簡介
摩尼教（Manichaeism）是三世紀在巴比倫興起的世界性宗教。由于希臘文《科隆摩尼古卷》（Cologne Mani Codex）的發現，學術界掌握了關于摩尼早期思想的第一手資料，一般承認，摩尼教主要吸收猶太教－基督教等教義而形成自己的信仰，同時也采納了不少瑣羅亞斯德教的成分，傳播到東方來以後，又染上了一些佛教色彩。它的主要教義是二宗三際論，有自己的戒律和寺院體制。
摩尼教在長達一千多年的時間内（從三世紀到十五世紀），從北非到中國的福建，在整個歐亞舊大陸上廣泛傳播，文獻使用過叙利亞文、中古波斯文、帕提亞文、粟特文、漢文、回鹘文、希臘文、拉丁文、科普特文等十餘種文字，與其他主要宗教發生了深入的思想對話，如果要研究中世紀歐亞大陸東西文明交流史，從研究摩尼教入手無疑是一個的極佳選擇。
創始人
摩尼（Mani，216年4月14日－約274年）是摩尼教的創始人。母親滿豔（Maryam）與波斯的安息（Arsacids）王室有親戚關系。摩尼誕生于巴比倫（Babylonia）北部的瑪第奴（Mardinu）。父親跋帝（Patek）原住哈馬丹（Hamadan）曾參加猶太派基督徒派别厄勒克塞（Elchasaites）派，這個教派以禁欲和實行煩瑣的浸禮儀式為特點。
摩尼從四歲起就被他父親帶到這個教派中生活。摩尼自稱從小受到天使啟示，他二十四歲時（240年4月19日）受到神我（Syzygos）一次最重要的啟示，涉及以後摩尼教的主要基本教義。他遂與厄勒克塞派決裂，如果沒有他父親的保護，可能被殺。摩尼離開這個教派，來到泰錫封（Ctesiphon），隻有兩個追随者，後來他父親也皈依了他的宗教。摩尼及其少數信徒曾在波斯北部傳教，後來取海路前往印度，使杜蘭（Turan，在今俾路支地區）國王皈依摩尼教。
從印度回來後，摩尼赢得了波斯薩珊王朝國王沙蔔爾（Shapur）的兄弟、呼羅珊（Khurasan）總督卑路斯（Peroz）的友誼，通過他得以晉見沙蔔爾。摩尼用中古波斯文寫了《沙蔔拉幹》（Sabuhragan）一書，概述摩尼教的教義，題獻給沙蔔爾。沙蔔爾給了摩尼書面文件，準許他和他的信徒在帝國範圍内任何地方旅行和傳教。摩尼派使徒阿馱（Adda）、承法教道者帕提格（Pattig）等向羅馬帝國境内傳教，派末冒（Mar Ammo）等向東方傳教。
瓦赫蘭（Bahram）一世（273－276年）繼位後，受瑣羅亞斯德教主科德（Kirdir）的影響，改變了對摩尼教寬容的政策。摩尼想去東方的貴霜（Kushan）地區，未被準許。他收到瓦赫蘭一世的傳喚，要他前往貝拉斐（Bet Laphat）朝廷。摩尼已經意識到兇多吉少，但是對信徒的關懷一如既往，在途中還訪問了故鄉高凱（Gaukhai）的摩尼教社團。他於274年1月21日抵達朝廷，晉見瓦赫蘭一世時，受到國王的指責，摩尼進行了抗辯，被投入監獄，2月26日死于獄中。
教義
摩尼教的根本教義，為二宗三際。二宗指明暗，也即善惡。三際指初際、中際、後際，初際階段，明暗是分開的。中際階段，黑暗侵入光明，光明與黑暗鬥争，兩者混合。後際階段，明暗重新分開。
摩尼教文獻
摩尼親自編寫的文獻
摩尼自己清楚意識到自己的宗教與以前的瑣羅亞斯德教、猶太教、基督教、佛教的一個不同之處是，其他宗教的創始者沒有親自寫定經典，以緻於繼承者莫衷一是，自己則在有生之年就寫定經典，使繼承者有所适從。敦煌出土的漢文《摩尼光佛教法儀略》（簡稱《儀略》）中列舉了摩尼教七部大經及圖，可以與《布道書》等科普特文摩尼教文獻中的記載相印證：即《徹盡萬法根源智經》（《生之福音》或《大福音書》）、《淨命寶藏經》（《生命之寶藏》）、《律藏經》或稱《藥藏經》（《書信》）、《秘密法藏經》（《秘密書》）、《證明過去經》（《專題論文》）、《大力士經》（《巨人書》）、《贊願經》（《詩篇和祈禱書》）、《大二宗圖》（《圖集》）。
