漫畫介紹
2005年12月17日，數碼獸漫畫版再開連載。這次由濱崎達也當任劇本岡野剛作畫，數碼獸次世代漫畫于Vjump2006年2月号開始連載，于2008年2月号（2007年12月發售）連載結束。數碼獸次世代講述人類世界的一個擅長玩數碼獸迷你機的男孩龍野劍與其夥伴們共同對抗大魔王巴爾巴獸的故事。
技能
百萬火焰（MegaFlame）——吐出超高熱的火焰，燒光一切的技能。
偉大之角（GreatAntler）——用巨大的頭角向對方連續砍去的技能。
暴龍之牙（GreyTooth）——盡可能的使用強韌的獠牙和下颚咬向對方的技能。
偉大之牙（GreatTooth）——
尾部鞭擊（TailWhip）——用尾巴攻擊對方的技能。
尾部墜落（TailCrash）——用巨大的尾巴扣擊對方的技能。
号角螺旋（HornSpiral）——以超速度卷上對方使之形成龍卷風的技能。
位元火焰（BitFire）——吐出小型炎之玉的技能
防火牆（FireWall）——創建一個防火牆，以阻止敵人的攻擊。
偉大号角攻擊（GreatHornAttack）——用頭角把敵人頂到上空攻擊的技能。
火焰号角（FireHorn）——用燃起火焰頭角攻擊的技能。
進化流程（數碼獸次世代進化路線）
黑球獸（幼年期1）——滾球獸（幼年期2）——亞古獸（成長期）——暴龍獸（成熟期）——躍升暴龍獸（完全體）——勝利暴龍獸（究極體）
劇情
《數碼獸次世代》
原作：濱崎達也
漫畫：岡野剛
原案：本鄉昭由
于月刊雜志V-jump2006年2月号開始連載的漫畫。
分卷
第一卷歡迎來到數碼獸網絡遊戲
Battle01歡迎來到數碼獸網絡遊戲！！
Battle02黑翼的騎士！
Battle03暴龍獸VS啄木鳥獸！
Battle04恐怖的削除軍隊
Battle05勇跟加奧獸
Battle06i-Land！
第二卷光之城
Battle07VS炮蜂獸！
Battle08太陽沙漠
Battle09黑之核
Battle10少女諾倫
Battle11比滋獸的秘密！
Battle12光之城！
第三卷完全體躍升暴龍獸
Battle13另一個賢者！
Battle14再會！
Battle15黑暗區域
Battle16完全體躍升暴龍獸
Battle17我……！
Battle18突破炎之壁！
第四卷與未來的戰鬥
Battle19天界！
Battle20死鬥·三将軍！
Battle21對神器數碼獸雙子機！
Battle22魔王巴爾巴獸！
Battle23NEO！
Battle24與未來的戰鬥！
FinalBattle數碼世界!
漫畫概括
第01話歡迎來到數碼獸網絡遊戲
■2005年12月17日月刊V-jump雜志2006年2月号刊載
人類世界的一個普通小孩龍野劍不但是足球隊的主力而且也是學校玩數碼獸迷你機的高手。一天通過同學介紹來到位于大城市的電玩店，使用數碼獸對戰終端進入到虛拟的真實世界。第一次玩網絡遊戲的阿劍遇到了自己的暴龍獸，随後接受了馴獸師齋藤的巨大暴龍獸的挑戰，并最終獲勝。但是當他回到現實世界的時候，卻被真正的古加獸攻擊。在這時，他的數碼獸迷你機開始發光了……
第02話黑翼騎士
■2006年01月21日月刊V-jump雜志2006年3月号刊載
阿劍在玩完數碼獸網絡對戰回去的路上碰到了真的古加獸的襲擊，幸好這時他的夥伴暴龍獸出現并救了他一命，一切都以為是一場夢。阿劍的友好亞美和阿翔也都玩數碼獸迷你機，而且翔的還是限定版的黑色機型。在阿透的帶領下，阿劍和亞美再次進入數碼獸網絡對戰遊戲。并且碰到了前來為弟子齋藤報仇的馴獸師近藤，然而此時自稱黑騎士的黑客馴獸師奈特和他的數碼獸啄木鳥獸出現在了阿劍的面前！
第03話暴龍獸VS啄木鳥獸
■2006年02月21日月刊V-jump雜志2006年4月号刊載
