早年生活
約翰·韋恩·蓋西出生在伊利諾伊州芝加哥，是約翰·斯坦利·蓋西（1900年6月20日-1969年12月25日）和馬裡昂伊萊恩·羅賓遜（1908年5月4日-1989年12月14日）的第二個孩子，具有波蘭和丹麥血統。（他曾祖父母出生在波蘭）孩提時代的蓋西不愛運動且相當肥胖，與兩個姐妹和母親關系親密﹔但因其父酗酒，經常對妻兒進行身體上的虐待，所以蓋西與其父關系惡劣，相處困難。
在他的童年，蓋西努力想讓父親為自己感到驕傲，但幾乎沒有受到過父親的贊賞。蓋西的最早的童年回憶之一，就是在4歲時因為偶然地拆卸了他父親組裝起來的引擎而被父親用皮帶抽打。父親常常輕視他，并将他與姐妹們相提并論，他承受着「又聾又蠢」的輕蔑指責。父子之間的摩擦貫穿了他的童年和青少年時期，但在他被捕後，蓋西總是在采訪中極力否認自己憎恨父親。
有一次，6歲的蓋西從附近的商店偷了一個玩具卡車，他的母親讓他還給商店并跟店主道歉。當他的母親告訴父親這件事後，蓋西被父親用皮帶鞭打了。事後蓋西的母親試圖保護兒子不受到他父親口頭和身體的虐待，然而這個卻讓他的父親說他是「娘娘腔」和「媽媽的男孩」，并說他「長大後大概會變成同性戀」。
9歲的時候蓋西被其家人的一個朋友猥亵。這朋友是一個承包商，帶蓋西乘他的卡車出遊然後狎玩了他。蓋西卻從來沒有把這件事告訴他的父親，因為他害怕會因為這件事受到父親的指責。
蓋西因為其心髒健康問題，在學校不能參加任何體育運動。他當時隻是一個普通學生，有為數不多的朋友，偶爾被鄰居家的孩子和同學們嘲諷和欺負。他常常協助學校出任監管員，并樂意主動替老師和鄰居們跑跑腿。在四年級，蓋西開始出現間歇性昏厥，因此有時不得不住院，并且在1957年還因為盲腸炎而住院。蓋西後來估計自己在14到18歲之間共花了将近一年住在醫院，并認為這段離開學校的時間導緻其成績滑落。而他的父親卻懷疑這些事情都是蓋西在博取同情，有次他甚至在兒子躺在病床上時還指責兒子在裝假。
在蓋西的青少年時期，父親對他的身體虐待變本加厲。蓋西的一位名叫理察·戴爾克的朋友有一次回憶講述，蓋西的父親喝醉後開始無理取鬧地對他的兒子大喊，然後開始打他。蓋西的母親試圖緩和兒子和丈夫的矛盾。戴爾克回憶說，蓋西隻是「用雙手保護自己」，從來沒有在這些争吵中對他父親還擊。
18歲時蓋西開始參與政治，為當時一個民主黨候選人擔任助理分局隊長工作。這一決定受到了他父親更多的批評，指責他是“懦夫”。後來蓋西自己推測，他當時也許一直在試圖從他人處尋求從來沒有從父親那裡得到過的肯定。
同年蓋西成為民主黨候選人，蓋西的父親為兒子買了一輛車，但車一直在父親名下直至蓋西完成了每月對父親的還款。還款花了幾年時間，而且一旦蓋西不聽父親的話，車鑰匙還可能随時被沒收。1962年，蓋西在鑰匙被沒收後又買了一套額外的鑰匙來開車。他父親對此事是的反應是直接拆掉了汽車的分電器蓋，并把這些部件扣押了三天。
蓋西後來回憶說，這件事的結果讓他「特别惡心」。在他的父親更換分電器蓋後，蓋西驅車前往拉斯維蓋西，在那裡他先是在救護車服務中工作，後來又轉到停屍房工作。他在那兒工作了3個月，後來又返回到芝加哥。在這個工作期間，蓋西一直睡在防腐室後的一個小屋中。他曾看到殡葬員給屍體做防腐工作，後來更承認說，有一晚上，他獨自呆在停屍房，爬進了一個年輕男性死者的棺材，擁抱并且撫摸了他的軀體，之後卻感覺到巨大的沖擊。
這次經曆讓蓋西給他媽媽打電話，并且問他的父親能不能允許他回家。他的父親同意了，蓋西當天就開車回到了芝加哥的家。盡管沒有高中畢業，他還是一回家就進入了西北商學院就讀并于1963年畢業。畢業後，蓋西進入了納恩布什鞋業公司擔任一個管理實習位置。
納恩布什鞋業有限公司在1964年把蓋西調到伊利諾伊州斯普林菲爾德工作，最初作為一個銷售員工作，後來晉升到部門經理。當年3月，他和他部門的同事瑪麗蓮·邁爾斯訂婚，九個月後這對戀人在1964年9月結婚。瑪麗蓮·邁爾斯的父親其後在愛荷華州滑鐵盧購買了三間肯德基，他和妻子搬到滑鐵盧以管理餐館，同時也住進了他妻子的父母家。
