成書經過
在小說《倚天屠龍記》第一版中，《九陽真經》是達摩所寫下。《九陰真經》為黃裳所著，《九陽真經》雖然隻有内功的修煉方法，但神功大成後，卻非世上的任何武功招式所能傷害。
二版中，小說《九陽真經》虛構為達摩祖師所寫下的，但後來張君寶悟到達摩祖師是天竺人，就算會寫中華文字，也必文理粗疏，九陽真經文字佳妙，外國人決計寫不出，定是後世中土人士所作。多半便是少林寺中的僧侶，假托達摩祖師之名，寫在天竺文字的《楞伽經》夾縫之中。
在最新修改版本中，作者寫成在嵩山中一位奇士鬥酒勝了王重陽得以借觀《九陰真經》，此人即鬥酒神僧，某天與王重陽鬥酒後勝于王重陽，王重陽便把《九陰真經》借給鬥酒神僧看。鬥酒神僧認為《九陰真經》陰氣太重，一味崇揚道家黃老之學，隻重以柔克剛，以陰勝陽，不及陰陽互濟之妙，于是投身少林，在四卷《楞枷經》行縫中，以漢文寫下了自己結合武道禅宗心得所創的，寫下自創的《九陽真經》，自覺比之與《九陰真經》更有陰陽調和、剛柔互濟的中和之道，撰寫《九陽真經》的鬥酒神僧在皈依佛法之前乃是道士，精通道藏，所撰武經剛柔并重，陰陽互濟，随機而施，後發制人，與少林派傳統武學的着重陽剛頗不相同，與純粹道家的九陰真經之着重陰柔亦複有異。于是順理成章出現在少林寺藏經閣。
新修版《射雕英雄傳》的《九陰真經》總旨亦明言「九陰極盛」乃是災害，要糾正道家「但重陰柔的缺失」，然而，如《射雕英雄傳》中所述，總旨「比之真經中所載的功夫更深了一層」，可見黃裳雖認為「陰陽互濟」是「武學最高境界」，作為九陰難以明解的關鎖的總鑰匙，或克服「九陰極盛」的毛病，卻未改《九陰真經》所載武功本身陰柔為主的特性，故兩書所述并無矛盾。奇士所創，可視為《九陰真經》總綱所見上另建高築，修煉《九陽真經》，可達到《九陰真經》總旨中所述「武學最高境界」。《九陽真經》練到最後大關得名師指點或友人幫助，打通全身上下所有幾百個穴道，沖破全身上下數十處玄關，才真正練成「九陽神功」，或如張無忌那般在乾坤一氣袋中的奇遇，否則隻是積存九陽内力，不會施展運用，内力不會無窮無盡的循環自生，劇烈戰鬥後容易洩氣過度緻死，如同覺遠大師的例子。
重見天日
在《神雕俠侶》中，楊過打敗金輪法王（新修版改稱「金輪國師」），蒙古武士尹克西和潇湘子逃到嵩山，後發現張君寶（孩童時期的張三豐）在少林寺廊下讀《楞伽經》，尹克西悄悄走到他身後，伸手點了他的穴道，把那四卷《楞伽經》取去。
經在油中
後來，覺遠和張君寶追趕尹克西和潇湘子二人至華山之巅，巧遇楊過、小龍女、郭襄等人。尹克西和潇湘子眼看無法脫身，剛好身邊有隻蒼猿，兩人心生一計，便割開蒼猿肚腹，将經書藏在其中。覺遠、張君寶、楊過等搜索潇湘子、尹克西二人身畔，不見經書，便放他們帶同蒼猿下山。潇湘子和尹克西帶同蒼猿，遠赴西域，兩人心中各有所忌，生怕對方先習成經中武功，害死自己，互相牽制，遲遲不敢取出猿腹中的經書，最後來到昆侖山的驚神峰上，尹湘兩人互施暗算，鬥了個兩敗俱傷而死。這部修習内功的無上心法，從此留在蒼猿腹中。
覺遠傳經