上述七部大經是摩尼親自用古叙利亞文所寫的，如今已經大部分失傳，有的還能找到一些斷簡殘篇。《大力士經》的殘片較多，可以看出與死海古卷中的《以諾書》有淵源關系。此外，在阿拉伯史料中，把摩尼用中古波斯文所寫、題獻給沙普爾一世的《沙蔔拉幹》也列為經典，它應該就是延載元年（694）傳入中國的《二宗經》，關于世界末日的部分尚保存比較完整。
摩尼教遺存文獻
除了摩尼親自寫的上述經典外，摩尼教還遺存了大量文獻，大緻可以分為五類。
第一類是宗教曆史性文獻
類似基督教的福音書、使徒行傳、信徒書，雜有關于奇迹的記載，但是仍然有信史的成分。袖珍型的《科隆摩尼古卷》已刊布192頁，由摩尼弟子轉述的摩尼自傳資料彙編而成，基本上以第一人稱回顧了摩尼早年在浸禮派中生活、受到神我啟示、與他們決裂和開始傳教的曆程。科普特文的《布道書》（Homilies）已刊布96頁，其中第42－85頁是關于覺悟者（即摩尼）被釘上十字架的記載，第7－42頁則是大戰講義，與今存《沙蔔拉幹》殘片類似，講述摩尼教關于世界末日發生大戰的教義。由于這兩份文書的幸存，我們對摩尼生平的早期和末期所知較多。三十年代在埃及麥地納－馬地（Medinet Madi）發現的大量摩尼教科普特文書中的一種是關于摩尼生平和摩尼教會早期曆史的著作，可惜在二戰後的混亂中遺失了（僅存兩頁）。還可以通過一些吐魯番出土的伊朗語和回鹘語殘片，包括《牟羽可汗入教記》和書信，以及最近在埃及喀裡斯（Kellis）出土的科普特文書信、中國泉州摩尼教碑刻等資料增加一些對摩尼最後所受的迫害和摩尼教傳播情況的了解。
第二類是教義闡釋
埃及麥地納－馬地出土的科普特文的《生之福音》評注的一部分圖版和《我主摩尼智慧的克弗來亞》的全部圖版已經出版，有若幹介紹，全部内容尚待科普特文專家釋讀。《導師（即摩尼）的克弗來亞》已經釋讀295頁，翻譯成德文和英文。克弗來亞意為綱目、章節、要義。《儀略》中說，摩尼其餘六十年間宣說正法，諸弟子等随事記錄，克弗來亞顯然是這種記錄中最重要的一種，在西方史料中，它常被列為摩尼教經典。我們今天能看到的有122章，通常是對話體，即由摩尼的弟子問一個或一些問題，摩尼予以解答，内容涉及摩尼教幾乎所有的方面。敦煌出土的漢文《摩尼教殘經一》與此類似，也是闡釋教義的對話體記錄，今存345行。由摩尼弟子阿馱提出問題，摩尼予以解答，從諸神造成世界和貪魔造立人身講起，叙述貪魔以五明性禁於肉身，而惠明使與之鬥争，使五明性得以解脫，也即使故人轉化為新人。這與《導師的克弗來亞》第38章相近。《摩尼教殘經一》的另一個主要部分講述惠明使通顯三大光明日，降伏二種無明暗夜，與《導師的克弗來亞》第4章類似。漢文《摩尼教殘經一》已經翻譯成法文和德文。此經的一些帕提亞文、粟特文和回鹘文殘片已經綴合刊布，翻譯成德文（部分翻譯成英文），可資比較研究。
第三類是詩篇
埃及麥地納－馬地出土的科普特文詩篇圖版已經刊布，其中保存較好的第二部分共234頁已經釋讀并翻譯成英文。敦煌出土的漢文《摩尼教下部贊》今存423行，已經翻譯成英文和德文。吐魯番出土很多伊朗語與回鹘語詩篇殘片，其中比較長篇的，如帕提亞文《胡威達曼》（Huwidagman，第一章在唐代已經被翻譯成古漢文，即《摩尼教下部贊》第262－338頌的歎明界文）和《安格羅斯南》（Angad Rosnan）、回鹘文《摩尼大頌》等已經釋讀并翻譯成歐洲語文。
