校舍
兩年内完成第一棟教學大樓（寵惠堂）及學生活動中心。1961年全校由台北市漢口街遷到外雙溪現址。至此東吳師生終于有了一個屬于自己的美麗校園。在台複校的過程艱辛坎坷，衛理公會及美國基督教高等教育聯合會未予支持，物質條件極其窘困。但在董事會苦心奔走，海内外校友及教會熱誠捐助下，東吳依然堅守嚴謹校風踏實辦學，為東吳學子樹立了良好的典範。
遷入外雙溪校區後的二十年，是東吳大學在台複校後的關鍵成長期。曆經石超庸（任期1957~1968）、桂崇基（任期1968~1969）及端木恺（任期1969~1983）三任校長。石校長任内全心緻力教學水準的提升，學生成績采嚴格的淘汰率，為學校奠立穩定的根基。1969年教育部終于核準東吳大學恢複大學建制。
院系組成
端木校長接任後則積極開創發展，任内增設十二個學系、七個研究所、三個博士班，圖書館、哲生樓、音樂館及教師研究大樓等校舍相繼建成，又在台北市貴陽街設城區部，并興建兩棟教學大樓。教學設施日趨完善，校區規模已然成型。愛校的熱情凝聚了董事會、全體師生及校友，東吳人憑借着堅強的毅力走過慘淡歲月，培育英才無數，締造了辦學佳績，也赢得社會的認同與支持
發展
台灣東吳大學經過過去二十年的耕耘，已成為一結構完整的綜合性大學。此時期的台灣東吳大學發展為兩個校區。外雙溪校區位于文化風景區，安置文、外語及理三學院；城中校區位于政經文化中心，安置法、商兩學院及推廣部。兩校區均屬台北市的精華區域。東吳大學已演變成一有特色、有内涵、有制度的精緻大學。曆任校長緻力于提升學術研究能力、拓展與國際及大陸的學術交流、推行校務運作制度化，并與社區建立良好互動關系。東吳與附近中小學形成一校群彼此支持。國内各地校友會、系友會及校友總會亦相繼成立。
公元二千年東吳慶祝建校一百年，展望未來台灣東吳大學仍将秉持「養天地正氣 法古今完人」的校訓精神，以「教育而得天下之英才」的辦學理念，培育「樸實熱誠堅毅 專業通識宏觀」的青年學子。不僅要維護學校作為人才培育的勝境，更在新世紀緻力發展成為學術研究的清源。
