執政
擔任總統
那個年代的乍得恰逢亂世。1960年8月11日，乍得宣布脫離法國獨立。兩年後，弗朗索瓦·托姆巴巴耶在法國的支持下當選為乍得第一任總統。托姆巴巴耶上任後嚴厲打壓其他政黨，将乍方領土出售給利比亞，招緻國内怨聲四起，一些武裝趁機發動叛亂，托姆巴巴耶政府搖搖欲墜。
哈布雷就是在這一背景下回國的。他很快參加了在乍得北部地區較為活躍的武裝組織“北方武裝部隊”。1974年4月21日，哈布雷率部攻擊了提貝斯提省首府，并綁架了一名德國人和兩名法國人，試圖用人質獲取現金與武器。其間盡管法國政府一直想方設法營救，但一直沒有成功。這起事件讓哈布雷首度以北方武裝部隊領導人的身份出現于世界舞台上，名噪一時。
1975年4月13日，原乍得武裝部隊司令費利克斯·馬盧姆在法國政府的支持下發動軍事政變，推翻托姆巴巴耶政府，出任乍得最高軍事委員會主席。不過，這股政治力量未獲得國内政治組織的支持，政權岌岌可危。為渡過危機，馬盧姆邀請時為北方武裝部隊領導人的哈布雷共同組建新政府。1978年8月29日，哈布雷接受邀請出任乍得總理。不過，兩個人的蜜月期十分短暫。由于政見不同，雙方矛盾越來越大，并最終在1979年2月導緻兵戎相見，最終哈布雷力量打敗馬盧姆。
1979年8月，在乍得各黨派支持下，古庫尼·韋戴成為乍得“全國團結過渡政府”領導人，哈布雷出任國防部長。然而，不甘屈居人下的哈布雷不久後與韋戴發生争執，雙方軍隊于1980年3月爆發全面内戰。在美國與法國的支持下，哈布雷于1982年6月打敗由利比亞支持的韋戴，并在南方各部族的支持下組成新一屆政府，就任總統一職。
嚴刑酷法
哈布雷出任乍得總統後，為防止重蹈前兩任總統的覆轍，他廢除原本擁有實權的總理職位，還親自組建了可直接控制的乍得特務部隊，對國内反對黨進行瘋狂鎮壓。
據非洲知名網站“泛非網”披露，哈布雷及其部下懲治反對者的手段極為殘忍，不少人在他們的虐待中受傷或死亡。比如一個名叫蘇萊曼尼的乍得人，因被指控支持哈布雷的反對者被判入獄兩年多。據蘇萊曼尼回憶，他所在的牢房隻能容納一個成年人站直身體，牢房裡還懸挂着一盞高達100瓦的燈泡，“每天感覺頭像要爆炸一樣”。由于長時間的強光照射，蘇萊曼尼幾乎雙眼失明。另外一種令人發指的酷刑，是将受刑人的四肢一起綁在後背上。這種刑罰會使受到嚴刑拷打的人傷口開裂，不僅疼痛難忍，時間一長，還會阻礙犯人的血液循環，導緻其全身麻痹。許多犯人因為傷口得不到及時治愈，會全身長滿蛆蟲。乍得人哈赤姆就曾受過這種刑罰。當時，他與另外30名囚犯一起被關在一間牢房裡。由于牢房人群擁擠，許多人因缺氧而死，而活着的人不得不躺在那些屍體上入睡。
哈布雷不但逮捕殺害反對者，有時連他們的家人也不放過。如果他認為政治犯所在的部落會危及自己，還會對整個部落進行清洗。乍得真相委員會在1992年的一份統計稱：哈布雷執政時期至少有4萬反對者被殺，超過20萬名普通乍得公民曾遭到哈布雷特務部隊的監禁或毒打，無數人被迫流亡國外。
離心離德
哈布雷用嚴刑酷法打壓異己的同時，還要應對随時準備卷土重來的韋戴。1983年6月，韋戴在利比亞的支持下再度攻入乍得，并一度占領乍得東南方的大部分領土。由于擔心利比亞借機侵占乍得，美法等西方國家向哈布雷政權提供大量軍事援助，助其将支持韋戴的利比亞軍隊趕出乍得。
