曆史沿革
新疆（烏魯木齊）軍區原為大軍區，所屬南疆軍區、北疆軍區、東疆軍區為正軍級，與省軍區同級，下設軍分區。1949年12月，以中國人民解放軍第一兵團為基礎組建新疆軍區，為二級軍區，隸屬第一野戰軍暨西北軍區建制。
1950年2月，新疆軍區成立喀什、迪化、伊犁軍區，分别由第二軍、第六軍、第五軍兼，為三級軍區。1955年5月，新疆軍區從西北軍區劃出，升格為大軍區，直屬中央軍委領導。1979年新疆軍區改稱烏魯木齊軍區。1985年6月，烏魯木齊軍區與蘭州軍區合并，同時成立新疆軍區，為兵團級，隸屬蘭州軍區領導。
北疆軍區原為伊犁軍區。1952年10月，伊犁軍區撤銷，組建伊犁軍分區，仍由第五軍兼。1955年1月，第五軍軍部整編為伊犁哈薩克自治州軍區，同時撤銷第五軍番号和伊犁軍分區。同年11月，伊犁哈薩克自治州軍區改稱伊犁軍區。1970年4月，伊犁軍區改稱北疆軍區。
1985年6月，全軍開始“百萬大裁軍”。根據中央軍委命令，北疆軍區被撤銷，所屬各軍分區和野戰部隊轉隸屬新疆軍區直轄。
駐地
1950年組建時駐地伊甯，因該軍區領率機關所在地伊甯距離中蘇邊境僅70公裡，過于靠前，為便于作戰指揮，1970年4月東遷至沙灣縣城，10月又遷至石河子市；1971年10月，北疆軍區由石河子再遷至烏蘇。
曆任領導
一、伊犁軍區初期（1950-1966）的領導有：司令員：法鐵依伊凡諾維奇列斯肯（俄羅斯族）、伊斯哈克夫馬爾果夫（塔塔爾族）1962年外逃、廖明；政治委員：頓星雲、李铨(--56.08)張世功(一)、廖明(二)
二、1966年5月份文革沒開始時伊犁軍區的領導有：
司令員：廖明
政治委員：張世功
副司令員：江子炎、任書田、肖飛
副政委：李國清、李紹明
參謀長：許欣之
政治部主任：李紹明（兼）
三、改成北疆軍區後到撤銷（1969.12-1985）的領導有：
司令員：龔興業
政治委員：陽煥生
後期為：
司令員：幸元林、新疆軍區副司令員兼
政委：鐘良樹、王樹瑞
副司令員：任書田、趙衍慶、趙増林、阿不都克裡木'馬合木托夫1975.9、李鳳友1975.9
副政委：李國清、李昭明、劉文錦、兼政治部主任、張曉鐘1975.9；
參謀長：齊金炳
