劇場版
皮卡丘短片
主題歌曲
曆年簡介
主條目：超夢的逆襲
這天，當小智與訓練家的戰鬥結束之後，他們收到一封由快龍送來的神秘招待券。招待券裡面寫着：‘你們是最被看好、最有前途的神奇寶貝訓練家，我以最強的神奇寶貝訓練家的身份，邀請你們來參加我的宴會。’“最強的神奇寶貝訓練家？”好奇的小智他們毫不考慮地朝向新島的神奇寶貝城出發！當一行人到達港口時，卻因為天候不佳，前往新島的船隻暫停行駛。港口管理員波佳為了不讓神奇寶貝和他們遭到任何的意外，堅決不讓衆人出航，女警君莎也贊同波佳的看法。
一位名叫海男的男孩，他打算搭乘神奇寶貝渡海，而另外兩位訓練家空男和小甜也附和海男的作法，搭乘神奇寶貝渡海。正當小智煩惱無法前往新島之際，港口出現了一艘小船，船上維京人打扮的船家答應在小智他們渡海。正當衆人在海中央之時，突然一個大浪打來，讓操縱小船的船家露出了真面目。什麼？竟然是火箭隊那三個搗蛋鬼！！正當火箭隊要說出那套可愛又迷人的台詞之時，小船竟然被大浪打翻了！小智和小霞趕緊叫出傑尼龜和寶石海星讓衆人緊捉，才不至于被大浪卷走。
在到達新島之後，一名很像神奇寶貝中心護士喬伊的女子帶領小智一行人前往神奇寶貝城。海男、空男和小甜果然已經到了。當領路的女子介紹最強的神奇寶貝訓家出場時，沒想到出現在衆人面前的竟然是……超夢？
主條目：夢幻之神奇寶貝洛奇亞爆誕
南海小島上有個傳說，火之神、冰之神、雷之神被人類觸怒之時，就是世界毀滅的日子。
瘋狂的收藏家吉爾露太為了引出傳說中的海之神洛奇亞，捕捉了亞西亞島的火焰鳥，導緻世界各地開始出現天災地變的異象。這時正好小智一行人來到亞西亞島，并在當地慶典活動中被推舉扮演傳說中的控制者。控制者必須到神鳥的三座島嶼中取得三種寶藏，在取寶藏的過程中，小智目賭神鳥被吉爾露太抓走。
瘋狂收藏家吉爾露太為了個人私欲不顧世界的存亡固然令人氣憤，可是當神鳥被小智釋放後，竟不顧一切的展開瘋狂攻擊。眼看着世界末日的預言真的要實現…。
主條目：結晶塔的帝王
在一個名為綠色草原的美麗地方，居住着一位名為小美的年幼少女，她的母親在多年前失蹤，而她的父親則是一位研究unknow的科學家（unknow=未知圖騰）。後來，小美的父親在某次研究中失蹤。
孤獨的小美用爸爸研究所遺留下來的刻着未知圖騰樣子的骨牌拼出了一個圖形，根據unknow酷似英文字母的形态可推測她所拼出的是：MP A P AM EA
(由于格式原因，百度無法顯示原詞，原詞橫排為PAPA和ME，豎排為MAMA
幾個單詞交錯在一起，含義為：爸爸媽媽與我在一起。
誰知那骨牌中封印着unknow，unknow感覺到小美孤獨的内心，創造出了美麗的結晶塔，以及炎帝來替代她的父親（小美從爸爸那聽來了關于炎帝的傳說，一直很喜歡炎帝，因為她覺得炎帝就好像爸爸一樣溫柔而又可靠）。小美認為是爸爸變成了炎帝回來找她。而炎帝也将小美當做親身女兒一般呵護有加，滿足她的一切願望。結晶塔，成了小美獨自的世界，讓她沉浸在幻想的快樂中。
小智一夥在旅途中來到了綠色草原，但這裡卻已經成為結晶的世界……而小智的母親被炎帝擄走（小美以為她是自己的媽媽，央求炎帝将她帶回來）
