劇情
主人公在城都地方的若葉鎮開始自己的旅行。首先要在空木博士處領取一隻初學者神奇寶貝。此時主人公有三個選擇：炎系的火球鼠，水系的小鋸鳄，草系的菊草葉。之後，玩家就可以開始旅行了。在旅行的途中，需要從坐落于各地的道館收集八個徽章來獲得挑戰神奇寶貝聯盟的資格，還需要與路上各式各樣的訓練家和野生神奇寶貝對戰，并且收服想要的野生神奇寶貝，組成自己的對戰隊伍。主人公也需要與邪惡組織火箭隊對抗，阻止他們複活的妄想。主人公還可能在遊戲中遇見傳說中的神奇寶貝，如水君，炎帝與雷公。運氣好的話還可以遇見鳳王與洛奇亞，這些遊戲要素都需要自己去發掘。
火箭隊以新面貌再度出現，雖然他們的首領坂木已經不在了。他們在本作中的首要活動地區為城都地方。主人公将在桧皮市首次對抗火箭隊，阻止他們切下呆呆獸的尾巴拿去出售。随着劇情的發展，火箭隊的陰謀一點一點顯現出來。主人公需要搗毀他們在卡吉鎮的地下基地，從他們手中奪回被占領的滿金廣播電塔……
在冒險中，主人公還會碰見從燒焦塔蘇醒的一隻傳說中的神奇寶貝，水君。在這個版本中還有一個新人物，米那君，夢想着能收服水君。
在稱霸神奇寶貝聯盟之後，主人公可以通過搭乘淺蔥市的阿哥号來到關都地方，在這片與城都地方連接在一起的地方再度展開新的冒險。同樣，這裡也有各式各樣的訓練家、野生神奇寶貝以及道館在等待着主人公。集齊十六個徽章之後，主人公将向着城都與關都的分界線處的白銀山前進。在那裡，小智正在靜靜地等待着主人公。
前去擊敗他吧，你将創造新的傳說。
和金銀版的不同
設計變化
桔梗市西邊新增了一片草地，并且在這裡可以捕獲卡蒂狗。這就使得沒有選擇炎系初學者神奇寶貝（在這個版本中是火球鼠）的玩家能夠比其他版本中更早地收服到炎系神奇寶貝。冰之通路的迷宮變化，并且内部結構改為冰結構。
燒焦塔全部重新設計。
神奇寶貝聯盟中渡的房間重新設計，現在玩家可以看見迷你龍的凋像。
雷公、水君和炎帝的戰鬥擁有特殊的戰鬥音樂。水晶版也是第一個與傳說中的神奇寶貝對戰會出現不同的戰鬥音樂的版本。
龍穴做了細微的調整：龍聖祠開放，聖祠後院添加了四棵鐵頭功樹。
首次添加了神奇寶貝的登場動畫，這個設計曾一度被廢除，直到綠寶石版才再度采用。
某些神奇寶貝的圖像重新設計，譬如黑魯加和雷公；狃拉、水君等在金銀兩版中共用同一圖像的神奇寶貝的圖像做了細微調整。然而大多數神奇寶貝仍舊沿用金銀版的圖像。
部份訓練家的台詞改變。
地點變化
狃拉出現在了冰之通路。在金銀版中，白銀山之前是無法遇見它的。
部份訓練家站立的位置做了調整。
關都地方的野生神奇寶貝分布稍許改動。
遊戲變化
玩家可以選擇女主人公，克麗絲作為自己的遊戲角色。這是第一個可以選擇女主人公的版本。
水晶版出現了米那君，以捕獲水君為自己的目标。
洛奇亞和鳳王均以等級60出現在遊戲中。
鳳王不能被捕捉直到玩家捕獲了炎帝、水君、雷公。
阿露福遺迹變更，增加了未知圖騰的出現率。
