劇情簡介
超古代的地球曾經擁有相當高度的文明，但宇宙聯盟奧可夫·馬納夫擔心人類文明會破壞宇宙的和平，所以出動大軍将人類文明徹底消滅。時至現代，地球上已經築起了新的文明，但宇宙聯盟的威脅亦再次出現。為了人類的未來，憑借超古代文明而覺醒的12位星神戰士，将擔負起保衛地球的重任。
分集劇情
第1集
距今大約數億年之前，地球上有著比現在還要高度且進步的文明和繁榮，于是人類開始制造足以代表當時科學程度的超星神。星神在被持有強大火力連合軍的激烈攻擊之下，終于節節敗退，墜落地球，連合軍的攻擊讓地球的文明徹底毀滅，人類因此被滅亡……重新誕生的人類創造了新的文明世界，超星神蘇醒，再度活動于世間……
第2集
沉睡在天馬身體裡的戰士遺傳因子終于覺醒了，原來天馬就是射手賽沙。可琳博士和堀口博士的人馬都在争取天馬的加入，無奈天馬不願意，讓雙方人馬疲于奔命。可琳博士又找來了仁，湊足了三個風向屬性的戰士，風向戰士們終于集結完畢，起動了超星神中的多魯庫魯斯，這樣的結果終于讓天馬下定決心加入堀口博士的行列……
第3集
弓道天馬決定繼承超古代的遺傳因子，以射手賽沙的身份加入星神戰士的戰鬥行列。緊接著第三位火向戰士也現身了，他就是未加的弟弟獅堂劍。他以獅子賽沙的身份覺醒，加入了星神戰士的戰鬥行列。三位火向星神聚集，超星神火鳥星神伽樓羅終于被啟動了……
第4集
天馬、未加和劍三位火向戰士聚集了，終于被起動的超星神火鳥星神，迎戰風向戰士所操縱的超星神飓風星神。但是，飓風星神的強大攻擊力制服了火鳥星神。這一切都被意外發現的金牛賽沙看見了，可琳為了除掉火向戰士，居然對金牛賽沙撒謊。不知情的金牛賽沙挑戰射手賽沙，差一點就和射手賽沙一起被雙子賽沙給消滅掉……
第5集
運鈔車搶案的嫌疑犯淳也一路逃亡，她的女朋友小蘭也在警方的追捕行列之中。可琳幫助小蘭逃走，原來小蘭是處女賽沙。可琳為了要網羅她，費盡心思要将她留住。追趕淳也和小蘭的警察豪，原來他是山羊賽沙，天馬和未加已經和他取得聯系……
第6集
警方終于找到淳也，并且為他療傷。放下心來的小蘭專心地變身成為處女賽沙，她聯合了金牛賽沙和山羊賽沙，起動了大地星神，終于打敗了風向戰士的飓風星神。可是，變身為金牛賽沙的直人卻在任務結束之後又消失無蹤……
第7集
可琳用卑鄙的手段暗中攻擊天馬，未料天馬的身邊還有一個不相幹的無辜受害者萬紀。洸和涼子在得知這件事情之後，心生不滿。可琳卻一意孤行，認為要達成目的，就必需在一定的程度上犧牲某些人……
第8集
堀口博士查到了可琳的身份，原來現在的可琳博士根本就是冒充的人，她在背後操縱風向戰士的動機很可疑。可琳害怕身份被揭穿，于是想要消滅堀口。幸好劍及時趕到，堀口博士才幸免于難，但卻因此展開了火向和風向戰士的戰鬥。在戰鬥中火鳥星神戰敗，卻被天上突然出現的巨龍帶走……
第9集
被禦園木叫出去的堀口博士失蹤了，大家開始分頭尋找他的行蹤。不信任可琳的涼子離開了可琳，仁就像跟屁蟲一般地陪著她。但是誰也沒想到，可琳的真面目居然是阿基隆人，看過她真面目的涼子決定加入未加一行人，悍衛寶貴的地球……
第10集
