人物生平累立戰功
清道光二十七年（1847年），馬新贻考中進士，安徽省即用知縣，先後任職于建平、合肥，以勤政著稱。
鹹豐三年（1853年），太平軍進攻安徽，淮河南北群盜并起，任合肥知縣的馬新贻常常操練軍隊，以備抗敵。
鹹豐五年（1855年），跟随欽差大臣袁甲三率兵進攻占據廬州巢湖的太平軍，馬新贻率兵擊敗了來援的太平軍，又接連攻破了占領盛家橋、三河鎮、柘臯的太平軍，接着又攻克了廬州。由于平定太平軍有功，升廬州知府，賜花翎。
鹹豐七年（1857年），撚軍和太平軍合力攻陷了桃鎮，并分兵襲擾上、下派河，馬新贻在舒城将敵人擊敗，因功被吏部記名以道員任用。
兵敗革職
鹹豐八年（1858年），馬新贻升任按察使。不久，太平軍陳玉成率軍進攻廬州，馬新贻率領團練鄉勇迎戰，太平軍從偏僻的小道攻破廬州，馬新贻的軍隊潰敗，官印也丢失了，因而被朝廷革職留任。
鹹豐九年（1859年），馬新贻母親去世，他回家奔喪丁憂後，巡撫翁同書上奏朝廷請示讓馬新贻繼續署理按察使事務。
鹹豐十年（1860年），欽差大臣袁甲三保舉馬新贻複官。
一路升遷
鹹豐十一年（1861年），翁同書上奏朝廷薦舉馬新贻，朝廷任命其為候補道員。同年，因父親去世，馬新贻回家奔喪丁憂，丁憂結束後袁甲三上奏朝廷請示讓馬新贻赴大營辦理軍務。
同治元年（1862年），馬新贻跟随袁甲三攻克廬州，并在壽州吳山廟擊敗太平軍，因功加按察使銜，署理布政使。不久，苗沛霖反叛，馬新贻跟随巡撫唐訓方守蒙城，屢次擊破苗沛霖叛軍的進攻。
同治二年（1863年），馬新贻因功升任安徽按察使，不久又升任布政使。
政績卓著
同治三年（1864年），馬新贻升任浙江巡撫，當時浙江剛剛收複，民衆的困苦尚未解除，馬新贻到任即上書朝廷免除百姓未交的賦稅。
同治四年（1865年），馬新贻又上書朝廷減少杭、嘉、湖、金、衢、嚴、處七府額外征收的稅米，又請求廢除漕運上諸多的苛捐雜稅，朝廷同意了他的請求，并立石碑記載下來永遠禁止再征收。馬新贻還主持修築了海甯石塘、紹興東塘，并疏通了三江口。岐海是盜賊的老巢，馬新贻派兵清繳，生擒其頭目。馬新贻厚待讀書人，恢複各府書院，對于修習課業的讀書人，他都視若子弟，優秀者還會用錢财進行獎勵。嚴州、紹興發生水災，馬新贻在審核查實後免除租稅，救濟饑貧。台州民風彪悍，經常發生聚衆鬥毆，馬新贻上書說：“地方官害怕受到處分，所以瞻前顧後，想要将事情悄然平息，請下令以後有隐匿不報的加以彈劾和處分；要隻是疏于督察的，則可以寬恕，但仍然要對鬧事的民衆進行逮捕治罪”，皇帝看後将此事交給相關部門拟議施行。當時象山、甯海有一處禁界地叫南田，方圓數百裡，環海土寇邱财青等藏身其中多年而未被抓捕，馬新贻的建議施行後，當地官府派遣官兵對邱财青等人進行了抓捕，将其繩之以法，南田由此安定下來。黃岩總兵剛安泰出海捕捉海盜，被海盜殺害，其副将張其光等擊殺海盜五十餘人。朝廷以馬新贻未能預防為由，對其進行了處分。嘉興、湖州北與蘇州交界處，都是水鄉，太平軍作亂時，當地百姓将槍安置在船上，稱之為“槍船”，時間久了開始聚衆賭博進行劫掠，成為民害。馬新贻會同江蘇巡撫郭柏蔭督兵擒獲其首領及數十個兇悍之徒斬首，槍船之害才被清除掉。不久升任閩浙總督。
同治七年（1868年）八月，馬新贻調任兩江總督，兼通商大臣。馬新贻上任後即上奏疏說：“我治下的兵馬都很虛弱，不足以保境安民。請準許我在各營則選營兵二千五百人屯戍江甯，親自加以訓練。”在朝廷同意後，馬新贻将選出的二千五百人編為五營，令總兵劉啟發率領搜查捉拿犯法者，犯法者由此而減少。宿遷設立了水、旱兩處稅關，淮關則在蔣壩設立分關，這侵擾了過往的商人。馬新贻上奏疏說：“蔣壩為安徽鳳陽關轄境，淮關遠隔洪澤湖，都不應設為子口。應該讓淮關監督申明舊例，嚴禁勒索。宿遷旱關并非舊例，征繳的稅款也很少，請将其裁撤，隻由水關收稅。”朝廷同意了他的請求。匪徒高歸等人在山東、江蘇交界處侵占村寨，進行劫掠，馬新贻将其捕捉後處死。
安慶教案
同治八年八月（1869年9月），安慶府院考試場附近出現約期拆毀教堂的揭帖。九月三十日（1869年11月3日），曾因低價強買民房改建教堂而為安慶民衆所痛恨的英國教士密道生、衛養生，公然到府衙要求查辦散發揭帖者，群衆和文武考生憤起攔阻，并搗毀了英、法教士住所。密道生、衛養生避入府衙呼救，法國教士韓石貞連夜乘船逃走，安慶教案發生。
