内容簡介
傑乃拉爾是改造軍團的最高司令官，盡管曾一再被西格瑪挑撥離間與人類和異常體獵人之間的關系，但傑乃拉爾一直 堅持自己的理念而沒有對人類或者異常體獵人有任何的嫌隙。然而，在蔚藍海岸墜落事件之後，因為無法忍受異常體獵人強行要求改造軍團繳械配合調查，最後發動了政變而希望成立不受人類幹涉的獨立國家，全員被異常體獵人宣告為異常體。他在發動政變之後移動到了宇宙中的大型雷射兵器終極武器來指揮改造軍團。當改造軍團最終居於劣勢的時候，他将所有殘馀部隊經由宇宙港口集結到終極武器，而異常體獵人則繼續追擊而潛入了終極武器之中。在他與傑洛和艾克斯的戰鬥之中，西格瑪啟動了終極武器準備向地球開炮。理解到自己的行為已經造成了難以彌補的傷害，傑乃拉爾在最後選擇以自爆的方式将終極武器破壞掉。
特效武器：雙重切削、空圓舞（但在ZERO站在他的拳頭上直接砍傷害要更高得多，1刀4分之1HP）
攻擊方式：（隻有攻擊頭部攻擊才奏效，不會不斷朝主角所在位置飛行，若爬牆過久就會使用環形激光器）
①巨型踐踏 若主角當來到其下方他會停下，并且猛的往下壓，使地闆破碎來傷害主角
②環形激光器 放出拳頭一上一下來回飛行，然後手腕不斷瞄準分别放出巨大雷射球（拳頭能墊腳，拳頭會随主角高度改變高度，碰到拳頭噴射部分會受傷）
③将軍激光 於腹部放出6個飛镖狀的巨型雷射束（半血後才用，發射位置固定）
改造軍團
改造軍團的标志
是在多普勒博士叛亂事件之後，由於理解到異常體獵人的組織架構沒有辦法應變大規模的異常體事件或者其他大型災害，在凱因博士的推動之下成立的軍隊組織。為了要增進部隊的效率，改造軍團在創立的初期吸收了許多異常體獵人的資深成員，同時也參考了異常體獵人各部隊的狀況來設立部隊的規定。在處理異常體的方針上，改造軍團與異常體獵人采取的是積極合作的态度，一般的治安事件仍然由異常體獵人做為第一線，當事件規模擴大時改造軍團就會介入處理。除了處理大規模的災害之外，改造軍團也著力於讓思考型機器人能夠更有效地為人類工作，因此除了戰鬥部隊以外也設置了許多研究小組，但是西格瑪說服了炎龍騎兵策動了襲擊改造軍團本部以及空中都市蔚藍海岸的行動。僞裝成改造軍團士兵的異常體出現于蔚藍海岸的襲擊現場，使得原本就已不太信任改造軍團的異常體獵人總監凱因博士高度懷疑改造軍團就是這起事件的主謀。随後趕到現場的卡尼爾不願意配合異常體獵人放下武器配合調查的要求，更加深了異常體獵人對改造軍團的懷疑。對於異常體獵人單方面配合調查的要求碰觸到了傑乃拉爾的底線，使傑乃拉爾宣布改造軍團自人類社會獨立，建立隻有思考型機器人的理想國，而異常體獵人則依此判斷改造軍團異常體化，兩個組織開始了之後稱為改造軍團大戰的全面沖突，在此期間西格瑪也派遣部下的電子孔雀收集分析異常體獵人及改造軍團成員的戰力資料，并複活分身蘑菇将生物研究所改造成了要塞，在X5敗戰後的改造軍團已經一蹶不振，隻剩下零星的部隊繼續勉強維持機能，在殖民地墜落事件之後改造軍團已幾乎不再有任何的地位存在（X4中大戰裡保留最完整的改造軍團空軍也在這次事件中全員都感染西格瑪病毒，最後整個隊伍都崩潰啦）卡尼爾介紹
中文名：卡尼爾
英文名：Colonel
CV：山野井仁
卡尼爾
