建立之前
統一與伐金
蒙古高原地區的衆多蒙古部落原為金朝的臣屬少數民族。13世紀初，統治華北的金朝在金帝衛紹王的統治下走向衰落，原金朝藩屬國的蒙古諸部經過多次征伐後由蒙古部統一，1206年春天，蒙古貴族在斡難河（今鄂嫩河）源頭召開庫裡爾台大會，蒙古部鐵木真得到成吉思汗稱号，建國大蒙古國（即蒙古帝國），後被尊稱元太祖。金朝與蒙古為世仇，成吉思汗有意伐金複仇，然而西南的西夏與金朝聯盟，為了避免被西夏牽制，先後三次率軍（1205年、1207年與1209年—1210年）進攻之，迫使西夏夏襄宗稱臣。1210年成吉思汗與金斷交，隔年發動蒙金戰争，于野狐嶺戰役大破四十萬金軍，随後攻入華北地區并四處屠殺。1214年蒙軍包圍金朝首都中都（今北京市），金宣宗被迫求稱臣，并在蒙軍撤退後遷都汴京。隔年5月31日蒙軍南下占領金中都，并且獲得名相耶律楚材，這對于鞏固華北地區有很大的幫助。1217年，成吉思汗為了西征花剌子模，命木華黎統領漢地，封為“太師國王”，命他持續進攻金朝。木華黎為了鞏度漢地，收降地方自衛勢力如真定史天澤、滿城張柔、東平嚴實與濟南張宏，史稱漢族四大世侯，後來他們也扶佐忽必烈建立元朝。木華黎除了對金朝的戰争讓金朝疆域萎縮剩河南與關中地區之外，并于1231年派兵進攻高麗，讓高麗王室退守江華島。
滅西遼與西征
西域方面，為了建立通往西方的道路，早在1209年—1210年就讓新疆東部的畏兀兒與伊犁河谷的哈剌魯先後歸順。當金朝遷都并将要滅亡之際，中亞新興大國花剌子模在沙阿摩诃末時期崛起，該國訛答剌地方大臣海兒汗[亦納勒術]前後兩次屠殺蒙古商隊并侮辱蒙古使臣，成吉思汗遂決心發動第一次西征。
1218年蒙将哲别殺死占領西遼并稱遼帝的屈出律，攻占塔裡木地區，史稱蒙古攻西遼之戰。隔年六月，成吉思汗親率蒙古主力軍十萬西征花剌子模。由于沙阿摩诃末抵擋不了蒙軍攻勢，畏懼而逃，在屠殺掉花剌子模的40個城鎮之後，花剌子模也于1221年亡國。成吉思汗命速不台和哲别追殺摩诃末，摩诃末最後死于裡海。其子劄蘭丁于八魯灣戰役英勇抗敵，最後南逃印度，并于1224年複國于大不裡士（今伊朗西北部）。
1230年，劄蘭丁被蒙古将軍綽兒馬罕攻滅。速不台和哲别最後于1222年從撒馬爾罕出發經過今伊朗高原北部，進攻殺掠高加索三國（亞美尼亞王國、格魯吉亞、阿塞拜疆）之後，并越太和嶺（今高加索山脈），抵達欽察（位于俄南），期間攻占不少國家。于1223年的迦勒迦河之戰（今烏克蘭日丹諾夫市北）更是擊潰基輔羅斯諸國與欽察忽炭汗的聯軍，并向西進軍到今烏克蘭西部的德涅斯特河，之後折轉圍攻基輔，之後東返，并于1223年9月攻擊時伏爾加河中上遊的河谷伏爾加保加利亞最後渡過伏爾加河東返中亞。成吉思汗将新拓展的疆土分封給長子術赤、次子察合台和三子窩闊台，四子拖雷領有蒙古本土，三子窩闊台成為大汗繼承人。1225年蒙古回師後，因西夏不配合西征，成吉思汗又率歸師滅西夏。1227年，成吉思汗病逝，由幼子拖雷監國。
