曆史沿革
1999年12月12日，北京城市輕軌鐵路（北京地鐵13号線的前身）破土動工。
2000年9月26日，北京城市輕軌鐵路全面開工建設，其中，一期工程從西直門站到回龍觀東站，二期工程從回龍觀東站到東直門站。
2001年1月9日，中國進出口銀行向北京地下鐵道總公司協議轉貸141.11億日元，約合10月8億元人民币，解決北京輕軌鐵路建設資金問題。
2001年6月7日，北京城市輕軌鐵路首座車站上地車站主體主體結構完工。
2001年7月4日，北京城市輕軌鐵路西線車站（西直門至回龍觀）的裝修設計全部完成。
2001年10月1日，北京城市輕軌鐵路全線開始鋪軌。
2001年10月24日，北京城市輕軌鐵路成功地實施了跨越四環的鋼箱梁吊裝。
2002年6月15日，北京城市輕軌鐵路西線（西直門至霍營）完成鋪軌 。
2002年8月28日，北京城市輕軌鐵路第一批用車全部到位。
2002年9月28日，北京城市輕軌鐵路西線（西直門至霍營）開通試運營。線路采用人工售檢票，實行單一票制：僅可搭乘城鐵的票為單程每人次3元；可搭乘城鐵、地鐵的聯程票為單程每人次5元。
2002年12月下旬，北京地鐵運營公司正式接管北京城市輕軌鐵路東線（霍營至東直門）。
2003年1月28日，北京城市輕軌鐵路東西線實現正式貫通試運營。
2003年12月31日，北京地鐵13号線自動收費系統投入試運行，該系統是北京地鐵投入使用的第一套AFC系統。
2005年12.19日，北京地鐵13号線首次公布列車運行間隔表。
2007年9月5日，2号線新型客車在13号線上進行空載試運行試驗，列車在13号線中途站通過不停車。
2007年10月7日，北京地鐵13号線小磁卡停止使用，使用紙制車票，新裝POS機72台。
2008年7.20日，北京地鐵13号線首列6節編組列車上線運營。
2009年3.16日，北京地鐵13号線加裝站台安全門系統的可研報告基本完成。
2009年3.20日，北京地鐵13号線列車“四改六”擴編改造工程完成，56組列車由4節編組增至6節編組。其中3、4車為加車。
2010年12月20日，北京地鐵13号線知春路站南站廳外挂樓梯正式啟用。
2010年12月25日，由于原有西二旗站設計規模過小，為滿足與昌平線換乘需求新建的西二旗站投入使用。
2011年9月24日，西直門站新換乘通道開通，13号線換乘2号線、4号線将走新換乘通道直接站内換乘。
2012年8月10日，北京地鐵13号線加裝屏蔽門工程正式動工。
2012月9月17日，北京地鐵13号線北苑站完成15道滑動門和固定門的安裝。
2017年10月，北京地鐵啟動13号線建材城東路站和清華東站的建設工作。
2018年10月23日，據中鐵六局發布招标13号線拆分工程招标文件，北京地鐵13号線東段從西二旗站後路基撥線向東敷設至回龍觀、天通苑，稱為13A線，線路全長30月2千米，車站共18座，采用8B編組列車；西段從回龍觀站西側路基段撥線向西至軟件園，稱為13B線，線路全長32.2千米，車站共15座，采用6B編組列車。
2019年2月10日至16日，北京地鐵13号線改線撥接進入清河綜合交通樞紐工程開工建設，既有13号線上地站至西二旗站區間新增設清河站，與京張高速鐵路并場設置。
2019年6月，北京地鐵13号線A、B線拆分工程開工，預計2022年底前開通試運營。8月5日，北京地鐵13号線正式實行冷暖車廂。
2019年12月，國家發改委正式批複《北京市軌道交通第二期建設規劃調整方案》，按照批複的方案，是将13号線西二旗至龍澤站區間進行重新組合，形成城市北部交叉的2條“L”型線路，分成A、B兩線。其中13A線南部在大鐘寺站後撥線延伸至車公莊，北部由西二旗北側向東延伸至天通苑東，線路全長30.2公裡（含新建線路19.1公裡），同時結合既有線改造将線路由6B擴能至8B編組；13B線由馬連窪至東直門，線路全長32.2公裡（含新建線路8.8公裡）。13号線擴能提升後後，13A線能夠進入到回龍觀及天通苑區域内部，同時通過13A線直達中關村。12月30日，地鐵13号線清河站投入使用，并實現與京張高鐵清河站的換乘。