在日文水晶版中，如果玩家将在滿金市的神奇寶貝中心獲得的蛋兌換券交給飼育屋老夫婦，他們會送給玩家不可思議的蛋，這顆蛋有可能孵化出皮丘、皮寶寶、寶寶丁、巴爾郎、迷唇娃、電擊怪或小鴨嘴龍，并且有50%的可能性孵化出異色神奇寶貝；在英文水晶版中，飼育屋老夫婦會直接送給玩家不可思議的蛋，這顆蛋有14%的可能性孵化出異色神奇寶貝。
黃金市也有了很大的變化,神奇寶貝中心變成了多功能精靈中心(PCC)(就是可以用手機上網交換精靈的地方）
來到淺黃市,竟然發現有一座戰鬥塔(上網才有用).……
不能獲得的神奇寶貝
其他
由于第二世代的主角神獸為兩隻，所以是唯一以二級神獸作為主角的第三版本遊戲（不包括第一世代四版本的特殊情況）。
由于盜版漢化的BUG，GS球可以通過桧皮鎮精靈中心得到。導緻直接捕捉雪拉比。
金手指
攜帶物品
92 剩飯 在戰鬥中回複HP(裝備)
52 王者之印 可能驚吓對手(裝備)
8C 命中裝置2 提高命中要害機率(裝備)
7E 幸運蛋 領取額外的經驗值(裝備)
77 毅力鍛帶 可能防止死(裝備)
6A 煙霧球 從野生Pokemon逃走(裝備)
5E 淨化護身符 讓Pokemon持有此道具，就難以遇上野生Pokemon(裝備)
5B 錢戒指 雙倍獲得金錢(裝備)
39 EXP分享器 分享經驗值(裝備)
03 光照的力量 降低對手命中率. (裝備)
49 快爪 提高速度(裝備)
98 破壞的遺傳因子 提高攻擊但會混亂
提升屬性招威力
AA 粉紅鍛帶 提高常規系絕招的威力(裝備)
90 龍牙 提高龍系絕招威力(裝備)
8F 金屬外套 提高鋼鐵類型絕招威力(裝備)
8A 木炭 提高火系絕招威力(裝備)
7D 硬石頭 提高岩石系絕招威力(裝備)
75 奇異種子 提高草系絕招威力(裝備)
71 幽靈标簽 提高鬼系絕招威力(裝備)
6B 不融化的冰 提高冰系絕招威力(裝備)
6C 磁鐵 提高電系絕招威力(裝備)
68 粉紅鍛帶 提高常規系絕招威力(裝備)
66 黑眼鏡 提高邪惡系絕招威力(裝備)
5F 神秘水滴 提高水系絕招威力(裝備)
60 混淆勺 提高念力系絕招威力(裝備)
58 銀粉 提高蟲系絕招威力(裝備)
51 毒針 提高毒系絕招威力(裝備)
4C 軟沙子 提高地面系絕招威力(裝備)
4D 尖利的鳥嘴 提高飛行系絕招威力(裝備)
62 黑帶 提高格鬥系絕招威力(裝備)
專用道具
23 金屬粉 提高百變怪的防守(裝備)
1E 幸運拳套 提高幸運蛋命中要害的機率
69 短棍 賣低價
76 骨頭 一種骨頭，賣低價
A3 電氣球 提高特攻的奇怪球體(裝備)
制球物
59 藍栗子 藍栗子
5C 黃栗子 黃栗子
5D 綠栗子 綠栗子
61 白栗子 成為速度球的材料
63 黑栗子 成為重量球的材料
65 粉紅栗子 粉紅栗子
55 紅栗子 紅栗子
賣錢物
6E 珍珠 賣低價
6F 大珍珠 賣高價
56 小蘑菇 賣不了高價錢
57 大蘑菇 賣高價
67 呆呆獸的尾巴 賣高價
83 星星灰塵 紅色，賣高價。
84 星星碎片 賣非常高的價
B4 磚型碎片 一種珍貴的碎片
24 金塊 純金。賣好價錢
4B 金色樹葉 奇怪的金色樹葉 （賣錢的物品，在RGBY部分抓的PM傳GSC後出現）
3C 銀葉子