涼子和仁成為火向及大地戰士的夥伴之後，打算重新再對洸進行勸說。洸在看見可琳的真面目之後，仍舊不相信可琳會是想要攻擊地球的阿基隆人。但在親眼目睹可琳襲擊射手賽沙時，他卻做出了驚人的舉動……
第11集
可琳變成的阿基隆人居然在死亡後又複活過來，這個消息讓所有的星神戰士感覺戰栗不已。堀口博士通知星神戰士阿基隆人出現在運動場，連忙趕到的星神戰士卻看見變身為龐大怪獸的阿基隆人，莫非這就是阿基隆人的真面目……
第12集
直人在小蘭的感化下，終于願意抛卻“孤獨之狼”的生活方式，加入星神戰士成為星神戰士的夥伴。在九位星神戰士起動三位超星神的激烈戰鬥下，阿基隆人終于被打敗，解除了地球的危機……
第13集
新的超星神海王星神出現在神鲸島，擁有啟動海王星神能力的三位水向戰士也現身了。但是他們尚未了解自己的使命和責任，為了了解星神戰士的一切，天蠍找到天馬希望能夠一探究竟。在不熟識的情況下，雙方人馬展開誤會的戰鬥……而怪異的外星人拉迪亞和露西亞，更是虎視眈眈打著海王星神的主意……
第14集
因柏達星人露西亞及拉迪亞一心要消滅星神戰士，進而毀滅海王星神，于是和星神戰士展開一場厮殺……水向戰士為了探究星神戰士的真正目的和使命，跟在未加和天馬身後。這樣的舉動引起天馬不滿，對水向戰士産生心結……
第15集
水向戰士出現了，他們分别是天蠍賽沙—反町誠、巨蟹賽沙—三上辰平和雙魚賽沙——魚住愛。但是，巨蟹賽沙辰平卻遲遲無法覺醒，心急的他想要藉由和涼子對戰達到覺醒的目的，可是卻沒有成功，他是否能夠順利的覺醒，和其他兩位夥伴一起啟動屬于他們的超星神——海王星神呢？
第16集
因柏達星人拉迪亞死在星神戰士的手中，剩下來的露西亞一心想要幫拉迪亞報仇，卻因洛矶亞另有計劃，所以無法實行。陪伴在和久井博士身邊的星山先生，居然就是洛矶亞。堀口博士一行是否能解決這個棘手的問題呢……
第17集
從小受人援助的孤兒小愛，一心希望能夠和心目中的“熊博士”見面。未料，中途殺出了因柏達星人露西亞和洛矶亞，在戰鬥中博士負傷，洛矶亞也成功地啟動了巨靈星神……究竟和久井博士的真實身份是什麼呢？
第18集
因柏達星人洛矶亞和露西亞終于從和久井博士的手中騙取了控制器，啟動了巨靈星神。火向戰士和水向戰士共同召喚了火鳥星神及海王星神，和巨靈星神展開了一場激烈的對戰……
第19集
“孤獨的狼”——金牛星神松坂直人，在小蘭的苦苦哀求下，仍不願意回到星神戰士的身邊，和他們一起戰鬥。露西亞和洛矶亞來襲，打傷了健太，讓直人非常的自責。在涼子的勸說及健太的約定下，直人重回星神戰士的身邊，和大地戰士一起召喚大地星神，擊退了巨靈星神……
第20集
因為小愛的愛心，讓好不容易可以逮到露西亞的機會成了泡影。同是水向戰士的誠和辰平心裡很不舒服，言語之中不乏有責怪小愛的意思。這樣的結果讓小愛非常的難過，決定将自己當成誘餌，引出露西亞，查出洛矶亞的去向……
第21集
在激烈的戰鬥中，因柏達星人露西亞受了傷。星神戰士們雖想幫她治療，卻因外星人和地球人身體構造不同而作罷。洛矶亞冒著巨靈星神控制器有可能被星神戰士搶走的危險，來到堀口博士的研究所拯救露西亞……
第22集
