辦公室
協助局領導掌握全市衛生工作情況，協調局機關政務；負責局機關的文秘、檔案、機要、保密、督查、信息和新聞發布工作；協調人大政協提案、議案的辦理；負責重要會議的籌備和重大工作的督辦；按照局黨委決定負責辦理幹部、職工的考察、考核、招錄、調配、獎懲等；負責局管幹部、後備幹部隊伍和衛生人才隊伍建設。
規劃财務科
拟訂全市衛生事業發展規劃，負責衛生基本建設投資計劃編制、基建工程管理、績效考核、政府采購、衛生裝備計劃、準入以及後勤設施更新、報廢的審核工作；負責全市衛生事業經費的安排、使用和管理，局機關經費的管理和使用；負責對下屬單位的财務、基建、國有資産監督管理和審計工作；參與各種醫療保險制度改革工作和專項資金的監管；制定衛生财務管理有關規定，管理和指導下屬單位的衛生統計、醫療衛生收費價格等。
業務科
拟訂全市醫藥衛生科技發展規劃，及中、西醫療業務、繼續醫學教育、衛生專業崗位培訓計劃。依法監督管理醫療機構的醫療質量和服務質量；負責修訂全市醫療機構設置規劃；負責組織實施國家基本藥物制度，貫徹國家基本藥物目錄，指導基本藥物采購、配送和使用；負責組織實施、監督管理全市藥品、衛生材料、器械招标、集中采購工作；負責醫療技術等要素的準入管理；負責城鄉合作醫療工作。