上次黑客馴獸師黑騎士及其數碼獸啄木鳥獸的亂入使得阿劍的對手發生了改變。在對決中阿劍發現啄木鳥獸身上也有和暴龍獸和比茲獸相同的象征“變異種”的印記，開始雙方平分秋色而且暴龍獸略勝一籌，後來黑騎士讓啄木鳥獸使用先前對付齋藤的師父近藤的爛泥獸讓其數據慢慢分解的必殺技“苦無之羽”。在千鈞一發之際，幸好黑鬥篷及時出現把阿劍和暴龍獸轉移到了安全的地方。在現實的數碼獸對戰終端上，亞美醒來了，然而她和阿透卻不見阿劍的人影……此時暴龍獸退化成為亞古獸，阿劍本以為救自己和暴龍獸的黑鬥篷是阿翔，沒想到卻是妖精獸！不管怎麼說，總算是得救了。黑騎士在自己的總部發誓下次一定要打倒阿劍，當他摘下面具時……其真面目竟然是華原翔！
第04話恐怖的數碼獸消除部隊
■2006年03月20日月刊V-jump雜志2006年5月号刊載
被妖精獸解救的阿劍和亞古獸坐上了機車獸C89号逃離了，事後阿劍得知自己已經從現實世界真正進入到了數碼世界。随後他們來到巴達獸的村子·隐藏之谷，醒過來的亞古獸因為阿劍作為馴獸師的不稱職而讓自己輸給了啄木鳥獸大為惱火，于是痛扁了阿劍一頓。正在兩人争執的時候，小妖精獸阻止了他們，并說出了事态的嚴重：邪惡的大魔王巴魯巴獸出現了，它利用翔來收集數碼記憶體（DigiMemory），如果讓巴魯巴獸收集到數碼的世界的8個數碼記憶體(加速器的DNAData的通稱)的話，它便能擁有控制世界的力量了。這8個數碼記憶體分别是妖精獸擁有的“神聖”、巴魯巴獸擁有的“黑暗”、“龍族”、啄木鳥獸的“鳥型”、“水栖”、“獸型”、“昆蟲·植物”以及“機械·突然變異”。
第05話阿勇和加奧獸
■2006年04月21日月刊V-jump雜志2006年6月号刊載
封龍獸率領兵龍獸軍團來襲，妖精獸奮起反抗，但封龍獸把迪哥獸和巴達獸們關起來當作人質，它不敢輕舉妄動。最後被封龍獸打成重傷玩弄其手掌之間，而且它的神聖數碼記憶體也被搶走。聞訊趕來的阿劍和亞古獸憤怒到極點，此時阿劍的數碼之魂燃起，借助這股力量亞古獸使出了小型燃燒彈一招終于打倒了封龍獸，兵龍獸們失去首領士氣亂散最終落荒而逃。
阿劍由此答應了妖精獸擔當拯救數碼世界和打倒大魔頭巴魯巴獸的重任。妖精獸用自己的力量使數碼獸迷你機變化成了Digivice。随後阿劍和亞古獸坐上機車獸前往了光之城。
第06話i-LAND
■2006年05月21日月刊V-jump雜志2006年7月号刊載
阿劍和勇，以及加奧獸、大地暴龍獸在搭乘機車獸的途中，因為大地暴龍獸要上廁所，所以在一座島上停了下來。那座島被稱作i-LAND，外表很像遊樂園。在那裡像蜂巢一樣東西裡殘留着蛋。勇去取結果警報響起胡蜂獸出現。它一直在這裡守護着，保護了坦克龍獸後，把阿劍和勇關到了城中。随後，亞美也被抓住了。然後亞古獸和加奧獸與胡蜂獸以及進化後的炮蜂獸展開了戰鬥。
第07話VS炮蜂獸
■2006年06月21日月刊V-jump雜志2006年8月号刊載
胡蜂獸進化成了完全體的炮蜂獸。面對完全體那壓倒性的力量成長期的亞古獸和加奧獸敗下陣來。就在這千鈞一發的時刻，加奧獸沖出一人引開了敵人。亞古獸提出了尋找被囚禁的阿劍等人的作戰計劃。
雖然知道已經沒有希望，但是加奧獸一個人想要為大家争取時間。加奧獸最後問巴魯巴獸為何殺戮數碼獸的理由。
巴魯巴獸殺戮數碼獸的理由就是把世界上以前的數碼獸全部掃光，制造一個僅僅讓“數碼突擊隊”存在的理想鄉。
加奧獸用坦克龍獸的數碼蛋作為人質。炮蜂獸無情地展開了攻擊，腿部受傷的加奧獸動彈不得受到炮蜂獸必殺技的直接攻擊。
當亞古獸救出阿劍回來的時候，加奧獸已經奄奄一息了。最後用阿劍的數碼之魂亞古獸進化成為大地暴龍獸，在炮蜂獸放出必殺技“NitroStinger硝酸刺激”的一瞬間。大地暴龍獸用數碼終端器中安裝的新技能“MegaBurst超級爆裂”應戰。和完全體最強技能互相碰撞，DP(DigimonPower)較差的超級爆裂處于下風。然而由于阿劍的心裡強烈的意志，最後漂亮地擊粉碎了炮蜂獸。
