古書記載
日本古書《和漢三才圖會》記載：‘納豆自秦漢以來開始制作。’始于中國的豆豉，日本也曾稱納豆為“豉”，平城京出土的木簡中也有“豉”字。由于豆豉在僧家寺院的納所制造後放入甕桶貯藏，後由禅僧從秦漢傳播到日本寺廟，所以納豆首先在寺廟得到發展，是以亦稱“唐納豆”或“鹹納豆”。随後依當地環境發展出納豆，如日本不用豆豉而用大醬，或用醬油不用豉汁。在日本更基于各地區特色，傳承出諸如大龍寺納豆、大德寺納豆、一休納豆、大福寺的濱名納豆、悟真寺的八橋納豆等等地方特産。
制作方式
傳統制法将蒸熟的黃豆用稻草包裹起來，稻草浸泡在100度的沸水中以殺菌消毒，并保持在攝氏40度放置一日，稻草上常見的枯草杆菌（納豆菌）因可産生芽孢而耐熱度高，殺菌過程不受破壞，高溫培養速度快也能抑制其他菌種，并使黃豆發酵後産生黏稠的絲狀物，這種黏稠外觀主要來自成分中的谷氨酸，被認為是納豆美味的來源。
二十世紀後期高品質稻草取得不易，多已改用保麗龍或紙制容器盛裝販售。因此現代的制作方式，是利用蒸過的黃豆加上人工培養出的納豆菌混合後，直接放在容器中使之發酵，黃豆以外之某些食品亦能制成納豆。
而制作清酒時，原料的米中若不慎受納豆菌沾染，以其快速的繁殖速度，将抑制釀酒所需的酵母菌。釀清酒處所不可出現納豆，其他發酵食品可能也有類似情況，制程需多加留意。
納豆菌屬于弱酸性，會阻礙乳酸菌制造的乳酸。在技術上已經開發出氣味較弱的納豆，但由于使用了活發性較低的納豆菌種，容易造成其他細菌的增殖空間。此外，納豆菌的天敵是會寄生在細菌上的噬菌體病毒，在噬菌體開始作用後會降低納豆菌的活動力，并可能造成其他細菌開始繁殖，因此應避免食用超過保存期限的納豆。
食用方式
傳統上先将納豆加上醬油或日式芥末（一般在百貨所賣的盒裝納豆，使用的是日式淡醬油還有黃芥末），攪拌至絲狀物出現，置于白飯上食用，是為納豆飯。也有人将納豆和生雞蛋、蔥、茗荷、蘿蔔、柴魚等各種食材一起混合。在北海道、東北地方有時也将納豆和砂糖混合。亦有加上蛋黃醬的創意吃法。若未經攪拌便加入醬料會使水分過多，粘性也會有所消減，蔥和芥末則能抑制“納豆氨”刺鼻的氣味。不習慣吃納豆者則以為是腐壞的水煮黃豆。
營養成分
納豆含有黃豆全部營養和發酵後增加的特殊養份，含有皂素，異黃酮，不飽和脂肪酸，卵磷脂，葉酸，食用纖維，鈣，鐵，鉀，維生素及多種氨基酸、礦物質，适合長期食用維護健康。
經日本的醫學家、生理學家研究得知，大豆的蛋白質具有不溶解性，而做成納豆後，變得可溶并産生氨基酸，而且原料中不存在的各種酵素會由于納豆菌及關聯細菌産生，幫助腸胃消化吸收。納豆的成分是：水分61.8%、粗蛋白19.26%、粗脂肪8.17%、碳水化合物6.09%、粗纖維2.2%、灰分1.86%，作為植物性食品，它的粗蛋白、脂肪最豐富。納豆系高蛋白滋養食品，納豆中含有的酶，食用後可排除體内部分膽固醇、分解體内酸化型脂質，使異常血壓恢複正常。
黃豆與黑豆制成的納豆
黃豆與黑豆在營養成分上有所不同，所以被納豆菌利用情況也就不同。用黃豆生産納豆，豆粒金黃、完整、較軟，産黏液多、氨基酸含量高，同時苦味重、氣味濃，這與氨基酸含量高是相關的，且活菌數遠多于黑豆。黑豆生産的納豆為黑色，帶金屬光澤，豆粒完整且較硬，黏液少、氨基酸含量低，所含活菌數也較少。黃豆與黑豆比例為8∶2時，共同發酵生産的納豆的氨基酸含量和菌數均介于原料為全黃豆和全黑豆之間。從混合發酵的豆粒來看，明顯易分辨，黃豆粒金黃，有金屬光澤，表面黏液含量多，粒完整較軟，而黑豆粒有光澤，表面覆蓋的黏液少，粒完整較硬。黃豆容易被納豆菌利用，生産的納豆優于黑豆。
研究發展
日本:
有日本機構研究出納豆中産生粘的成分可以制成納豆粉末。
來自日本傳統食品的水質淨化劑尤其在發展中國家等發揮了顯著功效。
納豆的生理功能
溶血栓
1987年日本富崎醫科大學須見洋行等首先發現納豆激酶(nattokinase，NK)，随之将提取出的納豆激酶應用于狗的血栓作用，證明是一種有纖溶活性的酶制劑，所以定名為納豆激酶。NK是一種絲氨酸蛋白酶，能顯著溶解體内外血栓，明顯縮短優球蛋白的溶解時間(ELT)，并能刺激靜脈内皮細胞産生纖溶酶原激活劑(t-PA)，從而更有效地發揮溶栓效果。納豆激酶做溶血栓藥物具有以下優點：
a.納豆菌被FDA認證為食品工業的安全性細菌;
b.納豆激酶分子量小，更易為人體吸收;
c.可以有消化道吸收，因此可以成為第一個口服性溶血栓藥物;
d.直接作用于纖維蛋白，且作用迅速；
e.可以利用細菌發酵生産，因此造價低廉，有望開發為一種安全的食用血栓預防劑