監視小智一夥的小美看到了他們的神奇寶貝而羨慕不已，unknow便使小莉瞬間分身并成人化，與小智他們進行神奇寶貝對戰。認出成人化小美的小剛與他進行第一場戰鬥，小智他們則繼續往上尋找媽媽。之後小剛完敗，小莉追上與小霞戰鬥，小智繼續往上終于找到了媽媽，而媽媽也早就恢複了意識，她告訴小美事實的真相，希望她醒悟過來，小美陷入了在真實與美好的抉擇中，痛苦不已，unknow力量大爆發，炎帝也趕到與小智戰鬥。
小智的口袋妖怪與炎帝展開了激烈的戰鬥，但在力量強大的炎帝面前卻顯得手無縛雞之力，畢竟炎帝是傳說中的神奇寶貝，乃守護鳳凰的三神獸之一，——火山的化身。幸虧此時為了幫助小智的噴火龍及時趕到，利用強大的火焰攻擊與飛行能力不斷攻擊。小智勸說炎帝讓小美離開結晶塔：“如果她一直呆在結晶塔中，或許她會快樂，但她将會是永遠孤單一個人！”炎帝渴望實現小美願望的心有了一絲動搖，但最終炎帝還是憑借着unknow神奇的力量打敗了噴火龍，就在要解決噴火龍的一瞬，小美終于醒悟，阻止了炎帝，正在這一切向大結局發展的時候，unknow卻因失去了小美的意識而暴走了！炎帝幫助小美與小智他們一路脫逃，來到了unknow的所在地，但所有的攻擊在unknow群的精神力量下全都無效。最後，炎帝決定幫助小美實現最後的願望——離開結晶塔，舍身攻擊，在小美的信賴下，炎帝使出渾身解數，終于打亂了unknow的活動，而炎帝卻漸漸消失在萬丈光芒之中。結晶塔恢複了原樣，小莉的爸爸媽媽（片尾曲中出現的那位女子，根據小美在見到她後的表現可推測出她是小美的母親）也回來了，隻是那存在又消失了的炎帝，到底是真身還是一個瞬間的幻影呢？我們不得而知……等等
主條目：雪拉比穿越時空的遭遇
在電影開始開篇，場景被設置在40年前的一片大森林中。一個叫小羽的男孩想進去那個森林去畫畫,在森林内,小羽遇到了被神奇寶貝獵人追捕并受重傷的雪拉比,當他們被神奇寶貝獵人追的走投無路的時候,雪拉比帶着小羽到了40年後(也就是現代),正好小智他們在這森林裡,他們救了小羽,小羽告訴了小智他們關于雪拉比的事,小智他們救了雪拉比,并和他成為了好朋友.
與此同時，火箭隊的三幹部之一比夏斯也在尋找着并打算捕獵雪比拉。他
比夏斯擁有能将一切神奇寶貝變得兇惡的黑暗球，将雪拉比自小智他們的身邊奪走。為了拯救被比夏斯捕捉的雪拉比，小智與小羽拼命奮戰。可是，溫柔的雪拉比已經發生了很大的變化……
激烈的對戰中，傳說中的神奇寶貝水君出現了！小智們能否拯救雪拉比和森林呢！？
主條目：水都的守護神拉帝亞斯和拉帝歐斯
水都，小精靈水上沖浪比賽，拉提亞斯想幫小智，結果小鋸鳄卻走錯方向。小霞以微弱差距獲得冠軍。
亞軍載小智等人遊覽水都，并講述這個城市的美麗傳說。
發現桑蘭與莉奧的火箭隊，決定先她們一步，成為新的小偷NO.1。
桑蘭與莉奧追捕變成人形卡侬的拉提亞斯，小智英雄救美，拉提亞斯跑得無影無蹤。
小智等人參觀博物館，看到真正卡侬，小智上前搭話，被罵。小智一路追趕卡侬，又遇到了變成人形卡侬的拉迪亞斯，被帶入神秘花園。
