故事大綱
普通篇
第01話至第30話
一天，工藤大器偶然聽到了神秘聲音的呼喚，而成為了指揮官，與朋友們一起來到了數碼世界中，在那裡認識了衆多的數碼獸同伴。然而他們将要擔負起拯救數碼世界的重任。為了防止企圖稱霸數碼世界的巴古拉軍而努力的收集著各個領域的水晶，令他們意想不到的是在數碼世界中除了他們外竟然還有别的人類在數碼世界中活躍着…
邪惡的死亡指揮官與七個王國
第31話至第54話
經過了第30話中的東京大決戰後，數碼世界已經落入了巴古拉軍手中。為了讓數碼世界再次得到和平，工藤大器和高吼獸決定再次回到危機四伏的數碼世界。但是，數碼世界已經相比之前的旅程過了幾個月，數碼世界亦變成了巴古拉軍支配下的地獄世界。數碼世界被巴古拉軍分裂為七個國家（Land），并由七名可怕的巴古拉軍将軍所統治，而這七名巴古拉軍将軍就是本新篇章的主要敵人。此外，本篇章亦出現全新力量「超進化」。
穿越時空的少年獵人們
第55話至第79話
與巴古拉獸的最終決戰已經過去了一年，工藤大器升上了中學二年級。不知從何時起陪伴在身邊的好友明裡和善二郎等人已經不在，取而代之的是天野音音的弟弟—天野悠。「Xros Heart」以籃球隊的名義繼續存在着，隊伍中有一名尊敬著大器學長的成員—明石激。一天，明石激被卷入了街上所發生的異變之中，工藤大器、明石激和天野悠等人的冒險之旅即将展開新的篇章！
關聯作品
在《數碼寶貝》冒險的3年後，數碼世界又随即開始出現新的危機，為此而出現了新的被選中的孩子來拯救這個世界。除了高石武和八神光外，原本被選中的孩子們都進入了中學，他們不能再長時間地守護數碼世界和他們的數碼寶貝夥伴。某日，一位自稱暴龍改造者的少年突然出現攻擊數碼寶貝，還利用黑暗螺旋環和黑暗塔企圖控制數碼寶貝們，妄圖占領數碼寶貝世界。
在他的處處逼迫之下，數碼寶貝迫于無奈展開戰鬥。新一代被選中的孩子們共3個，他們分别是本宮大輔、井上京和火田伊織，另外還有高石武和八神光繼續參戰。他們每個人都獲得一台新的神聖計劃——“D-3數碼暴龍機”，他們以此通過電腦進入數碼世界，另外一個用處是“裝甲進化”，隻要使用數碼裝甲就可以讓他們的數碼寶貝即使在黑暗力量的控制下，也可以完成進化.....
