認證申請
1、申請人向中國綠色食品發展中心（以下簡稱中心）及其所在省（自治區、直轄市）綠色食品辦公室、綠色食品發展中心（以下簡稱省綠辦）領取《綠色食品标志使用申請書》、《企業及生産情況調查表》及有關資料，或從中心網站下載。
2、申請人填寫并向所在省綠辦遞交《綠色食品标志使用申請書》、《企業及生産情況調查表》及以下材料：
（1）保證執行綠色食品标準和規範的聲明
（2）生産操作規程（種植規程、養殖規程、加工規程）
（3）公司對“基地+農戶”的質量控制體系（包括合同、基地圖、基地和農戶清單、管理制度）
（4）産品執行标準
（5）産品注冊商标文本（複印件）
（6）企業營業執照（複印件）
（7）企業質量管理手冊
（8）要求提供的其他材料（通過體系認證的，附證書複印件）
受理及文審
1、省綠辦收到上述申請材料後，進行登記、編号，5個工作日内完成對申請認證材料的審查工作，并向申請人發出《文審意見通知單》，同時抄送中心認證處。
2、申請認證材料不齊全的，要求申請人收到《文審意見通知單》後10個工作日提交補充材料。
3、申請認證材料不合格的，通知申請人本生長周期不再受理其申請。
4、申請認證材料合格的，執行第3條。
現場檢查
1、省綠辦應在《文審意見通知單》中明确現場檢查計劃，并在計劃得到申請人确認後委派2名或2名以上檢查員進行現場檢查。
2、檢查員根據《綠色食品 檢查員工作手冊》(試行)和《綠色食品産地環境質量現狀調查技術規範》(試行)中規定的有關項目進行逐項檢查。每位檢查員單獨填寫現場檢查表和檢查意見。現場檢查和環境質量現狀調查工作在5個工作日内完成，完成後5個工作日内向省綠辦遞交現場檢查評估報告和環境質量現狀調查報告及有關調查資料。
3、現場檢查合格，可以安排産品抽樣。凡申請人提供了近一年内綠色食品定點産品監測機構出具的産品質量檢測報告，并經檢查員确認，符合綠色食品産品檢測項目和質量要求的，免産品抽樣檢測。
4、現場檢查合格，需要抽樣檢測的産品安排産品抽樣：
（1）當時可以抽到适抽産品的，檢查員依據《綠色食品産品抽樣技術規範》進行産品抽樣，并填寫《綠色食品産品抽樣單》，同時将抽樣單抄送中心認證處。特殊産品（如動物性産品等）另行規定。
（2）當時無适抽産品的，檢查員與申請人當場确定抽樣計劃，同時将抽樣計劃抄送中心認證處。
（3）申請人将樣品、産品執行标準、《綠色食品産品抽樣單》和檢測費寄送綠色食品定點産品監測機構。
5、現場檢查不合格，不安排産品抽樣。
環境監測
1、綠色食品産地環境質量現狀調查由檢查員在現場檢查時同步完成。
2、經調查确認，産地環境質量符合《綠色食品産地環境質量現狀調查技術規範》規定的免測條件，免做環境監測。
3、根據《綠色食品 産地環境質量現狀調查技術規範》的有關規定，經調查确認，必要進行環境監測的，省綠辦自收到調查報告2個工作日内以書面形式通知綠色食品定點環境監測機構進行環境監測，同時将通知單抄送中心認證處。
4、定點環境監測機構收到通知單後，40個工作日内出具環境監測報告，連同填寫的《綠色食品環境監測情況表》，直接報送中心認證處，同時抄送省綠辦。
産品檢測
綠色食品定點産品監測機構自收到樣品、産品執行标準、《綠色食品産品抽樣單》、檢測費後，20個工作日内完成檢測工作，出具産品檢測報告，連同填寫的《綠色食品産品檢測情況表》，報送中心認證處，同時抄送省綠辦。
認證審核
1、省綠辦收到檢查員現場檢查評估報告和環境質量現狀調查報告後，3個工作日内簽署審查意見，并将認證申請材料、檢查員現場檢查評估報告、環境質量現狀調查報告及《省綠辦綠色食品認證情況表》等材料報送中心認證處。
2、中心認證處收到省綠辦報送材料、環境監測報告、産品檢測報告及申請人直接寄送的《申請綠色食品認證基本情況調查表》後，進行登記、編号，在确認收到最後一份材料後2個工作日内下發受理通知書，書面通知申請人，并抄送省綠辦。
3、中心認證處組織審查人員及有關專家對上述材料進行審核，20個工作日内做出審核結論。
4、審核結論為“有疑問，需現場檢查”的，中心認證處在2個工作日内完成現場檢查計劃，書面通知申請人，并抄送省綠辦。得到申請人确認後，5個工作日内派檢查員再次進行現場檢查。
5、審核結論為“材料不完整或需要補充說明”的，中心認證處向申請人發送《綠色食品認證審核通知單》，同時抄送省綠辦。申請人需在20個工作日内将補充材料報送中心認證處，并抄送省綠辦。
6、審核結論為“合格”或“不合格”的，中心認證處将認證材料、認證審核意見報送綠色食品評審委員會。
認證評審
1、綠色食品評審委員會自收到認證材料、認證處審核意見後10個工作日内進行全面評審，并做出認證終審結論。
2、認證終審結論分為兩種情況：
（1）認證合格
（2）認證不合格
3、結論為“認證合格”，執行第8條。
4、結論為“認證不合格”，評審委員會秘書處在做出終審結論2個工作日内，将《認證結論通知單》發送申請人，并抄送省綠辦。
頒證
1、中心在5個工作日内将辦證的有關文件寄送“認證合格”申請人，并抄送省綠辦。申請人在60個工作日内與中心簽定《綠色食品标志商标使用許可合同》。
2、中心主任簽發證書。