抗腫瘤
納豆中含有染料木素和染料木甙，類似枯草溶血素的脂肽，還含有豐富的植物雌激素和一種叫infrabin的類黃酮色素形成成分，這些物質有強烈的裂解功能，抑制腫瘤細胞的增殖。1967年金澤大學藥學院的龜田教授發表了有名的納豆抗癌動物試驗，他将Ehrlich肉瘤移植到鼠的皮下，2～3天後，比較了右足部注入納豆菌和沒有注入納豆菌的鼠的癌細胞生長情況。納豆菌對動物的生長是無害的，但抑制了癌細胞的生長，龜田教授将有這種抗癌效果的納豆菌命名為KMD1126。據報道，日本每人每天攝入的染料木素和染料木甙為1.5～4.1mg和6.3～8.3mg，其中染料木素是抗癌的主要活性成分；而歐美國家每人每天攝入的黃酮總量僅為幾毫克。調查表明，日本人乳腺癌、腸癌的發病率遠遠低于歐美國家，因此認為常食用含染料木素高的納豆，可有效降低癌症發病率。
降血壓
納豆周圍的黏性物質中有血管緊張肽轉化酶抑制劑(ACEinhibitor)，這種抑制劑分為水溶性和醇溶性兩種，其中水溶性抑制劑為高分子量的蛋白質，IC50為12mg/mL;醇溶性抑制劑為低分子量物質，具有兩種形态，抑制作用強于水溶性抑制劑,IC50分别為0.53mg/mL和0.95mg/mL，其pH和溫度穩定性都很好。
這兩種形态的醇溶性抑制劑的抑制模型是不同的，一種是競争性抑制，一種是非競争性抑制。1977年預防高血壓帝國女子大學營養學教授林右市的研究小組在20年前就進行了納豆預防高血壓的實驗，他們使有遺傳性高血壓老鼠攝入納豆，與攝入等量大豆的老鼠作為對照。其結果是，食用大豆的鼠血壓逐漸升高，4個月内平均波動達到0.033MPa;而食用納豆的鼠血壓4個月内波動最高值達到0.027MPa。
抗氧化性
納豆中含有大量的抗氧化物質，如卵磷脂、異黃酮、α-生育酚(即VE)、超氧化物歧化酶(SOD)，其中卵磷脂經常食用可有效降低血脂、膽固醇及清除腦組織細胞中過氧化脂質色素，調節皮膚細胞和皮膚表面水和納豆中含有大量的皂甙素，由于納豆比大豆容易消化，所以納豆裡的皂甙素比大豆裡的更容易為人體吸收。皂甙素是一種遇水便溶解、遇熱便分解的物質，因此在豆腐、豆漿中含量很少。皂甙素不僅能夠改善便秘，還可以減少血脂、預防大腸癌、降低膽固醇、軟化血管、預防高血壓和動脈硬化、抑制艾滋病毒。高度飽和脂肪酸對人體有害，納豆裡所含的生育酚正好可以消除它的危害。
防止骨質疏松和促凝血
納豆含有豐富的維生素，包括維生素B2、維生素B6、維生素B12、維生素E以及維生素K。在納豆中維生素K分為維生素K1和維生素K2兩種，其中維生素K1包含在納豆本身，不溶于水；而維生素K2存在于納豆外面的黏性物質中，溶于水。納豆周圍含有許多的黏性物質，其主要成分是γ-PGA，它可在維生素K的參與下與Ca離子偶合，提高人體對鈣的吸收。
抗菌消毒
納豆可産生許多抗菌素，如杆菌肽、多黏菌素、2，6-吡啶二羧酸，這些物質對痢疾杆菌、原發性大腸杆菌O-157、O-111、O-144、傷寒菌、沙門氏菌等，都有強烈的抑制作用。
提高蛋白質的消化率
枯草杆菌不産生毒素，是對人體沒有緻病原的安全菌株，它能分泌很多酶類，如澱粉酶、蛋白酶等。利用它發酵大豆不僅可保持大豆幾乎不含膽固醇、必需氨基酸含量高、營養平衡好的優點，而且可使大豆的消化率提高。杆菌發酵大豆後，在蛋白酶的作用下，促進了大豆組織的分解和蛋白質的水解，蛋白質的消化吸收率可以從原來的50%增加到90%以上。有50%～60%的大豆蛋白質轉化為肽和氨基酸，其中10%是氨基酸，特别是谷氨酸較多，因此納豆非常鮮。
調整腸功能
大豆中約有28%碳水化合物，其中2/3是半纖維素、纖維素和木質素等食物纖維，這些食物纖維在食用後可防止便秘、預防大腸癌和直腸癌，還可起到防止甘油三酯的增加和降低血清膽固醇等效果。另外，食用納豆後，納豆菌在腸中發芽增殖，作為營養物質能在腸内生活幾周，分泌各種酶和維生素類物質可以與寡糖偶合，從而促進雙歧杆菌增殖，對腸道菌群的微生态平衡起重要調節作用，保證腸功能的正常。
醜聞
2007年1月7日，日本關西電視台生活資訊節目《發掘！真有其事大百科Ⅱ》（発掘！あるある大事典Ⅱ）宣稱“根據美國專家的飲食研究，進食納豆可以有效減肥”。及後，該段内容被日本《周刊朝日》發現内容不實，《周刊朝日》并揭發該節目制作單位“日本Telework股份有限公司”（日本テレワーク株式會社，Japan Television Workshop Co.，Ltd.）捏造研究數據。2007年1月21日，關西電視台社長千草宗一郎為此公開道歉。