加奧獸用數碼終端器的藥治療後，加入去i-Land的一行人。
這個時候，天界的巴魯巴獸之城，數碼突擊隊準備開始新的行動了……
第08話太陽沙漠
■2006年07月21日月刊V-jump雜志2006年9月号刊載
巴魯巴獸率領的數碼突擊隊發起了進攻。它企圖斷絕人類和數碼獸的紐帶，再構造一個數碼世界……巴魯巴獸向黑騎士下令收集8個數碼記憶體，于是黑騎士讓啄木鳥獸飛起。
另一方面，阿劍他們乘夜來到了沙漠。亞美無法相信這是數碼世界。讨厭争吵的阿勇，想的不是打倒巴魯巴獸，想的隻有享受着數碼世界。那夜，按照已經傷愈完好的加奧獸的意思，阿勇瞞着阿劍和加奧獸兩人在沙漠正中途下了車。第二天，阿劍和亞美發現阿勇和加奧獸消失了，于是兩人返回到了阿勇下車的地方。
這時，阿勇因為冒着酷暑步行體力透支。加奧獸在附近發現了綠洲，它帶着阿勇前行。在綠洲中消除疲勞後的2人在那裡發現了大群植物型數碼獸，它們的主人是沙漠領主向日葵獸。向日葵獸說，以前那個沙漠被稱作“綠色大地”，但是由于乘機奪取天界的巴魯巴獸而發生了氣候的異常。向日葵獸它們是依靠北部森林的超比多獸去的途中，于是勇和加奧獸也打算一起去。
這時，火焰獸突然出現。它就是使草原和沙漠突變的罪魁禍首。為了保護阿勇，加奧獸吃了火焰獸的必殺技火焰重拳…
第09話黑之核
■2006年08月21日月刊V-jump雜志2006年10月号刊載
火焰獸被巴魯巴獸操縱并炎之惡魔化。陷入危機的阿勇，加奧獸為了保護他正中火焰獸的必殺技被打倒。阿劍他們乘坐機車獸趕來，聽說情況後的阿劍讓亞古獸進化成大地暴龍獸。由于看到DP強于對手于是大地暴龍獸開始輕視火焰獸。面對火焰獸的再生能力打擊技能無效。
大地暴龍獸放出必殺技超級火焰、火焰獸吸收了火焰攻擊更加巨大化。而後大地暴龍獸被火焰獸的得意技岩漿炸彈擊中。無論是打擊技能還是火焰技能都行不通，火焰獸因為和大地暴龍獸的屬性是相同的。期間，加奧獸發現了火焰獸左胸的黑色的球體。向日葵獸們也投入戰鬥，但不是火焰獸的對手。
火焰獸再次放出得意技岩漿炸彈、就在陷入危機之時，從阿勇的身體裡溢出數碼之魂。接受了阿勇數碼之魂的力量，加奧獸進化成了成熟期的加奧加獸。加奧加獸的額頭上有Mu端子，那是“獸”之記憶體。所以加奧獸也是變異種。
但是、阿勇的數碼之魂是突然爆發，因此加奧加獸是不完全進化。會馬上退化，在那之前，它放出了把泉水卷成漩渦的必殺技「螺旋吹襲」。在火焰獸的身體再生之前，大地暴龍獸擊破了植入它身體中的黑之核。2人的合作終于破壞了火焰獸的黑之核。
火焰獸因為被巴魯巴獸植入了黑之核，所以受到了控制。隻要巴魯巴獸還在，今後還會有更多的數碼獸會受傷……于是阿劍他們堅定了打倒巴魯巴獸的決心，前往北部森林、綠色樂園。
但是，那裡已經化為了一座死亡的森林……
第10話少女諾倫
■2006年09月21日月刊V-jump雜志2006年11月号刊載
封龍獸戰敗受傷。被選中的傑出軍隊數碼獸消除部隊認為丢面子的士兵是沒有必要的，于是删除了封龍獸。俯視那個被抓住的少女，諾倫。巨大的超比多獸的角掉在了她的面前，在那裡的還有黑騎士和啄木鳥獸。諾倫和黑騎士關系好像很親密。巨大的角是打倒北部森林的大獨角仙獸的戰利品。
另一方面，阿劍他們和向日葵獸它們共同向北部森林前進。但是，那裡已經化為焦土。他們和在那裡的小比多獸交談打聽到了事情的經過。黑騎士和啄木鳥獸為了得到大獨角仙獸的蟲之數碼記憶體而來到了北部森林。大獨角仙獸受到它們攻擊，被啄木鳥獸借用巴魯巴獸的黑暗力量進化為三咫烏獸擊敗而消失。
向日葵獸它們留在了北部森林，阿劍急忙先行一步。即是亞古獸和加奧獸是變異體也從未勝過完全體，
聽說強敵三咫烏獸的事後，亞古獸和加奧獸不也進化成完全體是沒有希望赢的。
黑騎士得到了蟲·草木的數碼記憶體，8個數碼記憶體還剩4個。他為了巴魯巴獸構建理想世界野心而戰。面對黑騎士諾倫反駁他，勸他恢複正常。
