存在的問題
社會滿意度低：
社會保險中最基本最重要的一點就在于，它強調的不是個人成本收益的平等，而是保險金的社會滿意度。新型農村合作醫療作為一種社會保險，受益的農民和政府補助資金來源的納稅人的滿意度對其成功與否具有舉足輕重的作用。而調查中發現一些農民不參加新型農村合作醫療主要是基于新型農村合作醫療的保障水平低，農民了解不深，怕政策有變，認為是把自己的保險金拿去補償别人了等的考慮。而參加新型農村合作醫療的農民不滿主要是因為保障水平低，參加和辦理報銷的程序繁瑣等。此外政策不公等導緻新型農村合作醫療制度的社會滿意度低。
保障水平低：
新型農村合作醫療制度是以大病統籌兼顧小病理賠為主的農民醫療互助共濟制度。這個定義顯示出新型農村合作醫療制度是救助農民的疾病醫療費用的而門診、跌打損傷等不在該保險範圍内，這項規定使得農民實際受益沒有預想的那麼大。
新型農村合作醫療的宣傳不到位：
現有的宣傳多集中在介紹新型農村合作醫療給農民帶來的表面好處上，沒有樹立起農民的風險意識，也沒有體現出重點，沒有對那些不參加的農民進行調查，使得宣傳大多停留在形式上。許多農民并不真正了解新型農村合作醫療制度的意義，他們僅從自己短期得失的角度考慮，由于自己身體好，生病住院的概率低，沒有必要花那個冤枉錢。還有一些農民認為它跟以前的義務教育保證金一樣，最後被政府騙走了，認為是把自己的保險金拿去補償别人了。宣傳也沒有把具體的理賠标準發給農民，使得他們在理賠時，看到那麼多藥費不能理賠一些農民有被欺騙上當的感覺。
新型農村合作醫療制度的程序過于繁瑣：
首先，參加新型農村合作醫療登記程序繁瑣。 其次農村合作醫療的報銷程序也很繁瑣。城鎮居民的醫保都是可以拿來抵押一部分醫藥費的，可以直接在卡上交醫療費的，事後再來結算。國外的醫療保險更是讓醫院、醫生與保險公司而不是患者發生直接的利益關系。有的村莊離報帳中心和信用社很遠，來回的車費都比較貴。繁瑣的登記、理賠程序增加了農民許多不必要的麻煩，降低了農民的滿意度。
三層保障
“我們這裡管新農合叫‘農村合作醫療保險’。這是前些年蘇州地方立法時規定的。”張月林對記者伸着3根手指說，“參合農民健康有三層保障。即便是特困戶，一般也不會出現因病緻貧的情況。”
第一層是農合保險。當地有農業人口26.9萬人。區、鎮、村及農民個人每年共籌資326元。參合農民在區、鎮醫療機構住院可獲得50%～80%的補償，門診就醫可獲得40%的補償，其中大病統籌最高封頂線可達20萬元。
在相城區農合基金結算中心，記者請工作人員随意打開一名患者的結算單：8月28日在黃橋衛生院出院，住院5天共花去1145.42元，除掉農合基金補償、讓利等，患者付費508.77元，實際報銷比例達到56%。
第二層是意外傷害保險。在解決了疾病的問題以後，蘇州市想到的是，農民發生意外傷害的醫藥費由誰來買單?經過和商業保險公司協商，農民每人出10元，籌資及管理由農合經辦機構承擔，參合農民發生意外傷害，最多可以得到6萬元的補償。
“當時我們向農民群衆宣傳，一包煙的錢可以保大家一年平安。結果大家都參加了。”相城區衛生局局長朱建鳴說。
第三層是特困醫療救助。相城區共有特困人員5000多名。除了政府補償讓他們“無門檻”參合以外，發生個人承擔的醫療費用後，特困救助基金承擔90%，個人隻出10%就行了。
報銷比例
門診補償
(1)村衛生室及村中心衛生室就診報銷60%，每次就診處方藥費限額10元，衛生院醫生臨時補液處方藥費限額50元。
(2)鎮衛生院就診報銷40%，每次就診各項檢查費及手術費限額50元，處方藥費限額100元。
(3)二級醫院就診報銷30%，每次就診各項檢查費及手術費限額50元，處方藥費限額200元。
(4)三級醫院就診報銷20%，每次就診各項檢查費及手術費限額50元，處方藥費限額200元。
(5)中藥發票附上處方每貼限額1元。
(6)鎮級合作醫療門診補償年限額5000元。
住院補償
報銷範圍：
A、藥費：輔助檢查：心腦電圖、X光透視、拍片、化驗、理療、針灸、CT、核磁共振等各項檢查費限額200元;手術費(參照國家标準，超過1000元的按1000元報銷)。
B、60周歲以上老人在鎮衛生院住院，治療費和護理費每天補償10元，限額200元。
報銷比例：鎮衛生院報銷60%;二級醫院報銷40%;三級醫院報銷30%。
大病補償：
鎮風險基金補償：凡參加合作醫療的住院病人一次性或全年累計應報醫療費超過5000元以上分段補償，即5001-10000元補償65%，10001-18000元補償70%。鎮級合作醫療住院及尿毒症門診血透、腫瘤門診放療和化療補償年限額1.1萬元。
報銷範圍
主要形式有：（1）商業醫療保險機構舉辦；（2）社會醫療保險機構經辦；（3）大集團、大企業自辦。
我國醫療保險制度改革的目标，是實現多層次的醫療保險體系。因此，國家鼓勵企業建立補充醫療保險制度，以保證該企業職工醫療保險待遇水平不降低。具體規定是：
按規定參加各項社會保險并按時足額繳納社會保險費的企業，可自主決定是否建立補充醫療保險。補充醫療保險基金，用于企業按規定參加當地基本醫療保險，對城鎮職工基本醫療保險制度支付的待遇以外，由職工個人負擔的醫藥費用的适當補助，減輕參保職工的醫療費負擔。企業補充醫療保險費在工資總額4%以内的部分，企業可直接從成本中列支，不再經同級财政部門審批。企業補充醫療保險辦法應與當地基本醫療保險制度相銜接。
企業補充醫療保險資金由企業或行業集中使用和管理，單獨建賬，單獨管理，用于本企業個人負擔較重的職工和退休人員的醫療費補助，不得劃入基本醫療保險個人賬戶，也不得另行建立個人賬戶或變相用于職工其他方面的開支。财政部門和勞動保障部門要加強對企業補充醫療保險資金管理的監督和财務監管，防止挪用資金等違規行為。