改造軍團的陸軍軍官，同時兼任改造軍團陸軍的指揮官和改造軍團的副指揮官兩個職位，是改造軍團實質上的第 二号人物。卡尼爾是曾經立下多數戰功的優秀軍人，在戰場上總是保有一貫的冷靜态度，但同時有著非常關心自己的部下以及妹妹愛莉絲的另外一面。卡尼爾的戰鬥專長是劍術，與傑洛一直以來都是競争對手的關系。卡尼爾本身是改造軍團特别研究部在一個極機密研究計劃中制作出來的思考型機器人。研究計劃本身的目的是希望能夠制作出兼具有強大的戰鬥能力和鬥争心，但又愛好和平而不輕言動武的究極思考型機器人。這個計劃最後并沒有成功，最後制作出來的成品是兩個擁有相似程式的思考型機器人，其中卡尼爾繼承了戰鬥能力與鬥争心的部份，而愛莉絲則繼承了愛好和平的部份。由於兩個人的程式有超過50%以上是相同的，因此很自然就成為了兄妹一般的存在。蔚藍海岸被襲擊的時候，卡尼爾率領部下前往現場，被異常體獵人懷疑是襲擊蔚藍海岸的主謀。由於卡尼爾拒絕放下武器配合調查，使得異常體獵人更加懷疑改造，最後導緻了改造軍團發動政變，而異常體獵人則接著宣告改造軍團全員異常體化，X線中打敗改造軍團4個首領機器人後卡尼爾會發出戰書和X（艾克斯）決鬥，戰敗後撤離，傑洛線戰鬥則被愛莉絲暫時阻止，8人全滅後，改造軍團會往宇宙港口集結，撤退到太空中的據點，卡尼爾則在前往最終武器的改造軍團太空港斷後，為改造軍團的撤退争取時間，X線被X直接打倒，傑洛線則是被其體内威利博士設置的「機器人破壞程序」所誤殺特效武器：冰霜晶塔、冰烈斬
攻擊方式：（初戰時沒有牆壁，二回戰時有，傑洛則8王全滅後才需要對戰卡尼爾）
①瞬間移動 消失，然後突然現身於主角旁邊并且進行揮擊，然後急退（急退時沒有接觸判定，半血後不一定急退，而是再度消失）
②沖擊斬 急退後先用劍防禦攻擊然後連續砍出3次劍氣，模式固定為上、下、上（上面的可以沖刺躲避，X可以用腿铠滞空直接全部避開）
③電氣攻擊 舉起劍放出8個電彈往兩邊，然後一起向上攻擊（第二次戰鬥才用）
④巨型沖擊斬 跳起然後砍出随行進會越來越大的地面劍氣（第二次戰鬥才用）
電網蜘蛛
中文名：電網蜘蛛
英文名：Web Spidus
其他名稱：密林的指揮官
CV：二又一成
電網蜘蛛
是改造軍團陸軍的成員，曾是傑洛的部下，前異常體獵人第零特殊部隊隊員，後轉職進入改造軍團，擔任遊擊部隊的隊長，立下了許多的戰功。專長於使用繩索狀的電磁束，除了能夠用來一邊攻擊敵人一邊封鎖敵人的行動以外也可以做為支撐自己在空中移動的媒介，在改造軍團發動政變之後被指派到叢林基地，負責保衛藏在基地最深部的巨型鐳射炮艾尼格瑪X武器：雷電網（在面前張開一面帶有電流的網，在發射途中能夠對敵人造成電擊傷害，但一旦網面打開就會失去電擊的效果而變成單純的障壁，可以做為牆面來攀爬，集氣時會變成一面巨大的電網，能夠進行廣範圍的電擊攻擊）
Zero武器：雷神擊（按特殊攻擊鍵發動，将Z光劍轉換成電擊向前方突刺，破壞力極高）
洛克人X4克制：分身蘑菇，死神西格瑪（雷電網），炎龍騎兵（雷神擊），削切猛獅（雷神擊）
洛克人X4登場對其有效武器：雙重切削，疾風牙（然而基本打不到Boss）
攻擊方式：（第一狀态用特武隻攻擊Boss連接的電流線能讓Boss受重傷）
①閃電網 放出半跟蹤的電網，被抓到會不能行動，且連續損血
②巨大閃電網/小蜘蛛 半血後召喚巨大電網，Boss會于電網範圍内自由移動，并隔一段時間放出4隻小蜘蛛朝主角移動（雖然因為畫面問題隻會有3隻追擊，可破壞）
