背景設定
大戰終結後2年……
對世界造成破壞和混亂深淵的摩登元帥武裝政變，在正規軍的反攻作戰下被鎮壓。作戰成功的兩名關鍵角色，馬爾克和塔馬得到了晉升。在以自己之手營造的和平下，特殊部隊“遊隼”為了重建工作而努力着。
有一天，馬爾克和塔馬被召回了正規軍的參謀本部，摩登一黨的動向最近似乎變得活躍起來。雖然莫登叛逆軍的勢力已經被鏟除，但是正規軍上層的各國政府腐敗者與摩登元帥主張相同的人卻出乎意料的多，小規模的叛亂偶有發生。不過，最近的叛亂卻越來越有組織計劃性。在對全球各地的情報進行綜合分析的結果顯示，各地叛亂都明确表明了大規模作戰計劃的存在。而能夠策劃并指揮這樣大戰的隻有一人。
惡魔 唐納德·摩登元帥。
兩年的時光也沒能消除摩登的陰霾麼？但即使是摩登，也不可能在短時間内準備第二次政變。摩登到底還活着麼?
如果他還活着，究竟會用什麼手段，在什麼時候發動政變？
而且，能夠在短時間準備武裝政變的秘密是……？
馬爾克和塔馬被指配了一個秘密任務，那就是對反叛軍先發制人，防止第二次武裝政變爆發。這是一個由少數精銳部隊接連突襲鎮壓反叛軍并将其全部擊潰的嚴峻作戰。為防止情報洩露，就連他們的上司都不知道詳情的高保密性指令。無論如何，絕不能讓摩登的陰影再次籠罩全世界。
這次任務可謂比前次大戰還要嚴峻，但兩人當場就答應了。如果摩登還活着，那這次一定要根除他。雖然兩人幹勁十足，但這次任務卻附帶了一個意外條件：與情報局所屬的特殊工作部隊“麻雀”共同作戰。
原本打算隻由PF部隊解決的兩人表示反對，但參謀本部沒有接受。這是由于對實戰部隊燃起競争意識的情報局意圖，以及上層彼此對立等錯綜複雜緣故交雜在一起的結果，但馬爾克他們并不知道。最終在不了了之的結果下被将軍們強行決定下來。
作戰當日，麻雀小隊派來了兩位士兵，英裡和菲奧，年輕女性。
“我是笠本·英裡中士，叫我英裡就行了。”
“那個，能見到前大戰的兩位英雄，我感到很榮幸。我是麻雀部隊的菲奧·哉勒米一等中士。這是我第一次參加這麼大規模的作戰，我沒問題，我會努力的，請多多關照。”
“喂，馬爾克，你要和這些女人一起行動嗎？”
“事到如今還說什麼?時間到了，作戰計劃開始！”
就這樣，鎮壓政變的作戰開始了。馬可他們能防患于未然嗎？摩登真的還活着嗎？還有，叛逆軍的可怕秘密是？
這次的戰争開始了！
角色設定
遊戲中共有四名可選擇角色，分别是馬爾克、塔馬、菲奧、笠本英裡。角色不存在性能上的差異，僅在細節動作上存在各自的特點。
物品道具
武器裝備
載具
在原載具“SV-001”的基礎上，引入了三種新載具，新載具提供了不同的移動方式及優勢。
場景地圖
《合金彈頭2》采用Q版像素風格畫面，其共有六個關卡，主題包括沙漠、金字塔、火車、香港、地下通道、冰原堡壘，其中的多個場景可以進行破壞并出現額外的隐藏道具。
遊戲機制
該作延續了《合金彈頭》的玩法，除了在原基礎上增加武器類别及載具外，還引入了玩家狀态轉換的系統。
遭遇木乃伊噴出的紫色霧氣及蝙蝠的藥劑攻擊将會使角色木乃伊化。這将使玩家的移動速度急劇下降并丢失特殊武器，角色隻能手持手槍，其射速隻有普通手槍的一半；投擲手榴彈會更加緩慢，并且無法進行近戰攻擊。再次命中攻擊将導緻角色在紫色火焰中燃燒并死亡，通過解藥可以使玩家恢複人類形态。
肥胖形态發生在任務4的香港場景中，通過拾取大約七種食物後，角色會變得肥胖。肥胖會增加玩家的火力，但相應降低角色移動速度，并且武器外觀、待機動作、近戰攻擊等等也會發生外觀上的轉變。随着時間推移、拾取減肥食物、完成任務将解除該狀态。
除了形态轉換外，該作為系列首次提供輔助角色在戰鬥中幫助玩家。
配置要求
遊戲評測
《合金彈頭2》的要素一直被後續作品沿用，例如可選角色的增加、操作手感的改良等等，在故事劇情上有所延伸，新增反派陣營“火星人”，使作品滑稽搞笑的風格再次得到了延續。（遊俠網評）
《合金彈頭2》加入了兩名女性人物、新的載具及完整的劇情，使得該作成為《合金彈頭》系列中的經典作品，深受玩家喜愛（3DM評）
