大熊貓館
大熊貓館是世界上最早的為稀世珍寶大熊貓建立的博物館，它彙集展示了迄今為止人類對大熊貓的認識、考察、研究的成果。這裡展示了近300幅珍貴精美的有關大熊貓照片和科學翔實的圖表，展示了古今中外有關大熊貓的文獻專着，展示了大熊貓從化石到各局部解剖、糞便及主食竹等實物标本，同時營造了遠古大熊貓生态環境、大熊貓瀕危處境、以及秦嶺、涼山、相嶺、岷山、邛崃山大熊貓生态環境等多個大型的生态景箱，面積共約300平方米，造型生動，模拟自然逼真。
整館較系統全面地介紹了大熊貓的演化曆史、古今分布概況、從古自今人類對大熊貓的認識研究、大熊貓野外生态習性、解剖生物學特征，野外保護大熊貓及人工繁育大熊貓成果、全世界人民對大熊貓關心熱愛的動人事例等等。讓人們能全面地認識大熊貓，了解我國政府為保護、拯救這一全世界人民珍愛的瀕危動物所作出的努力，自覺産生熱愛大熊貓、保護大熊貓，熱愛大自然、保護大自然的情感。
蝴蝶館
蝴蝶以其華美的色彩，優雅的姿态，自古以來便得到人們的喜愛。世界上已發現蝴蝶16800種，随着經濟的發展，人們逐漸認識到，蝴蝶是一類有很高價值的資源動物。不僅在昆蟲學、生态學、環境學等學科方面具有學術價值，在自然标本與藝術收藏品、蝴蝶加工工藝品及美術圖案設計題材等方面也有巨大的經濟與藝術價值。
在各級領導的重視和支持下，成都大熊貓繁育研究基地建立了被海外學術刊物稱為中國最大的蝴蝶博物館的蝴蝶館。該館建築面積2000餘平方米，擁有7個展廳，和兩座蝴蝶生态養殖園。
展出了600餘種，占我國已知種數一半的蝴蝶标本萬餘隻，和數百種珍稀與觀賞昆蟲标本。包括世界最珍稀的蝶種——金斑喙鳳蝶（Teinopalpus auteus），和褐鳳蝶屬（bhutanitis Atkinson）、虎鳳蝶屬（luehdorfia Cruger）、絹蝶科（Parassiidae）等被我國《野生動物保護法》和各國際公約列為保護的珍稀蝶種，以及世界最大的蛾類，世界最大的蜣螂，世界最長的昆蟲等各種觀賞昆蟲。
除标本外，還陳列了大量資料照片、模型、蝴蝶書畫藝術品、蝴蝶加工工藝品。從自然和人文科學的角度展示了豐富多彩的蝴蝶與昆蟲世界，以及古今中外人們對蝴蝶的認識研究及利用成果，對蝴蝶科學知識進行了宣傳和普及。
脊椎動物館
脊椎動物陳列了魚類、兩栖類、爬行類、鳥類和獸類生态剝制标本、化石标本800多種、1000多件，并配以350多幅各類動物生态照片、進化圖表及簡要的文字說明。
珍稀的中華鲟、白鲟，兇頑的大白鲨，奇特的蛙類，碩大的海龜、玳瑁，中生代的恐龍化石，美洲的鳄魚，東南亞巨晰，南極的皇帝企鵝，纖巧的太陽鳥，西雙版納的綠孔雀，威武的虎豹，憨态的熊貓等等标本，造型生動、制作精美，或陳列于櫥櫃，或置身于渴似生态的大型生态景箱，或站立于展台讓人親近。漫步其間，讓人們深切實在地認識了解紛繁的動物世界，驚歎自然的博大、深遂，竟能演造和包容如此千姿百态、豐富多彩的物種，更進一步領會人、動物、大自然這一永恒的主題。
