事件
新華社香港7月24日電香港九龍鐵路公司24日宣布，較早前受内地路段水浸影響的京九及滬九直通車服務，現已恢複正常。
自本月16日以來，受強熱帶風暴“碧利斯”影響，京廣線的湖南及廣東有多個路段出現險情，開往香港紅磡的京九直通車和滬九直通車都受到影響，接連數日出現晚點。經過搶修，現在這些路段已排除險情，恢複正常。
曆史
1980年代至1990年代初，上海鐵路局曾先後3次向鐵道部請示，要求開行上海至香港九龍的直通旅客列車，終因當時鐵路運能緊張而被擱置。
1995年7月27日，上海鐵路局就開行滬港直通旅客列車專門向鐵道部寫了調研報告，從分析當時該局上海到廣州、南京到廣州、杭州到廣州3趟旅客列車的客流情況着手，提出盡快開行滬港直通旅客列車的必要性。數據顯示，當時由上海至香港的年客流量已達120萬人次，其中67萬人次通過航空運送，尚有53萬人次需要鐵路運送。
1996年7月，因應香港回歸中國，市場需求及内地來港人數增加，兩地交流頻繁，開行滬港直通車的計劃被上海鐵路局上報鐵道部。同月，上海市人民政府向鐵道部發出了關于請求開行上海至九龍特快旅客列車的公函。1996年8月鐵道部專門成立了工作組，與香港九廣鐵路公司多次商談。同年12月，時任香港九廣鐵路公司主席楊啟彥和上海鐵路局局長鄧金華在上海簽署了《上海—九龍直通旅客列車辦法》文件，随後雙方又就列車編組、運行時間、行包托運和售票方法、票價等有關問題達成了一緻意見。
1997年3月26日，時任鐵道部部長韓抒濱簽發了《關于開行北京、上海—九龍直通旅客列車有關問題的請示》，并正式呈報國務院。國務院迅速批準方案，并要求上海鐵路局全力以赴，确保在1997年7月1日香港回歸之前開滬港直通旅客列車。
1997年5月11日，滬九直通車的新列車在上海至九龍間進行首次全程試運行。
1997年5月19日，籌辦曆時一年的京九直通車及滬九直通車由1997年5月19日起投入服務。當日上午，鐵道部黨組副書記、副部長孫永福，上海市副市長夏克強和香港九龍鐵路公司代表及社會各界代表400餘人參加了在上海站舉行的開行慶典儀式。時任鐵道部副部長孫永福和上海市副市長夏克強将列車牌授給列車長，并為滬九直通車首發剪彩。上午8時04分，首班滬九直通車由上海火車站發車。滬九直通車由上海鐵路局上海列車段（今上海客運段）擔當，車次為99／100次，采用當時最新型的高質量25K型客車，列車編組16節（其中3節至廣州東站回轉），載客448人。
當時列車會停靠常平站（現稱東莞站）約一個小時，乘客須攜帶所有行李，在該站辦理内地出入境手續。除了常平站，當時列車還停靠廣州東、廣州、韶關、郴州、衡陽、株洲、向塘、鷹潭、金華西、杭州東等12個車站。運行時間上行為28.42小時（15:00至翌日20:18），下行為29.06小時（08:04至翌日13:10）。滬九直通車目标客源是有空閑時間并有興趣沿途旅遊人士，當時全程硬卧、軟卧及高包的正價票價分别為港币627、825及1039元，收益按比例分賬，列車隻需百分之六十的上座率九廣鐵路公司就可達到收支平衡。
2001年10月21日，全國鐵路實施第四次大提速，車次更改為K99（下行）及K100（上行）。
2003年9月1日，根據國家質檢總局、鐵道部、公安部、海關總署四個部委決定，京九、滬九直通列車旅客及其行李物品辦理出入境手續程序，由原來的東莞常平口岸辦理改為在列車運行在廣州東站至深圳站區間途中辦理出入境手續。廣州東站海關、天河出入境邊防檢查站以及天河出入境檢驗檢疫局等出入境查驗單位人員會在廣州東站或深圳站上車，在廣深線運行途中為旅客辦理手續。列車不停靠東莞站，進出境旅客無需下車即可辦理有關進出境手續，節約了近一個多小時的時間。
2003年10月1日，上海站出入境大堂啟用，乘客隻需在始發站及終到站辦理出入境手續，于9月開始執行的過渡性方案取消。同時取消杭州東、鷹潭、衡陽、郴州、韶關的停站及客運業務[6]，運行時間縮短至25小時。
2004年1月某天，由韶山9型電力機車牽引的滬九直通車（K100次）運行至京廣線白石渡站附近時，機車出現故障并機破，随後由韶關機務段由坪石站調度一台韶山6B型電力機車救援，牽引列車繼續北上，沿途停靠郴州站、衡陽站，并晚點數小時到達株洲站。
2004年11月11日起，至2006年9月期間，受浙贛線電氣化提速改造工程影響，滬港直通車全程運行時間延長了三小時。
2006年7月29日，中鐵快運股份有限公司開始與上海鐵路局、九廣鐵路公司合作，利用滬九直通車的行李車空餘運能，開辦上海至香港的包裹運輸業務，并由中鐵快運成立“K99/100次項目管理工作小組”進行管理。