滅金與治理漢地
拖雷監國兩年後于1229年舉辦庫裡爾台大會，窩闊台被推舉為蒙古大汗，後尊稱元太宗。1231年窩闊台汗率軍南征金朝，并命四弟拖雷自漢中借宋道沿漢水攻打汴京，隔年拖雷在河南三峰山之戰擊潰金軍。1234年蒙宋聯軍聯合攻破蔡州，金哀宗自殺，金朝亡。南宋雖然發起端平入洛以收複河南地，但是華北地區最後由全由蒙古占領。窩闊台汗并在1235年定都哈拉和林（今烏蘭巴托西南）後，借此率軍南征南宋以報複之，掠奪兩淮地區後北返。蒙古為了防止華北的漢人世侯叛變，派探馬赤軍（振戍軍）進駐漢地；進行兩次人口調查，将半數漢人分封給蒙古功臣。由于需要人才治理國家，窩闊台汗接受耶律楚材的建議，于1238年命術忽德和劉中舉辦科舉，史稱戊戌選試。這次考試錄取東平楊奂等名士，為統治華北帶來不少人才，但後來以“當世或以為非便，事複中止”。
第二次西征
西線方面，1235年窩闊台汗命術赤長子拔都、貴由與蒙哥、速不台等第二代蒙古王子發起蒙古第二次西征，史稱拔都西征，總指揮為拔都與速不台。1236年至1242年間攻占欽察草原、基輔羅斯等各公國與匈牙利、摩爾達維亞、波蘭、立陶宛大公國、波西米亞與捷克、摩拉維亞與斯洛伐克、威尼斯共和國、原南斯拉夫地區、保加利亞第二帝國、拉什卡、神聖羅馬帝國等等中東歐各國，攻占與殺掠東歐北部與中部，1241年11月窩闊台汗去世，由皇後乃馬真脫列哥那監國，1246年3月的庫裡勒台大會由其子貴由即位，後追尊稱元定宗。1247年吐蕃諸部歸附大蒙古，史稱涼州會盟。1248年8月貴由汗去世，皇後斡兀立海迷失立孫子失烈門并監國。然而在1251年7月的大會，因為拔都與兀良哈台大力支持拖雷系的蒙哥，使得窩闊台系的失列門失去汗位。蒙哥繼承汗位，後尊稱元憲宗。
憲宗漢化
1252年蒙哥即位後推行中央集權化，在漢地、中亞與伊朗等直轄地設置行中書省，分遣拖雷系諸王分守各地，以其弟忽必烈總領漠南漢地大總督以管理漢地。忽必烈統治漢地期間任用了大批漢族幕僚和儒士，鞏固了華北地區，并且與兀良合台迂回南滅大理，擴大南宋防線缺口。1258年高麗崔氏政權跨台，高麗成為藩屬國。同年蒙哥汗宣布兵分三路南征南宋，蒙哥汗率軍攻打四川合州（今重慶）、忽必烈攻打湖北鄂州（今武昌）、兀良合台由雲南晏當（今雲南麗江北部）直攻經過安南，進攻宋廣南西路而直攻荊湖南路，并兵臨潭州（今長沙），三軍意圖在華中會合，再大舉下長江圍攻臨安。隔年蒙哥汗在合州的釣魚城之戰戰死，忽必烈等人停止南征，北返奪位。
第三次西征
西線方面，蒙哥汗派其弟旭烈兀西征西亞，史稱蒙古第三次西征，1256年旭烈兀攻滅伊斯蘭教的暗殺組織木刺夷。1258年西征軍攻占伊斯蘭哈裡發最後領地美索不達米亞的巴格達。隔年叙利亞阿尤布王朝，1260年占領大馬士革和阿勒頗。然而當旭烈兀得知蒙哥于南征南宋時去世的消息後，立即率大軍回師争位。留下的蒙軍也在今以色列加利利的阿音劄魯特戰役敗于埃及馬木留克王朝，第三次西征結束。
