發展曆史
學院（College、Institute或Academy）一詞最早出現在1180年的巴黎大學，稱為18人學院，是為當時18名來自法國以外的貧困學生免費提供食宿的場所。後來，由于來自國外的學生不斷增加，巴黎大學的學院數也随之擴大。
13世紀以後，随着大學間國際交流的頻繁，不僅在巴黎大學，歐洲其他一些著名的大學也相繼建立了學院，而且随着大學規模的擴大，同一所大學中，來自同一地區或學習同一學科的學生或學者聚集在一起，形成了不同的學院。
中世紀後期，學院不再僅僅為貧窮學生提供食宿，它逐漸成為屬于同一學科師生共同生活和學習的場所，學院逐漸發展成自治或半自治的學術團體，在英國和德國等國，學院或系是構成大學的最基本的教學和行政單位。
在中國，20世紀50年代開始的我國高等學校管理體制，學習前蘇聯的大學行政管理模式，在專業面狹窄的教學型大學的計劃背景下形成的校、系、教研室三級管理模式。在當時的曆史條件下，為國家培養了大批高級專門人才。但随着社會和經濟發展，舊的管理模式已明顯不适應現代高校的發展要求。大學開始試行以二級學院為運作組織，實行校、院兩級管理模式的學院制，向學院放權，使學院成為能夠自我發展的擁有相對獨立和相應自主權的辦學組織。
目前，各個高校設立二級學院的做法不盡相同，但大體依學科門類而定：如文學院、法學院、理學院、醫學院、商學院、信息學院等等。有的是由原來的系經過發展壯大而成；有的是依據學校内相近相關學科整合而成；有的是幾所學校合并後依不同學科門類整合而成；也有的是根據社會發展所需要的新學科門類而設立的二級學院。
區别區分
外部區别
二級學院和系科有三個方面的區别。
級别不同
大學中設置的系科，一般情況下級别低于學院，由一個或幾個性質相近的專業組成，由兩至三個系組成一個學院。大學内也有規模較大與學院平級的直屬系。
大學中設置的二級學院，與系科一樣是大學内設單位，包含多個相近的學科專業或學系，擁有相對獨立的文化特征和管理權責。
規模不同
在規模上，學院總體來說大于系科（從專業設置數量、學院師生人數，到設備設施和建築占地面積上）。學系達到一定規模才可以從系科升級為二級學院。
上世紀80年代以來，一批規模較大、辦學水平較高的教學科研型或研究型大學，紛紛由學系改組成為學院，升級的基本條件之一就是學院規模（如招生規模、教師數量和比例、實驗室硬件設施、有碩士學科點、國家實驗室、畢業生的論文水平和存檔情況等），達到一定規模才可以從系科升級為二級學院。
功能及承擔的任務不同
大學的系科主要承擔組織教學和人才培養，具體科研項目及實驗室建設等任務。
當系升級為二級學院後，以學院為主體，其所具有的功能和承擔的任務都有了更大的外延。擴展到高層次人才培養、學科建設、科學研究及科技開發等領域，并因涵蓋領域的擴大，不斷形成交叉學科、邊緣學科、新興學科，通過創新學科，促進社會和經濟發展。
進一步的，學院的社會服務功能日益顯著，實現社會化辦學，加速高科技應用型人才的培養和科研成果向生産力轉化。
比較綜述
通過以上比較可以看出，系科具有專業性、學科性等特點，以人才培養為主，小而精專的建設模式；學院則具有實體性、發展性、特色性和包容性等特點，有自身的學院文化，助力學科建設、科學研究及社會經濟建設。
内部區别
二級學院有兩種不同類型。
一種是指普通高等學校的二級教學單位，其不具備獨立招生資格和學曆文憑頒發資格。
一種是指普通高等學校舉辦的本科層次的獨立二級學院，即獨立學院，其招收的學生的畢業文憑上要以獨立學院的名稱具印。
獨立二級學院是指引進社會資金，由本科院校成立或幫助成立的獨立核算、具有獨立法人資格、獨立校園校舍，進行獨立教學管理并實施學曆教育的學校，原則上為本科。通過普通招生，适當降低錄取分數線，同時提高收費标準。
獨立二級學院由公辦大學設立，但以民辦機制進行運作和管理，依附于公辦大學，又不完全等同于大學裡的院系部。在收費上，獨立二級學院按照國家有關民辦高校政策制定收取，一般比本部高校學生高。
獨立二級學院屬性不一，分為“國有民辦”和“合資合作辦學”。其中“國有民辦”獨立二級學院，依附公辦普通高校，影響相對較大，開辦之初，依托公辦重點院校的學科專業、師資隊伍、教學實驗設施和教學環境。依附于公辦大學但不等同于大學中其他下屬成分，大學下設的院、系、部，是學校的有機單元，歸大學統一管理。而獨立二級學院雖由公辦大學設立，但以民辦機制進行運作和管理，其經營管理模式介于公立大學和民辦大學之間，有别于大學下設的學院。
随着改革的深化和完善，教育部對獨立二級學院屬性和管理有了更具體的規定。2003年4月，國家教育部發布《關于規範并加強普通高校以新的機制和模式試辦獨立學院管理的若幹意見》。規定獨立二級學院，一要一律采用民辦機制；二要按照新的模式辦學，強調“獨立學院”應具有獨立的校園和基本辦學設施，實施相對獨立的教學組織和管理，獨立進行招生，獨立頒發學曆證書，獨立進行财務核算，具有獨立法人資格；三要實行新的管理體制；随後教育部又出台了獨立學院必須落實“獨立頒發學曆證書”的規定，明确2003年獨立學院招收新生一律以獨立學院名義頒發學曆證書，同時要求獨立二級學院積極采取措施，貫徹落實“獨立校園”的要求。即與母體“不分彼此”的“獨立二級院校”不被允許繼續開辦，2003年後，招收的學生，畢業文憑上要以獨立學院的名稱具印。