蓋西在追求瑪麗蓮的期間，加入了青年商會并努力為該組織工作，1964年4月被稱作組織的「關鍵人物」。同年，蓋西有了第一次同性戀經驗。據蓋西說，他在斯普林菲爾德青年商會的同事灌了他的酒，邀請他到自己家沙發去睡，并且對他進行了口交，而他是勉強同意這件事發生的。
到1965年，蓋西已經上升到斯普林菲爾德青年商會副會長的位置同年，他被任命為伊利諾伊州第三位最優秀的Jaycee。
搬到愛荷華
蓋西的嶽父在1966年讓他管理三個愛荷華州滑鐵盧的肯德基餐廳。這個機會非常誘人，每年有15,000美元的固定報酬再加上提成。蓋西接受了這個機會，在完成強制的管理課程後，他和妻子在當年秋天搬去了滑鐵盧。
在滑鐵盧，蓋西加入了青年商會的地方分會，除了作為肯德基餐廳經理要每天工作12到14個小時以外，他還抽出時間定期為這個組織工作。雖然他的同事認為他野心勃勃還有點兒愛吹牛，他還是因為工作得不知疲倦而得到贊揚，尤其在幾個籌款項目有不俗表現。1967年，他被評為「優秀」的滑鐵盧青年商會副會長。蓋西在Jaycee的會議上經常提供免費的肯德基，被他的同事們給予了「上校」的綽号。同年，他進入了滑鐵盧青年商會的董事會工作。
在愛荷華居住期間，蓋西的妻子生下兩個孩子。兒子名為麥可，出生于1967年3月，随後1968年10月又得了一個女兒，取名為克裡斯汀娜。後來蓋西把他這一時期的生活描述為「完美」。他在生活中取得的成就最終得到了父親的贊賞：他父親在1967年來看望他的時候說，「兒子，是我看錯你了」。
然而，這段時間的生活有它的陰暗面，充滿了換妻、賣淫、色情和毒品。蓋西被深深卷入了大量這樣的活動，并欺騙他的妻子。據說他還在他的地下室開了一個「俱樂部」，允許員工在裡面喝酒玩水。雖然他的餐館雇用了許多少男少女，但他隻與他的男性員工來往。當蓋西對這些男性員工有性傾向時，會先讓他們喝酒，但如果這些少年拒絕了他，他會将自己的行為解釋為開玩笑。
初犯
在1967年8月，蓋西第一次性侵犯了一個隻有15歲的少年。少年名為唐納德·福爾希斯，是一名Jaycee員工的兒子。蓋西引誘少年到他家後，給福爾希斯播放了色情電影并灌了酒，說服福爾希斯對他進行口交。接下來的幾個月，又有其它幾個青年遭到性虐待，其中一個先是被蓋西鼓勵跟他妻子睡覺，後來即被勒索為蓋西口交。一些青少年被蓋西欺騙，相信他是在開展為保護同性戀利益而進行的“科研”，在所謂的實驗後得到了50美元的償付。
在1968年3月，唐納德·福爾希斯告訴他的父親，蓋西曾對他進行過性侵犯。老福爾希斯立即将此事通知了警方，蓋西随即被逮捕，并被指控與福爾希斯犯下雞奸并曾襲擊一個名叫愛德華·林奇的16歲少年。蓋西強烈否認了這些指控，并要求采取測謊測試。這一請求得到了批準，盡管結果表明蓋西在否認對福爾希斯或林奇犯下的任何不法行為時有說謊表現。
面對種種指控，蓋西否認自己又任何不法行為并堅持對他的指控是出于政治動機。（老福爾希斯曾反對提名蓋西任命愛荷華青年商會會長）幾個青年商會的同鄉認為蓋西說的是可信的，并且團結起來支持他。然而在1968年05月10日，蓋西仍然被起訴雞奸罪。
蓋西在1968年8月30日，說服他的一個員工，一個18歲的名叫羅素·施洛德的男孩攻擊唐納德·福爾希斯并承諾了300美元的酬勞，目的是阻止唐納德對即将到來的審判上作證。羅素答應了之後，引誘福爾希斯到僻靜處，把蓋西提供的釘頭錘打向福爾希斯的眼睛然後揍了他一頓，同時一邊嚷嚷着不許福爾希斯在對蓋西的審判中作證。
福爾希斯立即報了警，确定是施洛德攻擊了他，第二天施洛德被捕。施洛德剛開始否認跟此事有任何牽連，後來還是承認了在蓋西的授意下毆打了福爾希斯。蓋西被逮捕并被指控聘請施洛德毆打和恐吓福爾希斯。1968年9月3日，蓋西在衣阿華州立大學的精神病醫院接受精神病評估，兩名醫生花了17天檢查蓋西并得出結論：他具有反社會人格，難以治愈且其行為模式可能使他反複與社會産生沖突。醫生還斷定他在精神上有能力接受審判。