疲勞積累的黑騎士首先回到了現實世界。桌子上的年幼時候阿劍和阿翔的照片……桌旁的少女諾倫的樣子……
第11話比茲獸的秘密
■2006年10月21日月刊V-jump雜志2006年12月号刊載
3年前，在童年時的好朋友阿劍、阿翔、亞美、阿勇4人面前出現了一個神秘少女，諾倫。“你們所說的…數碼獸…是什麼？”諾倫的提問浮現在腦海裡。
黑騎士和啄木鳥獸打倒了大獨角仙獸。啄木鳥獸把“蟲·草木”的數碼記憶體獻給了巴魯巴獸後離開了那個地方。但是，在那之前翔就被分子獸秘密監視了。分子獸告訴了黑騎士與被囚禁中的諾倫密會，不過巴魯巴獸信任對啄木鳥獸的黑騎士忠誠，于是啄木鳥獸離開那個地方。
另一方面，阿劍他們乘坐機車獸來到了光之城。亞美在客車中到處尋找不見了的比茲獸。然後，加奧獸聽到了阿勇和機車獸的對話。因為看到阿勇和機車獸和關系很好，加奧獸顯得有點嫉妒而焦躁。
比茲獸在客車内被阿劍和亞古獸做無理的戰鬥訓練。發現後發怒的亞美痛打亞古獸，在被她教訓不關愛之類的話之時，機車獸的線路上出現了神秘的建築物。
因為繞道要花費過多時間，于是大家決定去那個建築物。但是，那裡卻是個數碼世界的世外桃源——天堂溫泉。他們受到天女獸和迪路獸做的高級菜款待。阿劍十分羨慕天女獸的悠閑，亞美帶着比茲獸去了溫泉。亞美說加奧獸忌妒，不過自己卻發現阿劍忌妒的心情。
此時，天女獸出現在亞美面前。天女獸顯現出了本性，溫泉是機油，飯菜是蟲子，全部都是虛幻的。原來，天女獸的真面目是僞裝的分子獸。亞美為了保護被分子獸攻擊的比茲獸，讓比茲獸發揮出了作為變異種的能力，比茲獸的胸部聚集着數碼記憶體。
不想失去重要的親人，亞美的心情傳達到了比茲獸，幼年期的比茲獸進化成了究極體海天使獸！海天使獸使用自己的能力使分子獸喪失了鬥志。随後阿劍他們從分子獸身上刺探出了光之城的路。
于是，比茲獸也學會了進化的能力，大家重新以光之城為目标前行。。。。。。
部分登場新數碼獸
向導獸(Guidemon)
世代：不明
屬性：不明
種類：不明
必殺技：不明
數碼獸網絡遊戲中的用于向導的數碼獸，位于新手村·光之城。像兔子一樣的機械型的數碼獸，臉部的顯示器能夠顯示各種各樣的信息。能夠使用螺旋槳在空中自由飛翔。登場于第1話。
啄木鳥獸(Peckmon)
世代：不明
屬性：不明
種類：鳥型
必殺技：苦無之羽
像啄木鳥一樣的鳥型數碼獸。好像被移入了手裡劍等忍者的相關數據。是黑客馴獸師黑騎士(翔)的搭檔數碼獸，登場于第2話。
妖精獸(Piccolomon)
世代：完全體
屬性：疫苗種
種類：妖精型
必殺技：位元炸彈
操着異次元程序語言的數碼獸，能夠自由操縱魔法的妖精型數碼獸。體型雖小，但是卻有封印敵人的特殊能力。自稱是住在數碼世界的賢者，登場于第3話。
機車獸·C89号(TrailmonC89Model)
世代：成熟期
屬性：資料種
種類：機械型
必殺技：急速行駛
像電車一樣的數碼獸。登場于第3話。
亞古獸(Agumon)
世代：成長期
屬性：疫苗種
種類：爬蟲型
必殺技：小型燃燒彈
阿劍的暴龍獸退化成成長期的形态。登場于第3話。
巴魯巴獸(Barbamon)
世代：究極體
屬性：病毒種
種類：魔王型
必殺技：パンデモニウムロスト
本片最終BOSS。像老人一樣姿态的貪欲的魔王型數碼獸。是“七大魔王”之一，擅長運用自己狡猾的智慧執世界之牛耳。來源于希伯來文Barbatos，所羅門王七十二柱之一的惡魔以及意大利詩人但丁《神曲·地獄篇》中的魔王「Barbariccia」。登場于第4話。
兵龍獸(Commandramon)
世代：成長期
屬性：病毒種
種類：改造型
必殺技：M16刺槍
機械化旅「D－衛隊」的步兵數碼獸。「D－衛隊」是由龍族機械型數碼獸構成的機械化旅，是執行非表面化任務的特殊部隊。兵龍獸的身體由特殊材質加工包裹着，可即時将判斷周圍的顔色，改變身上的迷彩服。因此，據大部分的「目标」在以為兵龍獸不存在情況下被埋葬的居多。