“安慶教案”發生後，法國政府指示駐華公使羅淑亞，要武力保護天主教。羅淑亞在上海命令莫代海軍司令調集“維納斯”号、“迪普萊克斯”号、“科特洛貢”号、“蠍子”号、“阿斯皮克”号、“火焰”号軍艦，組成遠征隊沿長江西進雲集南京下關。面對危急情勢，兩江總督馬新贻知道“排教”事端嚴重，作為緩兵之策，他主動提出給羅淑亞和海軍軍官們提供一所豪華賓館作為招待所。可是羅淑亞拒絕了，表示甯願住在南京天主教聖母堂主教的住所。當晚，羅淑亞與法國的海軍上将、法國總領事在士兵們的保護下去拜訪了馬新贻。稍後雙方正式會談，法方提出，為賠償安慶傳教士所受損失。要求清政府在城内撥給一塊大面積的無主土地。并依法懲辦禍首，至于對教徒迫害的兇手更要按法懲辦，以命抵命。
清政府要求馬新贻、英翰兩人快速結案。最終，兩人和英法方面簽署了《南京協定》，并答應了羅淑亞的全部要求；法方立刻派一位神甫去安慶接收賠償的土地；馬新贻又派了一位代表去建德查辦作案的罪犯，并監督執行。馬新贻還在江南各府各縣張貼告示，承認英法傳教士們“有權在各省租買田地建造自便”，嚴斥安慶、建德的鬧事者，聲明如有人膽敢重犯，“定即按律嚴懲不貸”。
遇刺身亡
同治九年（1870年）七月二十六日，馬新贻去官署西側箭道校閱士兵操練射箭，結束後步行回官署。剛走到門口，有一個叫張汶祥的人從旁邊突然沖出來，僞裝成想要告狀的樣子，近身後突然抽出刀來刺向馬新贻，刺中了馬新贻腋下，次日，馬新贻因傷重不治身亡。護督将軍魁玉将此事上報朝廷，朝廷驚愕悲悼，賜恤，贈太子太保，給與騎都尉兼雲騎尉世職，谥端愍。朝廷命護督将軍魁玉嚴審張汶祥，張汶祥的供詞反複變更。給事中王書瑞奏請要查清楚主使者，朝廷命漕運總督張之萬會審。魁玉與張之萬最後以供詞上奏，大意是：“張汶祥曾經是太平軍，後來又暗通海盜，馬新贻任浙江巡撫時，捕殺南田海盜，張汶祥的同黨大多被殺，妻子為人擄掠。馬新贻到甯波閱兵時，張汶祥遞呈控拆但沒有被受理，因此而懷恨在心，并沒有人指使他，請以大逆定罪。”朝廷又派刑部尚書鄭敦謹會同新任兩江總督曾國藩複審，以張汶祥暗通海盜圖謀報複定案，張汶祥被淩遲處死，并殺其子。
主要影響政治成就
“東南三大政，曰漕，曰鹽，曰河”。(德慶《序》)。漕運、鹽政和河工是江、浙兩省行政事務中的重中之重，核心所在。
減漕運動
鹹同之際，清廷内憂外患，統治遇到巨大危機。與軍事活動相配合，清廷也着手推行政治攻勢，大力施行收買人心的舉動。其中最重要的舉措就是減賦運動。減賦運動曾廣泛開展于諸多省份，雖時間不盡相同，但主要集中于核定地丁漕糧、裁革部分浮收。n鹹豐七年（1857年），湖北興辦減漕之後，戶部即欲浙江照辦，但遭反對，有人指出：“浙江情形不同，尚須從輕。江浙州縣痼疾太深，亦恐非目今長官所能钤制。”
表示隻有由鐵腕人物出面，浙江減漕才有成功的希望，“非欲遲也，蓋有待也”(卷三《撫鄂公牍一》,《緻錢萍矼樞密》)。同治二年（1863年），福建道監察禦史丁壽昌奏稱，浙江應乘機減賦，并建議各州縣按應征漕米舊額永減1/3(同治二年四月二十三日，福建道監禦史丁壽昌折)。六月初三日，清廷發布上谕，着閩浙總督左宗棠通饬杭嘉湖三屬，“将實在征漕稅則詳細确查，各按重輕分成量減。”(同治二年六月初三日)由于軍事需要，左宗棠随即赴閩剿匪，減賦事宜由剛剛接任的巡撫馬新贻承擔。
同治四年三月二十二日，馬新贻奏稱：“浙西三府為财賦之區，賊之蹂躏亦深，數年之間，窮鄉僻壤，搜括無遺，昔之繁盛村落，今則一片荒郊。”(同治四年三月二十二日，浙江巡撫馬新贻折)他首先對當年三府應征緩征免征錢糧進行分别請示。閏五月，他又會同左宗棠陳奏浙漕應征分數，即按8/30的比例，将浙江各屬漕糧全部額減。共計浙省額征漕白米1147300餘石，除南匠正耗133863石、白糧舂辦米13039石不減外，應減米266765石，分别按等核減。
清廷完全同意馬新贻的意見，谕令立即将減漕之事“刊刻謄黃，遍行曉谕”(同治四年五月十一日)，浙江減賦運動遂告一段落。
減定浮收
早在太平天國起義之前，浙江就有很嚴重的浮收問題。馬新贻于減漕之外，又乘機主張裁減漕糧浮收。他所主持的浙江減定浮收章程，歸納起來可以分為三點：
一、正額照常征解，惟杭嘉湖漕米額征數依谕旨酌減。
二、一切陋規概行禁革，對浮收加以裁減，僅酌留平餘為辦公費。
三、嚴禁大小戶之分。這些規章均能與裁減浮收相輔而行，故都獲得了良好的結果。(卷一,《核減杭湖二屬浮收錢糧數目折》，同治四年四月十二日)。四年九月，馬新贻與藩司蔣益沣、糧道薛時雨等人，訪查各州縣征收漕南舊規，除酌留耗餘以為辦公之費，其餘悉改新章，其中以裁革海運津貼所省最多。
