科室設置肛腸科、腦病科、婦科、肛腸科、臨床藥學、腫瘤科、心血管病科、護理學、臨床藥學、骨傷科、針灸科、老年病科、急診科、脾胃病科、腎病科、内分泌科、養生康複科、肺病科、風濕科。所獲榮譽2021年6月,南京市中醫院門技第二黨支部被南京市委授予“南京市先進基層黨組織”稱号。