元朝的建立
大哉乾元
1260年3月，阿裡不哥在宗王阿速台等大多數蒙古正統派的支持下于蒙古帝國首都哈拉和林通過“忽裡勒台”大會即大汗位。與此同時，忽必烈與南宋議和後返回開平（今内蒙古多倫），在中原儒臣及部分蒙古宗王的支持下集會自稱大汗。1260年4月，忽必烈設立中書省，總管國家政務。1260年5月，忽必烈頒布《即位诏》法令，并建元中統。由于忽必烈在中原漢地自行集會稱汗，并且推行漢法，明顯違背了蒙古傳統，引起了阿裡不哥和蒙古正統派的強烈不滿，忽必烈與阿裡不哥随即展開了四年的汗位戰争。直到1264年阿裡不哥兵敗投降，忽必烈定為一尊，但他推行的“行漢法”主張卻造成許多蒙古貴族的不滿，拒絕歸附忽必烈汗國，結果導緻其他幾個蒙古汗國紛紛敵對，忽必烈的政權遂隻包括中國與蒙古高原地區。
公元1271年，忽必烈公布《建國号诏》法令，取《易經》中“大哉乾元”之意，正式建國号為“元”。這是蒙古政權由世界性大帝國轉為中原王朝的分水嶺，蒙古政權之前對中原地區推行的是極具遊牧性質的掠奪式統治，中原地區僅是其屬地的一部分，到忽必烈時才轉型為以中國為主體的王朝，且在這之前“元”之名尚未出現，故“元朝”的建立應由此算起。最後引發窩闊台系的海都出兵争奪汗位，造成漠北地區動蕩不安，史稱海都之亂。
公元1272年，在劉秉忠規劃下，建都于中原的大都（今北京市）。次年正月元旦，忽必烈在正殿接受朝賀。忽必烈建國後，仍然十分注意保持和發展蒙古民族的語言與文化。1260年12月，忽必烈封吐蕃薩迦的八思巴為“國師”，命八思巴率領一些吐蕃語文學者重新創制蒙古文字。成吉思汗建國時，曾由塔塔統阿依據畏兀字母拼寫蒙古語言，制成蒙占文字行用。
統一全國
早在元世祖在與阿裡不哥作戰與整頓國内之際，因為無暇對付南宋，于是派郝經對南宋提出高壓的議和内容。當時南宋宋恭帝僅五歲，由謝太後垂簾聽政，大權由謊稱擊退蒙古軍的賈似道掌握。由于賈似道畏懼謊言被擊破而幽禁郝經。南宋并于1262年拉攏山東漢人世侯李璮，發起李璮叛亂。元軍平定叛亂後，元世祖斷然廢止漢人世侯，以蒙古人直接管理地方事務，并且準備南征南宋。1268年元世祖發起元滅宋之戰，首先派劉整與阿術率軍攻打襄陽，史稱襄樊之戰。1274年元軍攻下襄陽，宋将呂文煥投降，随後中書丞相史天澤和樞密院使伯顔率軍順漢水南下長江，目标建康。1275年降将呂文煥率元水陸聯軍于蕪湖擊潰賈似道的南宋水軍，史稱丁家洲之戰。隔年元軍攻陷臨安（今浙江杭州），謝太後與宋恭帝投降元軍。然而陸秀夫等擁立7歲的宋端宗在福州即位，文天祥、張世傑與陳宜中等大臣持續在江西、福建與廣東等地抗元。元軍陸續攻下華南各地，1278年南宋朝廷退至廣東崖山。隔年3月，張弘範在崖山海戰攻滅南宋海軍，陸秀夫挾持8歲的小皇帝宋幼主趙昺投海而死，南宋亡。元朝統一中國地區，結束自唐朝安史之亂以來520多年的分裂局面。