通過核算，杭州府可減浮收64653石，嘉興府可減285387石，湖州可減136866石，合計減浮收米486906石。另外，漕南統征分解，米款向以征剩漕米歸南，“多系疲玩，小戶曆來折錢完納，今一并核減”，三府南米，共計減浮收錢247千餘串。(同治四年九月二十八日，浙江巡撫馬新贻折)
兩淮鹽法
經陶澍和陸建瀛先後推行票法，清代的兩淮鹽法改綱鹽為票鹽，鹽制為之一變。自同治三年起，兩江總督曾國藩整頓兩淮鹽法，聚多數散商為少數整商，票法為之一變；經後任者李鴻章之改行循環票法于淮南，票法制度再變。
七年九月，馬新贻被任命為兩江總督，兼管兩淮鹽政。自馬新贻接手兩淮鹽政以來，他随即着手進行了一些調整。七年年末，他即因場商疲乏，令運商預繳五成鹽價。關于預付鹽價一事，馬新贻稱，鹽價本運販應付之項，如垣商資本不充裕，多付一成之價，即可多收一成之鹽，“實至公不刊之論”。每年湘鄂西岸及食鹽各岸，尚可運三十四、五萬引，通泰二十場産數不過四十三、四萬引，産數之多于銷數者，計隻八、九萬引，合八折上下。
如各場各垣皆有八折可銷，則所占擱者僅止二成，“豈場商絕無資本，不應稍有餘鹽存堆耶”！究其原因，無非是可以搶售甲年之鹽，而售及乙年之鹽，以緻苦難得售者，乙年猶未售甲年之鹽，“不公不平，莫此為甚”。所以，非查計額産，派給重照不可。故須确查各場總鹽數，分十二個月，按月劃給。如遇暢銷，則提給一月，如遇滞銷，則緩給一月，此外不得絲毫通融。惟本年入夏以來，場鹽日跌一日，運商幾以意外之赢，為固有之利，“一旦令歸繩墨，遵章繳價，必不遂其私願”。故惟有嚴定扣繳之法，使場商無可脫空。
當然，馬新贻亦表示，無論如何，不能占擱商人的資本太多，鄂、湘、西、皖各岸，均應自領咨之月起，以半年為限，由總局确查花名引數，及領咨月分，凡已逾半年限期之商，即令照章預繳鹽價3兩。未到半年限期之商，谕令到限即繳，違者将引扣除。如此量予區别，可場、運兩便。
同治八年正月，正陽督銷局知府王治覃稱，因商販有謂公行不便者，遂令各歸各行買賣，但由公行成交立票，委員監盤。公行為杜弊恤商而設，乃行之積久，商販不以為便，應請即行停撤，“免為行戶假托、商販借口”，故申請将正陽關公行裁撤，這一建立立即得到馬新贻的批允。
寓票于綱的做法，也必然會帶來一些新的問題。同治八年三月，兩淮鹽運司方濬頤稱，鄂、湘、西、皖四岸，運商循環額引，經過曾國藩與李鴻章的先定改定，“意美法良，誠為至當”，乃辦理未久，各商販紛紛禀請更名，大都先系全本，繼思分夥，亦有始用夥名請運，後複改歸本商本名者。此種情形，更名之後，原足以昭核實，但其中亦有不知顧忌，以票牟利，旋買旋賣，更而又更，“緻有循環之名，轉失循環之實”。
前經核議，必須實非賣票、情理可原者，準于開綱時取保更名，于冊内注明，第二次環運不準複請更易。而且，當時李鴻章還特别強調，凡更名之商，隻準于開綱一月之内上報備案，遲則一概不準。嗣後雖初定循環之時，各商販或糾資合運，或合夥出名，其更名之事，均屬情有可原。鄂岸已環運1次，湘岸、皖岸各已環運2次，西岸更是已環運3次，其中應行更改名商曆數次環運，自必早經分晰清楚，“乃各商仍請更名不已，難保無賣票頂替情事”。
考慮到環運章程，原欲“收散漫而歸于齊整，由票法而漸複綱規”。似此每綱必更直以引票為射利之具，因而借票争控之案層見疊出，“轉為商累”。鄂、西、皖三岸，業經先後禀請開綱，而赴局禀更存記之商已不下數十戶。若不重申禁令，明定章程，将更而又更，伊于胡底！所以他向馬新贻建議，要将更名之案永遠停止。
當然，各岸運商不皆盡在揚城，若遽令停止更名，似嫌太驟，應分别辦理，以昭公允。故除鄂、西、皖三岸新綱環引已據各商呈請更名，由局查核詳請外，其餘各商如實有應更原委，仍請照舊限一月内呈明。至三岸下綱環引及湘岸戊辰春秋兩綱，如有應更之商，請限兩個月呈明核辦。這一提議得到馬新贻的批準。
取消驗資之法後，旋因小邏堡堤工需款甚巨，鹽商借機要求獨斷鹽利之權。同治八年九月，據署海分司許寶書稱，淮北票販久營鹽業，自同治三年曾國藩厘定新章後，“元氣稍舒”。但利之所在，趨之若鹜，驗資之法生，結果攜資之人，“率皆外來之戶，僅圖賣号之利”，即如當年之驗資，流弊極大，不特票販借資認利，成本加增，新商得引之後，亦大多擡高引價，“賣号而不辦鹽，甚有攜挾厚赀，專放重利，旬日獲利數千兩者”，此自然系利歸中飽之現象。
