形成過程
2008年起源于江蘇省的太湖流域管理。2008年針對流域河流水質直接影響太湖的實際，無錫市确定，在全市各級黨政一把手中，全面推行水功能區達标“河長制”，全市所有黨政一把手，分别擔任了64條河流的“河長”，“河長”主要職責是督辦河流水質的改善工作，一河一策，逐條治理。
無錫市委書記楊衛澤說，“河長制”分為四級：市委、市政府主要領導分别擔任主要河流的一級“河長”，有關部門的主要領導分别擔任二級“河長”，相關鎮的主要領導為三級“河長”，所在行政村的村幹部為四級“河長”。同時，無錫市還配套出台了《無錫市治理太湖保護水源工作問責辦法》，對治污不力者将實行嚴厲問責。“河長”們面臨的壓力是完不成任務就要被“一票否決”。
到2014年，江蘇、雲南、河北、安徽、湖北、四川、黑龍江等十多個省已實行了“河長制”，在淮河、海河、滇池、巢湖、松花江等重點污染治理流域相繼建立了水污染防治領導責任制，為促進我國區域生态環境修複與流域水環境治理探索出一種新模式。
全面實施
2016年12月11日，中共中央辦公廳、國務院辦公廳印發了《關于全面推行河長制的意見》，并發出通知，要求各地區各部門結合實際認真貫徹落實。《關于全面推行河長制的意見》全文如下。
河湖管理保護是一項複雜的系統工程，涉及上下遊、左右岸、不同行政區域和行業。近年來，一些地區積極探索河長制，由黨政領導擔任河長，依法依規落實地方主體責任，協調整合各方力量，有力促進了水資源保護、水域岸線管理、水污染防治、水環境治理等工作。全面推行河長制是落實綠色發展理念、推進生态文明建設的内在要求，是解決我國複雜水問題、維護河湖健康生命的有效舉措，是完善水治理體系、保障國家水安全的制度創新。為進一步加強河湖管理保護工作，落實屬地責任，健全長效機制，現就全面推行河長制提出以下意見。
總體要求
指導思想：全面貫徹黨的十八大和十八屆三中、四中、五中、六中全會精神，深入學習貫徹習近平總書記系列重要講話精神，緊緊圍繞統籌推進“五位一體”總體布局和協調推進“四個全面”戰略布局，牢固樹立新發展理念，認真落實黨中央、國務院決策部署，堅持節水優先、空間均衡、系統治理、兩手發力，以保護水資源、防治水污染、改善水環境、修複水生态為主要任務，在全國江河湖泊全面推行河長制，構建責任明确、協調有序、監管嚴格、保護有力的河湖管理保護機制，為維護河湖健康生命、實現河湖功能永續利用提供制度保障。
基本原則
堅持生态優先、綠色發展。牢固樹立尊重自然、順應自然、保護自然的理念，處理好河湖管理保護與開發利用的關系，強化規劃約束，促進河湖休養生息、維護河湖生态功能。
堅持黨政領導、部門聯動。建立健全以黨政領導負責制為核心的責任體系，明确各級河長職責，強化工作措施，協調各方力量，形成一級抓一級、層層抓落實的工作格局。
堅持問題導向、因地制宜。立足不同地區不同河湖實際，統籌上下遊、左右岸，實行一河一策、一湖一策，解決好河湖管理保護的突出問題。
堅持強化監督、嚴格考核。依法治水管水，建立健全河湖管理保護監督考核和責任追究制度，拓展公衆參與渠道，營造全社會共同關心和保護河湖的良好氛圍。
組織形式
全面建立省、市、縣、鄉四級河長體系。各省（自治區、直轄市）設立總河長，由黨委或政府主要負責同志擔任；各省（自治區、直轄市）行政區域内主要河湖設立河長，由省級負責同志擔任；各河湖所在市、縣、鄉均分級分段設立河長，由同級負責同志擔任。縣級及以上河長設置相應的河長制辦公室，具體組成由各地根據實際确定。
工作職責
各級河長負責組織領導相應河湖的管理和保護工作，包括水資源保護、水域岸線管理、水污染防治、水環境治理等，牽頭組織對侵占河道、圍墾湖泊、超标排污、非法采砂、破壞航道、電毒炸魚等突出問題依法進行清理整治，協調解決重大問題；對跨行政區域的河湖明晰管理責任，協調上下遊、左右岸實行聯防聯控；對相關部門和下一級河長履職情況進行督導，對目标任務完成情況進行考核，強化激勵問責。河長制辦公室承擔河長制組織實施具體工作，落實河長确定的事項。各有關部門和單位按照職責分工，協同推進各項工作。
主要任務