定罪和監禁
聽取了律師的意見後，蓋西于1968年11月7日的正式提審上承認了對唐納德·福爾希斯犯下的雞奸罪行，但不承認對其他青年的行為。在法官面前，蓋西争辯說，他和福爾希斯确實發生了性關系，但他堅持是福爾希斯主動提供的性服務，而他自己隻是出于好奇嘗試了。他的說法沒有被采納。盡管他的律師提出了假釋的建議，蓋西仍然被定罪為雞奸，并于1968年12月3日判處在Anamosa州立監獄服刑十年。蓋西被判刑的當天，他的妻子訴請離婚，要求占有家财、房産及後續的贍養費。法院作出了有利于蓋西妻子的裁定，于在1969年9月判定二人離婚。後來蓋西再也沒有見過他的第一任妻子或子女。
假釋
蓋西在18個月監禁後獲得了假釋機會，有12個月的假釋保證期。他對接自己出獄的一個朋友說，他打算重新确立在滑鐵盧重新做人。然而，他獲釋的24小時内，蓋西選擇搬到芝加哥與他的母親生活在一起。他在6月19日抵達芝加哥，并一家餐館當上了短訂單廚師。
在1971年2月12日，蓋西被指控對一個十幾歲的男孩進行性侵犯。男孩聲稱，蓋西芝加哥的灰狗巴士總站将自己誘騙到他的車上，并試圖迫使他進行性行為。後來男孩未能出庭因而控訴被駁回。愛荷華假釋局沒有重視這件事（這違反了他的假釋條件），并且蓋西的以往定罪紀錄随後被密封。他在1971年10月恢複了正式公民身份，把自己的犯罪紀錄藏匿起來，直到警方後來開始因謀殺案對他進行調查。
在母親的資助下，蓋西在諾伍德公園買了一棟房屋，位于伊利諾伊州的庫克縣的非自治地區。8213西Summerdale大道這個地址，是他被逮捕前一直居住的地址，在這個地方還發生了他犯下的所有謀殺案。1971年8月，蓋西和他的母親搬家後不久，他與一個帶有兩個年幼女兒的卡羅爾·霍夫訂婚。訂婚後不久，未婚妻搬進了他家，而1972年7月1日舉行婚禮前不久，蓋西的母親搬出了這棟屋子。
婚禮前一個月，蓋西再次被捕。一個年輕人向警察控訴，蓋西戴着警長徽章僞裝成警務人員，将年輕人誘騙到他的車裡并強迫他口交。但在這個控訴者企圖憑指控敲詐蓋西後，指控被駁回了。
志願者
婚後，蓋西的新妻子和繼女搬入了Summerdale大道的房子。1972年，蓋西辭了廚師工作，并開始了他自己的建築業務，公司名為PDM承建商（PDM為「繪畫，裝修及保養」的縮寫）。最初的業務是小型維修工作，例如畫标志，澆注混凝土和裝修，但後來擴大到包括室内設計，改造，安裝，裝配和環境美化等項目。到1978年，PDM的年營業額總值達到200,000。
1973年，蓋西和PDM承包商的雇員前往佛羅裡達州查看蓋西購買的資産。第一個晚上兩個人獨自在佛羅裡達州，蓋西在他們的酒店房間強暴了青年雇員，第二天這個青年拒絕留在蓋西的酒店房間，甯肯在沙灘上睡。回到芝加哥後，這名雇員驅車前往蓋西家并在他家院子裡打了他一頓。蓋西的嶽母阻止了青年對蓋西的進一步攻擊，之後青年駕車離去。蓋西對妻子解釋說，這次襲擊發生是因為他拒絕為質量差的工作對這個青年支付報酬。
對于諾伍德公園的鄰居們來說，蓋西以合群和樂于助人而出名：他在當地小區非常活躍，并從1974年開始舉辦一年一度的夏季派對。他在民主黨政治中也非常活躍，最先開始為他的PDM員工提供免費的勞務服務。蓋西因小區服務而被獎勵，由此被任命為諾伍德園鄉路燈照明委員會成員。随後他又獲得了選區隊長稱号。
1975年，蓋西被任命為芝加哥一年一度的波蘭憲法節遊行主任。這是一個一年一度的盛事，他從1975年到1978年負責監督該活動。通過他的工作與遊行，蓋西會見并與當時的第一夫人羅莎琳·卡特合影留念。卡特在照片後簽名：「向約翰·蓋西緻以最良好的祝願。羅莎琳·卡特」這一事件後來成為美國特勤局的尴尬，因為可以看到照片中的蓋西戴着「S」型針，表示已從特勤局收到特殊的标志。
