繳存方式
職工繳存的補充住房公積金，由單位在職工每月工資收入中代為扣除；單位為職工繳存的補充住房公積金，由單位承擔。單位為職工繳存的和代扣的補充住房公積金，由單位自發放月工資之日起五日内，存入公積金管理中心設立的補充住房公積金專戶内，并且計入職工個人補充住房公積金賬戶 。
繳存比例
補充住房公積金的月繳存額等于職工本人上一年度的月平均工資乘以職工、單位的補充住房公積金繳存比例。職工本人和單位的補充住房公積金的繳存比例，分别不得大于各9%和少于各1%。具體繳存比例，根據單位的實際情況确定。如某職工上一年度月平均工資1285元，補充住房公積金繳存比例是職工個人和單位各為9%，則個人繳存額為1285元×9%=115.65元，四舍五入後取116元；單位繳存額亦為116元，二者相加月繳存額等于232元。又如某職工上一年度月平均工資2200元，補充住房公積金繳存比例是職工個人和單位各為8%，則個人繳存額為2200元×8%=176元，單位繳存額亦為176元，兩者相加月繳存額等于352元。
主要區别
1、住房公積金的繳存是強制的，而補充住房公積金的繳存是自願的；
2、從繳存範圍來看，補充住房公積金的繳存範圍在住房公積金繳存範圍的基礎上增加了限制，規定隻有足額繳納稅款的企業和自收自支的事業單位及其所屬職工可以參加補充住房公積金；
3、住房公積金的繳存比例為單位、個人各7%，其繳存額有上下限的限制，而補充住房公積金單位和個人的繳存比例，分别在不大于各5%不小于各1%的範圍内 ，由單位自行确定，其繳存額沒有上下限限制。