淮北鹽商要求按實運花名冊引數，将來年接運正額派分。為此，他們公同籌議，共同捐銀30萬兩，以供小邏堡堤工之需。報效之銀，分為兩批交納，先交現銀一半，另一半則随課完繳。對于此次報效，“不敢仰邀獎勵，惟懇将前奉批準循環轉運章程恩賜，查照現運花名引數”，“準予遞綱循環，免再按綱驗赀”，希望清廷能予以永久特權，以後不再濫招新商。當然，如鹽商有誤運誤課之事，則不在此例，仍可随時補充。
馬新贻同意鹽商的意見，并于九年二月上奏相關事宜：“北鹾收效之捷，全在删除溢引”，鹽無壅積之虞，商獲轉輸之益。惟鹽務向為利薮，銷路一暢，鹽商往往趨之若鹜。近年來每值開綱之進，苦于商多額少，不得不驗明赀本，減折派運。唯此中弊窦，頗難枚指，故自己上任之初，即與年曾國藩面商，停止驗赀之法，就舊綱花名，準其承運新綱，試辦年餘，商情稱便。此次興修運河堤工，各票販踴躍輸捐，尤着成效。故經過讨論，嗣後應責成原運各販，“循環轉運，以清弊源而垂久遠”。
由于馬新贻延續了曾國藩、李鴻章等人在兩淮鹽政改革上的思路，在淮北地區也實行“循環給運”，結果導緻票鹽名稱雖存，實質上已是綱法的複舊，“大利盡歸于商，而司鹾政者反不得操進退盈縮之權，有票者恃循環制度為恒業，借票本問題為根據，以壟斷兩淮鹽利，與綱商之窩本無異，變相複綱，仍蹈專商引岸之複轍，票法精神消息殆盡至此，兩淮方面的鹽政制度已經基本定型，鮮有變化。有學者評論：“自此以後，淮北亦繼淮南而變相複綱，兩淮票法精神于是完全破壞”。
投身河工
同治四年正月十五日元宵節，剛剛赴任浙江巡撫不久的馬新贻，即上疏陳情“水利宜急興修”，指出浙江海塘關系緊要，必須加大力度。同治四年正月十五日)随後，他于正月二十六日離開杭州，帶領督辦塘工之前臬司段光清、杭嘉湖道蘇式敬等沿塘履勘。經調查得知，自李家汛至尖山，150餘裡的地段，石塘缺口不下百餘處，大者二、三百丈，小者亦數十丈，其中，以翁汛最為險要，“潮寬勢猛，潮汐洗刷，片石無存，塘内沙土淤墊，民舍深埋”。
若再不加緊堵築，則更加不可收拾。由于經費有限，又缺乏石料，此段地區隻能先築柴壩。但這裡土性松浮，雖加以柴壩木樁，隻能堵浸潤之水，不能遏沖激之浪。
馬新贻決定在省城設立海塘總局，饬委藩司蔣益沣、運使高卿培籌備工需，與蘇式敬等人認真饬辦：凡石塘之倒塌者，建築柴壩以禦急湍；塘腳漏水、樁木朽爛者，于塘外修築柴埽以保護之；塘後附土低陷殘缺者，亦即填實培厚以免坍卸。整個工程于二月初四日開始興工，制定好相關章程。并由翁家埠設立分局，由段光清、蘇式敬駐工監督。雖然經費奇缺，亦“不敢因經費艱難，稍存漠視”，如實有不敷，“于藩關各庫，酌量籌撥“。他還繪制了海塘缺口圖上陳朝廷。
此後，馬新贻“每月巡視塘工，審官吏之勤惰，察工料之堅窳，栉風沐雨”，所到工地，并不通知屬員，故人幾不知。(同治五年條)五年正月，馬新贻奏稱，修築海塘的難度超出想象，經過自己的多次實地考察，“益知工程關系之重，雇夫儲料之難，未能迅速集事之苦，實有不寒而栗而者”。
本來經費已經不敷，加之太平軍起後，浙江各地人口稀少，所需之木柴砍伐無人，“雖經委員入山設法招募，現采現裝，每月不過二十萬石上下，實不敷用”，每緻減工待料，搶築未能應手。即如所需樁架，原來當地人煙稠密，所需之數百副，一呼即至，則隻能弄到二十餘副。
總之，各種困苦情形，難以一一描述。他稱自己自去年夏秋以來，“輾轉于中，每至午夜彷徨，寝饋俱廢”。為解決缺乏木材的難題，他決定派員赴嚴州山内購買山樹，“調派兵勇前往砍伐，運濟工用”(卷三,《海塘經費支绌現盡力籌辦折》，同治五年正月二十日)。
柴壩僅為權宜之計，難以持久，故萦繞于馬新贻心中的，仍然是想修築石塘。海甯州之繞城石塘，久已壩壞，“貼近城垣數十步外即屬巨浸，正當潮勢頂沖，朝夕震撼”，較之他處更為險急。五年八月十九日，馬新贻親臨該處，周曆目觀，認為修建難以再緩，決定先行在此處開工。九月初九日，馬新贻在海甯州城内設立專辦石塘分局。根據以往的經驗，從前興修海塘石工，以采購塘石為最難。而此處坍毀舊塘，除碎小之石多已陷入沙底外，其大塊塘石未盡陷沒，可以抵用。
故馬新贻決定雇集夫船，分頭打撈，以節經費，如舊石實在不敷，再行設法采辦。石塘、坦水、盤頭、石堵各工，約需銀24萬餘兩，雖然較以前所需價格倍蓰，但“欲求工歸實際，不能不按照時價确估購辦”。整個工程于十月初六日開工，馬新贻又再次到海甯州，率同在工各員，“恭祭潮神”。卷四,《開辦海甯石塘繪呈圖說折》，同治五年十月十一日)