小智與卡侬和博物館的爺爺化解誤會，了解心靈水珠的美麗傳說，回去與小霞、小剛彙合。
桑蘭與莉奧行動開始！拉提奧斯為了救拉迪亞斯被抓住，心靈水珠也被搶走。拉迪亞斯變成人形跑去找小智求援，在小霞、小剛面前現出真實面目。
武藏小次郎依然肩負起跑龍套的重任……
莉奧利用拉迪奧斯與心靈水珠的力量開始發飙。
小霞、小剛被突然出現的鐵栅欄困住，小智與拉迪亞斯勇往直前，擺脫複活的化石神奇寶貝的追殺，終于救出拉迪奧斯，但此時心靈水珠借由古代機器發動的巨大潮水即将摧毀城市……
已是奄奄一息的拉迪奧斯為了保護水都和妹妹而犧牲。
小智等人将心靈水珠放回原位。
最後，碼頭邊，變身成為卡農的拉提亞斯（官方解釋）送給小智一幅畫，在小智臉旁一吻告别……
當然還有，桑蘭與莉奧在牢中繼續研究着她們未來的小偷事業，武藏小次郎則繼續着他們未來的跑龍套事業……
主條目：七夜的許願星基拉祈
千年一次的彗星之夜裡，願望将會實現……
立志成為出色的神奇寶貝訓練師的小智、小遙和小勝，帶着皮卡丘展開了新的旅程。為了觀看千年彗星出現的刹那，來到恩斯遊樂場，并認識魔術師巴特勒與戴安。在魔術表演中，小勝聽到一陣細微的呼喚聲…
那是在〝沉眠之繭〞中沉睡了千年，可幫助人類達成願望的神奇寶貝——基拉祈。在千年彗星出現的夜晚，如果遇到擁有純真心靈的夥伴便會蘇醒。為了讓基拉祈醒來，巴特勒請小勝當基拉祈的夥伴，果然，基拉祈從萬花鏡般的光芒中蘇醒過來。
雖然基拉祈隻能停留短暫的七日就會再消失，但是頭一次擁有屬于自己的神奇寶貝的小勝，對基拉祈卻非常寵愛。充滿野心的魔術師巴特勒，因為知道基拉祈具有神奇的力量，便把基拉祈給搶走，并且想利用他來完成願望。
不懷好意的巴特勒，他的願望是什麼呢？小智與小勝要如何克服困難，成功救出同伴呢？小勝與基拉祈又會面臨怎樣的生離死别呢？
主條目：裂空的訪問者代歐奇希斯
四年前被烈空坐消滅的代歐奇西斯，四年之後來到科技發達的拉羅斯市，而小智皮卡丘等人也來到這裡，在那裡，他們遇到了少年托伊，托伊因為四年前的事情留下陰影而不敢與寵物小精靈接觸（代歐奇西斯的宇宙落下導緻小精靈們的逃跑吓怕了托伊）來到拉羅斯市的迪歐西斯是什麼？托伊的心結能否解除？
正當他們努力想讓托伊克服恐懼時，忽然，消失四年的代歐奇西斯又再度出現！小智一行人和托伊也再次體會到迥然不同的驚異體驗和驚心動魄的冒險。在這極光般的舞台中，烈空坐和代歐奇西斯再度卯足全勁地互相激戰，可說是魄力百分百！究竟烈空坐和代歐奇西斯的戰鬥會如何？而代歐奇西斯這次回來究竟要的是什麼？最後又會發生什麼令人意想不到的意外危機呢？
主條目：夢幻與波導的勇者路卡利歐
持續旅行的小智皮卡丘一行，來到了流傳着「波導傳說」的城鎮：歐魯德朗城。在城市的中心，舉行着對數百年前的“波導之勇者——亞郎”而舉行的祭典。小智與皮卡丘決定參加今年勇者對戰。激烈的戰鬥之後，獲得了冠軍的小智當選為當年“波導之勇者”。城中舉辦了慶祝優勝者的盛大宴會。突然幻之寵物小精靈“夢幻”出現。然而夢幻卻帶着皮卡丘消失了身影。與此同時，“迷之寵物小精靈”「魯卡利歐」數百年前的封印被解開，在小智面前顯現了身影的！皮卡丘在哪？夢幻的目的是什麼？還有，隐藏在魯卡利歐身上的過去和波導傳說的秘密是什麼？帶者所有謎團，小智與魯卡利歐一起朝向<世界初始之樹>開始了冒險。
