建設規劃
地鐵13号線首台盾構成功下井n7月4日上午9時許，伴随着350T履帶吊運轉的轟鳴聲，深圳地鐵13号線首台盾構于後海站順利下井，标志着地鐵13号線正式進入隧道區間盾構施工階段。後海站—科苑站盾構區間線路自南向北敷設，需穿越相關建（構）築物及道路，區間左線長731.5米，右線長735.6米，該區間計劃于7月底完成盾構始發前置條件準備。
為确保盾構下井條件按期滿足，後海站北端頭自5月1日起開始土方開挖，5月27日基坑見底，6月2日完成第一段底闆施工，到6月30日完成最後一段頂闆澆築。施工期間正處于深圳雨季，頻繁降雨對施工極為不便。對此，深圳地鐵集團與中國建築科學統籌，組織相關參建單位集中優勢資源，最終曆時60天順利實現盾構下井節點目标。這為後海站至科苑站區間右線盾構始發提供了決定性的基礎條件。
自此地鐵13号線正式開始進入隧道區間盾構施工大幹新階段，13号線建設将全面提速。
2020年4月10日，國家發改委發布關于調整深圳城市軌道交通四期建設規劃方案的批複，共涉及地鐵20号線、11号線延長線等9條地鐵線路，總裡程約76公裡。其中，深圳地鐵13号線二期，含北延段和南延段。北延段自上屋站至公明北站，已于2020年8月18日開工，線路長度18.8公裡，采用A型車8輛編組；總投資229.18億元，項目建設工期5年。南延段自深圳灣口岸站至東角頭站。線路長度4.47公裡，總投資49.62億元，建設工期5年。
2020年12月29日上午，深圳市軌道交通四期調整路線第二批線路之一：13号線二期南延，在地鐵16号線二期阿波羅站舉行開工儀式。深圳地鐵13号線二期南延工程位于南山區内，由深圳灣口岸站引出，終至東角頭站，線路全長3.82公裡。
2022年1月19日，地鐵13号線北延線下公區間（下村站-公明北站）左線“先鋒1号”盾構機順利出洞。
截至2022年2月14日，深圳地鐵13号線二期北延線全線 18 個明挖工點已全部進場施工。其中，3個工點完成主體封頂，9個工點完成圍護結構圍閉，7 個圍護結構施工。
2022年4月25日，規劃正式官宣13号線線路站點名稱、位置：地鐵13号線一期南起自南山區深圳灣口岸，止于寶安區上屋北站，跨越南山、寶安、光明三個行政區，線路全長約 22.4 km。線路共設車站 16 座，其中換乘車站 11 座，全部為地下線，線路兩端均預留延伸條件，沿線設内湖全地下停車場，出入線與登良東站接軌途經站點：上屋站、石岩站、羅租站、應人石站、百旺港大站、留仙洞站、石鼓站、西麗高鐵站、高新北站、高新中站、深大站、粵海門站、科苑站、後海站、人才公園站、深圳灣口岸站。
2022年5月，由該集團承建的深圳市城市軌道交通13号線二期（南延）工程東角頭站-歌劇院站區間軌排井即将完工，迎來最新進展。
2022年7月，地鐵13号線二期（北延）工程四工區——「長春北路站~下村站」區間右線“先鋒3号”在經曆了6個月的設備選型、适應性再制造工廠預裝、進場組裝、調試運行後，順利始發。
2022年8月15日，13号線二期（北延）項目三工區「月亮路站～東周路站」區間左線隧道順利貫通。
2022年9月13日8時，由中冶華南與中國二十冶聯合承建的深圳市13号線共建綜合管廊工程羅寶區間頂管機順利始發，标志着頂管段管廊施工正式開始，工程建設再次取得重大進展，跑出了項目建設“加速度”。
2022年9月21日，深圳地鐵13号線深大主變電所迎來首台大型設備，随着450噸吊車組裝、起鈎、變幅、回轉、落鈎等一系列動作，兩台重達88噸的110kV主變壓器在13号線深大主所施工現場順利完成吊裝。
2022年9月，中建交通華南公司深圳地鐵13号線二工區科興站主體結構順利封頂。
2022年，由中建四局承建的深圳地鐵13号線二期(北延)二工區迎來重要節點,随着最後一塊頂闆澆築完成,深圳地鐵13号線二期(北延)工程同觀路站主體結構順利封頂。
2022年10月，中建交通華南公司深圳地鐵13号線二工區深大站——科興站區間右線盾構始發前條件驗收順利通過。 11月11日，深圳市軌道交通13号線項目首列車在江門市下線。
線路走向
一期線路自深圳灣口岸至上屋北，串聯南山深圳灣總部基地、科技園、西麗高鐵樞紐、留仙洞總部基地、白芒科研機構以及寶安石岩片區。将會成為西部偏東的一條重要交通線路。
深圳地鐵13号線線路圖
二期線路從上屋北向北延伸，串聯光明城高鐵站、光明鳳凰城新區，直至光明公明街道的公明北站。同時從深圳灣口岸向南延伸，到達東角頭站與深圳地鐵2号線換乘。
深圳地鐵13号線二期線路圖
設備設施
深圳地鐵13号線采用8節編組A型列車，設計速度100千米/小時，列車全長23·54，寬3米，載客可達到310人，預計2022年正式上線。
線路運營
港鐵技術咨詢(深圳)有限公司(以下簡稱港鐵咨詢)與中鐵電氣化局集團有限公司(以下簡稱中鐵電氣化局)組成的聯合體，獲得了深圳市軌道交通13号線公私合營項目中标通知書，後續将與深圳市政府正式簽署PPP項目合同，并組建合資公司，而港鐵咨詢與中鐵電氣化局分别占該合資公司的83%及15%股權，其餘2%權益将由深圳市政府的附屬公司深圳市特區建設發展集團有限公司持有。合資公司對PPP項目進行投資、建設及為期三十年的營運。
正在施工中的深圳市軌道交通13号線工程分為A、B兩部分，A部分的土建工程部分由深圳市地鐵集團有限公司負責出資建設。合資公司将投資、建設B部分的車輛、信号、自動售檢票系統等機電設備及鋪軌工程，B部分總投資額約49.1億元人民币。n
深圳市軌道交通13号線工程是支持後海中心、留仙洞總部基地、光明新城等重點建設地區發展的中部地區南北向骨幹線。一期工程南起深圳灣口岸站，北至上屋北站，全長約22.4公裡，設站16座，采用地下敷設方式。全線設一座停車場，内湖停車場位于内湖公園南側和東濱路北側，工程正在緊張施工中，初步預計将于2023年投入服務。
二期工程
二期工程的價值意義深圳地鐵13号線北延線有效串聯起深圳與東莞的交通聯系。而深圳灣口岸站将會向南延伸，串聯深圳市規劃十大重要文體設施—深圳市歌劇院，在此設置歌劇院站，南延線可提高深圳灣公園地區的軌道服務水平。
深圳地鐵13号線二期南延建成後将串聯蛇口、後海、西麗、石岩、光明、公明等片區，成為深圳南北向骨幹線兼顧市域快線，進一步滿足和提升深圳市民文化、休閑及娛樂的高品質交通需求。（深圳新聞網評）
工程進展
2021年5月1日，中建深圳地鐵13号線留仙洞站，順利完成最後一段頂闆結構澆築，車站實現封頂，逐步轉入附屬結構施工。