2006年十月起，滬港直通車執行向個人和家庭旅客打折的票價優惠。同時購買旺季來回程車票可享九折優惠，而淡季可有八折優惠。單程票在淡季時也有九折優惠。（淡旺季的界定按港鐵和上海鐵路局公布為準）這個優惠政策一直使用至今。
2007年4月18日，全國鐵路第六次大提速實行。列車等級由“快速”提升為“特快”，車次更改為T99（下行）及T100（上行）。滬九直通車行車時間由約24小時縮短至約20小時。
2008年1月，滬九直通車更換車體提升車廂等級，改用最高時速可達160公裡的25T型客車（南京浦鎮車輛廠2007年新造）。同時調整了機車交路。
2008年1月31日，受中國雪災影響，一班原定于1月28日抵滬的T100次列車，晚點62個小時，于當天淩晨2時06分抵達上海站。車程用了53小時，為滬九直通車自1997年開通以來，時間最長的一次晚點。
2009年7月1日，鐵道部實行新運行圖，滬九直通車在滬昆線上按直達特快級别（最高速度160km/h）排點，滬九直通車行車時間再縮短一小時，即由原來約20小時縮短至18小時45分鐘内。
2010年5月15日：由于2010年上海世博會的舉行，随着香港大型旅行團參觀上海世博會和内地居民港澳遊雙向旅遊熱潮的掀起，滬九直通車于5月15日開始增加編組，增挂一節硬卧車廂（車廂号為“加1”，位于2号與3号車廂之間），直通車滿員載客從412人增加到了478人，以滿足出入境旅客的需求。
2010年5月23日：受滬昆線K859次列車脫線事故影響，滬九直通車發生繼2008年雪災之後的另一次嚴重晚點，當日途徑該路段的T100次滬九直通車先停靠江西新餘，後改道經京九線、銅九線、甯銅線及宣杭線運行，并臨時調整了機車交路，韶山9型電力機車在南昌站摘挂，換挂南昌機務段的東風4D及東風11G型柴油機車雙機牽引。
列車最終在24日淩晨1時50分抵達上海站，延誤近16小時。而滬昆線脫線事故亦導緻23日從上海開往香港的T99次，以及24日從香港開往上海的T100次直通車延誤。其中原定于23日晚上6點24分由上海發車的T99次列車，延遲至24日早上五點發車，并于當日晚上11點35分到達紅磡站；而原定24日下午由紅磡發車的T100次，延遲至25日淩晨12點25分出發。
列車編組
由1997年至2007年末，滬九直通車一直采用25K型客車，也是最早采用25K型客車作為列車車體的列車之一，而事實上25K型客車也是按京九、滬九直通車的運行需要而研制，一度代表着中國鐵路客運的最高水平。當時的滬九直通車全列共17節車廂，包括高級包廂軟卧車（高包）、軟卧車、硬卧車、餐車、行李車及空調發電車。
滬九直通車列車編組（1997年6月—2007年12月）
2008年1月1日起，滬九直通車開始采用25T型客車，設有高級包廂軟卧車（高包）、軟卧車、硬卧車，另有餐車及行李車。進入香港的T99/T100次列車共有11節車廂，包括5輛硬卧車、3輛軟卧車、1輛高包車、1輛餐車及1輛行李車，共載客376人。而後面的7節車廂為上海－廣州東的T99/T100次，會在廣州東站與進港的12節車廂連接（上行）或摘挂（下行）。而列車在抵達株洲站後會有一次換向。
機車交路
1997年至2007年12月期間，滬九直通車使用25K型客車，由于25K型客車不兼容電力機車的DC600V供電模式，故設有空調發電車。自2008年1月1日起，列車改用25T型新型直供電車底運行，并改用韶山8型及韶山9型電力機車牽引。
運行模式
上海站設有邊檢及海關後，取消東莞站停站，旅客在上海站辦理出入境手續。由于在上海站辦理了出境手續，意味着車上旅客已離境，因此來往香港的車廂會采用口岸管制的方式進行封閉管理，旅客不能在中途站上下車。滬港直通車開通以來，截止2009年8月底，上海鐵路邊檢站共檢查了出入境列車2000餘車次，出入境人員57萬人次；查獲各類違法違規案件600多起，并成功破獲外國人持假證入國境案。
滬九直通車車票預售期為六十天，而高級軟卧包箱車票必須在始發站購買。
為了區别進港直通車（上海-九龍）和内地運行（上海-廣州東）的T99/100次列車票額，在中國鐵路客票發售和預訂系統中，對進港的滬九直通車車次以“Q”代替“T”（“Q”代表“簽”，表示需要出境簽證），即變成“Q99”和“Q100”次以區分，但在實際運行中車次仍然是T99、T100。在售票時售票員直接輸入Q99或Q100即可直接銷售滬九直通車車票。
優惠方案
2013年11月13日，鐵路上海站在微網志中公布了2014年滬港列車優惠方案，團體（四人以上）往返票最低打七折，硬卧折後票價最低約300元，從上海到香港九龍18小時36分鐘，網友直呼實惠、便捷。市民可到北京或上海火車站及代售點購買去往香港的火車票，購票時無需提供簽證等證件，隻需在乘車時提供給列車員檢查。