主條目：神奇寶貝保育家與蒼海的王子瑪納霏
在這世界上海洋某處，即将誕生一隻誰都不知道的傳說神奇寶貝。以廣大的海洋為舞台，神奇寶貝史上最大的任務即将開始！在荒地迷路的小智一行人遇到了一位女性“廣美”，以水中神奇寶貝表演而出名的碼頭巡回團明星。
廣美是水之民的後裔，可以體會水系神奇寶貝的内心。小智等人便聽廣美訴說着水之民流傳已久的傳說。原來在海洋某處，水之民一族建造了“海之神殿-亞庫夏”，裡面供奉隐藏着珍寶“海之王冠”。
但目前據說誰也沒看過這頂王冠的實體模樣。這時，追尋着傳說之謎的神奇寶貝援助員“傑克·渥克”(昵稱傑奇)出現了。原來傑奇正執行一項機密任務，那就是要把蒼海的王子──瑪納霏的蛋給安然送進神殿裡。于是廣美和小智等人也協助這項任務。忽然這時！出現了有“魅影”之稱的海盜船長開來的大型潛水艦。原來魅影想要奪取王冠，借住王冠的神力來策劃征服世界。但是要解開王冠隐藏的謎團，似乎還需要靠瑪納霏的蛋。這時連火箭隊都想過來分一杯羹，造成了大混亂！
為了抵制魅影的陰謀，傑奇開始用捕獲器借住許多神奇寶貝的力量，小智他們也拿出自己的神奇寶貝準備應戰。但畢竟對方的高科技潛水艦威力太強，頓時陷入危機！神秘的蛋此時發出燦爛的光芒，瑪納霏終于誕生了！隐藏于王冠珍寶裡的秘密是？而瑪納霏的神秘力量又是？最後傑奇和小智等人的任務究竟能不能圓滿成功呢？！現在，準備朝向海之神殿-亞庫夏，目睹這精采的冒險吧！
主條目：決戰時空之塔帝牙盧卡VS帕路奇犽VS達克萊伊
為了參加下一個小精靈競技賽，小智一行來到了阿拉莫斯鎮，在那裡遇見了一位名叫艾麗絲的可愛少女。艾麗絲帶他們參觀了小鎮的标志建築——時空之塔和水樹相映成趣的美麗庭園。抱着觀光的心情而去的小智一行卻偶然遭遇庭園被不明生物襲擊的事件。這個小鎮有權有勢的艾伯特男爵也出現在那裡，他一口咬定這是傳說中的小精靈——達庫萊伊所為。不久，達庫萊伊突然從可怕的幻影中現身于小智等人的面前。
未知的小精靈，達庫萊伊，它到底從何而來？正當那時，迪亞路加和帕魯奇亞在時空夾縫中的戰鬥蔓延開來。
強大的力量相互沖撞，将空間撕裂。并且，從裂口正好能看見阿拉莫斯鎮的所在位置。在和迪亞路加的戰鬥負傷的帕魯奇亞逃到了這個小鎮。但是，感覺到帕魯奇亞存在的達庫萊依立刻對它展開了攻擊。這時，追趕帕魯奇亞而來的迪亞路加也出現在阿拉莫斯鎮。被稱為神的兩隻小精靈與達克萊依相遇之時，震撼時空的史上最強戰鬥開始了。
即時強烈的沖擊讓阿拉莫斯鎮岌岌可危，不久便面臨崩潰的危機。“古狄的日記”中記載的預言即将成為現實。
小智等人能否解除這個危機呢！？結果達庫萊伊是敵人還是盟友呢？！「奧拉希翁」究竟是什麼呢？
主條目：騎拉帝納與冰空的花束潔咪