海外擴張
在此前後，元朝曾要求周邊一些國家或地區（包括日本、安南、占城、緬甸、爪哇）臣服，加入元朝的朝貢關系，但遭到拒絕，元世祖于是出兵攻打這些國家，其中以入侵日本的元日戰争最為著名，因為範文虎指揮不當與台風來襲而失敗。由于元朝廷需要賞賜大量财寶予宗室貴族，加上開支繁重，财政日漸緊張，朝臣為了财政問題發生争執，分裂成以許衡等漢人與漢化蒙古人為首的儒臣派與以阿合馬、盧世榮與桑哥等色目人與漢人為首的理财派。儒臣派認為元廷應該節省經費、減免稅收。理财派認為南人藏有大量财物，應沒收以解決朝廷的财政問題。由于元世祖信任阿合馬，設立尚書省解決财政問題。而儒臣則以受漢化更深的太子真金為核心與阿合馬抗衡。最後阿合馬被刺殺，太子真金也因為得病而死。然而元世祖不信任儒臣派，依舊任用理财派官員來解決财政問題，導緻财政惡化。
對外關系
蒙古滅金戰争結束後，窩闊台大汗在中原和中亞建立了鞏固的統治。也兒的石河(今新疆額爾齊斯河)以西、烏拉爾河以東之地為蒙古的征服地區，是成吉思汗長子術赤的領土。但是，烏拉爾河以西的欽察、斡羅斯等還未平定。元太宗七年(1235年)，窩闊台召集忽裡勒台，決定征讨欽察、斡羅斯等未服諸國。居住在伏爾加河和烏拉爾河之間的欽察部首領忽魯速蠻懼怕蒙古軍，已先遣使納款，蒙古軍至，準備投降。惟居住在伏爾加河下遊的欽察部首領八赤蠻堅決抗戰。斡羅斯和波蘭、匈牙利當時分為諸公國，各自為政，不聽大公号令，德、意、奧諸國卷入十字軍東征。歐洲形勢對蒙古西征有利。
1252年蒙哥派其弟旭烈兀西征。1258年，西征軍攻陷巴格達，滅阿拔斯王朝。1259年旭烈兀征叙利亞，1260年攻克大馬士革，但是因旭烈兀因蒙哥死亡而返回蒙古，留下的小部隊于1260年9月在巴勒斯坦境内阿音劄魯特戰役遭遇埃及穆斯林兵團阻擊。至此蒙古西征到此為止。除巴勒斯坦、小亞細亞地區以外，西亞、中亞、以及中國北部，均已處于蒙古人控制之下。
1259年蒙哥在征南宋時陣亡，次年其弟阿裡不哥在哈拉和林被選立為大蒙古國大汗，而忽必烈則在中原開平在精兵擁立下自立為大汗。阿裡不哥與忽必烈為争奪汗位發動戰争，直到1264年阿裡不哥兵敗投降，忽必烈定為一尊，遷都大都（今北京）。于1275年抵達元上都（開平），随後又抵達大都（北京）。馬可的聰明一直非常讨忽必烈喜歡，封他許多官，也派他到各地為元朝皇帝的使者。馬可·波羅去過中國很多地方和見到許多比歐洲先進的文化成就。1292年，馬可·波羅和父親叔叔受忽必烈委托，從泉州出發經海路護送蒙古公主闊闊真到伊兒汗國成婚。忽必烈答應他們，在完成使命後，可以轉路回國。1295年波羅一家人回到歐洲。
元朝中期
成宗時期