③深幽密林 收緊電線離開畫面之後在落葉處現身（半血後不再用）
削切猛獅
中文名：削切猛獅
英文名：Slash Beastleo
其他名稱：鋼之破壞王
削切猛獅
CV：長嶝高士是改造軍團陸軍的成員。他是在改造軍團中數一數二的搞亂份子，當初單純就是為了要滿足自己打鬥的欲望以及展現自己的力量而加入。總是想大鬧一番的個性讓他在戰場上成為無所畏懼的英勇戰士。在改造軍團政變之後被分派到護送軍用列車以将補給物資送到各地的任務。他快速的腳程能夠從旁趕上運行中的列車而輕易地捕捉到潛伏在列車上的敵人。
X武器：雙重切削（往斜前方發射的兩枚音波刀，集氣後直接發射8發，可破壞特殊岩層）
ZERO武器：疾風牙（沖刺中按下特殊攻擊，可在沖刺時削砍）
洛克人X4克制：電網蜘蛛，傑乃拉爾（雙重切削）
洛克人X4登場對其有效武器：地面獵人，雷神擊
攻擊方式：
①跳躍攻擊 朝主角上方跳起，然後有可能猛地着地踩壓
②雙重切削 背朝主角，有後仰動作後固定角度砍出兩個音波刀
③疾風牙 地面來回沖刺攻擊
④戒備 做防禦動作，然後若被攻擊會立刻使用雙重砍削反擊
⑤破壞突擊 朝牆上飛躍沖刺，被抓到後被抛向牆壁（傷害很高）
冰霜海象
中文名：冰霜海象
英文名：Frost Kibatodos
其他名稱：極北的暴徒
冰霜海象
CV：岡和男是改造軍團陸軍的成員。曾經一度因為暴力行為被判定為異常體，在處刑之前被看上了其能力的傑乃拉爾所救而加入改造軍團成為軍人。盡管成為了軍人，但在改造軍團裡是一個時常惹是生非的問題份子。一向認為軍事任務就是痛痛快快地大肆破壞，對於改造軍團政變打從心裡歡迎。是改造軍團雪地基地的指揮官，在改造軍團政變之後接下了在雪地基地秘密開發新型兵器的任務
X武器：冰霜晶塔（産生巨大的冰塊，能用以防護，也能給予敵方持續攻擊，但是光線系無法防禦，另外可凍結火系物件，集氣版是巨大冰錐成列地落下）
ZERO武器：冰烈斬（空中特殊攻擊+下，進行冰屬性下斬，在往下的同時身體也會落下，可以微調左右位置，可凍結火系物件）
洛克人X4克制：噴射魟魚，卡尼爾，西格瑪第三形态（地面主體，冰烈斬）
洛克人X4登場對其有效武器：上升火焰、龍炎刃
攻擊方式：
①身體撞擊 雙手互搥後於地面滑行（搥一次是直接滑，搥二次是大跳再滑，被特武攻擊後也會直接滑行）
②氷劍 雙肩的冰刺往上發射，接著掉下多個冰劍（着落點不定）
③氷劍V2 口噴寒氣做出巨大冰塊，接著讓冰塊碎成冰劍散開
④冰霜晶塔 口噴寒氣做出巨大冰塊，然後錘碎成多個冰刺散射（會留在着落點，可以打掉）
噴射魟魚
中文名：噴射魟魚
英文名：Jet Stingren
其他名稱：水域的破壞者
噴射魟魚
CV：細井治是改造軍團海軍的指揮官，由最基層的士兵努力奮鬥而得到的職位，在改造軍團中被視為模範的軍官。他本身視自己的軍人身分為最大的榮耀，将卡尼爾與傑乃拉爾視為理想的軍人尊敬著，同時也非常受到傑乃拉爾的器重。在改造軍團政變開始的同時，他率領部隊潛入了一個濱海都市，在破壞都市的地下動力部造成大混亂之後逃到了海上的海軍基地。
X武器：地面獵人（會沿地前進的魚型飛彈，集氣之後魚型飛彈會水平飛出，按下或上鍵會使之炸裂同時進行上下攻擊，但也會使本體消失）
ZERO武器：飛燕腳（空中沖刺，非攻擊招式）
洛克人X4克制：削切猛獅，西格瑪終極形态（地面主體，地面獵人）
