動畫列表
1柯南VS基德VS鐵劍！寶刀争奪大決戰！2000
216名嫌疑犯！？2002
3柯南、平次與消失的少年2003
4柯南、基德與水晶之母2004
5目标是小五郎！少年偵探團的秘密調查2005
6追蹤消失的鑽石！柯南·平次VS基德2006
7來自阿笠的挑戰書！阿笠VS柯南&少年偵探團2007
8女子高中生偵探鈴木園子事件簿2008
9十年後的陌生人2009
10怪盜基德孤島決戰2010
11來自倫敦的絕密指令2011
12傳說中的球棒的奇迹2012
分集劇情
OVA1柯南VS基德VS阿劍！寶刀争奪大作戰！
故事的主人公是《名偵探柯南》、《魔術快鬥》和《城市風雲兒》裡的三大主角同時登場，情節非常搞笑。
某天放學後，柯南和少年偵探團來到毛利偵探事務所，發現一名少女拿着基德的預告函來求助于小五郎，信上寫着基德要偷取少女家的寶刀……前來偷取寶刀的基德和在少女家居住的少年——鐵劍發生了争鬥，到底寶刀會鹿死誰手？而柯南從一開始就覺得很奇怪，到底是什麼地方奇怪呢？
OVA216名嫌疑犯
16個人被邀請到白鳥警官的别墅，後來發現了一瓶打碎的酒而展開的推理故事……其中裡面穿插了新一和蘭以前的一些美好回憶。
平次、和葉，高木、佐藤之間的戀情也有所提到，是部很溫馨的OVA。
OV3柯南與平次與消失的少年
柯南和蘭被平次邀請到大阪旅遊，碰巧遇到了和步美、光彥、元太很相似的繭美、幹彥、健太，他們委托平次幫他們找到他們失蹤的朋友小智……于是柯南和平次依照線索層層推理，終于找到了綁架小智的兇手。最後他們四人用各自的絕招把兇手給制服了
片尾曲之後的劇情涉及到M7《迷宮的十字路口》的預告。
OVA4柯南與基德與水晶之母
怪盜基德再次登場！這次他的目标是英格拉姆帝國的寶物——水晶之母！快鬥和青子也在火車裡，快鬥一直在思考水晶在哪裡，好變身為基德去偷取，他是否會成功呢？柯南和蘭這次又是被平次邀請到大阪，他又是否能抓到基德呢？而潛在的危機到底是怎樣被化解的？
該故事改編自《魔術快鬥》漫畫第4卷，與漫畫不同的是，柯南等人物也将登場。
OVA5目标是小五郎！少年偵探團的秘密調查
故事圍繞着2005年公映劇場版《水平線上的陰謀》的第二主角展開。講述作為學校教學的一環，少年偵探團成員到毛利偵探事務所參觀、與毛利小五郎一同跟蹤調查者、發現綁架案等一系列故事。
OVA6追蹤消失的鑽石！柯南·平次VS基德！
柯南接到一通自稱打錯的電話，可是，柯南看穿那是一通恐吓電話，便和與打錯的人聲音酷似的平次一起開始了調查。仿佛是為了嘲笑柯南他們一般，怪盜基德從天而降出現在他們面前。他的目的到底是……！
OVA7來自阿笠的挑戰書！
阿笠給少年偵探團留下暗号，自己假裝被綁架了（本來是準備當孩子們解開暗号後去米花神社邊下的餐廳吃飯的）……當偵探團的孩子們将暗号一一揭開，來到米花神社，誰知道博士竟真的被卷入了綁架事件中……
OVA8女高中生偵探鈴木園子事件簿
鈴木園子要出演以及寫推理劇本，大家幫她想劇情，蘭幻想新一在推理案件的過程，以及少年偵探團出演夢中的推理劇本，極盡搞笑之能事……新一能解決劇本中的“案件”嗎？最後出人意料的結局又是什麼樣呢？
而且值得一提的是，本部OVA與同年的劇場版《戰栗的樂譜》中都出現了長笛等樂器以及名曲《奇異恩典》。
OVA9十年後的陌生人
某日，柯南因高燒而病倒。灰原聯想到了之前柯南體内的APTX4869的成分與解毒劑的試作品發生的反應，讓柯南喝下了新的解毒劑試驗品。伴随着強烈的暈眩後，柯南再次睜眼發現自己平安地恢複了工藤新一的樣子。回到了帝丹高中本打算吓唬大家一下的“新一”，卻發現這裡的樣子有點奇怪……？
在本作中，不僅少年偵探團的大家以高中生身份登場，連小蘭也将以10年後的樣子出現，該作一度被誤傳為“柯南大結局”。
OVA10怪盜基德孤島決戰
在某孤島的酒店裡展示了華麗的寶石“阿爾忒彌斯的眼淚”，而怪盜基德發出了盜取寶石的犯罪預告書，恰巧遇到在酒店參加聚會的柯南一行，偵探與盜賊的對決再度上演。用精巧的設計将華麗的“阿爾忒彌斯的眼淚”盜走的基德，是否能逃脫柯南的追查？他們又會卷入怎樣的陰謀中？
OVA11來自倫敦的絕密指令
在博士和柯南去倫敦的期間，到底發生了什麼事讓柯南緊急打電話給光彥呢？小哀最愛的三明治口味又是什麼呢？去買東西的路上，神秘的黑衣人和小哀感覺到的壓迫感又是怎麼回事？
OVA12傳說中球棒的奇迹
某天早晨，柯南（高山南配音）被阿笠博士（緒方賢一配音）叫到了棒球場。此時廠商正在進行一場小學生之間的棒球賽，分屬GUTS和TRYS兩隊的青梅竹馬美苗（野中藍配音）和阿明（宮田幸季配音）相互對抗。柔弱的美苗被阿明輕松擊敗，落寞的美苗不慎被什麼東西絆倒，原來是一根半沒于地下的球棒。阿笠博士說這是名将松井秀喜的球棒，傳說能拔起它的将獲得極高的棒球天賦。賽程過半，美苗的球隊落後，她将責任都歸到自己身上，遂決心再度拔出球棒。不過圍繞這根“傳奇”球棒，新的故事又由此展開……
其他柯南短篇Secret File
《名偵探柯南Secret File》是收錄了9部少年SUNDAY自創動畫的特别版DVD。
Magic File
Bonus File
小學館短篇集
小學館的名偵探柯南動畫原創錄影。這些OVA都是附屬于小學館出版的一些兒童百科全書，随同這些兒童讀物一起出售。内容則以科普為主，當然比較适合小學生觀看，長度大在15-20分鐘之間，出版時間在1998-2012年之間。由于出版年代都比較早，都是錄影帶。
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