摩尼教詩篇内容大緻可以分為：庇麻節（Bema）詩篇，贊頌各個神，特别是耶蘇的，贊頌摩尼與其他宗教領袖的詩篇等等。通過比較研究這些詩篇，我們可以觀察一些相同或類似的宗教象征符号怎樣在不同文明之間傳播、翻譯、假借、融合。
第四類是關于教團組織和儀規的文獻
本世紀初在北非阿爾及利亞的特貝薩（Tebessa）發現一篇拉丁文書，讨論摩尼教選民（僧侶）和聽者（一般信徒）的區别，已經翻譯成英文。敦煌出土的回鹘文《摩尼教忏悔文》包括十五項忏悔的内容，已經被翻譯成德文、俄文、英文和中文。吐魯番交河城出土的《回鹘文摩尼寺院文書》的圖版刊布於1954年，已經有中文、德文（部分）、英文和日文譯本。敦煌出土的漢文《儀略》簡明扼要地叙述了摩尼生平和創教、他的形象、主要典籍、教團組織結構、寺院制度、基本教義二宗三際論。已經有英文、法文和德文譯本。《儀略》可能不是從中亞語言直接翻譯過來的，而是精通中亞摩尼教文獻的僧侶所著。
第五類是文學性的布道作品
摩尼教廣泛利用各個文明中固有的故事，加以改造，宣傳自己的教義。粟特文故事中就有很多這樣的例子：《宗教和世界之海的故事》明顯源自佛教《海八德經》等經文，以大海比喻和贊美摩尼教。《珍珠穿孔工人的故事》起源於波斯，伊本－穆蓋法耳（？－757）翻譯的阿拉伯文譯本《凱利萊和迪木奈》中有類似的故事。《三條魚的故事》與印度《五卷書》中的一個故事類似。《商人和精靈的故事》改編自聖經《士師記》第11章（耶弗他的女兒）和維吉爾（70－19BC）的史詩《埃涅阿斯紀》中關于克裡特王伊多梅紐斯的故事。《猴子和狐狸的故事》出自伊索寓言。《約伯的故事》出自聖經《約伯記》。回鹘文故事中也不乏同樣的例子：也有出自伊索寓言的故事。佛陀身為太子時，出城遇到老人、病人和死人，從而悟道的回鹘文故事，可能譯自粟特文，而粟特文譯本可能是中世紀歐洲廣泛流傳的《白爾拉木和約薩法特》的故事的雛形。《醉漢和屍體的故事》令人聯想到基督教僞經《約翰行傳》中的類似情節。《三個王子的故事》源自波斯，而《通天文婆羅門書》則源自印度。
教外史料
除了摩尼教本身的文獻之外，還有相當數量的教外作者有機會接觸摩尼教徒，或閱讀摩尼教文獻，他們留下了自己的記載。有的記載比較客觀，有的則帶有明顯的偏見。這些記載可以按照所用的語文，大緻分為：叙利亞文、希臘文、拉丁文、阿拉伯文和漢文史料。
叙利亞文史料
叙利亞文史料可以舉兩位作者為例。一位是埃弗來姆（Ephraem，Syrus，Saint，303－373），他是多産的東方基督教作家，時代離開摩尼比較近，在340年左右寫成駁斥摩尼、瑪桑、巴戴桑的書，有英譯本。
全書以批判摩尼等異端為目的，不過仍然記載了早期摩尼教的一些特點。巴爾庫尼（Theodore bar Konai，8th／9th cent。）是美索不達米亞景教主教，790年左右寫成《斯可利亞》（Liber scholiorum），原意在於揭露摩尼教，但是客觀上扼要地引述了不少摩尼教文獻，成為重要的摩尼教教義概述，這段概述被翻譯成多種歐洲語文。因為摩尼原來所用的語文是叙利亞文，所以這些引述比較接近原文。
希臘文史料
希臘文史料種類比較多。裡科普裡斯的亞曆山大（Alexander，of Lycopolis）於300年左右寫成《批判摩尼教教義》，複述了摩尼教的二宗論。赫格曼尼亞斯（Hegemonius，4世紀上半葉）的《阿基來行傳》（Acta Archelai）原來當為希臘文，今僅存片段，全文的拉丁文譯本留傳至今，有德文和英文譯本。