在激烈的戰鬥下，洛矶亞失去了露西亞，而巨靈星神的控制器也落入了星神戰士的手中。原來巨靈星神是為了要讓四位超星神結合一體的核心機器人，和它結合後的機器人名為合神獸王，是人類手中的王牌兵器……
第23集
洛矶亞的上司告訴他，奧可夫·馬納夫的最高會議結果已經出爐了。他們在地球上的作戰失敗，一切都結束了。可是洛矶亞對于拉迪亞和露西亞的死心有不甘，決心要為他們報仇。于是他從宇宙召來了大機器人大洛矶安，準備挑戰天馬……
第24集
因柏達星人洛矶亞召來了大洛矶安對付星神戰士。星神戰士團結一緻，一起召喚了火鳥星神、飓風星神、大地星神、海王星神，并且讓它們合為一體，成為合神獸王。落敗的洛矶亞打算帶著天馬同歸于盡，未料竟在最後一刻放過了天馬，自己走向冥途……
第25集
平靜而和平的日子，讓星神戰士好不容易有了偷閑的時間。大家聚在一起談論起自己變成星神戰士的故事和契機。博士的學妹來訪，沒想到她來訪的原因卻是要求博士要放棄星神戰士，原來她被外星人給附身了。在危急之際，幸得星神戰士相助，化解了一場無謂的戰争……
第26集
外星人比述星人成了地球最新的侵略者，他們打着把人類轉送到異次元空間，然後占領地球的算盤，導緻地方上無辜失蹤的人越來越多。天馬一行人分頭去追蹤事情的原由，不料天馬和未加兩人果真被外星人轉送到了異次元空間……他們該如何脫困呢？
第27集
比述星人想要攻打地球，将所有地球人都轉送到異次元空間去，然後再加以消滅。星神戰士得知這個陰謀之後，四處尋找比述星人的秘密基地，準備破壞這個惡魔計劃。不料計高一籌的比述星人，居然安排麻美充當間諜在星神戰士身邊通風報信，星神戰士是否能發現麻美也是比述星人呢？
第28集
椿總部長瞞著國家，偷偷在私底下進行阿基隆人的複制工作。他希望自己的國家能夠擁有全世界最強大的武器，才有資格領導全世界往前走。但是，人類并無法完全了解外星人的生命力，他所複制的阿基隆人終于發狂出走了……
第29集
吸取了水晶體得到強大能量的複制阿基隆人從研究所逃走了。椿總部長終于知道自己做了一件傻事，他向禦園木道歉。為了打敗複制阿基隆人，禦園木讓沖田出動夕陽，并撐到星神戰士召喚超星神。在大家同心協力之下，終于打敗了複制阿基隆人……
第30集
史頓星人紮多附身在涼子的朋友巧身上。雖然他和另一位異星人拉蒙同是史頓星人，卻和拉蒙唱反調，拼命的保護地球，不讓拉蒙破壞地球。涼子在巧化為星塵之前，終于如願對他解釋當初自己失約的理由，希望得到巧的諒解，了結自己的心頭之悶……
第31集
IQ300，18歲的天才博士，諾貝爾物理獎的得獎人史提西·艾亞，來到日本訪問卻失蹤，讓日本政府傷透腦筋，隻得找來星神戰士幫忙尋找蹤迹。因為艾亞的手上握有水晶闆的碎片，成為外星人狙擊的目标。豪在偶然的機會下遇見艾亞，兩人之間發生了淡淡的情愫……
第32集
太空梭飛行員若杉先生在外太空維修太空梭時被超古代時期的兵士菲拉多給附身了，回地球之後若杉先生變得異常無比，吓壞了他的女兒莉莎。禦園木接到上頭的命令要逮捕若杉先生，若逮捕不行就要殺了他。天馬認為應該想辦法拯救他而不是消滅他，于是他們展開了救援行動……
第33集