[反轉世界]...是存在于這個世界内部的鏡子般不可思議的世界。那個美麗而規則的世界，是冥王龍栖居的特殊空間。然而迪亞魯加和帕魯其亞的戰鬥造成了時空的扭曲，反轉世界也因此完全被陰霾籠罩。由于自己的世界被污染而被激怒的冥龍找到了迪亞魯加，并想将其拖入反轉世界中。
另一方面，在繼續旅行的小智和皮卡丘一行的面前出現了一個小小的，幾乎看不見的精靈。那是有[花媚]之稱的感謝神奇寶貝雪米。被卷入迪亞魯加和基拉提那的戰鬥的雪米在千鈞一發之際從反轉世界逃出。小智一行帶着精疲力竭的Shaymin前往神奇寶貝中心。
雪米用心電感應将小智一行帶到了它的格拉西玳亞(グラシデア)花園，并告訴他們在這[格拉西玳亞之花]中隐藏着巨大的秘密。正準備離開神奇寶貝中心的小智等人遇到了前來捕捉雪米的火箭隊。而與此同時，神奇寶貝中心外的裝飾品的鏡面上出現了[次元旋渦]，将火箭隊、雪米連同小智一行人一起全部帶往了反轉世界。
從次元旋渦中脫出的小智一行人環顧四周，這裡是倒立着一排排建築物，空中處處漂浮着烏雲的，廣大而不可思議的反轉世界。
就在這時，基拉提那突然出現，向雪米發動攻擊。小智等人正要與基拉提那對抗，卻傳來制止之聲。說話者是名叫無限的學者，他告訴小智等人不可以讓基拉提那生氣。
正在小智一行在無限的幫助下向現實世界回返之時，企圖利用基拉提那的力量支配世界的，駕駛着高科技母艦[百萬力霸]的謎之青年，ZERO出現了。和雪米一起繼續着探索花園之旅的小智一行沒能逃過ZERO的追蹤。
...前所未有的冒險之旅的高潮，等待着你的是超越想像的“美麗奇迹”。
主條目：阿爾宙斯超克的時空
繼續旅行的小智一行來到了四周環繞着豐富自然景觀的河畔之城米琪那。這座城中有幾千年前的神殿遺址，小智一行向位于巨大岩山上的遺迹前進。岩山山頂有一片巨大的湖，遺迹就建在湖邊。小智一行陶醉在美麗的湖光之中。然而，湖面波瀾驟起，水上形成了龍卷風，向小智一行迫近。眼看就要被龍卷風卷起來的時候，忽有一位女子伴着[迪亞魯加，拜托你了！]的聲音出現。下一個瞬間，空間被割裂開，迪亞魯加的身影出現…女子名叫西娜，是遺迹的守護者。據說她有和神奇寶貝心意相通的能力。西娜将小智一行引入遺迹，用時空儀逐一介紹了迪亞魯加、帕魯奇亞和冥王龍的空間，然後又開始将米琪那鎮的古老傳說娓娓道來…
一切要從上古時代，相傳創造了萬物的幻之神奇寶貝亞爾修斯為救許多神奇寶貝而撞向隕石的事情說起……
一改以往的風格，本片的背景轉化為希臘的雅典衛城，那一座座古老滄桑的建築一定會讓你有一種耳目一新的感覺，登場的神奇寶貝最有看頭的莫過于阿爾修斯了，它被譽為神奇寶貝中的“萬神之神”，其強大的能力不可估量。然後是與所有前作有着“跨世紀”的改變的“衆神之戰”。前兩部嘔心瀝血描繪的神獸的形象，在這神奧三部曲的最終章大放異彩。人物的設計也與之前有了很大不同的風格。這回給我們上演什麼樣的好戲呢？
主條目：幻影的霸者佐羅亞庫
在每年一部的《神奇寶貝》劇場版面前也難以匹敵（戰績請看：日本動畫電影曆代票房收入排行榜2007日本劇場版動畫票房十強出爐），作為系列的第13彈作品，《寵物小精靈》動畫電影《劇場版 幻影的霸者 佐羅亞庫》将于2010年7月10日起在全日本東寶系新片隆重上映！
