基本内容
标記基因原本是基因工程的專屬名詞，但是現在它已經成為一種基本的實驗工具，廣泛應用于分子生物學、細胞生物學、發育生物學等方面的研究。
定義
标記基因是一種已知功能或已知序列的基因，能夠起着特異性标記的作用。在基因工程意義上來說，它是重組DNA載體的重要标記，通常用來檢驗轉化成功與否；在基因定位意義上來說，它是對目的基因進行标志的工具，通常用來檢測目的基因在細胞中的定位。
舉例
1、“作為重組DNA載體的重要标記”舉例：大腸杆菌的某種質粒具有青黴素抗性基因（該基因可以認為是标記基因），當這種質粒與外源DNA組合在一起形成重組質粒，并被轉入受體細胞後，就可以根據受體是否吸飽具有青黴素抗性來判斷受體細胞是否獲得了目的基因。當人們用選擇培養基（比如含有青黴素的培養基），來培養受體細胞時，能夠在培養基中存活下來的受體細胞就可以認為是成功的導入了外源DNA，标記基因就起作用了。
2、“作為目的基因的細胞定位工具”舉例：通過将可定位檢測的标記基因（隻要已知其序列，既可針對設計标記探針，從而對其進行細胞定位）與目的基因進行連鎖，當成功轉化目的基因，該基因同時有成功表達後，既可間接對其進行定位；或者已知目的基因（該基因本身就處于某細胞中）周邊序列，通過針對這些序列設計可插入标記基因，繼而對該标記基因進行檢測，也可間接對目的基因定位。
另一種分類：引入“選擇基因”和“報告基因”的概念
選擇基因和報告基因都可以看做是标記基因，都起着标記目的基因是否成功轉化的作用，但是它們又有着各自的特點。
選擇基因（又稱選擇标記基因），主要是一類編碼可使抗生素或除草劑失活的蛋白酶基因，這種基因在執行其選擇功能時，通常存在檢測慢（蛋白酶作用需要時間）、依賴外界篩選壓力（如抗生素、除草劑）等缺陷。而報告基因則是指其編碼産物能夠被快速測定、且不依賴于外界壓力的一類基因。