1294年元世祖駕崩後，雖然太子真金早死，但是元世祖曾賜真金的三子鐵穆爾“皇太子寶”并且讓他鎮守和林。随後鐵穆爾在庫裡爾台大會中獲得重臣伯顔與玉昔帖木兒等支持，打敗真金的長子甘麻剌與次子答剌麻八剌等，鐵穆爾即皇帝位于上都，即元成宗。成為蒙古入元以來第一個繼位的皇帝。元成宗主要恪守元世祖時期的成憲，任用其侄海山（答剌麻八剌之子）鎮守和林以平定西北海都之亂，并且下令停止征讨日本與安南。在内政方面專力整頓國内政治，減免江南部分賦稅。然而，由于元成宗過度賞賜，入不敷出，使國庫資财匮乏。1307年正月，元成宗駕崩，由于太子德壽早逝，左丞相阿忽台擁護皇後蔔魯罕與信奉伊斯蘭教的安西王阿難答監國，并有意讓阿難答稱帝。海山之弟愛育黎拔力八達與右丞相哈剌哈孫發動大都政變。他們斬殺阿忽台，控制大都局勢，擁護率軍南下的海山稱帝，即元武宗。皇後與阿難答被元武宗斬殺，其回回部下退入西域吐魯番地區。
平定西北與宗主地位
西北地區方面，早在元世祖時期，由于他的大汗之位不受四大汗國的承認，使得當時窩闊台汗海都有意奪回蒙古汗位。海都統轄葉密立（今新疆額敏東南）一帶且與欽察汗國友好。元世祖為了避免在南征南宋時被海都背刺，遂扶持八剌獲得察合台汗位以牽制海都。然而在1268年，海都、八剌和欽察汗忙哥帖木兒以元世祖過度漢化、違背祖宗成法為由，在塔拉斯河招開庫裡爾台大會結盟反元。他們以海都為盟主，共同瓜分中亞行省，聯合對抗元朝與伊兒汗國，史稱海都之亂。元世祖派伯顔北上平亂，海都與新任察合台汗笃哇采用遊擊戰的方式回避決戰。1287年海都聯軍夥同鎮守遼東的東道諸王乃顔與哈丹襲擊和林（今蒙古國哈爾和林），元世祖親率大軍擊敗之，派伯顔、玉昔帖木兒與李庭平定東北乃顔，主持西北軍事。1289年海都再犯和林，最後其勢力被驅出阿爾泰山以西。而哈丹于遼東高麗一帶遊擊，至1292年敗亡。
元成宗即位後，任命其侄海山（後繼位為元武宗）總領漠北諸軍。1301年海都聯軍被海山和晉王甘麻剌擊潰，史稱鐵堅古山之役。海都于戰後去世，其子察八兒繼位，窩闊台汗國被笃哇掌控。1303年由于笃哇被欽察汗脫脫蒙哥擊潰，就與察八兒共同派使者向元廷請和，脫脫蒙哥也向元廷請和，而伊兒汗本來就支持元廷，至此四大汗國皆承認元朝的宗主地位，雙方廣設驿路，解除封禁。不久之後，窩闊台汗國被察合台汗笃哇與元朝元武宗先後攻滅而亡，察八兒投降元朝。到了其晚年，由于蒙古政權格局的痼疾，政治弊端逐漸暴露出來。
武宗時期
大德十一年（1307）正月，成宗鐵穆爾死于玉德殿，年僅42歲。鐵穆爾兄答剌麻八剌的次子愛育黎拔力八達與母親答已于二月到達京師，并與中書省右丞相哈剌哈孫取得聯系。為搶在三月三日蔔魯罕皇後稱制前舉事，他們于三月二日率兵入宮，發動政變。斬支持立世祖之孫阿難答為帝的左丞相阿忽台，擒阿難答，愛育黎拔力八達稱監國。此時，其兄海山正揮軍南下，愛育黎拔力八達與母答已北迎海山，會于上都，決議擁海山為帝，并誅殺阿難答，廢蔔魯罕皇後。二十一日，海山在大安閣即位，是為武宗。
