原理
光源燈發出的光波經過濾光片或單色器變成一束單色光，進入塑料微孔極中的待測标本。該單色光一部分被标本吸收，另一部分則透過标本照射到光電檢測器上，光電檢測器将這一待測标本不同而強弱不同的光信号轉換成相應的電信号。電信号經前置放大，對數放大，模數轉換等信号處理後送入微處理器進行數據處理和計算，最後由顯示器和打印機顯示結果。
微處理機還通過控制電路控制機械驅動機構X方向和Y方向的運動來移動微孔闆，從而實現自動進樣檢測過程。而另一些酶标儀則是采用手工移動微孔闆進行檢測，因此省去了X,Y方向的機械驅動機構和控制電路，從而使儀器更小巧，結構也更簡單。
微孔闆是一種經事先包理專用于放置待測樣本的透明塑料闆，闆上有多排大小均勻一緻的小孔，孔内都包埋着相應的抗原或抗體，微孔闆上每個小孔可盛放零點幾毫升的溶液。
光是電磁波，波長100nm～400nm稱為紫外光，400nm～780nm之間的光可被人眼觀察到，大于780nm稱為紅外光。人們之所以能夠看到色彩，是因為光照射到物體上被物體反射回來。綠色植物之所以是綠色，是因為植物吸收的大部分為紅橙光和藍紫光，但對綠色不吸收，反射出來，所以植物呈現為綠色。酶标儀測定的原理是在特定波長下，檢測被測物的吸光值。
随着檢測方式的發展，擁有多種檢測模式的單體台式酶标儀叫做多功能酶标儀，可檢測吸光度（Abs)、熒光強度(FI)、時間分辨熒光（TRF)、熒光偏振（FP)、和化學發光（Lum)。
酶标儀從原理上可以分為光栅型酶标儀和濾光片型酶标儀。光栅型酶标儀可以截取光源波長範圍内的任意波長，而濾光片型酶标儀則根據選配的濾光片，隻能截取特定波長進行檢測。
結構
規格有24孔闆，48孔闆，96孔闆等多種，不同的儀器選用不同規格的孔闆，對其可進行一孔一孔地檢測或一排一排地檢測。
酶标儀所用的單色光既可通過相幹濾光片來獲得，也可用分光光度計相同的單色器來得到。在使用濾光片作濾波裝置時與普通比色計一樣，濾光片即可放在微孔闆的前面，也可放在微孔闆的後面，聚光鏡，光欄後到達反射鏡，經反射鏡作90°反射後垂直通過比色溶液,然後再經濾光片送到光電管。
從酶标儀工作框圖和光路圖上可看出，它和普通的光電比色計有以下幾點差異：
（l）盛裝待測比色液的容器不再使用比色皿，而是使用塑料微孔闆。微孔闆常用透明的聚乙烯材料制成，對抗原抗體有較強的吸附作用，故用它作為固相載體。
⑵由于盛樣本的塑料微孔闆是多排多孔的，光線隻能垂直穿過，因此酶标儀的光束都是垂直通過待測溶液和微孔闆的，光束既可是從上到下，也可以是從下到上穿過比色液。
⑶酶标儀通常不僅用A，有時也使用光密度OD來表示吸光度。酶标儀可分為單通道和多通道2種類型，單通道又有自動和手動2種之分。自動型的儀器有X,Y方向的機械驅動機構，可将微孔闆L的小孔一個個依次送入光束下面測試，手動型則靠手工移動微孔闆來進行測量。
在單通道酶标儀的基礎上又發展了多通道酶标儀，此類酶标儀一般都是自動化型的。它沒有多個光束和多個光電檢測器，如 12個通道的儀器設有12條光束或12個光源，12個檢測器和12個放大器，在X方向的機械驅動裝置的作用下，樣品12個為一排被檢測。多通道酶标儀的檢測速度快，但其結構較複雜價格也較高。
用途
可廣泛應用于低紫外區的DNA、RNA定量及純度分析（A260/A280）和蛋白定量（A280/BCA/Braford/Lowry），酶活、酶動力學檢測，酶聯免疫測定（ELISAs），細胞增殖與毒性分析，細胞凋亡檢測（MTT），報告基因檢測及G蛋白偶聯受體分析（GPCR）等。
工作環境
酶标儀是一種精密的光學儀器，因此良好的工作環境不僅能确保其準确性和穩定性，還能夠延長其使用壽命。儀器應放置在無磁場和幹擾電壓的位置。儀器應放置在低于40分貝的環境下。
為延緩光學部件的老化，應避免陽光直射。操作時環境溫度應在15℃－40℃之間，環境濕度在15%－85%之間。操作電壓應保持穩定。操作環境空氣清潔，避免水汽，煙塵。保持幹燥、幹淨、水平的工作台面，以及足夠的操作空間。