（一）加強水資源保護。落實最嚴格水資源管理制度，嚴守水資源開發利用控制、用水效率控制、水功能區限制納污三條紅線，強化地方各級政府責任，嚴格考核評估和監督。實行水資源消耗總量和強度雙控行動，防止不合理新增取水，切實做到以水定需、量水而行、因水制宜。堅持節水優先，全面提高用水效率，水資源短缺地區、生态脆弱地區要嚴格限制發展高耗水項目，加快實施農業、工業和城鄉節水技術改造，堅決遏制用水浪費。嚴格水功能區管理監督，根據水功能區劃确定的河流水域納污容量和限制排污總量，落實污染物達标排放要求，切實監管入河湖排污口，嚴格控制入河湖排污總量。
（二）加強河湖水域岸線管理保護。嚴格水域岸線等水生态空間管控，依法劃定河湖管理範圍。落實規劃岸線分區管理要求，強化岸線保護和節約集約利用。嚴禁以各種名義侵占河道、圍墾湖泊、非法采砂，對岸線亂占濫用、多占少用、占而不用等突出問題開展清理整治，恢複河湖水域岸線生态功能。
（三）加強水污染防治。落實《水污染防治行動計劃》，明确河湖水污染防治目标和任務，統籌水上、岸上污染治理，完善入河湖排污管控機制和考核體系。排查入河湖污染源，加強綜合防治，嚴格治理工礦企業污染、城鎮生活污染、畜禽養殖污染、水産養殖污染、農業面源污染、船舶港口污染，改善水環境質量。優化入河湖排污口布局，實施入河湖排污口整治。
（四）加強水環境治理。強化水環境質量目标管理，按照水功能區确定各類水體的水質保護目标。切實保障飲用水水源安全，開展飲用水水源規範化建設，依法清理飲用水水源保護區内違法建築和排污口。加強河湖水環境綜合整治，推進水環境治理網格化和信息化建設，建立健全水環境風險評估排查、預警預報與響應機制。結合城市總體規劃，因地制宜建設親水生态岸線，加大黑臭水體治理力度，實現河湖環境整潔優美、水清岸綠。以生活污水處理、生活垃圾處理為重點，綜合整治農村水環境，推進美麗鄉村建設。
（五）加強水生态修複。推進河湖生态修複和保護，禁止侵占自然河湖、濕地等水源涵養空間。在規劃的基礎上穩步實施退田還湖還濕、退漁還湖，恢複河湖水系的自然連通，加強水生生物資源養護，提高水生生物多樣性。開展河湖健康評估。強化山水林田湖系統治理，加大江河源頭區、水源涵養區、生态敏感區保護力度，對三江源區、南水北調水源區等重要生态保護區實行更嚴格的保護。積極推進建立生态保護補償機制，加強水土流失預防監督和綜合整治，建設生态清潔型小流域，維護河湖生态環境。
（六）加強執法監管。建立健全法規制度，加大河湖管理保護監管力度，建立健全部門聯合執法機制，完善行政執法與刑事司法銜接機制。建立河湖日常監管巡查制度，實行河湖動态監管。落實河湖管理保護執法監管責任主體、人員、設備和經費。嚴厲打擊涉河湖違法行為，堅決清理整治非法排污、設障、捕撈、養殖、采砂、采礦、圍墾、侵占水域岸線等活動。
保障措施
（一）加強組織領導。各地要加強組織領導，明确責任分工，抓好工作落實。建立水利部會同環境保護部等相關部委參加的全面推行河長制工作部際協調機制，強化組織指導和監督檢查，研究解決重大問題。水利部、環境保護部将與相關部門加強溝通協調，指導各地全面推行河長制工作。
（二）強化部門聯動。地方水利、環保部門要加強溝通，密切配合，共同推進河湖管理保護工作。要充分發揮水利、環保、發改、财政、國土、住建、交通、農業、衛生、林業等部門優勢，協調聯動，各司其職，加強對河長制實施的業務指導和技術指導。要加強部門聯合執法，加大對涉河湖違法行為打擊力度。
（三）統籌流域協調。各地河湖管理保護工作要與流域規劃相協調，強化規劃約束。對跨行政區域的河湖要明晰管理責任，統籌上下遊、左右岸，加強系統治理，實行聯防聯控。流域管理機構、區域環境保護督查機構要充分發揮協調、指導、監督、監測等作用。
（四）落實經費保障。各地要積極落實河湖管理保護經費，引導社會資本參與，建立長效、穩定的河湖管理保護投入機制。
（五）加強宣傳引導。各地要做好全面推行河長制工作的宣傳教育和輿論引導。根據工作節點要求，精心策劃組織，充分利用報刊、廣播、電視、網絡、微信、微博、客戶端等各種媒體和傳播手段，特别是要注重運用群衆喜聞樂見、易于接受的方式，深入釋疑解惑，廣泛宣傳引導，不斷增強公衆對河湖保護的責任意識和參與意識，營造全社會關注河湖、保護河湖的良好氛圍。