就在馬新贻上陳興辦海甯州石塘之際，他收到了朝廷寄來内閣侍讀學士鐘佩賢的奏折。鐘佩賢稱，海塘關系東南大局，“此項工程非用數年人力、數百萬帑金不足以臻鞏固，若為苟且補苴之計，歲費仍不下數十萬兩，而工之能否無虞，仍不敢必”。(同治五年九月十三日)馬新贻乘機上奏稱，柴壩與石塘相為依附，并與土塘互為表裡。所興辦之石塘工程，即以柴壩作為後盾，層層保護，“未辦石塘，柴壩固難延緩；既辦石塘，柴壩亦難中止”(同治五年條)。
同治六年正月，馬新贻陪同新上任的閩浙總督吳棠巡閱海塘，逐段勘驗工程。兩人從仁和縣李家埠起，沿海甯州尖山繞行至海鹽，察看海塘140餘裡，“于潮汐來時親立塘上，親加察看”。自開工以來，浙江海塘已堵缺口2258丈餘，計築柴壩2957丈餘，又完成埽工、埽坦等4724丈餘。因為在水中作業，一日兩潮，舊有的灌灰漿辦法無法幹透，每多滲脫，故他們用嚴州所産之茑蘿搗浸和灰，參以米法，層層灌砌，複于臨水一面用桐油、麻絨仿照艌船之法，加工艌縫，“此現辦石塘較之曆辦章程，格外講求實在情形也”。
考慮到浙江全境之石塘興辦，所需非用七、八百萬、費十餘年時間不可，他們決定，拟于絲捐及鹽貨各厘局内，每年撥銀80萬兩，并佐以海塘捐輸，專備塘工之需。馬新贻還表示，自己“惟當督饬在工各員，視如家事，各矢慎勤，成功不厭其精，求用款務歸于核實”。
同治六年十二月，海甯繞城石塘即将竣工，馬新贻又奏請續開西防石工。經查，西防石工總計須建複、折修條塊魚鱗各石塘總共約估銀386780餘兩，又有移建盤頭裹頭等項，共計約需銀489000餘兩，其中包括了酌加二成例價，其原因在于，“兵燹後百物昂貴，不得不按照時價确估”。(卷五,《海甯石塘将竣接辦西防石塘勘估折》，同治六年十二月初三日)在這一奏折得到清廷的批準後，西防工程于同治七年正月十八日開工。(卷六,《興辦西防石塘開工日期折》，同治七年正月二十六日)興建是一方面，更重要的恐怕則是善後了。
為此，馬新贻特奏陳中、西兩塘已竣柴壩的善後章程：
一、西中兩塘已竣柴壩仿例保固以專責成。由于工程較大，按完工先後，相關各員負責保修兩年。
二、歲修經費籌撥專款。本次共建成之5574丈餘，仿道光年間辦法，每年撥工用銀65000兩。
三、搶護險工随時勘估趕築。
四、已竣柴埽各工責成廳備加意防護。杭防道每月巡查一次，廳備十日巡防一次。每年每兵循例種柳樹100株，“以期盤根入土而固塘基”。
五、歲修領銀不得扣減。
六、歲修柴木宜早籌備。
七、西防十二堡已竣柴壩盤頭應加抛塊石。
(卷六,《拟護中西兩塘已竣柴壩各工善後章程折》，同治七年正月二十六日)可見他對此問題的考慮是相當周詳的。此後，馬新贻被任命為閩浙總督，後因并未上任即被提升為兩江總督，在離浙交待相關事宜時，他奏稱，海塘除西中兩防柴壩及海甯繞城石塘均已奏報完工外，截至四月止，東防柴壩未辦者尚有900餘丈，西防埽工埽坦未辦者亦有900餘丈，中塘埽工埽坦未辦者1100餘丈，核計原估工段已辦七成以上。(卷六,《交卸撫篆經辦事件分别開單進呈折》，同治七年閏四月初二日)均與原定計劃相符，可見他保質保量地完成了自己的任務。
除了海塘，馬新贻還注意加強對日常河道的維修。湖州之烏程、長興兩縣濱臨太湖，凡洩水入湖之處大多淤塞不通，同治五年九月，馬新贻新臨查勘，饬令湖州府除就地籌捐外，由省局撥費興辦。(卷六,《交卸撫篆經辦事件分别開單進呈折》，同治七年閏四月初二日)五年十一月，馬新贻奏請勘辦紹興閘港疏浚淤沙。(卷四,《勘辦紹興閘港疏浚淤沙并借撥經費折》，同治五年十一月二十八日)六年十一月，馬新贻奏稱，仁和縣屬艮山門至海甯州一帶，河道稱為運鹽河，上接省垣，下達蘇郡，從前河路通暢，商賈流通，聚為一大市鎮。兵興之後，大受打擊。
此段河長七八十裡，分屬于海甯與仁和，河被沙淤，幾與岸平，農商均為不便。該處興修雖然經費較巨，“然既于農田、民食、商賈均有裨益，自應設法開浚”。至河内所起沙土，即以南岸民地堆積，河成之後丈量占地若幹，請免兩年錢糧，兩年後如可栽種桑麻木棉，再行奏聞。
(卷五,《仁和海甯屬運鹽河淤塞借款開浚片》，同治六年十一月初四日)紹興府之東西江塘為山、會、蕭三縣保障，同治四年五月，沖決幾及千丈，其餘坍缺不一。馬新贻舉辦畝捐并墊借錢十萬串，工程于七年二月完竣。經逐段查勘，“尚無草率偷減等弊”。(卷六,《交卸撫篆經辦事件分别開單進呈折》，同治七年閏四月初二日)這些皆可圈可點。