通過加入本地一個麋鹿俱樂部，蓋西了解到一個「快活小醜」俱樂部，俱樂部成員會打扮成小醜定期進行籌款活動、遊行并為住院兒童帶去娛樂。1975年底，蓋西加入「喬利小醜」，并創造了自己「小醜坡格」，設計自己的服裝和小醜妝。在嘴巴邊緣，蓋西塗上了帶尖角的邊界，和專業小醜的通常妝容相反。蓋西經常以小醜坡格的形象參與到衆多本地聚會和慈善活動，他還經常提到自己給兒童醫院帶去的娛樂，不過沒有證據表明他曾這樣做過。有好幾次，蓋西身着小醜裝束參加到「好運休息室」中，解釋說他剛剛扮演成坡格，隻不過是在回家路上停下來參加社交活動。
到1975年，蓋西對他的妻子承認自己是雙性戀者。母親節當天，他在做愛後告訴她，他們将永遠不會再有性行為。之後他開始在大多數晚上離開家，直到清晨時分才返回，借口說他一直工作到很晚。他的妻子發現蓋西将十幾歲的男孩帶到他的車庫裡，還發現屋内有同性戀色情刊物。在1976年3月，雙方協議離婚。
謀殺案件
1972年1月2日，蓋西在芝加哥"靈缇"長途公共汽車終點站接到一位15歲的名為蒂莫西·麥科伊（Timothy Jack McCoy）的年輕人。蓋西帶着這位從密西根到奧馬哈旅遊的男孩在芝加哥觀光。蓋西當晚把McCoy帶回了家，并承諾這個男孩第二天會及時送他去車站趕公共汽車。第二天早上蓋西醒來的時候發現麥科伊站在他的床邊，手裡拿着一把菜刀。
蓋西從床上跳了起來，而麥科伊不小心割傷了蓋西的前臂。蓋西從麥科伊手中搶過了菜刀，數次将其頭部撞擊卧室的牆壁。最後蓋西一腳踢飛麥科伊。麥科伊回擊，蓋西抓住他并數次用菜刀刺向他，直到麥科伊身亡。蓋西說後來他走到廚房時才發現麥科伊做好了早餐，無意中帶着菜刀去他卧室中喊他起床。蓋西将麥科伊的屍體埋在地闆下，并在上面加固了一層水泥。
在20世紀90年代對他的一次采訪中，蓋西說在殺害麥科伊後，他感到「精疲力盡」，但同時也說在殺害麥科伊時，他感到自己到達了興奮的極點。他說：「那時候我才意識到原來死亡能帶給我最大的快感」。
蓋西的第二次殺人案發生在1974年1月。受害者是一位身份不明的青少年，皮膚略帶棕色，頭發卷曲，大概在15到17歲之間。他是被蓋西勒死的。在屍體被埋葬之前，蓋西将其安置在壁櫥裡。蓋西後來稱屍體在被藏匿于壁櫥時，口鼻中流出的液體弄污了他的地毯。所以在以後的犯案中，他一般都會用布條或者受害者的内衣褲塞入他們的口中以避免同樣的事情發生。這位未知的受害者被埋葬在離蓋西的後院中的燒烤架大概15英尺的地方。
到1975，蓋西的事業得到了極大的發展。他開始每天工作12個甚至是16個小時來完成他簽訂的合同。他的雇員中大部分都是中學生或者是年輕的男性。其中一位是15歲大的Tony Antonucci。他于1975年5月成為蓋西的雇員。在當年七月，蓋西來到這個男孩的家裡。Antonucci前一天因為工作弄傷了腳，獨自在家休養。
蓋西灌了他很多酒，然後将其擊倒在地，并把男孩的雙手铐在其身後。Antonucci右手腕的手铐有些松弛，在蓋西離開房間之後男孩取下右手手铐。當蓋西回來的時候，Antonucci一拳擊在他臉上，将其摔倒在地，并用手铐铐住他。蓋西大聲咒罵男孩并口出威脅，但随即冷靜下來，承諾Antonucci打開手铐的話他會立即離開Antonucci的房子。男孩同意了，蓋西也随即離開了。
這次事件發生一周後，也就是1975年7月29日，蓋西的另一位雇員，17歲的John Butkovitch離奇失蹤。在他失蹤的前一天，因為蓋西拖欠了兩周的工資，Butkovitch對蓋西進行了威脅。事後蓋西承認用解決工資為由誘使Butkovitch到他家并勒死了他。當時蓋西的妻子和繼女都不在家，他們去阿肯色州去看望他的姐姐。蓋西将死屍藏在車庫的水泥地下。
Butkovitch的轎車之後被遺棄在一個停車場中。Butkovitch的父親打電話給蓋西，後者說他很樂意幫忙但很遺憾Butkovitch竟然「離家出走」。對于Butkovitch的失蹤，警方也傳訊過蓋西，蓋西說Butkovitch和他的兩個朋友曾經因為工資問題去過他家，但他們在解決工資問題後已經離開了。此後，Butkovitch的父母給警方打了不下100次電話，希望警方繼續深入調查蓋西。
