職責調整
取消已由市政府公布取消的行政審批事項。
将餐飲業、食堂等餐飲服務環節食品安全監管和保健食品、化妝品衛生監督管理職責劃給市食品藥品監督管理局。将市食品藥品監督管理局綜合協調食品安全、組織查處食品安全重大事故的職責劃入市衛生局。
根據省有關部門的“三定”規定，将市質量技術監督局食品生産企業的企業産品标準備案的職責劃入市衛生局。
增加組織實施國家基本藥物目錄職責，加強食品安全綜合監督的職責；加強對醫療服務、公立醫療機構的監督管理；深化全市醫藥衛生體制改革，堅持公共醫療衛生的公益性質，堅持預防為主、以農村為重點、中西醫并重的方針，堅持為人民健康服務的方向。
将市直單位離休人員醫藥費管理、結算、核報職責劃給市人力資源和社會保障局。
機構職能
1、辦公室
負責協調機關政務工作和綜合性文稿的草拟，承辦各種會議會務和電文處理、秘書事務、機要保密、新聞宣傳、政務信息、檔案管理、信息化建設以及信訪工作；負責做好機關财務、房産、辦公财産的管理和接待、保衛、行政後勤等工作；承擔機關有關規範性文件的合法性審核工作；負責機關及直屬單位的有關社會事務工作。
組織推動公立醫院綜合改革，推進管辦分離，健全現代醫院管理制度，制定并組織實施衛生健康公共服務提供主體多元化、提供方式多樣化的政策措施，提出醫療服務和藥品價格政策的建議。
2、規劃财務處(審計處)
研究拟訂全市衛生事業發展規劃和區域衛生規劃，統籌規劃與協調全市衛生資源配置，管理大型醫用裝備配置；編制衛生事業經費的預決算，拟訂衛生财務管理規章并監督實施；衛生統計，研究提出衛生服務價格的建議，協同有關部門指導全市醫療衛生收費管理并監督檢查；
拟訂藥品和醫療器械采購、配送相關規範，協助拟訂基本藥物和增補藥物采購、配送的政策措施；指導全市衛生基本建設；負責直屬單位的規劃建設、财務資産的監督管理以及内部審計工作。
3、衛生應急與食品綜合協調辦公室
拟訂衛生應急和緊急醫學救援規劃、制度、預案和措施；指導突發公共衛生事件的預防準備、監測預警、處置救援、分析評估等衛生應急活動；組織實施對突發急性傳染病防控和應急措施；對重大災害、恐怖、中毒事件及核事故、輻射事故等組織實施緊急醫學救援；依法發布突發公共衛生事件應急處置信息。
負責食品安全綜合協調工作，組織查處食品安全重大事故，組織開展食品安全風險監測、評估、預警工作，發布重大食品安全信息，負責食品安全企業标準備案工作，承擔市食品安全委員會辦公室的日常工作。
4、疾病控制與衛生法制監督處(市血吸蟲病、地方病防治領導小組辦公室)
拟訂重大疾病的防治規劃、免疫規劃和嚴重危害人民健康的公共衛生問題的幹預措施并組織實施，完善疾病防控體系，防止和控制疾病的發生和疫情蔓延；組織實施重大公共衛生服務項目；貫徹執行衛生法律、法規，指導規範衛生行政執法工作；按照職責分工負責職業衛生、放射衛生、學校衛生、公共場所和生活飲用水衛生的監督管理；
負責傳染病防治監督；整頓和規範醫療服務市場，依法查處醫療服務市場和民營醫療機構違法行為；承擔行政複議、行政應訴工作；承擔市政府血吸蟲病、地方病防治領導小組和市政府艾滋病防治工作委員會的日常工作。
5、基層衛生與婦幼保健處（市新型農村合作醫療管理辦公室）
承擔農村基本衛生保健和新型農村合作醫療的綜合管理，拟訂有關政策、規劃并組織實施；指導農村衛生服務體系建設和鄉村醫生管理相關工作；監督指導農村衛生政策落實；
拟訂社區衛生與婦幼衛生的政策、規劃并組織實施；負責制定社區衛生與婦幼保健的機構建設以及技術服務規範、專項技術标準并組織實施；對社區衛生與婦幼保健實施監督管理；牽頭組織預防和減少出生缺陷與先天殘疾工作；負責牽頭促進基本公共衛生服務均等化；組織實施國家基本藥物制度。