王冠市是個水與綠茵、古街道與近代建築完美調合的城市。為了觀看正在這裡舉辦的“神奇寶貝足籃世界杯”，小智一行人向王冠市前進。在途中，他們遇到了一隻能夠化身其他神奇寶貝或人類、名為“索羅亞”的不可思議的神奇寶貝。
索羅亞還會心電感應，為了幫助同伴，它告訴小智它也要前往王冠市。小智們決定要栛助索羅亞，一起結伴同行。
另一方面，幻之神奇寶貝雪拉比在相隔20年再度現身王冠市的同時，王冠市卻發生了一起奇妙的事件。原本應該是這座城市的守護神－傳說的神奇寶貝雷公、炎帝、水君竟在街道上大搞破壞。
原來這個事件的背後，隠藏着大企業的社長克林克斯·寇泰的邪惡計畫。從前，曾經利用雪拉比的神秘力量獲得财富與權力的寇泰，為了再度取得這個力量，他故意制造王冠市的混亂，好讓雪拉比掉入他的圈套。
而變身為傳說的神奇寶貝引起暴動的，是能夠操控幻影的神奇寶貝“索羅亞克”。
然而，索羅亞克竟然是索羅亞正打算前往栛助的同伴！而利用索羅亞克變出的幻影，寇泰則不停地追逐著雪拉比。再這樣下去，雪拉比和王冠市真的很危險！小智們将為此展開行動…。
雪拉比擁有的秘密力量是什麼呢？雪拉比和王冠市的命運将會如何呢？索羅亞能夠平安拯救索羅亞克，和它再度相逢嗎？
主條目：比克提尼與黑英雄捷克羅姆/比克提尼與白英雄雷希拉姆
在合衆地方旅行的小智與皮卡丘、艾莉絲和天桐，來到了城中央有稱為“大地之劍”的城堡的城鎮アイントオーク。這個城鎮，從前以被稱為“大地之民的王國”為榮，但如今卻已經衰退。小智一行人來到此地參加豐收祭紀念對戰大會，在這裡他們遇到了能夠給人類和神奇寶貝帶來不可思議的力量的夢幻之口袋妖怪，ビクティニ，并與它成為了好朋友。 以複活王國為願望的大地之民的後裔，ドレッド·グランギル，計劃使用ビクティニ的力量來移動大地之劍。然而受此影響，アイントオーク就會卷入災難性的異變。 如果到了那一步，小智一行能否将城鎮從危機中拯救？ビクティニ的命運會？捷克羅姆·雷希拉姆又有怎樣的謎，神奇寶貝史上最大的感動的冒險，一定會讓你驚歎！
主條目：酋雷姆VS聖劍士凱路迪歐
小智與皮卡丘、艾莉絲、天桐一行人正搭乘火車前往洛祥的旅途中，在行經山區時發現一隻從未見過的神奇寶貝，但它卻受了傷一動也不動。
其實它正是被稱為三位聖劍士的後繼者，夢幻的神奇寶貝‧凱路迪歐。
就在此時，最強的龍系神奇寶貝酋雷姆突然來襲！面對能變換成焰白酋雷姆與闇黑酋雷姆兩種型态，并擁有壓倒性力量的酋雷姆，小智一行人千鈞一發逃過酋雷姆的追擊。
凱路迪歐無視三位聖劍士的忠告，執意要向酋雷姆挑戰。然而見識到酋雷姆的強大力量之後，凱路迪歐在無比恐懼之下逃走了！
三位聖劍士為了要救凱路迪歐，不小心被酋雷姆的攻擊冰凍了起來。
為了救出同伴再度振作起來的凱路迪歐，以及在一旁鼓勵的小智一行人。他們能否平安度過這次的危機呢？為了拯救同伴，真實的力量、誠摯的勇氣以及小智一行人的友情，将喚起凱路迪歐未知的力量！
主條目：神速的蓋諾賽克特超夢覺醒