馬新贻調任兩江總督後，即于七年十二月奏稱江南河工情形。他奏稱，江南河務以修築運堤為最要。自淮河改由運河出海後，岸堤日形吃重，加之裁撤南河後，東西兩壩年久失修，再值夏秋之交，險工叠出。在赴任途中，自己即沿途履勘小羅堡等處，發現西堤水勢甚大，難以施工，惟有先将東堤擇要興辦，“總期于今冬明春水涸時趕先修築完竣”(卷七,《酌拟應辦事宜六款折》，同治七年十二月初九日)。可見他仍然以河工水利為急務，保持了自己的一貫作風。
八年六月，運河東西兩堤工竣，馬新贻親往驗收，途中中暑，“咽喉腫痛，甚至飲食不進”(同治六年六月條)。八年，他又乘冬令水涸，奏明由鹽務籌捐，趕修小羅堡西堤工程。又安徽各屬堤岸被水沖決，亦與安徽官員面商籌款興修之法。九年三月，他親赴小羅堡等處河工巡視。據奏稱，他逐行上堤，“逐段錐試，尚屬飽滿”。(卷九,《會勘運河堤壩工程完竣回省片》，同治九年四月二十三日)值得注意的是，馬新贻雖然重視水利，卻絕不好大喜功，不做“形象工程”，不做無用功。
同治八年十一月，針對已經并無多少實際操作可能的修複運河通漕事宜，他明确指出，運河工程浩大，黃河泛濫，“人力難施”。(卷八,《江北冬漕先籌河運折》，同治八年十一月初六日)九年六月，針對翰林院編修蔡則雲等人恢複淮河故道的建議，馬新贻又奏稱，欲挽淮歸故，必先大浚黃河。但這樣一來，非數百萬金不能成功，當此國家多難、饷需支绌之際，勢難籌此巨款。隻能分别緩急，次第興工，期以數年或有成效，“不求速效，但求實際；不求利多，但求患減；為得寸得尺之計，收循序漸進之功”，明确反對盲目亂上項目。(卷九,《籌浚淮水故道折》，同治九年六月初七日)n
受理安慶教案
同治八年，1869年11月3日，安慶教案發生。在湖南反教揭貼的影響下，1869年10月，安慶府院考試場附近出現約期拆毀教堂的揭帖。11月3日，曾因低價強買民房改建教堂而為安慶民衆所痛恨的英國教士密道生、衛養生，公然到府衙要求查辦散發揭帖者，群衆和文武考生憤起攔阻，并搗毀了英、法教士住所。密道生、衛養生避入府衙呼救，法國教士韓石貞連夜乘船逃走。此即“安慶教案”。
“安慶教案”
發生後，法國政府指示駐華公使羅淑亞，教會是法國在華勢力的最好支持，要武力保護天主教。羅淑亞在上海命令莫代海軍司令調集“維納斯”号、“迪普萊克斯”号、“科特洛貢”号、“蠍子”号、“阿斯皮克”号、“火焰”号軍艦，組成遠征隊沿長江西進。同年12月24日，法蘭西的軍艦雲集南京下關。面對如此危急情勢，兩江總督馬新贻知道“排教”事端嚴重，作為緩兵之策，他主動提出給羅淑亞和海軍軍官們提供一所豪華賓館作為招待所。
可是羅淑亞拒絕了，表示甯願住在南京天主教聖母堂主教的住所。12月24日晚上，法國公使羅淑亞與法國的海軍上将、法國總領事在士兵們的保護下去拜訪了兩江總督馬新贻。25日是聖誕節，馬新贻由盛大的儀仗隊陪同。去聖母堂答訪。26日雙方正式會談，法方提出，為賠償安慶傳教士所受損失。要求清政府在城内撥給一塊大面積的無主土地。并依法懲辦禍首，至于對教徒迫害的兇手更要按法懲辦，以命抵命。
清政府向總理衙門發去谕告，要求“無論如何變通，總期拿獲滋事之人，賠償所失之物，以便迅速了結，免緻彼國借此要挾，叢生枝節”，同時也要求馬新贻、英翰兩人快速結案。最終，兩人和英法方面簽署了《南京協定》，内容主要有：n賠償英國内地會1735銀元，賠償法國耶稣會4000銀元。
将肇事者逮捕審問刑罰。
出告示嚴禁反教活動。
12月29日，馬新贻、英翰簽字答應了羅淑亞的全部要求；法方立刻派一位神甫去安慶接收賠償的土地；馬新贻又派了一位代表去建德查辦作案的罪犯，并監督執行。馬新贻還在江南各府各縣張貼告示，承認英法傳教士們“有權在各省租買田地建造自便”，嚴斥安慶、建德的鬧事者，聲明如有人膽敢重犯，“定即按律嚴懲不貸”。
史料索引
《清史稿·列傳二百十三》
人物争議
遇刺之謎
馬新贻遇刺案是“清末四大奇案”之一，雖然兇手張汶祥被淩遲處死，但是關于其作案動機卻曆來存在争議。
（一）張汶祥挾嫌報複
官方說法以“挾嫌報複”為動機，指出張汶祥與馬新贻結恨”的原因有三，一是馬新贻在浙撫任内剿滅南田海盜，殺了不少張汶祥的同黨；二是張汶祥因妻子為吳炳燮所占，曾向馬新贻攔輿喊控，而馬新贻未準審理；三是張汶祥本賴“小押”（盤剝重利的私設典押鋪）為生，而馬新贻出示禁止，使他生活無以為繼。有此三恨，故在海盜龍啟沄等人“誇張汶祥素講朋友義氣，可以為衆人報仇，并可洩自己忿恨”的激誘下，遂決意行刺。這份供詞漏洞百出，卻是官方認可的定谳（今存于台北故宮博物院）。