書中記載了美索不達米亞某地主教阿爾科勞斯（Archelaus）與摩尼的一場辯論，現代學者多認為這是一個虛構的故事，但是仍然保留了許多有用的史料，以後的其他希臘文史料多半轉引此書。多産的凱撒利亞主教優西比烏斯在其名作《基督教教會史》中對摩尼的攻讦顯示了當時基督教會對他影響之大的警惕性。埃及思穆伊斯的塞拉皮昂（Serapion of Thmuis）著有《反摩尼教徒》一文。叙利亞基督教主教玻斯托拉的狄托斯寫的反摩尼教的書有一些獨立的資料。薩拉米斯的埃皮法尼烏斯（Epiphanius of Salamis）374－376年間所著的《（反異端）良藥寶庫》的第66章專門批駁摩尼教，資料多出自狄托斯和《阿基來行傳》。另外，在拜占廷帝國早期，摩尼教教徒被迫改宗基督教時，必須宣誓譴責摩尼教，當時使用的幾份希臘文教義之正式聲明保存至今，也是研究摩尼教的寶貴資料。
拉丁文史料
拉丁文史料中，最突出的是聖奧古斯丁（354－430）的著作。他曾有九年之久是摩尼教的聽者（普通信徒），後改宗基督教，391年任神甫以前，就寫了《意志的自由選擇》、《論天主教會的道德》、《論摩尼教的道德》、《真的宗教》等五篇反對摩尼教的論著；任神甫以後，391年出版了短篇論文《信仰之利》，接着寫了小書《兩個靈魂》。次年出版《與福圖那圖斯論戰》，稍後出版《駁題為基本原理的摩尼教書信》、《反福斯特斯》、《善的性質》等反摩尼教著作。此外，在《忏悔錄》、《書信》第79和236封、《布道文》1，2，12，50，153，182，237、《節欲》等論著中，也涉及摩尼教。奧古斯丁的著作大多有英文譯本。羅馬帝國皇帝戴克裡先曾向非洲總督朱利安奴斯發布的诏書，要他警惕摩尼教的危險。皈依基督教的西羅馬帝國皇帝瓦倫提尼安一世（364－375）於372年發布诏書反對摩尼教。這些诏書和羅馬皇帝狄奧多西一世（346？－395）的幾封反摩尼教诏書也是重要史料。
阿拉伯史料
阿拉伯史料可以兩個作者為例。比較著名的是奈丁的《群書類述》，有德文、英文譯本，概述了摩尼生平（一些細節被摩尼教本身的文獻證明是正确的）、思想的淵源、教義、戒律、繼承問題、教派、摩尼著作目錄、摩尼以後的宗教領袖等。另一位重要作者是比魯尼（973－1048），他在《古代遺迹》中分析了摩尼的思想淵源，介紹了摩尼的戒律和觀念，摩尼的出生年代和地點，主要著作和去世情況。他在《印度考》中也有一些地方談到摩尼，指出摩尼關于轉世的思想來自印度教。比魯尼的這兩種著作都有英譯本。
漢文史料
漢文史料比較分散，種類繁多。一般史籍類如《冊府元龜》、新舊《唐書》、《通典》、《唐會要》、《通鑒》、新舊《五代史》、《宋史》、《明太祖實錄》、《大明律例集解》等有一些摩尼教傳入中國、進行活動及遭到迫害和禁止的記載，多為重大事件而叙述簡略。《宋會要輯稿》刑法門二宣和二年（1120）的一條資料記載了宋代摩尼教徒所用的經文及畫像。碑文類如《九姓回鹘可汗碑》漢文部分是關于摩尼教傳入回鹘的重要史料。
泉州出土的《管理江南諸路明教、秦教等也裡可溫－－馬裡失裡門》碑是元代摩尼教合法存在的證據。個人文集類如唐代參與處理回鹘和摩尼教事務的白居易的《白氏長慶集》、李德裕的《會昌一品集》、目睹會昌法難的日本僧仁圓的《入唐求法巡禮行記》等保存了一些不見於正史的資料。北宋洪适的《盤洲文集》記載了其父洪皓任台州甯海縣主簿時，審判《二宗三際經》一案的經過。南宋陸遊的《渭南文集》、《老學庵筆記》留下了當時明教活動的情況。黃震《黃氏日鈔》中的《崇壽宮記》記錄了他與道教化的摩尼教徒張希聲的書信往還。