元武宗因愛育黎拔力八達有功，冊封他為皇太弟（即未來的元仁宗），相約武宗系與仁宗系交替稱帝，即武仁之約。元武宗時期，加封孔子為“大成至聖文宣王”，并給予孔子的家族與弟子一些稱号。為了解決元成宗時期的财政危機，元武宗設置常平倉以平抑物價，下令印制至大銀鈔，然而反而使銀鈔嚴重貶值。此外他将中書省宣敕與用人權劃歸給尚書省。1311年元武宗因沉耽淫樂、酗酒過度，年僅31歲死于玉德殿，愛育黎拔力八達順理成章地以監國者總攬朝政，由皇太弟愛育黎拔力八達繼位，是為元仁宗，這次是元朝首次和平繼承帝位。
漢化運動
元仁宗延祐元年（1313年），北京舉行了元代曆史上第一次科舉考試，稱作“延祐初科”。而在此前的元太宗十年（1238年），北京就曾作為燕京路而參與了元代曆史上第一次選拔儒士的考試——“戊戌選試”。
元仁宗力圖改變元武宗時造成的财政枯竭、政制混亂的局面，他推行“以儒治國”政策，并且減裁冗員、加強中央集權以整頓朝政。他曾令王約将《大學衍義》譯為蒙文，賜臣下說“治天下，此一書足矣。”并将《貞觀政要》和《資治通鑒》等書摘譯為蒙文，令蒙古人與色目人誦習。1312年元仁宗将其儒師王約特拜集賢大學士并将王約“興科舉”的建議“著為令甲”，至此恢複科舉制度。本次科舉以程朱理學為考試的内容，史稱延祐複科，最後錄取護都答兒、張起岩等56人為進士。
他還倚重漢人文臣，處死蒙丞相托克托等，排除朝中異己。财政方面，元仁宗取消元武宗的經濟措施，并且于1314年在江浙、江西、河南等地查清地方田産，史稱延祐經理。任用床兀兒統軍，擊敗察合台汗王也先不花以平定西北地區。然而元仁宗未能制止太後答己幹預朝政，也無力制裁備受太後重用的重臣鐵木叠兒貪贓枉法。在繼承問題方面，元仁宗以王約輔助皇太子碩德八剌，并且聽從鐵木叠兒的建議，廢除武仁之約。他将元武宗長子周王和世琜外放鎮守雲南、次子圖帖睦爾放逐海南島。仁宗即位之第五年，即延祐三年（1316）十二月，立嫡子碩德八剌為皇太子，兼中書令、樞密使。同年冬天，元武宗舊臣皆感憤怒而擁護和世琜叛變，最後敗走漠北，依附察合台汗國。1320年元仁宗駕崩後，皇太子碩德八剌即位為元英宗。
南坡之變
延祐七年（1320）正月，36歲的仁宗病死于大都光天宮。碩德八剌于三月登上皇帝寶座，是為英宗。元英宗續實行元仁宗的以儒治國、加強中央集權和官僚體制的政策，并于1323年下令編成并頒布元朝正式法典——《大元通制》，共2539條，他還下令拔除權臣鐵木叠兒在朝廷的勢力。然而支持鐵木叠兒的蒙古與色目保守派厭惡元英宗的新政，有意發動政變。1323年鐵木叠兒的義子鐵失趁元英宗去上都避暑之際，在上都以南15公裡的南坡地刺殺元英宗及宰相拜住等人，史稱南坡之變，仁宗系自此未能再奪得皇位。晉王甘麻剌的長子，鎮守和林的也孫鐵木兒率兵南下，殺掉行刺元英宗的叛臣并稱帝，即泰定帝。
天曆之變
泰定帝召回被放逐到海南島的武宗系圖帖睦爾為懷王。泰定帝于1328年七月崩于上都，丞相倒剌沙擁立七歲的阿速吉八為帝，是為天順帝。而鎮守大都的燕帖木兒與伯顔擁立周王和世琜于漠北、懷王圖帖睦爾于江陵，同年圖帖睦爾先至大都繼位，是為元文宗。燕帖木兒率軍攻入上都，天順帝不知所終。隔年和世琜于漠北和林稱帝，即元明宗。元文宗放棄帝位，派燕帖木兒迎元明宗繼位，并且被立為皇太子。然而燕帖木兒毒死元明宗，複位元文宗，改元天曆，史稱天曆之變。