8個月後，蓋西和第二任妻子離婚。因為離婚後獨自擁有房子，他開始大開殺戒。從1976年5月到8月，蓋西至少殺害了八名年輕男性，其中有兩位還無法識别身份。七名被埋在地闆下。其中的四名埋在洗衣間下（洗衣間下還埋葬了蓋西之後殺害的一位青少年）。一位埋葬在蓋西的飯廳地闆下。在這期間被殺害的八名青年人中的六位身份已經得到辨明，年齡都在14歲到18歲之間。而另兩位身份無法辨明的青少年，年齡分别在15到19歲和22到30歲之間。
1976年7月26日，蓋西雇傭了18歲大的David Cram。同年8月21日，Cram搬去與蓋西同住。第二天，當Cram酒醉後，蓋西騙Cram戴上了手铐，然後告知Cram他要強奸他。Cram曾在軍隊裡呆了一年，一腳将蓋西踢倒在地。一個月後，蓋西出現在Cram的卧室中，仍然想強暴Cram。蓋西說：「戴維，你不知道我是誰。你最好給我我想要的。」Cram拒絕了蓋西，蓋西離開了他的卧室。之後Cram搬出了蓋西的家，同時也辭去了再蓋西公司的工作。
調查
1978年12月11日，蓋西來到Des Plaines藥店與店主人Phil Torf商讨事宜。在于店老闆商讨一項潛在的交易時，一名15歲大的雇員Robert Jerome Piest偶然聽到了他們的對話并得知蓋西的公司雇傭青少年。
在蓋西離開後，Piest告訴其母親「有個承包商想和我讨論一份工作」。Piest離開家，并說自己很快會回來。然而之後他卻失蹤了。Piest的父母向當地警局申報了他們兒子的失蹤案。藥店主人提及蓋西就是這名承包商，而Piest極有可能就是和他商讨工作的事情。
當警方調查蓋西時，蓋西拒絕承認和Piest談過話，同時他謊稱因為他的叔叔過世，他不得不晚些時候才能去警局去證明他的清白。第二天淩晨3：30時，蓋西全身是泥巴，來到了警局，聲稱他遇上了車禍。那天，他拒絕承認他和Piest的失蹤案有關，也拒絕承認将提供給他一份工作。
但是Des Plaines警方卻深信蓋西和Piest的失蹤案一定有關。對其記錄進行了調查，發現其在芝加哥有過案底，并在愛荷華州因為強奸青少年曾被判決入獄。在申請了搜查令之後，警方對其房屋進行了搜查并發現了一些嫌疑物品：一個1975年内刻JAS的中學生的戒指，不同的駕駛執照，手铐，關于男同性戀的書籍，對于蓋西來說過于小的衣服和Piest工作的藥店的收據。警方決定沒收蓋西的奧斯莫比汽車和其它公司的機動車，同時派出兩組由兩人組成的調查組去跟蹤蓋西。
第二天，調查者們接到了來自Michael Rossi的電話，得知Gregory Godzik和Charles Hattula（另一位蓋西的雇員）的屍體在前一年在一條芝加哥的河流中被發現。
1978年12月15日，Des Plaine對于蓋西的前科案件有了更深入的調查，得知Jeffrey Rignall曾報案說蓋西引誘其上了他的車并遭受他的虐待和強暴；在與蓋西前妻對話中，警方得知了John Butkovich的失蹤案。同時，在蓋西家找到的戒指也被證明了是失蹤男學生John A.Szyc的戒指。同時調查者們也注意到了蓋西的一名員工開着和Szyc相似的汽車。對于這輛汽車的調查證明了此車之前屬于Szyc。
1978年12月17日，警方與Michael Rossi進行了一次正式的會談，得知蓋西将Szyc的汽車賣給他是因為後者稱Szyc需要錢搬到加利福尼亞州。同時，對蓋西的奧斯莫比汽車調查中，警方發現了一小撮有可能是人類頭發的纖維組織。這些纖維被送去進行檢查。當晚，警方使用三條受訓警犭調查Piest是否曾在蓋西的汽車裡出現過。其中的一條警犭卧倒在蓋西的奧斯莫比汽車的乘客座上，暗示警方Piest的屍體出現在這裡。