星神戰士們都以為洛矶亞已經死了，沒想到滿懷複仇之心的他卻複活了。他從國防部奪回大洛矶安攻擊星神戰士，目的是要打敗天馬——射手賽沙。小蘭的腦袋中拷貝著水晶闆上所記錄的資料，她們得到了新的戰力輔助戰機，用新的戰力迎戰的他們是否能夠大獲全勝呢？
第34集
洛矶亞這次利用誠在當戰地記者時的前輩來打擊誠，讓誠對自己成為星神戰士的決定産生懷疑。他還綁走了涼子和蘭，想要利用離間的方式挑戰星神戰士。幸好星神戰士們還是能夠團結一緻，共同擊退敵人。
第35集
優子的舞伴慎志不見了，優子擔心不已，跑來找小蘭求救。小蘭一行追蹤的結果是加達星人把慎志一行人給綁走了，他的目的是要把慎志他們制成标本，提供給奧可夫·馬納夫開發取代基魯戰士的兵器。在戰鬥之中，優子傷了腳，恐怕無法再跳舞。小蘭和優子的舞蹈夢想又會何去何從呢……
第36集
阿振迪星人富裡特為了追捕一級嫌犯來到了地球，為了維持生命借用了仁的朋友真司的身體。仁為了不讓真司的身體受到傷害，幫助富裡特一起追捕克裡米尼。原來富裡特的夥伴被他給殺了，所以富裡特發誓一定要幫夥伴報仇……
第37集
因為海豚的超音波人們一個接著一個倒下，國防部為了解決事件，關閉了危險的水族館。不過深信海豚不會做壞事的辰平為了解救少女，一個人闖入了關閉的水族館……
第38集
原本以為機器人奧美加是星神戰士們的夥伴，卻在小蘭腦海中出現水晶闆的記憶後解開了這個謎。原來奧美加是奧可夫·馬納夫的傑作，他曾在四億年前和星神戰士展開對戰，被留在地球的目的也是為了再度殺光星神戰士們……
第39集
機器人奧美加不想和星神戰士對戰，于是回去向奧可夫·馬納夫報告，希望能夠化解他和星神戰士間的戰鬥。不料，奧可夫·馬納夫切斷了他的獨立思考程式，硬要他執行殺光星神戰士們的指令。在最後時刻他選擇自爆，結束了他和星神戰士間的戰鬥……
第40集
奧可夫·馬納夫的最高幹部貝魯傑思要洛矶亞破壞水晶闆，這樣才能讓他複活。于是洛矶亞抓走了堀口博士和未加，威脅天馬要拿水晶闆來換取兩人的性命。但是水晶闆已經變成國防部的最高機密，天馬要如何将水晶闆拿出去呢？他又要如何解救博士和未加呢？
第41集
洛矶亞打算從奧可夫·馬納夫的最高幹部——貝魯傑思手中把大洛矶安搶回來。不過在此之前，他必需打敗天馬。洛矶亞手上有未加當人質，這讓星神戰士們急得如熱鍋上的螞蟻。這一次天馬是否還是能夠戰勝洛矶亞呢？他能不能把未加平安無事的救出來呢？
第42集
貝魯傑思派露卡前往地球，将波斯基杜喚醒。波斯基杜力量強大，具備各個超星神的能力。他先将天馬和露卡打傷了以後，跑到小鎮上吸取無辜鎮民的生命，使得這個小鎮的人都不見了。而天馬為了使露卡免于被波斯基杜攻擊負了傷，因此後來露卡報恩幫助天馬療傷。洸、仁和涼子到小鎮上找尋波斯基杜，兩邊即将正面交鋒。
第43集
波斯基杜是超古代生物，他有可能是超星神們的祖先，所以他才會每個超星神的招式。後來博士發現可以利用當初露卡将波斯基杜喚醒的膠囊來收服他，隻要把波斯基杜再度收回至膠囊中即可。于是超星神們和波斯基杜來了一場大戰，大戰中天馬又因為幫露卡阻擋一個攻擊而受傷。露卡感動把自己的生命全給了天馬，犧牲了自己。在衆人的巨大犧牲下，波斯基杜是否能順利被收服呢？
第44集