以“挾嫌報複”為動機，平心而論，未為不合理，但就張汶祥而言，就未免過于不近人情。蓋張汶祥于同治四年（1865年）固然曾入海賊，但當時行動未遇貨船，龍啟沄等轉而投入南田盜夥，而他則徑返甯波，未必與海賊有何深交；而馬新贻禁斷非法小押，使其“絕了生機，心中恨極”，是固難免，但此不比不共截天之仇，很難作為其支撐多年籌劃、志決一快的理由；至于馬新贻不準其呈詞控聞之事，此為官府常見之事，更無由因此而将占妻之恨遷怒于馬新贻之理。尋常枝節，是否足以引發出此一驚人的刺殺案，正不無可疑。故官府言之鑿鑿，非但馬氏親友不信，後人更疑心此案必定中有隐情。
（二）馬新贻漁色負友
刺馬案發生後未久，民間即傳言紛起，多有謂馬新贻“漁色負友”，因而引發殺身之禍的。傳聞内容大緻如下：張汶祥原為撚軍，但久懷投誠之志。馬新贻于廬州任内負責剿撚，兵敗遭擒。張汶祥居中牽線，引曹二虎、石錦标與馬新贻共議，結為兄弟，縱放馬新贻，約同生死富貴。其後馬新贻設法将三人及部屬收編，成立“山字營”。二虎有妻豔美，馬新贻與之私通，并誣殺二虎。張汶祥激憤不已，遂決意為友報仇。
此說不載供狀，但流傳甚廣，當時安徽學政殷兆镛出題課士子，更居然以此命題，先後出了“若刺褐夫”、“傷人乎”的題目，語含譏諷，可知馬新贻一案事出有因，絕非官方說法所能隐瞞。有的傳說為了證成此事，更說馬新贻身故後，“府中後房有妾自盡而死，不用棺材收殓，而是秘密埋葬于後園中”。自此，馬新贻的“漁色負友”之說幾成公論，而張汶祥的行刺動機亦不言而喻了。此說信實與否，頗難判斷。但時人已有為此抱不平者，如周壽昌詩前半雲：“人事百年真始出，誰知定論死猶無，重臣已被元衡禍，謗語幾罹永叔誣。”以歐陽修之被誣指與外甥女有染為譬，為馬新贻辯護。
（三）馬新贻通回賣國
馬新贻先世為回族，這使得“刺馬案”憑空多了一重有關國族的想象空間。清朝同治以來，西北回族亂事不斷，先後有馬化龍、白彥虎、阿古柏等稱兵作亂。無論漢、回人民，殺戮死傷甚慘，可說是對“同治中興”的一大諷刺，馬新贻以回族人而跻身封疆大吏，本屬異事，而又值“同治回亂”之際身罹災殃，不免令人聯想及于回亂之事。故又有傳說張汶祥聽得友人告知馬新贻收新疆回王僞诏，中雲””現大兵已定新疆，不日入關東下，所有江浙一帶征讨事宜，委卿便宜料理”。而馬新贻則手疏以報，言””大兵果定中原，則東南數省，悉臣一人之責”。張汶祥聞言大憤，誓誅此一逆臣。甚至被逮之後，猶指證曆曆，要求主審官員搜馬府秘箧，取密照為證。此事攸關叛逆，勢将牽連多人，主審者不敢據實奏聞，故才以扶嫌報複結案，希圖蒙混。
（四）丁日昌買兇刺馬
刺馬案發生之後，清廷方面即懷疑其後必有主使之人；其後戶科給事中劉秉厚上奏，懷疑張汶祥于行刺之時曾發‘”養軍千日，用在一朝”之語，隐隐透露出幕後主使有人之意，應該徹查。太常寺少卿王家璧上奏，亦雲“此案頗有傳聞”。清廷遂命王“據實奏聞”。據王家璧所奏，他聽聞的傳說是江蘇巡撫丁日昌之子丁惠衡犯了案子，歸馬新贻查辦。王家璧認為丁向馬“請托不行，緻有此變”。且懷疑刺馬案發生後，浙撫英敏義憤之情，溢于言表，而丁日昌與馬同官江南．居然猶如未聞此事一般，甚值得懷疑。因此建請朝廷提訊丁日昌的兒子審問，以期查個水落石出。
同治八年（1869年），發生一樁軍紀杖殺人命案。當時丁日昌的長子丁惠衡夥同幾個親友冶遊，與太湖水勇徐有得發生沖突，正巧遊擊薛蔭榜巡夜而至，以”勇丁滋事”重責徐有得，未料釋離後暴卒。案經有司審察，丁日昌自責教子無方，呈請嚴辦，并自請”交部嚴加議處”，清廷遂命馬新贻審理。王家壁所說的”丁日昌兒子犯案”，即指此而言。但就全案始末而言，向來治家綦嚴的丁日昌，對其子的冶遊、滋事，井未有所偏擔，“請托不行”之事，不知從何而起；且馬新贻審理此案，頗刻意開脫丁惠衡，等于是賣了個面子給丁日昌，又怎可能“緻有此變”？事實上，清廷亦不認為”刺馬案”與丁日昌有何牽連，很快就駁回了王家璧的建議，僅将原折發交曾國藩參考。其後，鄭敦謹曾上《王家璧等奏不符片》，也認為丁日昌”’無庸向馬新贻請托”。
（五）湘軍買兇刺馬
高拜石于《刺馬案與湘軍》一文中，首度挑明了說“實則馬之死，死于湘軍之嚣張氣勢”。高拜石認為，曾國藩所統率的湘軍，在太平天國亂事平定後，諸将驕縱，頗為清廷所忌憚，但迫于形勢，又不能不引“湘人治湘”，隻得暗中培植淮軍，互為牽制。馬新贻實際上就是清廷特意拔擢，用以分湘軍權限的淮軍重要人物，馬新贻被刺後．清廷明知事有蹊跷，卻是啞子吃黃蓮，不便嚴予追究，故隻得含混了事，聽任鄭、曾以“扶嫌報複”結案，連流傳甚廣、大損馬新贻聲名的’”漁色負友”說，也任其喧騰衆口，不聞不問了。