1978年12月20日，蓋西開車去找他的律師Amirante。一到達目的地，他就要求對方給他一瓶酒。在回途中，Amirante問他和調查者談得怎麼樣了，他指着一份每日先驅報，告訴他的律師“這個男孩已經死了，他在河裡。”在最後的幾個自由的小時裡，蓋西已經知道自己的逮捕是不可避免的了，他試圖拜訪自己的朋友并向他們告别。離開了律師辦公室，他開車前往加油站，在那裡給他的租車加了油，并遞給加油工Lance Jacobson一袋大麻。
Jacobson将大麻交給警方并告訴警方蓋西對他說“我的末日即将來臨，這些人會來殺我”。蓋西然後驅車去了一位同行Ronald Rhode家中。在那裡，他擁抱了他的朋友，老淚縱橫：“我殺了三十個人”。然後他開車去找Michael Rossi和David Cram。在他開車的時候，警方注意到他拿着一串念珠，一邊開車一邊禱告。
第二天，警方獲得了第二次搜查令。考慮到蓋西之前的反常行為，警方擔心蓋西會自殺，就以非法藏匿和分發大麻的罪名将其逮捕。
警方在蓋西家發現了大量的死屍。1978年12月22日，蓋西向警方承認從1972年以來，他一共殺害了大約25個少年、離家出走的男性和男妓。大部分的人都是他以工作、金錢誘惑或暴力的方式從芝加哥公共汽車站或街上誘使或綁架回來的。
逮捕和自白
在被告知警方在他的地下管道空間發現了屍體，且自己将面臨謀殺指控後，蓋西告訴警方想“清潔空氣”，并且說道，自己在律師辦公室的沙發上呆了一晚上後，明白被捕已經是不可避免的了。
在1978年11月22日淩晨，蓋西向警方自首，他承認直到1972殺害了大約25-30人。這些人大多是逃亡者或者男妓，都是蓋西從芝加哥車站或者街上找到然後誘騙到家裡的。他要不就是向這些人承諾給予工作和報酬，要不就是幹脆用暴力綁架他們。
一旦回到蓋西的家裡，受害者會被帶上手铐或以其它方式綁住，在被性侵犯的時候會被繩子勒住嘴。蓋西常常會在受害者的嘴裡放布料以阻止他們尖叫，很多受害者都是被止血帶勒死的，蓋西将此稱為“繩子戲法”。有時，受害者被繩子勒死之後會痙攣一兩個小時。警方發現兩具被蓋西綁起來的屍體之後，問蓋西他到底為什麼要這麼做，他說這是他在閱讀了休斯頓大屠殺之後受到的啟發。
受害者通常被單獨引誘到他家裡，不過出現過三次蓋西所謂的「雙捕」的情況，也就是一晚上同時殺害兩名受害人。
大多數受害者被抛屍在蓋西家裡的地下道空間。他會定時将生石灰倒進去，以促成屍體的分解。蓋西說他已經不知道埋了多少受害者在那裡，而1978年殺害的最後5名受害者都被他從I-55大橋扔進了德斯普蘭斯河，因為他的地下道空間已經裝滿了屍體。被問及羅伯特皮斯特的時候，蓋西對自己勒死青年的事實供認不諱，并補充說他在當時還被一個同事的電話打斷。
他也承認把皮埃斯特的屍體扔進了德斯普蘭斯河，并且說，當他處理完屍體趕去跟德斯普蘭斯的官員赴約時，發生了一起輕微的交通事故，因此在12月13日淩晨披頭散發地來到當地警局。他還供認說，他把約翰·布特科維奇的屍體埋在了自己的車庫裡。蓋西畫了一個地下室示意圖來幫助警方搜尋埋藏的屍體。
尋找受害者
1978年12月22日，在警察的陪同下，蓋西回到他的房子，并向警方指明布特科維奇的屍體藏在車庫中的位置。之後警察開車到I-55橋，也就是蓋西抛屍皮埃斯特和其它四個受害者的地方。
1978年12月22日到29日，共有27具屍體從蓋西的房屋中被找到。其中有26具是在地下道空間被發現的，另有1具約翰·布特科維奇的屍體被發現埋在車庫的混凝土地闆下。由于在芝加哥的嚴冬降雪，1979年1月挖掘被暫時推遲，到三月重新開始挖掘，盡管蓋西堅持說所有埋在房屋裡的遇難者遺體都已被找到。
1978年3月9日，第28個受害人的屍體在一個靠近後院燒烤架的坑裡被發現，被幾個塑料袋裝着。他左手無名指有一個戒指，表明他可能已經結婚。一個星期後的3月16日，另一名受害者的遺骸被發現埋在飯廳的地闆下，使蓋西房屋裡的遺體總數達到29。一個月後，蓋西的房子被拆毀。