元代陳高《不系舟漁集》記載了溫州明教寺院潛光院的情況。明代宋濂《芝園續集》透露了洪武年間溫州禁毀明教的内幕。佛教典籍類如《僧史略》、《釋門正統》、《佛祖統紀》等雖意在斥僞，客觀上卻保存了一些摩尼教史料。道家典籍如敦煌出土的《老子化胡經》中，有老子化為摩尼之說。宋代道士白玉蟾（真名葛長庚）著《海瓊白真人語錄》則否定摩尼教是老子遺教。地方志類如明萬曆末年的《閩書》記載摩尼教的淵源及其傳入福建的經過甚詳，作者何喬遠似乎讀過唐代流傳下來的漢文摩尼教經典，比較可信。這些史料大部分已經翻譯成法文、英文。
教階和寺院制度
《摩尼光佛教法儀略》中記載，摩尼教團内部通常分為五個教階：第一，十二慕she，譯雲承法教道者（使徒）；第二，七十二薩波塞，譯雲持法者，亦号拂多誕（主教）；第三，三百六十默奚悉德，譯雲法堂主（長老）；第四，阿羅緩，譯雲一切純善人（選民即僧尼）；第五，耨沙yan，譯雲一切淨信聽者（俗信者）。這些名稱的音譯，出自中古波斯文，同時，這些教階也能在希臘文和拉丁文史料中得到印證。摩尼設十二個使徒的做法，顯然模仿耶蘇的十二使徒。将信徒分為僧尼和一般在俗信徒，可能是受佛教影響而形成的。
《摩尼光佛教法儀略》中記載，摩尼教寺院中有“經圖堂一，齋講堂一，教授堂一，病僧堂一。……不得别立私室廚庫。每日齋食，俨然待施；若無施者，乞丐以充。唯使聽人，勿蓄奴婢及六畜等非法之具。每寺尊首，诠簡三人：第一，阿拂胤薩，譯雲贊願首，專知法事；第二，呼lu喚，譯雲教道首，專知獎勸；第三，遏換健塞波塞，譯雲月直，專知供施。皆須依命，不得擅意。”這套寺院制度，可能是摩尼在印度觀察了佛教寺院以後，加以模仿而形成的。僧侶過的生活相當儉樸，主要靠施舍乞讨為生，沒有奴婢、牲畜等私有财産，共同生活，沒有個人的私室、廚房、倉庫。根據帕提亞文摩尼教傳教史殘片，阿馱曾在羅馬帝國建立一批摩尼教寺院。有的學者認為，摩尼教寺院的建立刺激了基督教修道制度的發展。
摩尼教傳入回鹘後，借其勢力得以發展，唐大曆三年（768）在京師長安立寺。以後陸續在荊、揚、洪、越等州、河南府、太原府建立寺院，直至會昌三年（843）被禁斷。在查禁時，唐政府沒收了摩尼寺的錢物，并嚴加看守，以防“諸色人及坊市富人影占”。這說明這些寺院已經擁有相當财産，可能曾被粟特或回鹘商人用作貨棧和錢莊。唐季摩尼教受迫害以後，轉為秘密宗教，向華南發展，建立了一些寺院，如宋紹興年間（12世紀）在福建泉州石刀山有一座摩尼寺；十三世紀在浙江四明有一座，後改名為崇壽宮，貌似道教寺院，但是仍然承認摩尼教苦行主義的戒律；元代在福建泉州府晉江縣華表山建立過一座草庵，祭祀摩尼佛；在溫州平陽有一座潛光院，為明教寺院。
1954年刊布的《回鹘文摩尼寺院文書》提到高昌、交河、唆裡迷等三處寺院。由愛吾赤（管事）、慕she、依哈林、都督等管理寺院收入的派用。寺院有了殷實的經濟基礎，擁有土地，征收租金、布匹、糧食、水果，飼養家畜，使用各種工役。高級僧侶豐衣足食，處于特權地位，别居一室，下屬不能随便晉見，吃飯有人侍候，可以對下屬施行肉刑。這些與《儀略》的規定都有了很大不同。摩尼教從未成為居于統治地位的宗教，唯一的例外是在回鹘統治下，它取得了崇高的政治地位，有了經濟特權，因此難免發生深刻的變化。
儀規
《下部贊》的“此偈你逾沙忏悔文”寫道：“於七施、十戒、三印法門，若不具修，願罪銷滅”。“此偈凡至莫日與諸聽者忏悔願文”中也有類似的文句。三印和十戒是摩尼教的基本戒律。三印指口印、手印和胸印（東方文獻中有時指心印），三印與十戒有聯系。根據《群書類述》，十戒是：不拜偶像，不妄語，不貪欲，不殺生，不奸淫，不偷盜，不欺詐，不行巫術，不二見（懷疑宗教），不怠惰。口印即不妄語等戒律，手印即不殺生等戒律，胸印即不奸淫等戒律。三印、十戒是僧侶、俗信徒都必須遵守的。十戒主要從負面設限，不許信徒做這個做那個。