封龍獸(Sealsdramon)
世代：成熟期
屬性：病毒種
種類：改造型
必殺技：スカウターモノアイ
從100個兵龍獸中進行特殊選拔考試「Selection-D」的一個合格者進行的進化形态。能夠以迅雷不及掩耳之勢的速度移動，具有迷彩機能和和槍等裝備，具有殺死「目标」的體術的能力，主要是接受暗殺的任務。必殺技是磨到極限的匕首的一擊「デスビハインド」和一刹那當中察覺對方的要害的「スカウターモノアイ」。
導彈獸(Missimon)
世代：幼年期2
屬性：病毒種
種類：機械型
必殺技：導彈抵觸
導彈身體的機器型數碼獸。為了進化瞬間對導彈點火，直到進化到下一階段為止一直持續飛行。可以調整任意速度，以相當的速度飛行就會墜落，一旦瞄準了一個地方是不可能停止的。
第一卷歡迎來到數碼獸網絡遊戲
Battle01歡迎來到數碼獸網絡遊戲！！
Battle02黑翼的騎士！
Battle03暴龍獸VS啄木鳥獸！
Battle04恐怖的削除軍隊
Battle05勇跟加奧獸
Battle06i-Land！
第二卷光之城
Battle07VS炮蜂獸！
Battle08太陽沙漠
Battle09黑之核
Battle10少女諾倫
Battle11比滋獸的秘密！
Battle12光之城！
第三卷完全體躍升暴龍獸
Battle13另一個賢者！
Battle14再會！
Battle15黑暗區域
Battle16完全體躍升暴龍獸
Battle17我……！
Battle18突破炎之壁！
第四卷與未來的戰鬥
Battle19天界！
Battle20死鬥·三将軍！
Battle21對神器數碼獸雙子機！
Battle22魔王巴爾巴獸！
Battle23NEO！
Battle24與未來的戰鬥！
FinalBattle數碼世界!
漫畫概括
第01話歡迎來到數碼獸網絡遊戲
■2005年12月17日月刊V-jump雜志2006年2月号刊載
人類世界的一個普通小孩龍野劍不但是足球隊的主力而且也是學校玩數碼獸迷你機的高手。一天通過同學介紹來到位于大城市的電玩店，使用數碼獸對戰終端進入到虛拟的真實世界。第一次玩網絡遊戲的阿劍遇到了自己的暴龍獸，随後接受了馴獸師齋藤的巨大暴龍獸的挑戰，并最終獲勝。但是當他回到現實世界的時候，卻被真正的古加獸攻擊。在這時，他的數碼獸迷你機開始發光了……
第02話黑翼騎士
■2006年01月21日月刊V-jump雜志2006年3月号刊載
阿劍在玩完數碼獸網絡對戰回去的路上碰到了真的古加獸的襲擊，幸好這時他的夥伴暴龍獸出現并救了他一命，一切都以為是一場夢。阿劍的友好亞美和阿翔也都玩數碼獸迷你機，而且翔的還是限定版的黑色機型。在阿透的帶領下，阿劍和亞美再次進入數碼獸網絡對戰遊戲。并且碰到了前來為弟子齋藤報仇的馴獸師近藤，然而此時自稱黑騎士的黑客馴獸師奈特和他的數碼獸啄木鳥獸出現在了阿劍的面前！
第03話暴龍獸VS啄木鳥獸
■2006年02月21日月刊V-jump雜志2006年4月号刊載
上次黑客馴獸師黑騎士及其數碼獸啄木鳥獸的亂入使得阿劍的對手發生了改變。在對決中阿劍發現啄木鳥獸身上也有和暴龍獸和比茲獸相同的象征“變異種”的印記，開始雙方平分秋色而且暴龍獸略勝一籌，後來黑騎士讓啄木鳥獸使用先前對付齋藤的師父近藤的爛泥獸讓其數據慢慢分解的必殺技“苦無之羽”。在千鈞一發之際，幸好黑鬥篷及時出現把阿劍和暴龍獸轉移到了安全的地方。在現實的數碼獸對戰終端上，亞美醒來了，然而她和阿透卻不見阿劍的人影……此時暴龍獸退化成為亞古獸，阿劍本以為救自己和暴龍獸的黑鬥篷是阿翔，沒想到卻是妖精獸！不管怎麼說，總算是得救了。黑騎士在自己的總部發誓下次一定要打倒阿劍，當他摘下面具時……其真面目竟然是華原翔！
第04話恐怖的數碼獸消除部隊
■2006年03月20日月刊V-jump雜志2006年5月号刊載
