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按《企業所得稅條例》和《企業所得稅稅前扣除辦法》，第13個月工資不能單獨再算一個月企業所得稅前扣除額。當然第13個月工資可以計入成本，隻是如果是采用計稅成本工資，在企業所得稅彙算時要根據實際情況進行調整。第13個月工資可以單獨發放，也可以和當月應發的工資一起發放。計算結果都一樣：
根據國家稅務總局規定：國家機關、事業單位、企業和其他單位在實行“雙薪制”（按照國家有關規定，單位為其雇員多發一個月的工資）後，個人因此而取得的“雙薪”，應單獨作為一個月的工資、薪金所得計征個人所得稅。《勞動合同法》的實施對勞動者、用人單位産生的最大影響在于加大了對勞動者的保護力度,加重了對用人單位違法成本。
對上述“雙薪”所得原則上不再扣除費用，應全額作為應納稅所得額按适用稅率計算納稅，但如果納稅人取得“雙薪”當月的工資、薪金所得不足2000元的，以“雙薪”所得與當月工資、薪金所得合并減除2000元後的餘額作為應納稅所得額，計算繳納個人所得稅。次月申報個人所稅稅明細表時，要将雙薪同時計入這個人的收入，隻是在具體項目上注明，因為計算結果不會變。
“雙薪制”已于2009年8月17日，國稅發121号文中提到，停止執行該計算方法。大家不要再以舊制度計算員工雙薪的個稅了。
納稅
關于年終雙薪的納稅問題是這樣的。因為年終雙薪是屬于職工的工資性收入，就要交納個人所得稅。要看年終雙薪是怎樣發放的，如果一次性發放，在12月底，或者是來年的1月份，這種情況下，納稅要跟當月的工資加在一起計算作為納稅的整體，如果企業把第13個月工資分别在一年的12個月中分别進行支付，平攤到每一個月所得稅可能少一些，每個月分攤的部分加到每個月進行納稅。所以這要看怎麼領取雙薪。
作為職工來講，如果企業在招聘的時候進行了許諾，說年底有第13個月工資或年終雙薪，我建議員工最好跟企業在合同中明确進行約定，每年享受13個月工資，這樣在法律上有一個充分的保障。無論什麼理由或原因，到時候都可以拿到第13個月的工資。約定得越明确越好，約定出标準，比如說第13個月隻是基本工資還是全額工資，還是一年工資加獎金的數字。
