人物生平
李贽于明世宗嘉靖六年（1527年11月23日）農曆十月廿六日出生于福建泉州府南門外。其祖先是元朝以後遷來福建。李贽幼年喪母，随父讀書，學業進步迅速。自幼倔強，善于獨立思考，不信回教，不受儒學傳統觀念束縛，具有強烈的反傳統理念。他在社會價值導向方面，批判重農抑商，揚商賈功績，倡導功利價值，符合明朝中後期資本主義萌芽的發展要求。
李贽12歲就寫出《老農老圃論》，把孔子視種田人為“小人”的言論大大挖苦了一番，轟動鄉裡。26歲中舉人。30歲至45歲為官，先後任河南輝縣教谕、南京國子監博士、北京國子監博士、北京禮部司務、南京刑部員外郎和郎中，最後出任雲南姚安知府。
萬曆九年（1581年），李贽從雲南辭職回家到湖北黃安，住在朋友耿定理家，撰寫一些讀史的文章，并教授耿家子弟。李贽倡導絕假純真、真情實感的“童心說”。李贽在麻城還多次講學，抨擊時政，針砭時弊，聽任各界男女前往聽講，并受到熱烈的歡迎。
萬曆十二年（1584年），耿定理去世，他移居麻城。第二年派人送家眷回泉州，自己一人住在麻城芝佛院，緻力于讀書、講學和著述，曆十多年，完成《初潭集》《焚書》等著作。收入《童心說》《贊劉諧》、《何心隐論》及與道學家耿定向反複論辯而撰寫《答耿中丞》《答耿司寇》等書答、雜述、讀史短文和詩共6卷。揭露道學家們的僞善面目，反對以孔子的是非觀為是非标準，批判的鋒芒直指宋代大理學家周敦頤、程颢、張載、朱熹。
萬曆十六年（1588年）夏天，李贽為芝佛院的常住客戶和職業作家。書寫到高興處，索性剃發留須，故意擺出一副“異端”面目，俨然是個搞學術的老和尚，如此便是10年。工部尚書劉東星親自接他去山東寫作；曆史學家焦竑替他主持新書發布會；文壇巨子袁氏三兄弟跑到龍湖陪他一住三個月；意大利傳教士利馬窦和他進行了三次友好的宗教交流；全國各大城市輪流邀請他去做訪問學者。李贽一開壇講學，不管哪座寺廟，還是深山老林，和尚、樵夫、農民、甚至連女子也勇敢地推開羞答答的閨門，幾乎滿城空巷，都跑來聽李贽講課。一下子，李贽成了橫掃儒、釋、道的學術明星。這對傳統思想造成了強烈的沖擊，被當地的保守勢力視為“異端”、“邪說”，群起圍攻，要把他驅逐出境。李贽旗幟鮮明宣稱自己的著作是“離經叛道之作”，表示：“我可殺不可去，頭可斷面身不可辱”，毫不畏縮。
萬曆二十五年（1597年），李贽應巡撫梅國桢之請往山西大同，著《孫子參同》，修訂《藏書》。秋，到北京，住在西山極樂寺，撰成《淨土訣》，次年春天到南京，将自己的零星著作彙成《老人行》，并再度研究《易》，撰寫《易因》，最後編訂其巨著《藏書》。《藏書》共68卷，系紀傳體史論，論述戰國至元亡時曆史人物約800人，對曆史人物作出了不與傳統見解苟合的評價，旨在反對儒學。如他贊揚秦始皇是“千古一帝”，武則天是“政由己出，明察善斷”的“聖後”。
萬曆二十八年（1600年），在山東濟甯編成《陽明先生道學抄》、《陽明先生年譜》。
萬曆三十年（1602年），禮部給事中張問達秉承首輔沈一貫的旨意上奏神宗，攻讦李贽。最終以“敢倡亂道，惑世誣民”的罪名在通州逮捕李贽，并焚毀他的著作。李贽入獄後，他坦然說道：“名山大壑登臨遍，獨此垣中未入門。病間始知身在系，幾回白日幾黃昏。”後來聽說朝廷要押解他回福建原籍，他感慨地說：“我年七十有六，死以歸為？”三月十五日，李贽留下一偈：“壯士不忘在溝壑，烈士不忘喪其元。”以剃發為名，奪下理發師的剃刀割斷自己的喉嚨而死，享年76歲。死後，馬經綸把他收葬于北京通州北門外馬寺莊迎福寺側（現北京通州西海子公園内），今墓地尚在，被列為北京市文物保護。
萬曆三十八年（1610年），李贽的學生汪可受，以及梅掌科、蘇侍禦捐銀錢為其樹碑。據說“卓吾血流二日以殁，慘聞晉江，士庶甚闵，于晉江西侖作溫陵先師廟，頗奉香火，後毀于兵燹。”
