遊戲設定
士官長、約翰遜、神風烈士全部都回到了地球。為了阻止先知啟動光環，他們一行人成功的和米蘭達彙合，并殺出重圍，沿着公路來到了星盟軍隊剛剛在地球上建立的基地上。
當他們趕到基地時，星盟已經完成了挖掘工作，并成功的開啟了空間隧道。真相先知和信徒們駕駛着艦隊飛向空間隧道。
那個黑洞模樣的隧道是先行者們在地球上設置的一道門。隻有通過這個空間隧道才可以到達方舟。很明顯先知打算前往方舟開啟剩餘的光環。
士官長攜衆人追擊，這時候人類和星盟精英族已經達成了共識：阻止先知開啟光環。
進入空間隧道後，士官長來到了一個新的空間。這個空間有一個很奇怪的光環。它事實上并非環狀，而是個六角型的“花瓣”，每一朵“花瓣”都是半截光環。這裡正是方舟，是7個光環的最終控制基地。
此刻，博愛之城墜落在方舟上。這樣，先知、人類、蟲族，各自懷着不同的目的，在這片神秘的土地上展開了最後一戰。
先知俘虜了約翰遜，逼迫他開啟最終光環，（先行者在與古人類的戰鬥中勝利，先行者決定将剩餘的古人類退化為原始人，并丢回地球，讓其重新發展文明。智庫長出于對人類的同情，将先行者特有的基因植入人類的基因中，以便啟動光環之後，幸存的人類可以繼承先驅體缽以及先行者的遺産。）情急當中米蘭達駕駛着一架運兵艦沖入現場，約翰遜請求米蘭達殺死兩人以阻止光環的啟動。米蘭達疑遲了一下，但卻被先知開槍殺死。
蟲族臨時決定幫助士官長和神風烈士，目的是為了阻止先知。及時趕到後神風烈士殺死了先知。由于先知已死，蟲族無所顧及，因此短暫的聯盟關系破裂。随即蟲族追殺士官長他們。約翰遜駕駛運兵艦離開了，而士官長和神風烈士則通過别的途徑逃離了蟲族追殺。
在博愛之城的殘骸中，士官長找到了受損嚴重的科塔娜，完成了他對她的承諾。接着依靠科塔娜保留着的索引器，（halo1中科塔娜獲得的索引器）士官長關閉了方舟上的三個能源塔，這時候一個嶄新的光環從方舟的中央緩緩飛起，那是方舟新生成的04特區環帶替代品，那裡将決定着所有光環的命運。
343罪惡火花引導士官長和神風烈士前往方舟的子光環控制室内，在控制室外約翰遜及時趕到。當士官長想毀滅光環時，343罪惡火花露出了猙獰的面孔。343罪惡火花宣稱自己是光環的主人，不允許任何人對光環做出破壞的行為。士官長、神風烈士及約翰遜均被343罪惡火花射出的激光擊中，最後士官長忍着重傷消滅了343罪惡火花。并開啟了光環自毀程序。約翰遜由于受傷嚴重，最終在士官長的懷中英勇死去。
光環自毀程序已經開啟。受傷的士官長和神風烈士逃離了子光環，并成功駕駛着飛艦離開方舟。在起飛加速的過程中，士官長被機艙一些雜物砸中，差點被甩出未來得及關閉的艙門。最後在科塔娜的注目下，士官長頂着加速度帶來的過載艱難地爬回了控制台。
一片光芒中，04B特區環帶化為了碎片。很明顯，當方舟被摧毀了之後，其他光環将失去作用。世界上再也沒有其他光環可以威脅到宇宙萬物的生存了。蟲族也在那場爆炸出全部滅亡。由于蟲族特殊的生理結構導緻它們失去首腦無法生存，因此地球上剩餘的一些蟲族小兵将活不長久。蟲族在這場戰争中全體被滅。
當地球上的戰士們滿懷希望的迎接士官長的歸來時，卻發現隻有神風烈士走出了倉門……
泰倫斯·胡德統帥向神風烈士表達了敬意，并宣布将會在修建紀念碑。“我仍舊無法原諒你們的過錯，不要忘記這場戰争是你們挑起的。不過……”胡德統帥對着神風烈士說道，“我很感謝你陪伴他戰鬥到最後一刻。”
在胡德統帥身旁的紀念碑上，上面有約翰遜、有米蘭達、還有一些無名勇士的照片。鏡頭最終緩緩的落在了一處位置，上面寫着“117”（117是士官長在二期斯巴達計劃中的代号）。這位人類最英勇的戰士為了自己的信念，為了世界的和平獻出了自己寶貴的生命。最終神風烈士和精英們離開地球，回到自己的故鄉。人類和星盟迎來了和平。
隐藏結局
（用英雄或傳奇難度打穿最後一小關之後，看完字幕即可看到隐藏結局）
在最後的時刻，飛船穿越蟲洞時，突然關閉的蟲洞将飛船截成兩半。神風烈士飛回到了地球，但士官長和科塔娜則停留在了一個陌生的空間。科塔娜說已經發出求救信号，或許要幾年後才有回應。士官長無奈之下隻好進入冷凍倉進行冬眠。
半截飛船在宇宙中漂浮，終于飄到了一個陌生的星球----安魂星（光環的中文語音版為台灣配音，音譯為雷奎星，如同緻遠星（Reach）被譯為瑞曲星）！這個星球有城市及燈火，看來是個充滿智慧生命的星球，不知道等待士官長的将會是什麼人？