順帝時期
元文宗時期大興文治，1329年設立了奎章閣學士院，掌進講經史之書，考察曆代治亂。又令所有勳貴大臣的子孫都要到奎章閣學習。于奎章閣下設藝文監，專門負責将儒家典籍譯成蒙古文字，以及校勘。同年下令編纂《元經世大典》，兩年後修成，為元朝一部重要的記述典章制度的巨著。然而丞相燕帖木兒自恃有功，玩弄朝廷，導緻朝政更加腐敗。1333年元文宗去世後，為洗刷毒死元明宗的罪行，遺诏立年僅七歲的明宗次子懿璘質班為帝，是為元甯宗。但元甯宗僅在位不到兩個月即去世，不久後燕帖木兒也去世。元明宗的長子妥歡貼睦爾被文宗皇後蔔答失裡從靜江（廣西桂林）召回并立為帝，是為元惠宗，又稱元順帝。
元朝的滅亡
危機四伏
元惠宗在位之初，1335年燕帖木兒的兒子唐其勢陰謀推翻，另立元文宗義子答剌海。幸右丞相伯顔粉碎叛亂，但屬于保守派的他掌握朝政，權力盛大。他禁止漢人參政并取消
科舉，這些都與元惠宗發生沖突。1340年元惠在伯顔之侄脫脫的幫助下，終于廢黜伯顔。脫脫為相與元惠宗親政前期，采取了一系列改革措施如頒行《至正條格》等法規，以革新政治，緩和社會矛盾，史稱至正新政。1343年元惠宗下令修撰《遼史》、《金史》、《宋史》三史，由右丞相脫脫（後改由阿魯圖）主持，兩年後修成。然而元惠宗後期怠于政事，以至于在1350年發生天災人禍後引來民變。
元朝長期處于繼承權問題、貪污、權臣擅政、不任用漢人與壓榨百姓的惡習，使得政治總是無法上軌。這種不穩定的朝廷如果又遇到天災人禍的幹擾，往往導緻國家的覆沒。元朝後期，特别是1340年代中後期至1350年代期間，幹旱、瘟疫與水災時常發生，黃河地區水患尤其嚴重。與此同時，元廷不斷收取各種賦稅，使百姓的生活更加艱苦，使得白蓮教逐漸流行，并成為對抗元廷的勢力。早在1325年就發生過河南趙醜厮、郭菩薩領導的武裝起事。1338年江西袁州（今江西宜春）彭和尚、周子旺等白蓮教徒起義失敗，彭和尚逃至淮西。1350年元廷下令變更鈔法，鑄造“至正通寶”錢，并大量發行新“中統元寶交鈔”，導緻物價迅速上漲。隔年元惠宗派賈魯治黃河，欲歸故道，動用民夫十五萬，士兵二萬。而官吏乘機敲詐勒索，造成不滿。
民變紛起
白蓮教首領韓山童、劉福通等人決定在5月率教衆起事，但事洩，韓山童被捕殺。劉福通再立韓山童之子韓林兒殺出重圍，指韓山童為宋徽宗八世孫，打出“複宋”旗号，以紅巾為标志。其後郭子興于安徽濠州起事，芝麻李等人占領徐州，此為東系紅巾軍。西系紅巾軍方面，彭瑩玉、鄒普勝與徐壽輝在湖北蕲州起事，國号天完。紅巾軍勢力遍布河南江北、江南、兩湖與四川等地，還有非紅巾軍的張士誠等部的起事，民變揭開元朝滅亡的序幕。