對僧侶另有五條戒律，主要從正面鼓勵，希望僧侶以更高的道德标準要求自己。《下部贊》的“普啟贊文”寫道：“具足善法五淨戒”。根據粟特文書，五淨戒是真實，不害，貞潔，淨口和安貧。不害是禁止從事任何可能傷害光明分子的工作，即不要從事耕田、采集、收獲和殺害任何動植物的事情。貞潔是指禁止性交，因為性交被視為模仿惡魔通奸，會導緻人類生生不息，繼續不斷囚禁光明分子。淨口是指禁止吃肉和飲酒。安貧是要求不蓄私産，靠施舍和乞讨為生，年一易衣，日一受食。
根據《群書類述》，摩尼教要求一般信徒每天祈禱四次，僧侶每天祈禱七次，即《佛祖統紀》引《夷堅志》說的，以七時作禮。一般信徒在星期天（漢文音譯密日）齋戒，選民（僧侶）在星期天和星期一（漢文音譯莫日）齋戒兩天。《宿曜經》記載：“尼乾子末摩尼以密日持齋，亦事此日為大日，此等事持不忘。”《下部贊》中的“此偈凡莫日（星期一）用為結願”寫道：“贊此今時日，於諸時最勝，諸有樂性者，今時入香水，滲浴諸塵垢，皆當如法住”。可能在星期一舉行某種類似洗禮的儀式。《下部贊》中另有“此偈凡至莫日與諸聽者忏悔願文”，寫道：“對今吉日，堪贊歎時，七寶香池，滿活命水。”可見中國的一般摩尼教信徒在星期一也要舉行忏悔和類似洗禮的儀式。
摩尼教徒最大的宗教節日是庇麻節（Festival of Bema），紀念摩尼受難，通常在每年的十二月舉行。此前有約一個月的齋戒。庇麻意為祭壇，虛位以待，象征摩尼降臨。從描繪庇麻節的細密畫來看，一位僧侶右手握着一隻杯子，前面的紅桌子上放着面包，可能在舉行一種類似基督教聖餐的儀式。《下部贊》“歎五明文第二疊”說“夷數血肉此即是，堪有受者随意取”，描寫的就可能是這種儀式。從《祈禱和忏悔書》中知道，庇麻節上要朗讀摩尼最後的書信，吟唱贊美摩尼、第三使、光耀柱、救主耶蘇、諸明使、庇麻等的詩篇和歡樂頌。
傳播
在西方
在西方，摩尼在世時，摩尼教已經傳播到叙利亞、巴勒斯坦和埃及。公元300年左右，摩尼教徒在埃及已經頗有聲勢，以緻於哲學家裡科普裡斯的亞曆山大覺得有必要撰文與其論戰。摩尼教又從埃及傳播到北非和西班牙，從叙利亞傳播到小亞細亞，再從那裡傳播到希臘、亞德裡亞海東岸、意大利和高盧。這些地方當時均在羅馬帝國統治之下，摩尼教遭到政府的粗暴迫害。皇帝戴克裡先於297年發布著名的诏書，命令非洲總督鎮壓摩尼教。基督教當時也遭到戴克裡先的迫害，但是不久即取得國教地位，将摩尼教視為最危險的對手，不遺餘力地從教俗兩方面進行鬥争。執事馬克（Mark the Deacon）寫的加沙主教波菲裡（Porphyry，the Bishop of Gaza）傳中，記載了375年波菲裡與摩尼教女信徒、來自安條克的朱莉娅（Julia）的一場辯論。聖奧古斯丁（354－430）則記載了他與摩尼教徒福圖那圖斯、費利克斯的辯論。這些辯論正是基督教與摩尼教鬥争的典型例子。著名的希臘文教義之正式聲明說明遲至九世紀，摩尼教仍然在西方活動。不過1000年以後，在西方就不再看到關于他們的記載了。
歐洲中世紀出現過所謂新摩尼教，比如，7世紀亞美尼亞的保羅派（Paulicians）、10世紀保加利亞的鮑格米勒派（Bogomilists）、和12世紀法國南部的阿爾比派（Albigensians），都有類似摩尼教之處，可能曾受其影響。但是很難确定它們與摩尼教之間的直接曆史聯系。
在東方
在東方，薩珊王朝時期（224－651）摩尼教在波斯本土不斷遭到血腥迫害，它的主要力量逐漸彙聚到中亞烏浒水（Oxus，今阿姆河）流域。粟特城市薩秣建（撒馬爾幹）和赭時（塔什幹）成為摩尼教傳播的重要基地。六世紀末，中亞摩尼教團在撒特－奧爾米茲（Sad－Ohrmizd）領導下，與巴比倫的領袖分裂，以電那勿（Denawars）派的名稱獨立。這種分裂狀态到八世紀初才結束，中亞重新接受巴比倫法王米爾（Mihr，約710－740）的領導。七世紀中葉，穆斯林征服波斯以後，摩尼教徒的處境有所改善，伍麥葉王朝（661－750）讓他們和平地活動，可能根本沒有怎麼注意他們。
