簡介
高中生偵探工藤新一與毛利蘭在遊樂園遊玩時發現兩個行動詭異的黑衣男子，便跟蹤他們，不料被灌下一種叫“APTX4869”的神秘毒藥，然而因為藥物副作用，新一的身體竟回到孩童狀态。為不使周圍的人受到牽連，他化名為“江戶川柯南”，寄住在毛利蘭家中，用阿笠博士發明的手表型麻醉槍讓毛利小五郎睡着，接着用蝴蝶結變聲器模仿他的聲音來進行推理，解決了許多案件，并一直尋找着黑衣組織的人的下落，希望有朝一日将其繩之以法，并變回原來的樣子。
區别
動畫中各個案件的順序與漫畫原作中的順序有很大的區别，也存在部分情節的添加、删減與變更，并增加了動畫原創故事。
部分人物在動畫中的登場時間也有所改變，如少年偵探團的成員們在動畫第1集便登場，鈴木園子的登場時間也被提早。但也造成了矛盾：第1集中光彥等人見過新一，到了第192集中卻說不認識新一。
動畫前期的每集标題幾乎都是以“××事件”的形式出現，第140集左右開始便很少再使用這種标題。
動畫最初期因為“低齡化”的定位，制作組在動畫中将黑社會性質的黑衣組織進行了屏蔽，修改了第5集《新幹線大爆炸事件》和第13集《奇怪的尋親殺人事件》中相關情節，但卻造成後面的情節無法自圓其說：漫畫“新幹線事件”中裡出現了琴酒和伏特加，柯南通過竊聽得知二人的代号，但動畫第5集中改成了與組織毫不相幹的兩人——因此“得知二人代号”變為第52集《霧天狗傳說殺人事件》片頭柯南在獨白中提及自己已經得知兩人的代号，但具體通過何種途徑則不得而知。漫畫“尋親事件”中化名為“廣田雅美”的宮野明美最後被琴酒和伏特加揭穿身份，并被二人暗殺，動畫第13集中暗殺者改成了沖田，“廣田雅美”的結局也變為被警方逮捕——由于與灰原哀登場有關的明美之死的劇情與後文無法銜接，于是動畫制作組就在灰原哀登場篇之前制作了第128集《黑衣組織10億元搶劫事件》，在此集中補完了明美之死的劇情，但仍然造成了劇情漏洞，即“在動畫中宮野明美登場兩次并搶了兩次銀行”；并且由于明美之死在動畫中被改編，所以漫畫中相關的灰原登場的情節也被延後（明美在漫畫第2卷登場，灰原則在漫畫第18卷才登場），作者青山剛昌便創作出了服部平次這一角色，來替代無法登場的灰原作為柯南的對手。考慮到劇情關聯性的因素，動畫中後期關于黑衣組織的情節也不再避諱。
動畫第86集《誘拐現場特定事件》、113集《白色海灘殺人事件》改編自《名偵探柯南》漫畫特别篇（見“名偵探柯南特别篇”詞條），并非改編自漫畫原作。
動畫第219集《被召集的名偵探！工藤新一VS怪盜基德》的第一個故事“鐘樓對決”改編自《魔術快鬥》漫畫第4卷“漆黑之星”篇，并非改編自《名偵探柯南》漫畫，這是《柯南》動畫正集中唯一一篇改編自其他漫畫作品的故事。此舉導緻動畫中正面描寫了黑羽快鬥（第二代怪盜基德真實身份）等人的日常生活，實際上《柯南》漫畫中從未正面描寫第二代怪盜基德真實身份就是黑羽快鬥，隻點明第一代怪盜基德是黑羽盜一。
漫畫Vol.57File.8《逃亡者》未改編為正式TV版情節，僅和OP23中的故事相似，後改編為M18公映紀念特輯《逃亡者毛利小五郎》（NOTTV手機電視台播出）和2015新年特輯《謹賀新年·毛利小五郎》。
因為涉及版權問題，漫畫“口哨男連續殺人案”中犯人所吹的披頭士樂隊《Let it be》的名字，在動畫533~535集台詞中被完全隐去。類似地還有“奧斯卡獎”改為“粵斯卡獎”，iPhone的商标被改動。