元廷派兵鎮壓各地紅巾軍，丞相脫脫親自率軍南下攻陷徐州芝麻李軍，一度壓制民變軍。然而脫脫在1354年南攻高郵張士誠軍之際，被元廷大臣彈劾而功虧一篑。徐壽輝部最後分裂成兩湖的陳友諒與四川的明玉珍。兩淮郭子興的部下朱元璋于1356年以南京為根據地開始擴充地盤；1363年與據有兩湖的陳友諒作戰，最後于鄱陽湖之戰獲得勝利；1365年占領兩湖後于同年冬東進攻打據有江蘇沿海的張士誠；1367年平定張士誠後，繼續南下壓制浙江的方國珍，至此江南無一人反抗朱元璋。另外，福建于1357年至1366年間發生色目軍亂，史稱亦思巴奚兵亂。與此同時，元朝在察罕帖木兒和李思齊等率領元軍反擊北方紅巾軍，1363年北方紅巾軍最後在安豐之役中敗給降元後的張士誠，劉福通戰死，韓林兒南下投奔朱元璋，随後被殺。
朱元璋統一江南後于1367年下令北伐，他派徐達、常遇春率明軍分别攻打山東與河南，并且封鎖潼關以防止關中元軍進援中原。明軍于1368年八月攻陷元大都，元惠宗北逃，史書稱此為元朝結束之年。然而元廷仍在上都，往後史書稱之為北元。而明廷認為元惠宗順天明命，谥号為元順帝。
北元時期
1368年元廷退回蒙古草原，元惠宗退至上都，隔年又至應昌。他繼續使用“大元”國号，史稱北元。當時北方除了元惠宗據有漠南漠北，關中還有元将擴廓帖木兒駐守甘肅定西，此外元廷還領有東北地區與雲南地區。明太祖為了占領北方，采取兵分二路，各個擊破的方式，此即第一次北伐。元惠宗戰敗後于1370年在應昌去世，元昭宗即位後北逃至漠北和林。明将馮勝奪取了甘肅地區。然而元将擴廓帖木兒仍然在漠北多次與明将徐達等人作戰。明太祖曾多次寫信招降，但擴廓帖木兒從不理會，被朱元璋稱為“當世奇男子”。1378年四月，元昭宗去世，繼位的元天元帝繼續和明朝對抗，屢次侵犯明境。
至于北元領有的東北地區與雲南地區方面：1371年，元朝遼陽行省平章劉益降明，明朝占領遼甯南部。然而其餘東北地區仍由元朝太尉納哈出控制，納哈出屯兵二十萬于金山（今遼甯省昌圖金山堡以北遼河南岸一帶），自持畜牧豐盛，與明軍對峙了十幾年，多次拒絕明朝的招撫。1387年馮勝、傅友德、藍玉等人發動第五次北伐，目标是攻占納哈出的金山。經過多次戰争，1387年10月，納哈出投降藍玉，明朝占領東北地區。鎮守雲南的元朝梁王把匝剌瓦爾密，在元廷退回草原後仍然繼續忠效之。1371年明太祖派湯和等人領兵平定據有四川的明玉珍，并且勸降梁王未果。1381年12月，明軍攻入雲南，1382年梁王逃離昆明并自殺，随後明軍攻克大理，明軍平定雲南地區。
明太祖為了徹底掃除北元勢力，于1388年5月命藍玉率領明軍十五萬發動第六次北伐。明軍橫跨戈壁至捕魚兒海（今中蒙邊境之貝爾湖）擊潰元軍，俘虜八萬餘人，元天元帝和他的長子天保奴逃走，但是幼子地保奴被明軍擒住，至此北元國勢大衰。1388年元天元帝被阿裡不哥後裔也速叠爾殺害，北元不再使用年号。1402年鬼力赤殺元帝坤帖木兒後後改國号為鞑靼，北元亡。
