形成機制
國家衛生計生委曾經發出相關禁令，提出“不準将醫療衛生人員個人收入與藥品和醫學檢查收入挂鈎”“不準開單提成”。三令五申之下，違規行為仍難禁絕。
國家減少對醫院的投資（醫院市場化，企業化管理）——醫院要生存、要發展——以藥養醫（通過藥品獲得最大利潤）——藥廠提供最大利潤給醫院——藥品成本提高——藥廠無序競争——回扣産生與增加——把負擔轉嫁給病人和社會。
回扣流程
（1）藥品生産企業虛定藥品價格，其虛定藥品價格往往是其實際出廠價的5倍以上，并且這種虛定藥品價格最終得到國家物價部門的核準，并以物價部門的紅頭文件下發。
最先這種虛高定價出現在進口藥合資藥上，後來引發國産新藥的"跟風"，許多國産藥也紛紛改變其劑型名稱規格，改頭換面為"新藥"，然後大大擡高其價格。
（2）招募藥品代理商或藥品推銷商，即醫藥公司和醫藥代表。
（3）醫藥代表用金錢打通醫院藥品管理者（包括院級分管領導和藥劑科領導），回扣藥品順利進入醫院藥房。
（4）回扣藥品進入病人手中，最終還需醫生手中的筆和處方，用回扣打通醫生是醫藥代表的最後程序，給醫生的回扣一般是藥品零售價的20%左右（一般由醫院藥劑科或其他渠道統計出每位醫生的開藥數量并給藥物代表，醫藥代表據此決定給醫生回扣數額）。
回扣根源
醫藥回扣問題的根源，在于我國現行的極度畸形的醫療衛生管理體系：
①醫療領域的中國特色的市場化，對醫療市場的行政壟斷和價格管制；
②把很多政府應負的責任完全抛開；
③以藥養醫；
④讓“回扣”作為“灰色收入”成為醫生收入的必要補充。
