隧橋開通前
上海長江隧橋開通前，上海交通管理部門設想調整原“申崇線”和“滬崇專線”的設置。分别為——
“長江隧橋一線”：停靠南門、堡鎮、陳家鎮、五角場、汶水路；
“長江隧橋二線”：停靠南門、堡鎮、陳家鎮、金橋和龍陽路。
後因有關部門規定申崇線采用點到點運行模式，中途不設立上下客站，兩條路線更改為——
“滬崇線”：陳家鎮-錦繡路科技館地鐵站；
“申崇線”：南門-中環線共和新路。
兩條線路中途不設站點。
在隧橋開通前夕，有關部門又因公交路線設置長度不宜超過100公裡，将原定于南門始發的“申崇線”縮線至陳家鎮始發，更名為“申崇一線”；滬崇線更名為“申崇二線”。
隧橋開通後
申崇一線
2009--1-0:陳家鎮-汶水路（原來中山北路）公交樞紐票價12元
申崇二線
2000--1-0：陳家鎮-科技館地鐵站票價12元
申崇三線
2000-1-10:南門汽車站-汶水路公交樞紐，（原申崇線班線車）票價20元
申崇三線（區間車）
2011-1-10:堡鎮汽車站-汶水路公交樞紐，票價17元
申崇四線
2000--1-0：長興島鳳凰鎮-科技館地鐵站（原申崇二線區間車）票價9元
申崇五線
2011-11-1：長興島鳳凰鎮-長橫渡碼頭-吳淞碼頭票價8元（鳳凰鎮）10元（長橫渡碼頭）
申崇六線
2010-4-19南門-巨峰路地鐵站票價18元
申崇六線B
堡鎮汽車站-巨峰路地鐵站票價15元
2011年2月，上海市交通運輸和港口管理局副局長周淮在上海交通網在線交流活動中表示，根據崇明市民的建議，堡鎮地區将于近期開通直達巨峰路的公交路線。原計劃開辟的申崇六線B（南門-川沙鎮），改為堡鎮-巨峰路。2011年12月1日，申崇六線B正式開通，由浦東新區金高公共交通有限公司和崇明巴士有限公司共同經營，初期配車8輛，營運時間6：00-19：00，票價15元。
注：以上所有申崇線可以使用老年卡和上海市公交卡（公交卡還可以享受優惠換乘）
0公裡限制
陳家鎮臨時公共汽車站位于崇明島最東角的花飄村，離縣城尚有50多公裡，有關部門拘泥于《上海市公共汽車和電車客運服務規範》中第十條“郊區跨區線、市通郊線路原則上控制在50公裡以内”的規定，以線路過長為由，拒絕縣城及島内重要集鎮至市區的公交線路。認為路線過長有交通安全隐患，而且不利于提高運營效率。
2010年8月18日首班車起，為方便堡鎮地區乘客換乘申崇一線、二線，崇明巴士開辟堡陳線大站車（堡陳支線），中途隻停靠堡鎮鎮區的體育場、小菜場、南堡鎮和北堡鎮後沿陳海公路直達陳家鎮臨時公共汽車站，全程票價5元，行駛時間為20分鐘，比堡陳專線節省30分鐘，在一定程度上緩解了堡鎮地區乘客乘車難的窘境。
中途不設站
2012年6月1日起，崇明巴士公司所屬申崇三線、申崇三線（區間）及申崇六線B等公交線路在每日晚19:00後至末班車，在崇明設利民路育林橋路站和大通路堡鎮中路站增設下客站。
