機構組成
港交所（Hong Kong Exchanges and Clearing Limited）是唯一經營香港股市的機構，在未得财政司司長同意下，任何個人或機構不得持有香港交易所超過5%的股份。2006年9月11日，香港交易所成為恒生指數成份股。1999年，香港特區财政司提出對香港證券及期貨市場進行全面改革，以提高香港的競争力和迎接市場全球化所帶來的挑戰。
根據改革方案，香港聯合交易所有限公司（聯交所）與香港期貨交易所有限公司（期交所）實行股份化并與香港中央結算有限公司（香港結算）合并，由單一控股公司香港交易所擁有。三家公司于2000年3月6日完成合并，2000年6月27日，香港交易所以介紹形式在聯交所上市。
交易大堂
2005年7月，香港交易所為使用接近20年，位于交易廣場的交易大堂進行翻新，減少交易櫃位，并增設多功能場地、展覽館及圖書館等設施。裝修完成後的新交易大堂在2006年1月16日重新使用，并由财政司司長唐英年主持啟用儀式。交易大堂的展覽館則在2006年4月26日由特區行政長官曾蔭權主持揭幕儀式。
交易大堂在2006年完成翻新後，設有294張交易台，交易場地面積為12200平方呎，設有傳媒采訪區及新聞直播室，交易大堂中央的電子顯示屏幕則改用全彩色顯示屏，以圓筒形設計。另增設交易所展覽館，占地13800平方呎，對外開放，向公衆介紹交易所的曆史及發展，成人入場費20港元。
交易系統
香港交易所的所有交易以電腦進行，第一代的自動對盤及成交系統于1993年11月啟用，至1996年1月，第二代自動對盤及成交系統啟用，系統讓證券行的終端機連接，令交易不再局限于交易大堂内。第三代自動對盤及成交系統（AMS/3）于2000年啟用，證券經紀可以透過開放式的連接器，将買賣盤直接輸入中央處理系統進行交易，使交易更快捷，亦提高了交易所可處理的交易量。
香港交易所随着證券市場規模的擴大和交易所未來國際化發展的需要，香港交易所于2000年10月推出了第叁代自動對盤及成交系統（AMS/3）。AMS/3将投資者、交易所參與者、其他參與者及中央市場連接起來，使交易過程變得更有效率。
衍生市場
香港期貨交易所有限公司于1976年成立，是亞太區内主要的衍生産品交易所。期交所提供一個高效率且多元化的市場，讓投資者可透過逾130家交易所參與者（許多為國際金融機構的聯系機構）買賣期貨及期權合約。
香港交易所旗下的衍生産品市場為各類期貨及期權産品提供交易的市場，這些衍生産品包括股票指數、股票及利率期貨及期權産品。香港交易所及其附屬公司香港期貨結算有限公司及香港聯合交易所期權結算所有限公司實施一套嚴謹的風險管理制度，讓交易所參與者及其客戶能在一個高流通量和監管完善的市場，進行投資和對沖活動。
治理結構
港府增持股份
2007年9月7日，香港特區政府以平均價$155.4港元增持香港交易所股份，令其持股量增至5.88%，财政司司長曾俊華表示，港府增持香港交易所，顯示對香港交易所的支持，有助香港鞏固國際金融中心的地位。受消息刺激，香港交易所當日急升$10港元，收市報158港元，2007年9月10日更暴升$32.1港元，收市報190.1港元，自港股入市起，香港交易所最高上升至268.6元的水平，升幅接近70%，市盈率超過100倍，當時是全球市值最高的證券交易所，也是全球最高市盈率的證券交易所。
然而，香港交易所獨立董事大衛·韋伯（David Webb）強烈反對政府增持香港交易所，認為這種幹預市場的行為有違自由市場原則和積極不幹預原則。
董事會
香港交易所董事會成員包括不多于6名由财政司司長委任的董事，不多于6名由股東選出的董事、及行政總裁。
機構職能
股票交收
香港中央結算有限公司于1989年注冊成立，其中央結算及交收系統于1992年投入服務，成為所有結算系統參與者的中央交收對手。
中央結算的運作是建基于存放于中央存管處的非流動化股票來進行。股份交收則以持續淨額交收的方式，透過中央結算及交收系統參與者的股分戶口進行電子存賬或扣賬完成。所有中央結算系統參與者之間的股份交易均需要于成交後第二個交易日（T+2）進行交收。香港結算同時提供代理人服務。
結算交收
香港交易所内多種産品的結算及交收程式，分别由香港結算所、期權結算公司及期貨結算公司這叁個結算所辦理。其中，香港結算所負責在聯交所主闆及創業闆進行交易的符合資格證券的結算及交收。
持續淨額交收系統
香港結算實行持續淨額交收制度。在持續淨額交收制度下，每一名中央結算系統參與者向其他中央結算系統參與者買入或賣出某一隻證券，均會按滾動相抵銷剩下的淨買或淨賣股份作為交收标準。交易所參與者通過自動對盤系統配對或申報的交易，必須于每個交易日（T日）後第二個交易日下午3時45分前與中央結算系統完成交收，一般稱為“T+2”日交收制度（即交易/買賣日加兩個交易日交收）。