洛克人X4登場對其有效武器：冰霜晶塔、冰烈斬
攻擊方式：（特武能中斷所有行動）
①地面獵人 空中發出4個地面獵人，碰到牆後落入水中，然後于地面來回行進（能打掉）
②地面獵人V2 空中發出5個紅色地面獵人，若主角在下方會直接向下攻擊（能打掉）
③急速下沖 圓弧狀環繞場地急沖
④噴射水流 來到水中進行啟動渦輪吸引，接著直線沖撞
⑤沖擊 使用地面獵人後往上方沖，接著對著主角沖進地面再沖出來
風暴貓頭鷹
中文名：風暴貓頭鷹
英文名：Storm Fukuroul
其他名稱：大空的參謀長
風暴貓頭鷹
CV：岡和男原本是屬於改造軍團參謀本部的将領，是改造軍團中數一數二的智略型将官，特别專長於夜間作戰。在西格瑪叛亂之前就與暴風雄鷹有私交，對於打倒了暴風雄鷹的艾克斯一直都抱有敵意。但他并不喜歡冰雪企鵝，過去也曾經發生過因為被誤看成是冰雪企鵝本人而發怒的事件。對於自己的軍人身分非常自傲，也因此對於改造軍團被宣告為異常體一事非常憤怒。在改造軍團發動政變之後接掌了改造軍團空軍，率領部隊到前線進行引誘異常體獵人的誘餌作戰。
X武器：雙重旋風（往前後兩個方向的斜上方同時發射小型的真空旋風彈，當旋風彈擊中敵人時會停留下來持續給予敵人傷害。在集氣攻擊時會往前後同時發射巨大的橫向龍卷風而能夠廣範圍地打擊敵人）
ZERO武器：天空霸（Z光劍自動變為紫色，随時可用，能把敵方的能源攻擊擊破）
洛克人X4克制：炎龍騎兵（雙重旋風），達布魯
洛克人X4登場對其有效武器：瞄準雷射、落鳳破
攻擊方式：（Boss方中央有一個平台，特武能中斷行動）
①急速下降 飛行時，如果主角在正下方，會下沖将主角抓起再抛落（傷害很高）
②3向射擊 三向子彈攻擊，從上往下或從下往上（半血後不再用，可以打掉）
③飓風襲擊 瞄準主角發射風球（能抵擋攻擊）
④飓風襲擊V2 各自往随機位置發出4個風球，然後發出指令一起朝主角撞擊（能抵擋攻擊）
⑤飓風襲擊V3 飛到正中央，然後X型4向發射多個風球，然後順或逆時針旋轉（能抵擋攻擊）
⑥巨型龍卷 以主角為中心，放出三發龍卷風（有征兆，而且會有特殊音效判斷是否使用）
盤旋飛馬
中文名：盤旋飛馬
英文名：Spiral Pegacion
其他名稱：空軍王子
盤旋飛馬
是個性認真而充滿了正義感，改造空軍的年輕長官。由於年輕熱血的關系，仍然時常會犯下許多錯誤。将已故的卡尼爾視為自己的老師，一直都仍景仰著他，并且似乎也透過卡尼爾而與愛莉絲有面識的樣子。對於殺害了卡尼爾與愛莉絲的傑洛始終無法完全原諒。他所管理的改造軍團空軍擁有為了修複太空梭所需要的軌道翼。然而由於整個空軍基地已經完全受到西格瑪病毒的感染，盤旋飛馬除了希望被X（艾克斯）打敗，以證明世界值得托付給他，也希望能在自己真正異常體化之前與傑洛決戰以為卡尼爾複仇，他的戰鬥風格也受過暴風雄鷹的影響。X武器：飛翼螺旋（在跳起的同時向上方發射小型的旋風，如果在移動中使用的話則旋風飛出去的方向也會朝著移動的方向偏移。在使用集氣攻擊時會變成向前發射、緩緩變大的大型龍卷風）
ZERO武器：疾風（沖刺時按下攻擊，出現往前沖的殘影）
洛克人X5克制：燃燒暴龍，戴納摩
洛克人X5登場對其有效武器：黑暗壓制
攻擊方式：（Boss戰點是在一架飛機上，掉下去就會即死）
①沖刺擒抱 沖刺攻擊，會将主角撞飛相當一段距離（高概率會連用）