被妖精獸解救的阿劍和亞古獸坐上了機車獸C89号逃離了，事後阿劍得知自己已經從現實世界真正進入到了數碼世界。随後他們來到巴達獸的村子·隐藏之谷，醒過來的亞古獸因為阿劍作為馴獸師的不稱職而讓自己輸給了啄木鳥獸大為惱火，于是痛扁了阿劍一頓。正在兩人争執的時候，小妖精獸阻止了他們，并說出了事态的嚴重：邪惡的大魔王巴魯巴獸出現了，它利用翔來收集數碼記憶體（DigiMemory），如果讓巴魯巴獸收集到數碼的世界的8個數碼記憶體(加速器的DNAData的通稱)的話，它便能擁有控制世界的力量了。這8個數碼記憶體分别是妖精獸擁有的“神聖”、巴魯巴獸擁有的“黑暗”、“龍族”、啄木鳥獸的“鳥型”、“水栖”、“獸型”、“昆蟲·植物”以及“機械·突然變異”。
第05話阿勇和加奧獸
■2006年04月21日月刊V-jump雜志2006年6月号刊載
封龍獸率領兵龍獸軍團來襲，妖精獸奮起反抗，但封龍獸把迪哥獸和巴達獸們關起來當作人質，它不敢輕舉妄動。最後被封龍獸打成重傷玩弄其手掌之間，而且它的神聖數碼記憶體也被搶走。聞訊趕來的阿劍和亞古獸憤怒到極點，此時阿劍的數碼之魂燃起，借助這股力量亞古獸使出了小型燃燒彈一招終于打倒了封龍獸，兵龍獸們失去首領士氣亂散最終落荒而逃。
阿劍由此答應了妖精獸擔當拯救數碼世界和打倒大魔頭巴魯巴獸的重任。妖精獸用自己的力量使數碼獸迷你機變化成了Digivice。随後阿劍和亞古獸坐上機車獸前往了光之城。
第06話i-LAND
■2006年05月21日月刊V-jump雜志2006年7月号刊載
阿劍和勇，以及加奧獸、大地暴龍獸在搭乘機車獸的途中，因為大地暴龍獸要上廁所，所以在一座島上停了下來。那座島被稱作i-LAND，外表很像遊樂園。在那裡像蜂巢一樣東西裡殘留着蛋。勇去取結果警報響起胡蜂獸出現。它一直在這裡守護着，保護了坦克龍獸後，把阿劍和勇關到了城中。随後，亞美也被抓住了。然後亞古獸和加奧獸與胡蜂獸以及進化後的炮蜂獸展開了戰鬥。
第07話VS炮蜂獸
■2006年06月21日月刊V-jump雜志2006年8月号刊載
胡蜂獸進化成了完全體的炮蜂獸。面對完全體那壓倒性的力量成長期的亞古獸和加奧獸敗下陣來。就在這千鈞一發的時刻，加奧獸沖出一人引開了敵人。亞古獸提出了尋找被囚禁的阿劍等人的作戰計劃。
雖然知道已經沒有希望，但是加奧獸一個人想要為大家争取時間。加奧獸最後問巴魯巴獸為何殺戮數碼獸的理由。
巴魯巴獸殺戮數碼獸的理由就是把世界上以前的數碼獸全部掃光，制造一個僅僅讓“數碼突擊隊”存在的理想鄉。
加奧獸用坦克龍獸的數碼蛋作為人質。炮蜂獸無情地展開了攻擊，腿部受傷的加奧獸動彈不得受到炮蜂獸必殺技的直接攻擊。
當亞古獸救出阿劍回來的時候，加奧獸已經奄奄一息了。最後用阿劍的數碼之魂亞古獸進化成為大地暴龍獸，在炮蜂獸放出必殺技“NitroStinger硝酸刺激”的一瞬間。大地暴龍獸用數碼終端器中安裝的新技能“MegaBurst超級爆裂”應戰。和完全體最強技能互相碰撞，DP(DigimonPower)較差的超級爆裂處于下風。然而由于阿劍的心裡強烈的意志，最後漂亮地擊粉碎了炮蜂獸。
加奧獸用數碼終端器的藥治療後，加入去i-Land的一行人。
這個時候，天界的巴魯巴獸之城，數碼突擊隊準備開始新的行動了……
第08話太陽沙漠
■2006年07月21日月刊V-jump雜志2006年9月号刊載
巴魯巴獸率領的數碼突擊隊發起了進攻。它企圖斷絕人類和數碼獸的紐帶，再構造一個數碼世界……巴魯巴獸向黑騎士下令收集8個數碼記憶體，于是黑騎士讓啄木鳥獸飛起。
另一方面，阿劍他們乘夜來到了沙漠。亞美無法相信這是數碼世界。讨厭争吵的阿勇，想的不是打倒巴魯巴獸，想的隻有享受着數碼世界。那夜，按照已經傷愈完好的加奧獸的意思，阿勇瞞着阿劍和加奧獸兩人在沙漠正中途下了車。第二天，阿劍和亞美發現阿勇和加奧獸消失了，于是兩人返回到了阿勇下車的地方。