另外3具遺體在1978年6月到12月之間相繼在德斯普蘭斯河裡發現，也被證實是蓋西的受害者。
一些屍體被發現的時候，脖子上仍然系着勒死他們的繩子。在其它情況下，布料從嘴一直堵到受害者的喉嚨深處，調查表明有些受害者不是死于勒扼而是死于窒息。在某些情況下，有一些比如處方藥瓶的物品在受害者的骨盆區被發現，這表明這些東西是從肛門塞入的。有一些受害者是由于PDM制造公司與蓋西發生聯系的，另一些則由于個人物品在桑莫達爾8213号被發現而被确認身份。
與1976年6月3日在從芝加哥行駛到沃基的路上失蹤的年僅17歲的麥可·博甯，因他的捕撈許可證在蓋西家中被發現而被确認受害；另一個青年，蒂姆·魯爾克，曾在失蹤前與人談及得到了一個承建商提供的工作。蓋西的受害者中年齡最小的塞缪爾·斯台普頓和麥可·馬裡諾，兩個都年僅14。年紀最大的是羅素·納爾遜和詹姆斯·馬薩拉，都是21歲。受害者中有7名的身份至今未得到确認。
1979年4月9日，羅伯特皮斯特的屍體在德斯普蘭斯河岸被發現，驗屍報告說明在他生前喉嚨裡曾被堆滿了紙張類材料。
審訊
1980年2月6日，蓋西被帶到審判庭上，受到33個謀殺指控。
在審判之前一年，在他的辯護律師的請求下，蓋西花了300多個小時在梅納爾懲教中心接受各種心理測試，以确定他是否在精神上有能力接受審判。蓋西曾試圖說服醫生自己患有多重人格障礙。他的律師試圖以他精神錯亂為由證明他無罪，并請了一些研究過蓋西的精神病專家來作證。三個精神病專家出現在審判上，作證說蓋西是偏執型精神分裂症，也是多重人格障礙患者。
控方認為蓋西是理智的，并且完全能控制自己的行動。控方邀請了幾個證人，作證說蓋西有既定的謀劃和行為來逃避偵查，更找來醫生辯護說自己有多重性格和精神錯亂。兩名證人都是PDM的員工，他們說蓋西曾迫使他們在自己的地下道空間挖道。這些員工之一，麥可·羅西，作證說，在1977年8月，蓋西用棍子在地下道空間标記了一個位置，并告訴他要挖一條排水溝渠。
當被問及他在地下道空間的挖掘時，蓋西房屋的示意圖在法庭上被展示出來。圖中顯示屍體在地下道空間和房屋其它地方被發現，并且指示出一個被稱為「13号遺體的」身份不明的受害者的位置。羅西說，他沒有再挖别的溝渠，但按照蓋西的要求監督其它PDM的員工繼續在地下道空間裡深挖。
羅西也作證說，蓋西會定期視察地下道，以确保員工的挖掘不偏離他所标示的位置。被捕後的蓋西說，他隻挖了5個受害者的墳墓，後來都是讓員工（包括格雷戈裡·戈奇克）繼續挖的，這樣他才「有足夠多的墳墓」。
在審訊的第三周，蓋西的辯護團隊提出一種可能性，即這33次謀殺都是色情行為的意外窒息至死。庫克縣驗屍官反駁道，有證據表明這種說法是不可能的。
1980年2月29日，一名在1967年受到蓋西的性侵犯的青年，唐納德·福爾希斯，作證說曾受到蓋西的殘酷對待并且其後還被蓋西雇傭的一個青年使用噴霧和狼牙棒攻擊，以阻止他出庭作證。這個青年努力嘗試簡要說明問題，但被請下證人席之前都沒有成功作證。
羅伯特·唐納利在福爾希斯出庭的一周後作證說，他在1977年12月也受到了蓋西的虐待。在唐納利回憶蓋西的暴行時明顯表現出焦躁情緒，并數次幾近崩潰。在他作證時，蓋西一再嘲笑唐納利所付出的代價，但青年完成了他的證詞。蓋西的辯護律師之一羅伯特·莫塔在唐納利作證中盤問他，企圖抹黑他的證詞，但唐納利一點也沒有動搖。
在審判的第五周，蓋西給法官加利坡寫了一封私人信件，要求宣布這次審判無效并提出了幾點理由，包括他并不同意律師的以精神錯亂來抗辯，他的律師未允許他采取證人立場，他的辯護沒有足夠多的證人，警方在他被捕後對偵探作出聲明一事撒謊來為他們自己服務等等。加利坡法官回複說，根據法律規定蓋西有權在向法官表明意願後作證。
1980年3月11日，控方和辯方律師的最終辯論開始。檢察官特裡·沙利文首先要求對蓋西虐待青少年的曆史進行概述，還有他努力想避免偵查并将幸存的受害者——福爾希斯和唐納利——稱為“活死人”。