尹克西臨死時遇見「昆侖三聖」何足道，良心不安，請他赴少林寺告知覺遠大師，那部經書是在這頭蒼猿的腹中。但他說話之時神智迷糊，口齒不清，他說「經在猴（hou）中」，何足道卻聽做什麼「經在油（you）中」。何足道信守然諾，果然遠赴中原，将這句「經在油中」的話跟覺遠說了。覺遠無法領會其中之意，固不待言，反而惹起一場絕大的風波，令覺遠、張君寶被少林寺所逐。覺遠圓寂前，念起《九陽真經》，令郭襄、張君寶和少林寺羅漢堂首座無色禅師各有所悟，無色得其高（因三人中武功最高并與其本身武功印證），郭襄得其博（因家學淵博，所學甚廣），張君寶得覺遠傳授《九陽真經》最多，加上當時武功全無根基，所學反而最精純。三人各以此為基礎，創出了少林九陽功、峨嵋九陽功、武當九陽功。後來郭襄、張君寶出家開創峨嵋、武當兩派。
在《倚天屠龍記》中張無忌因朱子柳的後代朱長齡的牽連意外地進入昆侖山谷，巧遇當年的蒼猿，因好心治療其肚腹上的傷痕，取出内藏之經書，得以習得完整的九陽神功，不但纏綿體内的寒毒盡皆驅除，内力更提升至絕高的境界。九陽神功到最後大關時得到乾坤一氣袋的奇遇後，沖破全身上下數十處玄關，張無忌的九陽神功方克大成。
經文選輯
「他強任他強，清風拂山崗；他橫任他橫，明月照大江。」
「他自狠來他自惡，我自一口真氣足。」
華山絕頂覺遠背誦的《九陽真經》拳學精義：「氣沉于淵，力凝山根」
「運氣之時，須得氣還自我運，不必理外力從何方而來。」
「虛實須分清楚，一處有一處虛實，處處總此一虛實。氣須鼓蕩，神宜内斂，無使有缺陷處，無使有凹凸 處，無使有斷續處。」
「要用意不用勁。随人而動，随屈就伸，挨何處，心要用在何處。」
「前後左右，全無定向，後發制人，先發制于人。」
「我勁接彼勁，曲中求直，借力打人，須用四兩撥千斤之法。」
覺遠禅師夢呓《九陽真經》原文：「彼之力方礙我之皮毛，我之意已入彼骨裡。兩手支撐，一氣貫穿。左重則左虛，而右已去，右重則右虛，而左已去。」
「氣如車輪，周身俱要相随，有不相随處，身便散亂，其病于腰腿求之。」
「先以心使身，從人不從己，後身能從心，由己仍從人。由己則滞，從人則活。能從人，手上便有分寸，秤 彼勁之大小，分厘不錯；權彼來之長短，毫發無差。前進後退，處處恰合，工彌久而技彌精。」
「彼不動，己不動，彼微動，己已動。勁似寬而非松，将展未展，勁斷意不斷。」
「陰到極盛，便漸轉衰，少陽暗生，陰漸衰而陽漸盛，陰陽互補，互生互濟，少陽生于老陰，少陰生于老 陽。凡事不可極，極則變易，由重轉輕，由輕轉重。」
「力從人借，氣由脊發。胡能氣由脊發？氣向下沉，由兩肩收入脊骨，注于腰間，此氣之由上而下也，謂之合。由腰展于脊骨，布于兩膊，施于手指，此氣之由下而上也，謂之開。合便是收，開便是放。能懂得開 合，便知陰陽。」
第二卷經文中：「呼翕九陽，抱一含元，此書可名《九陽真經》。
經埋土中
小說中在張無忌走進昆侖山山谷的五年後，他完全學會了九陽真經，于是把四卷載有《九陽真經》的《楞伽經》、以及胡青牛的《醫經》、王難姑的《毒經》，注明"張無忌埋經處"(二版)埋在地洞裡，待有緣人得之。