這時，阿勇因為冒着酷暑步行體力透支。加奧獸在附近發現了綠洲，它帶着阿勇前行。在綠洲中消除疲勞後的2人在那裡發現了大群植物型數碼獸，它們的主人是沙漠領主向日葵獸。向日葵獸說，以前那個沙漠被稱作“綠色大地”，但是由于乘機奪取天界的巴魯巴獸而發生了氣候的異常。向日葵獸它們是依靠北部森林的超比多獸去的途中，于是勇和加奧獸也打算一起去。
這時，火焰獸突然出現。它就是使草原和沙漠突變的罪魁禍首。為了保護阿勇，加奧獸吃了火焰獸的必殺技火焰重拳…
第09話黑之核
■2006年08月21日月刊V-jump雜志2006年10月号刊載
火焰獸被巴魯巴獸操縱并炎之惡魔化。陷入危機的阿勇，加奧獸為了保護他正中火焰獸的必殺技被打倒。阿劍他們乘坐機車獸趕來，聽說情況後的阿劍讓亞古獸進化成大地暴龍獸。由于看到DP強于對手于是大地暴龍獸開始輕視火焰獸。面對火焰獸的再生能力打擊技能無效。
大地暴龍獸放出必殺技超級火焰、火焰獸吸收了火焰攻擊更加巨大化。而後大地暴龍獸被火焰獸的得意技岩漿炸彈擊中。無論是打擊技能還是火焰技能都行不通，火焰獸因為和大地暴龍獸的屬性是相同的。期間，加奧獸發現了火焰獸左胸的黑色的球體。向日葵獸們也投入戰鬥，但不是火焰獸的對手。
火焰獸再次放出得意技岩漿炸彈、就在陷入危機之時，從阿勇的身體裡溢出數碼之魂。接受了阿勇數碼之魂的力量，加奧獸進化成了成熟期的加奧加獸。加奧加獸的額頭上有Mu端子，那是“獸”之記憶體。所以加奧獸也是變異種。
但是、阿勇的數碼之魂是突然爆發，因此加奧加獸是不完全進化。會馬上退化，在那之前，它放出了把泉水卷成漩渦的必殺技「螺旋吹襲」。在火焰獸的身體再生之前，大地暴龍獸擊破了植入它身體中的黑之核。2人的合作終于破壞了火焰獸的黑之核。
火焰獸因為被巴魯巴獸植入了黑之核，所以受到了控制。隻要巴魯巴獸還在，今後還會有更多的數碼獸會受傷……于是阿劍他們堅定了打倒巴魯巴獸的決心，前往北部森林、綠色樂園。
但是，那裡已經化為了一座死亡的森林……
第10話少女諾倫
■2006年09月21日月刊V-jump雜志2006年11月号刊載
封龍獸戰敗受傷。被選中的傑出軍隊數碼獸消除部隊認為丢面子的士兵是沒有必要的，于是删除了封龍獸。俯視那個被抓住的少女，諾倫。巨大的超比多獸的角掉在了她的面前，在那裡的還有黑騎士和啄木鳥獸。諾倫和黑騎士關系好像很親密。巨大的角是打倒北部森林的大獨角仙獸的戰利品。
另一方面，阿劍他們和向日葵獸它們共同向北部森林前進。但是，那裡已經化為焦土。他們和在那裡的小比多獸交談打聽到了事情的經過。黑騎士和啄木鳥獸為了得到大獨角仙獸的蟲之數碼記憶體而來到了北部森林。大獨角仙獸受到它們攻擊，被啄木鳥獸借用巴魯巴獸的黑暗力量進化為三咫烏獸擊敗而消失。
向日葵獸它們留在了北部森林，阿劍急忙先行一步。即是亞古獸和加奧獸是變異體也從未勝過完全體，
聽說強敵三咫烏獸的事後，亞古獸和加奧獸不也進化成完全體是沒有希望赢的。
黑騎士得到了蟲·草木的數碼記憶體，8個數碼記憶體還剩4個。他為了巴魯巴獸構建理想世界野心而戰。面對黑騎士諾倫反駁他，勸他恢複正常。
疲勞積累的黑騎士首先回到了現實世界。桌子上的年幼時候阿劍和阿翔的照片……桌旁的少女諾倫的樣子……
第11話比茲獸的秘密
■2006年10月21日月刊V-jump雜志2006年12月号刊載
3年前，在童年時的好朋友阿劍、阿翔、亞美、阿勇4人面前出現了一個神秘少女，諾倫。“你們所說的…數碼獸…是什麼？”諾倫的提問浮現在腦海裡。
黑騎士和啄木鳥獸打倒了大獨角仙獸。啄木鳥獸把“蟲·草木”的數碼記憶體獻給了巴魯巴獸後離開了那個地方。但是，在那之前翔就被分子獸秘密監視了。分子獸告訴了黑騎士與被囚禁中的諾倫密會，不過巴魯巴獸信任對啄木鳥獸的黑騎士忠誠，于是啄木鳥獸離開那個地方。
另一方面，阿劍他們乘坐機車獸來到了光之城。亞美在客車中到處尋找不見了的比茲獸。然後，加奧獸聽到了阿勇和機車獸的對話。因為看到阿勇和機車獸和關系很好，加奧獸顯得有點嫉妒而焦躁。