大家一直以為波斯基杜已經被收服，但是卻萬萬沒想到能夠自我繁殖的他，還有其他分身在兜山繼續為非作歹。于是大家出動到兜山去一起攻擊他，但是他竟然操縱起火鳥星神，大家大吃一驚。同時蘭從水晶闆上面讀出古代戰争的真正原因并告訴了大家。究竟超古代戰争的真相是什麼呢？
第45集
搶走火鳥星神的波斯基杜，受到三個個超星神猛烈攻擊，把他逼出了火鳥星神。受了重傷的他隻好在兜山的森林裡吸取樹木的生命力。大家在兜山上紮營，利用博士制造的感應器察覺到了他的所在。大家再一次同心協力攻擊他，沒想到波斯基杜竟然變得更強大。後來博士發現他的弱點在胸口，射手賽沙天馬勇往直前刺傷他……究竟波斯基杜能否被收複呢？
第46集
貝魯傑思派了一個叫做布萊頓的男人，假借維持和平的名義，要把擁有特殊能力的蘭帶走，後來甚至決定殺了她。他故意欺騙大家說蘭是波斯基杜，隻要蘭離開，地球就能免于被攻擊。不過最後還是被大家識破，于是大家一起攻擊布萊頓和與他同流合污的阿魯哥。但是沒料到以為自己是波斯基杜的的蘭，為了拯救大家痛苦的逃走了。
第47集
布萊頓繼續說服大家以及蘭，隻要蘭離開，就能夠拯救地球。蘭本身也一直在猶豫之中，雖然夥伴們都阻止她，但是她仍然一味的想要犧牲自己，隻為了自己喜愛的夥伴們和整個地球。布萊頓開始發動怪獸攻擊社區，逼大家交出蘭。經過一番掙紮，大家仍然決定要一起并肩作戰，絕不讓蘭一個人犧牲。
第48集
大家繼續聯合攻擊特洛伊，但是特洛伊實在太強，甚至出動超星神都沒有用。後來博士發現大家的心因為蘭究竟要不要犧牲而變得四分五裂，所以沒有辦法赢得勝利。後來博士想辦法讓他們了解大家必須一條心，大家領悟了之後，再次整裝出動。巨靈星神也前來幫忙，終于把特洛伊打敗，而露比也獲救。洛矶亞出現，幫助天馬把布萊頓毀滅。
第49集
離奧可夫·馬納夫對地球的總攻擊時間越來越近，國防省決定全面迎戰。但是超星神們不希望遠古時期同樣的戰争再度發生，可惜蘭一直無法對奧可夫·馬納夫發出訊号。另外，奧可夫·馬納夫方面派了哥極到地球來殺掉露比。超星神們保護露比，洛矶亞也出現幫忙。在毫無辦法之下，天馬決定一個人前往奧可夫·馬納夫對談。
第50集
貝魯傑思派了強悍的宇宙怪獸——卡布雷翁到地球來對付超星神。卡布雷翁實在是太厲害，連結合一體的超星神都打不過它。另外阿魯哥又來取露比性命，這一次在陰錯陽差之間竟然被他得逞，和露比一同葬身火窟。天馬打算一人單獨赴會奧可夫·馬納夫，卻在途中被卡布雷翁射擊，飛機爆炸。究竟天馬是生是死呢？
第51集
卡布雷翁在天馬被擊落之時對四個超星神展開了攻擊，四位超星神全力攻擊也未見湊效，結果四個超星神一一戰敗。與此同時天馬身處一個未知的空間，在那裡他見到了露比，還見到了馬納夫的意識。天馬與其多次交涉，馬納夫卻一直認為地球人是波斯基杜的後代。後來馬納夫說隻要格蘭賽沙的意識與其通信就好。在11位賽沙全力保護蘭的情況下，終于在千鈞一發之際與其通信。
12位格蘭賽沙又集結了，最後一起合體打敗了卡布雷翁。天馬也與洛機亞冰釋前嫌，12位賽沙失去了變身的能力，大家又和以前一樣了。金牛賽沙與水瓶塞沙結婚，天枰賽沙扶老奶奶過馬路，大家各有各的的快樂，繼續幸福的生活下去。
動畫音樂
Life goes on
きみをつれていく
