尼亞克人和克羅地亞人産生激戰。至此波斯尼亞克人的處境更為凄慘。
94至95年春建造對塞爾維亞人勢力的包圍網和破綻
94年之後，因為美國施以壓力克羅地亞人和波斯尼亞克人再度結成同盟。3月1日在華府波斯尼亞克・克羅地亞方決議組成聯邦，這是美國削弱塞爾維亞方勢力的第一步。4月10日到11日之間北約小規模的對塞爾維亞方實行轟炸。8月5日塞爾維亞方攻擊了聯合國的武器庫，因此北約開始進行轟炸，入秋之後美國對波斯尼亞克・克羅地亞方也展開了的軍事援助。在這樣的助力下，10月下旬波斯尼亞克人在席哈奇附近轉為攻勢，這個攻勢一度成功但是在11月初就遭到塞爾維亞方的反擊而不得已隻好撤退。
為了支援所以11月21日和23日北約發動第三波的空襲行動，不斷的空襲之下塞爾維亞方轉為用少數士兵輕裝行動去監禁聯合國維和部隊士兵作為手段。因此派遣士兵的英國和法國和想要使用轟炸的美國意見紛歧對立，北約無法正常運作陷入糾紛的情況下，美國前總統卡特總統展開媾和行動。因此從95年1月1日起停戰四個月。
戰争的結束
95年春，四個月的停戰期限一過，兩方再次展開激戰。塞爾維亞方發動總攻擊，7月時斯雷布雷尼察和傑巴被攻陷。薩拉熱窩和哥拉謝迪也展開激戰。此時塞爾維亞和克羅地亞方之間，克羅地亞方因和克羅地亞軍合作開始占得上風。此時的戰鬥已經不隻在波斯尼亞和黑塞哥維那，也擴大到克羅地亞境内的塞爾維亞人居住區(詳見克羅地亞戰争條目)。這段時間之間的6月3日為了保護聯合國維和部隊設立了緊急應對部隊，開始展開救援被塞爾維亞方囚禁的人質。
8月28日，薩拉熱窩中央市場被炮擊，造成37人死亡，因為這個事件北約展開自此最大的轟炸活動，從8月30日自9月14日之間除了2日到4日之間暫時停止之外不斷地攻擊。因此塞爾維亞方不隻在對克羅地亞方面開始敗退，連對付波斯尼亞克人的反擊也無法應付。至此塞爾維亞人也決定正式參與和平會談。10月13日停戰，波斯尼亞戰争終于落幕。
民族淨化
1995年，波斯尼亞克人的武裝團體攻擊塞爾維亞人居住區的布拉圖納茲，造成塞爾維亞男女老幼多人犧牲。布拉圖納茲西南方十公裡處的斯雷布雷尼查當時是聯合國維和部隊指定的安全地區，但是北約開始轟炸塞爾維亞居住區的時候，塞爾維亞人為了對抗所以擄獲了該地的聯合國士兵。
7月6日，穆拉吉奇率領的塞爾維亞方為了報複波斯尼亞克人對塞爾維亞人的虐殺，于是開始進軍斯雷布雷尼查，11日進占市中心。12日開始塞爾維亞方将在斯雷布雷尼查居住的波斯尼亞克男子全部屠殺光不留一人。剩下的波斯尼亞克女子則遭到輪奸，而且強制收容一定期間讓他們不得不生出孩子，史稱斯雷布雷尼察屠殺事件。因為經曆這樣的事情，在這兩地區之間的波斯尼亞克人和塞爾維亞人依舊有着無法抹滅的隔閡和心結。
和平會議
當地因波斯尼亞三成分割提案等提議在摸索和平的方向，但最後是因為北大西洋公約組織對塞爾維亞方的攻擊介入戰事導緻停戰。最後各國聯合調停在1995年12月簽署了岱頓協定(DaytonAgreement)。最後的決議是讓克羅地亞人和波斯尼亞克人共組波斯尼亞和黑塞哥維那聯邦和塞爾維亞人的塞族共和國在國内并立。兩國各自有着各自的主權和軍隊以及警察、高度的分權化。和平方案的實行和民生方面則是經由上級代表事務所(OHR)，軍事方面則是由多國部隊(SFOR)分别擔任。因為軍事方面維持得尚可，于是戰後的治安大緻上來說是安定的。
