分類争議
于1995年，有建議将巨牙鲨分類于另一個新的屬中，稱為古鲨屬。但是到目前為止，仍未能就分類的問題上作出解決。很多古生物學者主張分類為古鲨屬，而另一些有海洋生物學背景的學者則堅持巨牙鲨與大白鲨的關系，而分類為噬人鲨屬。主張古鲨屬的學者認為巨牙鲨的祖先應為于始新世的Otodus obliquus，而大白鲨的祖先則為Isurus hastilis。
孑遺介紹
當大部份主流的專家都認為巨牙鲨已經滅絕，但仍有人認為巨牙鲨的孑遺仍然存在，但證據仍似乎較缺乏及含糊。有指從挑戰者号發現的巨牙鲨牙齒化石表面所積聚的錳，推算出巨牙鲨應在10,000至15,000年前依然生存。但卻亦有指這種估計是不準确的，認為巨牙鲨在上新世之後的估計是根據過時的測試方法。而更有指出巨牙鲨可能是沿岸的鲨魚，在深海生存的可能性微乎其微。一些其他将疑似鲨魚的大型生物當作是巨牙鲨的報告，多是将姥鲨科、鲸鲨科或其他大型的生物誤認為巨牙鲨。