高陽在《清末四公子》亦贊同此一說法，高陽認為馬新贻禀性剛直，于浙撫、江督任内，簡練親軍，對縱恣不法的湘軍，大加裁抑，早激起湘軍領袖的怨怒，欲除之而後快。不但重金買通張汶祥刺殺了馬新贻，更通同舞弊，先行讓張汶祥錄習了“漁色負友”的口供，以誣蔑馬新贻；原欲以此為定谳，卻未料審訊時諸官不敢直錄，才改換以”挾嫌報複”之說。但湘軍心有未惬，串聯漕幫，散播流言，甚至暗中支持上海丹桂茶園上演那出《刺馬傳》。
大陸學者高尚舉在《刺馬案探隐》一書中，在前人的基礎上，博采清末筆記、文集、實錄、故宮檔案，同時又多方訪談當時參與此案者的後人，極力主張此案必與湘軍陰謀有關，且不排除（雖無證據）曾國藩就是其間最高的主謀者。高尚舉從張汶祥所說的“養軍千日，用在一朝”出發，認定此必為一樁買兇殺人案；而從曾國藩遲遲不肯赴任、鄭敦謹未複君命中途辭官、孫袁二人不肯書諾等事上，斷言内情必不單純（甚至懷疑今存供狀是經過修飾的）；然後以馬新贻陛見請訓後“大汗淋漓，朝服浸濕，驚恐萬狀”，以及赴任時秘密叮囑二兄：“我此去吉兇難料，萬一有不測，千萬不要到京告狀，要忍氣吞聲，方能自保”為據，認為馬新贻實際上是身負慈禧密令，且事關重大，極為兇險的。所謂密令，則是指傳說中洪秀全南京的天王府中有巨量珍藏，曾國荃攻克南京後，卻隻說天王府已付之一炬，未如實報繳，清廷大為疑惑，特派馬新贻暗中追查始末。而此事為湘軍所知，故買通張汶祥刺馬。
（六）反洋教者買兇刺馬
太平天國起事，借基督教上帝之名以聚衆、煽誘，而湘軍中人，對洋教頗為憎厭。據法國人高龍鞶《江南傳教史》所說，馬新贻曾受洗入教，對洋教曲加維護，甚至雷厲風行的逮治反洋教者，以此激起湘軍中人的憤怒，蓄志鏟除馬新贻。高龍鞶斷言張汶祥刺殺一事，即是反洋教者所為。馬新贻是否曾受洗為天主教徒，殊難斷定，但他對待洋教的态度，與湘軍明顯異趣，則是事實。同治七、八年間，安慶、南京教案紛起，馬新贻居中竭力調停，以此迹象看來，馬新贻因庇護洋教，激惹衆怒，未必事出無因。
藝術形象文學形象
據傳說，最早将“刺馬案”内容以文學藝術形式表現出來的，是事發後未久即在上海丹桂茶園爨演的《刺馬傳》，據聞此劇到了民國八、九年間還在上演，但劇情内容如何，已不可考。唯據傳說來看，應是演馬新贻“漁色負友”事。目前可見到較早的“刺馬案”作品，有1914年丁悟癡的《刺馬記》。這篇是文言小說，其篇幅頗長，據野史傳聞而憑空杜撰，以‘”漁色負友”為主線，而特别着力在表彰張文祥之妻黃英知的“奇節異行”．将傳說中曹二虎的妻子改換成張文祥的妻子，且改通奸為逼奸不遂緻死，刻意凸顯馬新贻的惡形惡狀。
1916年，蔡東藩的《清史演義》應是首先以白話文傳述刺馬案的文學作品。在第78回《大婚禮成坤闱正位，撤簾議決乾德宮陽》的前半回，蔡東藩以不到1300字的篇幅概略的叙述了此事，主體仍是“漁色負友”，而大體為據傳說加以簡化、白話化。
“刺馬案”在文學上開始引起矚目的作品，是平江不肖生的武俠小說《江湖奇俠傳》。其故事的主旨，不過是強調馬新贻之“漁色負友”、張皇張漢祥的節義俠烈而已。事實上與當時傳聞井無多大出入。
影視形象
人際關系
弟弟
馬新祜，河南試用知縣。
兒子
馬毓桢，原為馬新祜之子，因馬新贻無子而過繼給馬新贻，馬新贻遇刺身亡後清廷加恩賞給主事，分部行走。
曆史評價
曾國藩：（馬新贻）辦事和平精細。
清政府：①馬新贻持躬清慎，辦事公勤，由進士即用知縣，曆任繁劇。鹹豐年間，随營剿賊，疊克堅城。自簡任兩江總督，于地方一切事宜，辦理均臻妥帖。②馬新贻服官安徽最久，當發、撚交乘之際，力保臨淮，堅守蒙城，厥功甚偉。迨擢任浙江巡撫、兩江總督，所在有聲。
楊昌溶：新贻在浙江巡撫任内，正值地方新複，加意撫綏，辦理善後事宜，諸臻妥協，并将海塘工程督修完固，民賴以安。
《清史稿》：①新贻官安徽、浙江皆得民心，治兩江繼曾國籓後，長於綜覈，鎮定不擾。②論曰：王慶雲、譚廷襄并易攵曆中外，慶雲綜覈精密，治防井井，尤為可稱。馬新贻、李宗羲皆以循吏贊畫軍事，擢任大籓，治績卓著。
後世紀念
馬新贻遇刺身亡後，同治皇帝親賜祭文、碑文，并在江甯、安慶、杭州、海塘為他建有專祠。
在馬新贻的家鄉菏澤，有為他修的馬家祠堂、馬家牌坊，以及馬新贻墓，都保護得比較完好，每年的春秋大祭，都有很多人來祭祀他。