在長達四小時的陳述後，律師薩姆·阿米蘭特和羅伯特·莫塔開始為蓋西辯護。莫塔和阿米蘭特反對由控方提供的醫生證詞，試圖把蓋西塑造成一個被無法控制的沖動驅使的人“”。為了支持這種說法，辯護律師數次引用了辯方醫生的證詞，并稱蓋西行為的心理動因應當受到研究。
在阿米蘭特和莫塔的辯護之後，威廉·昆科再次為控方作證。昆科稱辯方提出的精神錯亂一說是「虛假的」，提出了可以證明蓋西的邏輯思維能力和行為控制力的事實。昆科還提到一個曾在1968年為蓋西做檢查的醫生的證詞，這名醫生将蓋西診斷為反社會人格，可以犯下罪行而絲毫沒有悔意。
昆科說，如果這名醫生的建議被重視，蓋西就不會得到釋放。在陳述的末尾，昆科展示了22名受害者的照片并要求陪審團不可同情蓋西而須“堅守正義”。昆科又向陪審團要求道，“蓋西有多同情這些逝去的生命，你們就應當有多同情他”，之後把照片扔在審判現場作為證據的地下道活闆門上。在昆科完成了他的證詞後，陪審團退下以考慮裁決。
陪審團審議了一個多小時，認為蓋西犯下33個謀殺罪，且犯下性侵犯和猥亵兒童罪行。翌日，控方和辯方都向陪審團提出了裁決建議：控方要求判處死刑，依據是伊利諾伊州法規規定每個謀殺罪都須償命，該法規在1977年6月生效；而辯方要求判處終身監禁。
陪審團商議兩個多小時後，判處蓋西死刑。
執行死刑
在1994年5月9日上午，蓋西從梅納爾懲教中心被轉移到Stateville懲教中心執行死刑。當天下午，他被允許在監獄裡與他的家人的進行野餐。當天晚上，他目睹了一名天主教神父的祈禱，之後被押解到的Stateville執行室執行注射死刑。
執行開始前，注射用的化學品意外凝固，堵塞了針管，使得執行程序變得相當麻煩。把百葉窗拉上以避免圍觀後，執行小組更換了堵塞的針管。10分鐘後，百葉窗被重新打開且完成了死刑的執行，整個過程花了18分鐘。執行醫師将此歸咎于監獄官員經驗不足，指出了如果執行程序正确就不會發生這種麻煩事。
顯然，這個錯誤導緻伊利諾伊州後來尋找了注射毒針的替代方法。在這個問題上，蓋西的監控人員之一，威廉·昆科說道：“他仍然得到了比他的任何受害者更容易的死亡。在我看來，他應該死得更難受一些，不過更重要的是他為罪行付出了生命的代價。”
根據公布的報告，蓋西已被确診為精神病患者，他對自己的罪行并沒有表示任何的悔恨。他的最後陳述說，判處他死刑是不會彌補别人的損失，并認為這判決其實是針對他的謀殺。據報導，他最後的一句話隻是“Kiss my ass”。
死刑的圍觀人群估計超過1000，聚集在懲教中心周圍。其中大部分是都宣稱贊成死刑，雖然現場也出現了反死刑示威者。有些支持死刑的人穿着畫有蓋西以前在小區服務裡使用的小醜形象的T恤，上面印着标語說「别為小醜哭泣」，而反死刑抗議者隻是沉默地舉行了一場燭光守夜。1994年5月10日上午12:58，在蓋西确認死亡後，他的大腦被移出。這是海倫·莫裡森博士的建議，他曾采訪蓋西和其它連環殺手，希望能發現暴力反社會人格所具有的共同特質。蓋西被執行死刑後，大腦檢查沒有發現任何異常。
他的作品
蓋西的執行後的幾個月，他的許多畫作被拍賣。共有十九幅由經銷商史蒂夫·科斯卡爾售出，他曾直接從蓋西處購買許多畫作。銷售價格從9500美元到195美元不等。一幅畫有迪士尼七個小矮人與芝加哥小熊隊打棒球的作品已經由無數的棒球名人堂成員親筆簽名，雖然科斯卡爾承認簽名者并不知道畫家的身份。有些畫作被購買之後立即被毀掉，25幅畫在1994年6月于在伊利諾伊州内珀維爾被約300人燒毀，其中包括9名蓋西的受害者家屬。
自1980年以來，蓋西的作品展覽持續舉行。有批評稱蓋西得到了作品銷售的回報，而蓋西反對這種說法，聲稱他的作品，旨在“給人們的生活帶去歡樂”。2011年，拉斯維加斯藝術長廊售出蓋西的自畫像《再見坡格》（4,500美元）和其他73幅蓋西的彩畫、素描、為各種慈善組織錄下的音頻等等。全國犯罪受害者中心要求畫廊停止在銷售中使用其名。