阿拔斯王朝時期（750－1258），許多摩尼教文獻被翻譯成阿拉伯文，比如，伊本－穆蓋法耳（757年卒）曾把摩尼的幾本著作翻譯成阿拉伯文，比魯尼和奈丁就是在一些摩尼教著作阿拉伯文譯本的基礎上，撰寫摩尼教曆史的。同時，阿拔斯王朝恢複了薩珊王朝反摩尼教的做法，譴責許多波斯血統的翻譯者是摩尼教的同情者。在麥海迪（775－785）和穆格台迪爾（908－932）統治時期，設立了專門處置異教徒（主要是摩尼教徒）的機構，無情地對摩尼教徒進行迫害。967年前奈丁在首都巴格達親身認識三百個摩尼教徒，但是，當他寫作《群書類述》時，隻有五個還留在首都，可見迫害之激烈。可能公元1000年左右，摩尼教徒在伊拉克就滅絕了。
在中國
唐高宗朝（650－683）摩尼教可能已經傳入中國。武則天延載元年（694）波斯國人拂多誕（侍法者）持《二宗經》至中國。開元七年（719）吐火羅國（位于今阿富汗北部）支那汗王帝賒上表，獻解天文大慕she（承法教道者），請置法堂。開元二十年（732），唐玄宗下敕嚴加禁斷，但西胡可以繼續信仰。安史之亂末期，代宗寶應元年（762）叛将史朝義誘回鹘牟羽可汗進攻長安，唐遣藥子昂迎勞，牟羽可汗遂支持唐軍東擊史朝義，克洛陽，放兵攘剽。牟羽可汗於次年帶睿息等四僧回到回鹘，與他們讨論了三天三夜，經過激烈思想鬥争，改宗摩尼教。“熏血異俗，化為茹飯之鄉；宰殺邦家，變為勸善之國。……法王聞受正教，深贊虔誠，大德領諸僧尼入國闡揚。自後，慕she徒衆，東西循環，往來教化。
”遠在巴比倫的摩尼教教主派第一級僧侶到回鹘，确立摩尼教在回鹘的國教地位，使回鹘社會發生深刻變化。同時，摩尼教依靠回鹘的勢力，在唐帝國各地設置寺院。摩尼教勢力的擴張引起了佛教徒的警覺，禅宗典籍《曆代法寶記》中出現了對外道末曼尼（即摩尼）的攻擊。《曆代法寶記》約765年傳入吐蕃，不久後（約775－797年間）赤松德贊贊普所撰《真正言量略集》中也出現對異端末摩尼的抨擊。
元和、長慶年間（806－824）摩尼教僧侶常與回鹘可汗議政，作為回鹘的官方代表出使唐朝，勢力鼎盛。開成五年（840），回鹘為黠戛斯所破，唐朝立即改變對摩尼教的優容态度，會昌三年（843）沒收摩尼寺的莊宅錢物，焚燒其書籍圖畫，流放其僧侶，死者大半。會昌五年武宗禁佛，同時禁止各種外來宗教，摩尼教當也在其列。
摩尼教不容於唐朝朝廷，但西域各國五代北宋時摩尼教猶盛。回鹘西遷，在吐魯番建立高昌王國，摩尼教繼續處于國教地位，留下了大量各種語言的文獻和寺院、壁畫、細密畫等遺物。北宋太平興國六年（981）出使高昌的王延德等親眼目睹了那裡摩尼寺的情況。西遷後的回鹘和于阗也曾派遣摩尼師出使中原。但是佛教逐漸占居上風，到十三世紀中葉蒙古征服塔裡木盆地地區時，摩尼教與佛教相比已經微不足道。
中原的摩尼教則不得不依附佛教、道教以自存，逐漸演變為一種秘密宗教，通常被稱為明教。逃脫會昌法難的摩尼教呼祿法師來到福建，“授侶三山（福州），遊方泉郡（泉州），卒葬郡北山下。”福建成為摩尼教在中國南方繼續傳播的主要源頭。北宋至道（995－97）中，懷安士人李廷裕在京城開封一家蔔筮商店裡用五十千錢買到了一尊摩尼像，從此摩尼像就在福建流傳開了。大中祥符九年（1016）、天禧三年（1019）朝廷兩次敕福州；政和七年（1117）、宣和二年（1120）禮部兩次牒溫州，“皆宣取摩尼經頒入道藏”。真宗朝（998－1022）進獻明教經典的福建士人林世長授守福建文學。編入道藏的摩尼教經典中可能有《老子化胡經》、《明使摩尼經》、《二宗三際經》等。摩尼教已經在福建赢得部分士人的信仰，依托道教，向合法化方向發展。