②疾風 沖刺結束後使用，有明顯預備動作後放出分身撞擊主角
③飛翼螺旋 飛到空中，然後手舉高接著與翅膀一起揮下發出旋風，除有攻擊力外還會吹飛主角，并且旋風随行進會越來越大（最少也會二連發）
④飛行員擒抱 以特技飛行般的方式，由各種不同的角度朝敵方快速沖撞攻擊的技能（有瞄準俯沖，空中或橫向高速沖撞，以及從正下方沖上來的升龍拳，都會撞飛主角，此時無敵）
燃燒暴龍
中文名：燃燒暴龍
英文名：Burn Dinorex
其他名稱：侏羅紀的煉獄
燃燒暴龍
是改造軍團災害對策小隊的成員。他被派遣管理聖豪斯山的熔岩區域，監測火山的活動，但他卻瞞著上層在火山裡頭建造了自己的武器倉庫，使用火山的能源非法地制造武器以謀利。燃燒暴龍是一個以蠻勇聞名的戰士，能夠用與巨大的身形不相稱的敏捷活動來壓制對手，因此也習慣用暴力來解決事情。在燃燒暴龍的武器收藏中有著為了修複太空梭所需要的加速火箭，但他并不願意平白地交出加速火箭，并且認為加速火箭隻是異常體獵人用來讨伐他的藉口，因此堅決地要求一戰。X武器：大地火焰（抛物線發射火球，觸物後會持續燃燒，并放出火星，集氣版為前後發射火焰風暴，具強貫穿及連射性）
ZERO武器：斷地炎（空中特殊攻擊+下，進行炎屬性下斬，在往下的同時身體也會落下，可以微調左右位置）
洛克人X5克制：刺針薔薇，混亂壁畫W（藍電子眼）
洛克人X5登場對其有效武器：飛翼螺旋、疾風
攻擊方式：
①大地火焰 朝主角所在二連發噴出火球，接著會朝旁邊散出小火塊
②火焰擒抱 彎曲身體，然後以背部朝向主角的姿勢直接沖撞（此時背部無敵，随生命值減少使用方式會稍微改變）
③火焰球 跳到牆上朝主角噴火球（最少3連發）
④火焰搖籃 吐出火焰短時間覆蓋整個地面
⑤燃燒擒抱 先跳到牆上，然後用巨大的火球包裹自身使用火焰擒抱，同時在經過的路徑上留下火苗，火苗會在沖刺結束之後變成巨大的火柱
涉及人員
他們并非是改造軍團的成員，但在改造軍團大戰時，他們也涉及入戰鬥之中，其中炎龍騎兵是引發改造軍團大戰的兇手，而另外兩人都是西格瑪的部下
分身蘑菇
中文名：分身蘑菇
英文名：Split Mushroom
其他名稱：廢墟小惡魔
CV：丸田麻裡
原本是擔任生物研究所管理員的思考型機器人，擁有像調皮的孩子一般的人格設定。在研究所被廢棄的時候，他也遭到了廢棄處份。他在西格瑪的協助之下被複活，并且重新掌控了生物研究所。在改造軍團叛亂的時候，他将生物研究所改造成了要塞，以玩樂的心态無差别地攻擊侵入研究所的敵人而引起了異常體獵人的注意。
X武器：靈魂軀體（在面前一定距離處産生一個剪影狀的分身，這個分身會與艾克斯本身做出一樣的動作，使用分身接觸敵人時能夠讓敵人受到連續的傷害。集氣攻擊會在面前産生一個實體的分身，這個分身不會有裝甲也沒有辦法使用集氣射擊和操作騎乘裝甲。當分身出現的時候，艾克斯的本體會以無敵狀态停留在原地，分身則可以自由操作行動）
ZERO武器：空圓舞（習得之後ZERO可以進行二段跳躍，但使用過飛燕腳後不能發動，同時使跳斬變為回旋斬）
洛克人X4克制：電子孔雀（靈魂軀體），傑乃拉爾（空圓舞），西格瑪最終形态（空圓舞）
洛克人X4登場對其有效武器：雷電網，雷神擊
攻擊方式：（用特武打他的話接下來會隻放靈魂軀體，但若是已經開始使用其他技能就沒辦法啦）
