事件原因
調查
這是波音757于10個月内第三次發生空難(同年2月6日，伯根航空301号班機于多米尼加對出海域墜毀，導緻189人罹難；另外，1995年12月20日，美國航空965号班機也是一架波音757客機，墜毀于哥倫比亞，全機隻得四人生還)。調查人員在聽過黑匣子錄音，得知當時駕駛艙不斷發出互相矛盾的警告，如飛機超速同時，亦發出失速警告（理論上，一個相反的警告是不會同時發出）。導緻儀器發生錯誤的主要原因是因為靜壓孔出了問題。
調查員發現飛機的高度表和速度表同時處在故障的狀态，這屬于飛機的動靜壓系統的一部分。所有的飛機都擁有動靜壓系統，飛機外部的艙孔測量機外氣壓以提供高度和速度的資料。如果這些艙孔被堵塞住，機上電腦就會發出錯誤的警告信息，這些艙孔被堵塞的原因成為調查員關注的重點目标。調查員通過水下載具發現施萊弗機長的靜壓孔被膠帶完全封死。其後的調查揭示原因是當時地勤工人在進行飛機清潔之後，沒有将黏貼在靜壓孔（位于飛機機身下前方）的護條除去。更嚴重的是，當時也沒有任何主管人員負責監管飛機清潔過程；而機長在飛行前的檢查亦沒有發現此一問題，于是，603号班機便在“不适當飛行”的情況下起飛。
在機組員面對着飛機的一連串問題時，隻能與塔台保持聯絡及接收來自塔台有關航班的高度。可是，塔台的雷達顯示的信息都是來自603号班機的錯誤指示，因此，到最後603号班機的機員都對塔台的信息存疑。雖然603号班機一度要求利馬機場方面安排飛機協助導航，可是在協助導航的飛機起飛前，603号班機已經墜毀了。
無線電通訊記錄
此通訊記錄來自事發當日秘魯航空603班機黑匣子的原始記錄，以下記錄隻顯示重要對話。
·00:42:12副機師：高度儀有問題。（第一個出問題的儀器）
·00:42:49機師：什麼事，沒有爬升？
·00:42:51副機師：正在爬升中，但是速度？（速度計顯示不正常）
·00:43:06副機師：方向陀比率。（方向陀比率警告，速度傳感器出現異常）
·00:44:28機師：我們宣布緊急狀态！
·00:44:31塔台：秘魯航空603，繼續。
00:44:32副機師：我們宣布緊急狀态，沒有基本儀器，沒有高度計，沒有速度計。[3]
事件經過
飛行航線信息
飛行過程
1996年10月2日，剛過午夜，603号班機機起飛之後沒有多久，機組員便發現他們的儀器異常，飛行管理電腦也發出矛盾緊急信号譬如方向舵比率、超速、速度太低及飛行高度太低。機組員立刻進入緊急狀态并要求返回機場。機員認為機上的飛行儀器是不可信賴的，機組員不停的收到由飛行管理電腦發出矛盾的緊急訊号，有些信号是對的而有些則不對。機組員相信他們在安全的海拔高度，所以他們決定小心的準備開始下降到可以降落到機場的高度。那時是半夜，飛機在水面之上，機組員看不到任何一個參考的物體可以用來确認他們實際的海拔高度，或者是幫助他們下降。此外，雖然機組員感受到飛機正在失速，而且飛機亦發出失速警告，但是他們不能夠準确地觀察飛機的飛行速度及垂直上升速度，加上他們已對機上的多個互相矛盾的警告不信任而置之不理(可是當時失速的警告卻是正确的)。結果飛機的飛行高度正以極快的速度下降，但高度儀卻沒有任何相對應的改變。雖然當時高度計指着9700英尺，但實際高度比這個更低。
事件結果
飛機在大約在發出緊急信号的25分鐘之後撞擊水面。所有的9位機組員和61位乘客都死在機上。
事故影響
1、秘魯航空：将原來的航班編号更改為691号。1999年秘魯航空破産。
2、地勤入獄：将皮托管貼住的工人因為過失緻死罪判刑入獄。
3、賠償辦法：1999年波音和秘魯航空決定庭外和解，遇難者的家屬都獲得了大筆撫恤金，平均每位達100萬美元。
4、系統改進：波音公司則加強了動靜壓系統問題的訓練，制定新的規則，加裝靜壓孔蓋。自2006年以來，從未發生過類似秘魯航空603号航班的事故。