比茲獸在客車内被阿劍和亞古獸做無理的戰鬥訓練。發現後發怒的亞美痛打亞古獸，在被她教訓不關愛之類的話之時，機車獸的線路上出現了神秘的建築物。
因為繞道要花費過多時間，于是大家決定去那個建築物。但是，那裡卻是個數碼世界的世外桃源——天堂溫泉。他們受到天女獸和迪路獸做的高級菜款待。阿劍十分羨慕天女獸的悠閑，亞美帶着比茲獸去了溫泉。亞美說加奧獸忌妒，不過自己卻發現阿劍忌妒的心情。
此時，天女獸出現在亞美面前。天女獸顯現出了本性，溫泉是機油，飯菜是蟲子，全部都是虛幻的。原來，天女獸的真面目是僞裝的分子獸。亞美為了保護被分子獸攻擊的比茲獸，讓比茲獸發揮出了作為變異種的能力，比茲獸的胸部聚集着數碼記憶體。
不想失去重要的親人，亞美的心情傳達到了比茲獸，幼年期的比茲獸進化成了究極體海天使獸！海天使獸使用自己的能力使分子獸喪失了鬥志。随後阿劍他們從分子獸身上刺探出了光之城的路。
于是，比茲獸也學會了進化的能力，大家重新以光之城為目标前行。。。。。。
部分登場新數碼獸
向導獸(Guidemon)
世代：不明
屬性：不明
種類：不明
必殺技：不明
數碼獸網絡遊戲中的用于向導的數碼獸，位于新手村·光之城。像兔子一樣的機械型的數碼獸，臉部的顯示器能夠顯示各種各樣的信息。能夠使用螺旋槳在空中自由飛翔。登場于第1話。
啄木鳥獸(Peckmon)
世代：不明
屬性：不明
種類：鳥型
必殺技：苦無之羽
像啄木鳥一樣的鳥型數碼獸。好像被移入了手裡劍等忍者的相關數據。是黑客馴獸師黑騎士(翔)的搭檔數碼獸，登場于第2話。
妖精獸(Piccolomon)
世代：完全體
屬性：疫苗種
種類：妖精型
必殺技：位元炸彈
操着異次元程序語言的數碼獸，能夠自由操縱魔法的妖精型數碼獸。體型雖小，但是卻有封印敵人的特殊能力。自稱是住在數碼世界的賢者，登場于第3話。
機車獸·C89号(TrailmonC89Model)
世代：成熟期
屬性：資料種
種類：機械型
必殺技：急速行駛
像電車一樣的數碼獸。登場于第3話。
亞古獸(Agumon)
世代：成長期
屬性：疫苗種
種類：爬蟲型
必殺技：小型燃燒彈
阿劍的暴龍獸退化成成長期的形态。登場于第3話。
巴魯巴獸(Barbamon)
世代：究極體
屬性：病毒種
種類：魔王型
必殺技：パンデモニウムロスト
本片最終BOSS。像老人一樣姿态的貪欲的魔王型數碼獸。是“七大魔王”之一，擅長運用自己狡猾的智慧執世界之牛耳。來源于希伯來文Barbatos，所羅門王七十二柱之一的惡魔以及意大利詩人但丁《神曲·地獄篇》中的魔王「Barbariccia」。登場于第4話。
兵龍獸(Commandramon)
世代：成長期
屬性：病毒種
種類：改造型
必殺技：M16刺槍
機械化旅「D－衛隊」的步兵數碼獸。「D－衛隊」是由龍族機械型數碼獸構成的機械化旅，是執行非表面化任務的特殊部隊。兵龍獸的身體由特殊材質加工包裹着，可即時将判斷周圍的顔色，改變身上的迷彩服。因此，據大部分的「目标」在以為兵龍獸不存在情況下被埋葬的居多。
封龍獸(Sealsdramon)
世代：成熟期
屬性：病毒種
種類：改造型
必殺技：スカウターモノアイ
從100個兵龍獸中進行特殊選拔考試「Selection-D」的一個合格者進行的進化形态。能夠以迅雷不及掩耳之勢的速度移動，具有迷彩機能和和槍等裝備，具有殺死「目标」的體術的能力，主要是接受暗殺的任務。必殺技是磨到極限的匕首的一擊「デスビハインド」和一刹那當中察覺對方的要害的「スカウターモノアイ」。
導彈獸(Missimon)
世代：幼年期2
屬性：病毒種
種類：機械型
必殺技：導彈抵觸
導彈身體的機器型數碼獸。為了進化瞬間對導彈點火，直到進化到下一階段為止一直持續飛行。可以調整任意速度，以相當的速度飛行就會墜落，一旦瞄準了一個地方是不可能停止的。