①靈魂軀體 爬在牆壁上不斷放出分身，全部放出後依次朝主角位置飛行撞擊（分身可以用特武消除）
②集氣靈魂軀體 跳到中間上方旋轉，一段時間後放出一個實體的分身，并且於舞台中進行固定軌道移動以及牆間跳躍（用特武攻擊兩次本體後這招強制結束）
③集氣靈魂軀體V2 大緻同技能②，但是本體移速加快，且分身和本體都多出現在牆壁反彈然後撞擊地面放出毒氣（用特武攻擊兩次本體後這招強制結束）
電子孔雀
中文名：電子孔雀
英文名：Cyber Kujacker
其他名稱：網路衛士
CV：二又一成
原本是為了防禦駭客而設計，設置在電腦空間的網路防衛程式。在受到西格瑪的改造之後，變成了高傲而殘虐的個性。在改造軍團政變之後，開始無差别地破壞一切與網路連接的程式，引起了異常體獵人的注意。除了破壞網路以外，他也在西格瑪的指示之下收集分析異常體獵人及改造軍團成員的戰力資料。
X武器：照準鐳射（操作在面前的準星鎖定敵人，當開始攻擊時會自動瞄準被準星鎖定住的敵人連續發射雷射，最多可以一次鎖定三個敵人。集氣攻擊時會變成巨大的雷射光束，給予敵人連續的傷害，可以自由調整雷射的發射角度來追蹤會移動的敵人，但受到攻擊會強制中斷）
ZERO武器：落鳳破（使用儲存起來的能量重擊地面，同時往九個不同的方向發射出大型的能源彈，在使用落鳳破的期間傑洛也會暫時進入無敵狀态，也可以在近距離給予Boss多次的損傷）
洛克人X4克制：風暴貓頭鷹，死神西格瑪（落鳳破）
洛克人X4登場對其有效武器：靈魂軀體，龍炎刃
攻擊方式：（特武能直接中斷他的行動）
①瞬間移動 突然消失然後随機位置出現，可能和主角位置重疊
②羽根攻擊 在主角附近出現，接著蹲下，然後讓羽毛往外刺
③上升砍削 在主角位置出現，接著再往上跳
④追尾彈 於舞台邊緣上空出現，朝主角打出準星，接著放出追蹤彈（一段時間沒打到會自爆，一共7次）
炎龍騎兵
中文名：炎龍騎兵
英文名：MAGMA DRAGOON
其他名稱：爆炎武術家
CV：長嶝高士
異常體獵人第14特殊部隊的隊長，是精研各種徒手格鬥技的武術家，擁有非常高的實力而受到信賴及敬重，作為武術家，其長久以來的願望是與X或者ZERO進行一場決鬥，因此西格瑪唆使其破壞啦天空城蔚藍海岸的動力系統使其墜落使其下方的人類城市變成一片廢土，并将罪名污蔑給改造軍團迫使改造軍團叛亂，他本人則在破壞了蔚藍海岸之後，背叛了異常體獵人，躲到火山地帶，将前來試圖處分掉他的異常體獵人全部打倒
X武器：上昇火焰（正上方發射一發火焰彈，可以破壞冰塊或木質的障礙物。集氣是火球彈包覆全身，一邊跳躍一邊進行上勾拳攻擊，此時無敵）
ZERO武器：龍炎刃（一邊跳起一邊向前上方炎屬性斬擊。此時的跳躍高度會比平常更高）
洛克人X4克制：冰霜海象，電子孔雀（龍炎刃），愛莉絲（龍炎刃），幻影西格瑪，西格瑪終極形态。槍手身體（龍炎刃）
洛克人X4登場對其有效武器：雙重旋風，雷神擊
攻擊方式：（Boss房兩邊是岩漿一觸即死，1回戰時Boss也能用騎乘裝甲對戰）
①波動踢 垂直跳起來後腿部包覆火焰斜踢
②波動拳 直線火焰二連發（半血後3連發）
③上昇火焰 一邊跳躍一邊進行火焰升龍拳攻擊
④噴射火焰 來到畫面邊緣張開嘴，接著噴火（此時完全不會動）
⑤岩漿柱 做出火球，然後丢入岩漿，接着岩漿上湧成火柱
⑥火山彈 向上噴火，接着落下多個火焰彈