線路站點
車站列表
線路走向
北京地鐵13号線起點為西直門站，從西直門站向北經學院南路、大鐘寺、知春路、清華園、五道口、上地至西二旗，然後轉向東，經八達嶺高速路、回龍觀、回龍觀東、建材城東路、立水橋、北苑，再向南，經望京開發區、太陽宮、和平裡貨場、和平裡煤場，最後以地下線形式至東直門。
運營情況
運營時刻
注：東直門站往西直門站的全程末班車發車後，由東直門站發出列車的終點站為回龍觀站。
西直門站往東直門站的全程末班車發車後，由西直門站發出列車的終點站為霍營站。
遇特殊情況需臨時調整時，以北京市地鐵運營有限公司公告為準。
客運流量
2003年1月1日，北京地鐵13号線（西段）完成客運量41608人次。
2003年2月1-2003年2月7日，北京地鐵13号線7天共運送乘客31.87萬人次，最高日初二為4.89萬人次。
2005年10月1日，北京地鐵13号線日客運量突破23萬人次。
建設規劃
北京地鐵13号線擴能提升工程方案在西二旗至龍澤站區間将既有北京地鐵13号線拆分，結合部分車站改造以及新建段線北京地鐵13号線拆分，最終以審定命名為準路形成北京地鐵13A線、北京地鐵13B線兩條位于城市北部交叉的“L”型線路。北京地鐵13A線南段由既有北京地鐵13号線大鐘寺站以南撥線向南延伸至車公莊，與北京地鐵6号線換乘，實現30對折返能力，北段由既有北京地鐵13号線西二旗站以北撥線向東敷設至回龍觀、天通苑，與北京地鐵17号線換乘。線路全長30千米，其中新建工程16.8千米，全線設車站18座（含清華東站及清河站），換乘站11座。
13B線由既有北京地鐵13号線東直門至回龍觀站西側撥線向西延伸至上地軟件園，與北京地鐵16号線換乘。線路全長32千米，其中新建工程5.8千米，共設車站15座（含建材城東站），其中換乘站9座。項目力争2019年底開工，2022年底前開通試運營。北京地鐵13号線擴能提升工程建成後，13A線列車将由6B編組改造為8B編組(按照相關标準，6B列車約承載1300人，8B列車約承載1700人、較6B多承載400人)，最小發車間隔可由2分30秒提升至2分鐘，運能提升七成。同時，西直門站的部分換乘量将分擔至車公莊站，并增設新龍澤同台換乘站，同時舊龍澤站将停止運營并擱置。
價值意義
北京地鐵13号線一方面可将北京市北部三大邊緣集團與中心區連接起來，為其發展提供良好的條件，将會增加三大邊緣集團的吸引力，有利于市中心區人口向外疏通；另一方面由于該線路連接西直門和東直門兩大交通換乘樞紐，可有力地改善北京市的城市交通和城市環境。（新浪網評）
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中新網12月20日電據北京地鐵公司官方微博消息，21:58地鐵13号線望京西站下行(開往東直門方向)一名乘客翻越站台門進入運營軌道正線，列車緊急制動，車站工作人員采取接觸軌停電措施進行處理，影響後續列車晚點。
2010年晚9點多，城鐵13号線北苑站至望京西站下行區間，一名女子在地鐵軌道上被一輛列車撞亡。昨天，據地鐵方面表示，經過警方調查，确認死者為一名拾荒女子。
據一名乘客介紹，當晚他乘坐13号線從立水橋趕往東直門，在列車開過北苑站、向望京西站行駛時，列車突然緊急刹車，“後來才聽說是撞人了”。列車停了一段時間後，才繼續行駛。
事發後，地鐵方面迅速找來急救人員及市公共交通安全保衛總隊民警。急救人員趕到後，确認被撞者已經身亡。前晚10點半左右，記者趕到事發現場，被撞者的屍體已被運走。記者注意到，從北苑站至望京西的這段軌道，均為地面軌道，兩側均有防護網遮蔽。
昨天，北京地鐵運營有限公司相關人士表示，根據警方調查，确認死者是一名拾荒女子，身上未攜帶任何證件。事發時，司機發現封閉的區間内有人突然沖上線路，随即采取緊急制動措施，但還是撞了人。經過地鐵工作人員檢查，該區段護網無任何破損現象，初步斷定該女子是翻越護網進入軌道區間。
該人士還強調，國家有相關規定，禁止行人擅自翻越護網進入地鐵運行區間，再次提醒大家注意安全。
