特性
(1)在一定濃度時，凝膠透明，有彈性，機械性能好；
(2)化學性能穩定，與被分離物不起化學反應，在很多溶劑中不溶；
(3)對pH和溫度變化較穩定；
(4)幾乎無吸附和電滲作用，隻要Acr純度高，操作條件一緻，則樣品分離重複性好；
(5)樣品不易擴散，且用量少，其靈敏度可達10-6ug；
(6)凝膠孔徑可調節，根據被分離物的分子量選擇合适的濃度，通過改變單體及交聯劑的濃度調節凝膠的孔徑；
(7)分辨率高，尤其在不連續凝膠電泳中，集濃縮、分子篩和電荷效應為一體。因而較醋酸纖維薄膜電泳、瓊脂糖電泳等有更高的分辨率。
實驗步驟
1．樣品的濃縮效應
以往不連續電泳系統中，含有上、下槽緩沖液(Tris—Gly，pH8.3)、濃縮膠緩沖液(Tris—HCl，pH6.8)、分離膠緩沖液(Tri s—HCl，pH8.8)，兩種凝膠的濃度(即孔徑)也不相同。在這種條件下，緩沖系統中的HCl幾乎全部解離成Cl一，兩槽中的Gly(pI一6.0，pKa=9.7)隻有很少部分解離成Gly的負離子，而酸性蛋白質也可解離出負離子。
這些離子存電泳時都向正極移動。Cl一速度最快(先導離子)，其次為蛋白質，Gly負離子最慢(尾随離子)。離子Cl一很快超過蛋白離子，因此存其後面形成一個電導較低、電位梯度較陡的區域，該區電化梯度最高，這是在電泳過程中形成的電化梯度的不連續性，導緻蛋白質和G1y離子加快移動，結果使蛋白質在進入分離膠之前，快、慢離子之間濃縮成一薄層，有利于提高電泳的分辨率。
2．分子篩效應
蛋白質離子進入分離膠後，條件有很大變化。由于其pH升高(電泳進行時常超過9．0)，使Gly解離成負離子的效應增加；同時因凝膠的濃度升高，蛋白質的泳動受到影響，遷移率急劇下降。此兩項變化，使Gly的移動超過蛋白質，上述的高電壓梯度不複存在，蛋白質便在一個較均一的pH和電壓梯度環境中，按其分子的大小移動。分離膠的孔徑有一定的大小，對不同相對分子質量的蛋白質來說，通過時受到的阻滞程度不同，即使淨電荷相等的顆粒，也會由于這種分子篩的效應，把不同大小的蛋白質相百分開。
注意事項
1．SDS與蛋白質的結合按質量成比例(即：1.4gSDS/g蛋白質)，蛋白質含量不可以超标，否則SDS結合量不足。
2．用SDS聚丙烯酰胺凝膠電泳法測定蛋白質相對分子量時，必須同時作标準曲線。不能利用這次的标準曲線作為下次用。并且sDs—PAGE測定分子量有10%誤差，不可完全信任。
3．有些蛋白質由亞基(如血紅蛋白)或兩條以上肽鍊(Q一胰凝乳蛋白酶)組成的，它們在巯基乙醇和SDS的作用下解離成亞基或多條單肽鍊。因此，對于這一類蛋白質，SDS一聚内烯酰胺凝膠電泳法測定的隻是它們的相對分子量。
4．有的蛋白質(如：電荷異常或結構異常的蛋白質；帶有較大輔基的蛋白質)不能采用該法測相對分子量。
5．如果該電泳中出現拖尾、染色帶的背景不清晰等現象，可能是SDS不純引起。