不過，哈布雷雖然保住政權，但實力受到嚴重削弱，政權處于風雨飄搖境地。乍得許多部落武裝因不滿哈布雷的排擠以及政策，紛紛群起反抗。其中以紮格哈瓦部落的武裝力量最強大。1990年11月，紮格哈瓦部落的軍官伊德裡斯·代比·伊特諾軍率軍擊敗了哈布雷的軍隊，并包圍了首府恩賈梅納。當時美國法國沒有再支持哈布雷，而是派遣飛機接走了乍得境内的外國人。哈布雷守軍也開始丢盔棄甲、繳械投降。1990年12月2日，哈布雷政府被推翻。
在代比将軍破城的同一天，哈布雷及其支持者一起逃往喀麥隆，後來又流亡到塞内加爾。2000年，哈布雷在塞内加爾遭到起訴，但受理法院最終以其“無權審理在其他國家犯罪的哈布雷”為由将其釋放。2006年3月17日，歐洲議會要求塞内加爾将哈布雷引渡至比利時受審，但遭到塞内加爾拒絕。
倒台
接受審判
2007年，在非洲聯盟的壓力下，塞内加爾建立了戰争罪行法庭，以審判哈布雷。2008年7月，塞内加爾修改法律授權塞内加爾法院對在他國實施犯罪行動或在超過10年前實施犯罪行動的人進行審判。2008年8月15日，乍得恩賈梅納刑事法庭缺席宣布哈布雷危害國家安全、危害憲法秩序、領土完整及安全等罪行，并判處哈布雷死刑。不過這并不意味着哈布雷已走上末路，真正能決定其命運的是塞内加爾。2008年1月，歐盟專家曾前往塞内加爾要求其制定一份檢舉計劃，并确定精确的審判時間表與合理的預算，但時至今日塞内加爾仍然沒有完成上述工作。哈布雷命運走向究竟如何，仍是一個未知數。
2009年5月28日，塞内加爾政府表示，塞司法部門完全有能力審理乍得前總統侯賽因·哈布雷一案。塞内加爾政府預計審理哈布雷一案至少需要投入180億非洲法郎（約合3600萬美元），而對該案的調查、取證、審理等項工作可能需要長達3年的時間。
國外被捕
塞内加爾一家私人電台2013年6月30日說，乍得前總統侯賽因·哈布雷當天上午在其位于達喀爾的寓所中被塞内加爾憲兵逮捕。
哈布雷的律師哈吉·迪烏夫對該電台說：“侯賽因·哈布雷被（憲兵）逮捕，目前下落不明。”
塞内加爾司法部門為哈布雷案件專門設立的非洲專門法庭發言人馬塞爾·門迪在接受電話采訪時表示，哈布雷已被司法部門羁押，等待非洲專門法庭審問。
哈布雷1982年6月發動政變上台，1990年12月被乍得現任總統代比推翻，後流亡塞内加爾至今。乍得官方一個調查團指控他在執政期間涉嫌殺害4萬名政治犯。
2005年9月，比利時司法部以涉嫌犯有嚴重反人權罪、反人類罪和濫用私刑罪，對在塞内加爾流亡的哈布雷發出國際逮捕令，要求将他引渡到比利時受審。同年11月15日，哈布雷在達喀爾被逮捕，後被釋放。
終身監禁
2016年5月30日消息，乍得前總統侯賽因·哈布雷30日被設在塞内加爾首都達喀爾的非洲特别法庭以反人類罪、戰争罪等罪名判處終身監禁。
非洲特别法庭在當天的審判中宣布哈布雷犯有戰争罪、反人類罪、強奸罪、性侵罪和故意殺人罪等罪行，且情節“極為嚴重”，因此判處哈布雷終身監禁。根據法律規定，哈布雷可以在15天之内對此判決進行上訴。