但是，摩尼教經常被指斥為鼓動叛亂的邪教。北宋太平興國間（980）撰寫的《僧史略》把梁貞明六年（920）陳州毋乙叛亂以及後唐、石晉（923－946）時的相關叛亂歸罪於末尼黨類。宣和二年方臘發動大規模農民起義，統治者大為震驚，嚴厲鎮壓各種宗教結社，重立禁約，止絕江浙“吃菜事魔”之徒，連帶根究溫州明教，毀拆其齋堂，懲辦為首之人，懸賞獎勵告發。明教徒的特點是每年正月内，取曆中密日（星期天）聚集侍者、聽者等，所念經文及畫像有《證明經》、《圖經》、《日光偈》、《廣大忏》、《妙水佛幀》、《先意佛幀》、《夷數佛幀》、《四天王幀》等，多引爾時明尊之事。
南宋時，有的道教徒不甚分得清楚吃菜滅魔與明教的關系，道士白玉蟾（約1215）的學生問他，鄉間多有吃菜持齋以事明教，謂之滅魔，彼之徒且曰太上老君之遺教，然耶？否耶？白玉蟾告訴其學生一些明教的教義，大要在乎清淨、光明、大力、智慧八字而已。但是沒有分辨吃菜滅魔與明教的異同。有的佛教史家把明教與吃菜事魔聯系在一起。1265年撰寫的《佛祖統紀》引述洪邁（1123－1202）《夷堅志》說：吃菜事魔，三山（福州）尤熾，稱為明教會。所事佛衣白，又名末摩尼。其經名二宗三際，其持修者，正午一食，以七時作禮。有的官員常把明教與其他宗教結社并列，視之為邪教。
陸遊在紹興三十二年（1162）寫的條對狀中寫道：淮南謂之二襘子，兩浙謂之牟尼教（即摩尼教），江東謂之四果，江西謂之金剛禅，福建謂之明教、揭谛齋之類。名号不一，明教尤盛。至有秀才、吏人、軍兵亦相傳習。其神号曰明使，又有肉佛、骨佛、血佛等号。白衣烏帽，所在成社。僞經妖像，至於刻版流布，假借政和中（1111－1118）道官程若清等為校勘，福州知州黃裳為監雕。陸遊稱，近歲之方臘皆是類也。要求加以嚴懲，多張曉示，限期自首，限滿懸賞搜捕，焚毀經文版印，流放傳寫刊印明教等妖妄經文者。
元代在泉州設有管理明教和秦教（當即景教）的管領。馬可波羅及叔叔1292年到達福州時遇到的一個當地無名教派可能是摩尼教團。明太祖洪武（1368－1398）初曾下诏并立法禁止各種異端信仰，其中包括牟尼明尊教（即摩尼教）。浙江按察司佥事熊鼎以大明教瞽俗眩世，且名犯國号，奏請沒收其财産而驅其衆為民。明太祖可能因為這道奏折，嫌明教教門上逼國号，擯其徒，毀其宮，戶部尚書郁新、禮部尚書楊隆奏留之，因得置之不問。盡管清律、安南律都因襲明律，繼續禁止牟尼明尊教，但是，有清一代和安南地方未必真正有摩尼教徒的活動了。
遺址考古
2012年春夏之際，新疆文物考古研究所對吐魯番勝金口石窟搶險加固工程進行前期清理挖掘。期間，考古人員在5号窟内發現了摩尼教典型的生死樹壁畫，即同株大樹一半生，一半死。此外，有着摩尼教痕迹的還有一個特殊形态的主尊佛或菩薩的蓮花寶座殘體。與中國典型佛教造像的蓮花基座不同，這尊主尊佛的六邊形蓮花座的蓮花瓣不是向上盛開，而是向下倒覆，每個花瓣上都繪有不同風格的花卉圖案，色彩斑斓，絢麗多姿，且蓮花圖案的細部特征與傳統的佛教蓮花紋樣稍有區别。讓考古人員驚歎的還有這座石窟壁畫上的菩薩像，柳葉眉、丹鳳眼、櫻桃小嘴，人物形象豐滿，雍容華貴，顯現典型的唐代風格。
研究人員認為，吐魯番勝金口石窟新發現的多種宗教元素的痕迹，不僅是當時吐魯番地區宗教變化的物證，也彰顯出吐魯番地區多民族、多宗教兼收并蓄、互相融合發展的地方文化色彩。