2012年12月，「神奇寶貝」劇場版動畫情報發表，該作正式标題為「神速的蓋諾賽克特」，預計将于2013年7月13在日本上映，導演依然是該系列的執導者湯山邦彥，與此同時「皮卡丘和伊布☆Friends」短篇動畫也将同時上映。「神速的蓋諾賽克特」的特報映像已經公開！
即将于2013年7月上映的劇場版是「神奇寶貝」系列的第16部劇場版動畫，上一部作品名為「酋雷姆VS聖劍士」，而新作則是以被真紅之铠包裹着，曾在3億年前被等離子團改造了的口袋妖怪蓋諾賽克特為主角，在特報中登場的正是被稱為「紅色蓋諾賽克特」的口袋妖怪，它比平常的蓋諾賽克特行動更快速，能力更強勁！尤其是在「高速飛行行态」下時，更是為神速！而劇場版中它将如何活躍，又會與小智一行展開怎樣的互動呢？
近期東京電視台早安演播室節目公開了今年神奇寶貝電影版的新海報和預告片，預告片中，小智一行人來到紐托克市，遭遇了蓋諾賽克特作亂破壞的情景，而此時超夢出現并阻止蓋諾賽克特。預告片中稱「你還不了解真正的《超夢》」。
主條目：破壞之繭與迪安茜
“鑽石礦國”。那是埋藏在深深的地下，“寶石神奇寶貝”メレシー們平靜生活的美麗國度。
在這個國度中，有一個被稱為“神聖鑽石”的巨大鑽石。聖之鑽是維持礦國的重要能量來源，長期以來一直履行着這個使命。而創造出這個鑽石的是，這個礦國的公主迪安茜。不過，她已經不再有曾經擁有的力量。
然後…這個時刻到來了。“神聖鑽石”的生命幾乎快要耗盡了。這個如此美麗的礦國将要毀滅了！就在這個時候，迪安茜遇到了小智與皮卡丘，他們決定一起尋找擁有神聖力量的生命神奇寶貝澤尼亞斯。
在旅途中，女盜賊瑪麗蓮和忍者盜賊萊歐特，以及火箭隊三人組為了奪取迪安茜的能力，襲擊了他們。
借助蜜莉絲·阿爾加斯親子的力量，一行人解除了危機并繼續他們的旅途，結果他們發現了曾經消滅了卡洛斯地方所有生命的破壞神奇寶貝伊維塔爾沉眠的繭，被它擋住了去路——。
在這緊迫的危機中。迪安茜能否拯救自己的國度呢？以及，小智和皮卡丘的命運會如何？
主條目：光輪的超魔神胡帕
100年前，沙漠都市迪塞爾市因為口袋妖怪之間的戰鬥而遭受嚴重破壞。戰鬥起因是那隻口袋妖怪。但是，這隻口袋妖怪後來被某人封印了，城市重回和平并且今天仍然健在。
在小智與皮卡丘一行人的旅途中，他們遇到了持有可以召喚萬事萬物的光輪的幻之口袋妖怪胡帕，以及照顧他的少女瑪麗。
幻之口袋妖怪胡帕開始用他的光輪傳喚出各種各樣的東西，包括他最喜歡的食物甜甜圈，這讓大家都很驚訝和高興。喜歡惡作劇的天真單純的胡帕稱呼小智和皮卡丘為傻多和皮卡。大家很快成為夥伴并一同旅行。
一到迪塞爾市，衆人就遇到了瑪麗的哥哥巴爾紮，但是巴爾紮的樣子卻很奇怪。走近一看，發現他手中握有封印了曾經破壞城市的某隻口袋妖怪的道具監獄之瓶。
一股邪惡的氣息從瓶中溢出。經過漫長的時間，封印好像已經被解開了。就在那時，傳說中的口袋妖怪從邪氣中飛出。原始固拉多，原始蓋歐卡，迪奧魯加，帕魯基亞，基拉帝納以及丘雷姆。這樣下去城市就危險了。
胡帕為了守護城市，從光輪中召喚出新的傳說中的口袋妖怪來！小智同胡帕召喚的口袋妖怪能一同守護住迪塞爾市嗎？邪惡力量的正體又是。
傳說VS傳說。
口袋妖怪史上最壯絕的戰鬥開始了。
