主要職責
（一）
推進全市醫藥衛生體制改革。貫徹國家和省衛生法律法規，依法監督有關标準和技術規範的執行，拟訂全市衛生改革與發展戰略目标。
（二）貫徹實施國家基本藥物制度、藥品法典和國家基本藥物目錄。負責建立全市基本藥物制度并組織實施；依據全省基本藥物采購、配送、使用的政策規定，實行藥品統一采購、統一配送；會同有關部門提出全市基本藥物目錄内藥品生産的鼓勵扶持政策，提出全市基本藥物價格政策的建議。
（三）組織實施全市衛生發展規劃，統籌規劃與協調全市衛生資源配置，指導區域衛生規劃的編制和實施。
（四）組織制定并實施農村衛生發展規劃和政策措施，負責新型農村合作醫療的綜合管理。
（五）制定社區衛生、婦幼衛生發展規劃和政策措施，規劃并指導社區衛生服務體系建設，負責婦幼保健的綜合管理和監督。
（六）負責疾病預防控制工作，制定實施重大疾病防治規劃與策略，貫徹國家免疫規劃及政策措施，協調有關部門對重大疾病實施防控與幹預，負責傳染病防治工作的監督管理。
（七）負責衛生應急工作，制定衛生應急預案和政策措施，負責突發公共衛生事件監測預警和風險評估，指導實施突發公共衛生事件預防控制與應急處置，發布突發公共衛生事件應急處置信息。
（八）貫徹國家促進中醫藥事業發展的法律法規，制定全市中醫藥事業中長期發展規劃，負責全市中醫醫療、教學、科研工作，推進中醫藥的繼承、創新與開發。
（九）指導規範衛生行政執法工作，按照職責分工負責職業衛生、放射衛生、環境衛生和學校衛生的監督管理，負責公共場所和飲用水的衛生安全監督管理，負責傳染病防治監督。
（十）負責醫療機構（含中醫院、民族醫院等）醫療服務的全行業監督管理，制定醫療機構醫療服務、技術、醫療質量和采供血機構管理的政策、規範、标準，組織制定醫療衛生職業道德規範，建立醫療機構醫療服務評價和監督體系。
（十一）指導衛生人才隊伍建設工作，組織制定全市衛生人才發展規劃，組織實施衛生專業技術人員資格标準和醫療機構編制标準，指導衛生事業單位崗位設置和人事制度改革；負責衛生外事和涉外活動。
（十二）承擔市級保健委員會的具體工作和重要保健任務，負責各有關醫療單位實施幹部保健工作的組織與協調，規範健康教育、健康體檢、休假療養、健康信息管理等工作。
（十三）承擔市政府地方病防治領導小組的具體工作，組織協調各有關部門開展地方病的綜合防治和科研監測工作。
（十四）承擔市愛國衛生運動委員會的具體工作。
（十五）承辦市政府和上級主管部門交辦的其他事項。
内設機構
直屬單位
市人民醫院、市腫瘤醫院、市第三人民醫院、市皮膚病醫院、市第五人民醫院、市婦幼保健院、市醫療急救中心、市中心血站、市衛生監督所、贛州衛生學校。