動畫第585集中，出現了“二學期”字樣，表示柯南已經升入一年級第二學期（注意不是二年級，而且日本的學校一年有三個學期）。漫畫中至今未出現過類似情節和叙述。
考慮到該動畫的電視台播放檔期為午間檔（北京時間14:00~19:00之間），此時間段觀看電視的主體存在未成年人，動畫中死者的血液均改為黑色而非紅色。在中後期部分動畫中，将死者的眼睛由原作中的睜着改為閉着，不會對死者面部進行特寫，之前還有尖叫警告，“屍體”一詞也改用比較中性的“遺體”一詞來代替。（前期部分集數已出現此現象，但後期更普遍。同時期《金田一少年之事件簿》也開始限制對屍體的描寫）
動畫中也修改了部分不恰當的“裙底走光”描寫，“色情男”被改稱“浮氣男”，在第230集中也删掉了漫畫中暗示琴酒與貝爾摩德有過肉體關系的暧昧對話。
動畫第622集《緊急事态252（前篇）》中，考慮到“3·11”震災中民衆的心情問題，動畫制作組也删除了原作中關于地震的描寫。
電視動畫說明
播出時間
《名偵探柯南》動畫在1996年1月8日開始在日本電視台、讀賣電視台播出，成為讀賣台最長壽節目，于日本時間每周一19:30~20:00播出一集，2008年10月20日（TV515）起改為每周一19:00~19:30。2009年4月4日起，為了配合日本電視台新節目《サプライズ》的播出，播出時間改為日本時間每周六18:00~18:30（即北京時間17:00~17:30）。2015年7月18日（TV785）起，中國大陸于北京時間每周六19:30網絡播放。
版權引進
1997年，動畫《名偵探柯南》在中國大陸地區開始由廣州俏佳人文化傳播有限公司獨家引進并發行。
2012年起，中國大陸地區的《名偵探柯南》動畫由上海世紀華創文化形象管理有限公司、上海新創華文化發展有限公司代理發行。愛奇藝、優酷、土豆、樂視、騰訊、搜狐、PPTV、風行、迅雷看看、PPS（引用愛奇藝等視頻網站的鍊接）向代理商購買了網絡播放權。網絡同步播放權由愛奇藝、騰訊視頻、PPTV、樂視網獲得。[另外，該公司同時負責此品牌的電視、音像及衍生産品授權。
劇集說明
1.下方“分集劇情”列表中，“★”标注表示加長版特别篇（參考下文“加長版特别篇”部分），“◆”表示動畫原創（即漫畫原作中沒有的），“B”表示出現黑衣組織，“F”表示出現FBI，“C”表示出現CIA，“S”表示出現工藤新一，“X”表示出現服部平次，“K”表示出現怪盜基德。（注意不要将标注與動畫名稱相混淆）關于主線劇情的情況，請參考下文“主線劇情簡介”部分。
2.電視上播放的動畫順序與DVD版的收錄順序不一緻，該列表以日本電視台播放順序為準。
3.根據日方對海外版集數的統一要求，劇集中的加長版特别篇被拆分，因此海外版劇集編号與日版有差異，下方列表中括号内表示海外版集數。其中，中文配音版已播出至第837集《歡迎來到織女俱樂部》，對應日版第784集。
4.2011年8月~2012年12月間播出的《怪盜基德忙碌的約會》《公主殿下愛魔術》等以第二代怪盜基德（黑羽快鬥）為主要人物的11集動畫，改編自青山剛昌的另一部漫畫作品《魔術快鬥》，以柯南特别篇形式播出，日本官方未算入《名偵探柯南》動畫目錄中，後作為《魔術快鬥》動畫第2~12集收錄入《魔術快鬥》DVD與BD中（《魔術快鬥》動畫第1集為獨立播出。詳見“《魔術快鬥》相關特輯”部分以及“魔術快鬥”詞條）。2015年新年特輯《謹賀新年·毛利小五郎》也未計入正式TV版目錄。因此，上述節目雖以“名偵探柯南特别篇（特輯）”的形式播出，但皆不屬于《名偵探柯南》正式動畫。