在1974年的批林批孔運動中，李贽又被當作尊法反儒的英雄，加以推崇，他的著作被劃歸“法家”。
個人作品
李贽一生著述頗豐，著述先後數次被禁毀，民間盜印、假托者不絕，門人汪本钶說：“（卓吾）一死而書益傳，名益重……漸至今日，坊間一切戲劇淫谑刻本批點，動曰卓吾先生。”
圖書列表
《李氏藏書》、《藏書》六十八卷。明·萬曆二十七年（1599年）刻于金陵。
《李氏續藏書》、《續藏書》二十七卷。明·萬曆三十七年（1609年）刻。
《史綱評要》三十六卷。明·萬曆四十一年（1613年）霞猗閣刻。
《李氏焚書》《焚書》六卷。明·萬曆十八年（1590年）刻于麻城。
《李氏續焚書》《續焚書》五卷。明·萬曆四十六年（1618年）新安海陽虹玉齋刻。
《初譚集》、《初潭集》十二卷、三十卷。明刻。
《卓吾老子三教妙述》（又稱《言善篇》）四集。明·萬曆四十年（1612年）宛陵劉遜之刻。
《李卓吾遺書》十二種二十三卷。明·繼志齋刻（包括《道古錄》二卷、《心經提綱》一卷、《觀音問》一卷、《老子解》一卷、《莊子解》二卷、《孔子參同》三卷、《墨子批選》二卷、《因果錄》三卷、《淨土訣》一卷、《暗然錄最》四卷、《三教品》一卷、《永慶答問》一卷）。
《李氏文集》、《李氏文集》十八卷。明刻。
《李氏叢書》《易因》二卷。明刻。
《李氏六書》六卷。明·萬曆四十五年（1617年）痂嗜行刻（包括《曆朝藏書》一卷、《皇明藏書》一卷、《焚書書答》一卷、《焚書雜述》一卷、《叢書彙》一卷、《說書》一卷）。
《陽明先生道學鈔》八卷。明·萬曆三十七年（1609年）武林繼錦堂刻。
《龍溪王先生文錄鈔》九卷。明·萬曆二十七年（1599年）刻。
《枕中十書》六卷。明·刻本（包括《精騎錄》、《筼窗筆記》、《賢奕賢》、《文字禅》、《異史》、《博識》、《尊重口》、《養生醍醐》、《理談》、《吟壇千秋訣》）。
《批評忠義水浒傳》100卷、100回。明容與堂刊、芥子園刊（另《批判忠義水浒傳全傳》121回，明·楊定見刻）。
《批點西廂真本》二卷、《批評紅拂記》二冊、《批評幽閨記》二卷、《批評洗紗記》二卷，明刻。
《評選三異人集》二十四卷。明·俞允諧刻（包括《方正學文集》十一卷、《傳狀》一卷、《于節暗奏疏》四卷、《文集》一卷、《詩集》一卷、《文集》一卷、《自著年譜》一卷、《傳狀》一卷）。
《讀升庵集》二十卷、《世說新語補》二十卷、《四書評》、《坡仙集》十六卷、《九正易因》二卷、《李氏說書》八卷、《姑妄編》七卷、《李溫陵集》二十卷、《禅談》一卷、《龍湖閑話》一卷、《文字禅》四卷、《左德機緣》三卷、《李氏因果錄》三卷、《業報案》二卷，明刻。
著名文章
《童心說》、《答以女人學道為見短書》、《寄答京友》等。
詩詞
《獨坐》
《系中八絕·老病初蘇》
《石潭即事其四》
主要影響
李贽以孔孟傳統儒學的“異端”而自居，對封建社會的男尊女卑、重農抑商、假道學、社會腐敗、貪官污吏，大加痛斥批判，主張“革故鼎新”，反對思想禁锢。
政治
抨擊程朱理學
李贽深受“陽明學”支流“泰州學派”影響，且以“異端”自居。針對當時官學和知識階層獨奉儒家程朱理學為權威的情況，貶斥程朱理學為僞道學，提出不能“以孔子之是非為是非”。詩文多抨擊前七子、後七子複古之主張，認為《西廂記》《水浒傳》就是“古今至文”。公安派三袁兄弟受其影響較深。晚年頗好史學，據曆代正史纂《藏書》，又廣泛收集明代資料撰寫《續藏書》，對傳統史學觀點有所突破。
李贽對被封建統治者奉為金科玉律的儒家經典和孔孟之學進行抨擊，對儒家經典的《六經》《論語》《孟子》表示了極大的輕蔑，認為這些不都是聖人之言，是經過後人吹捧拔高形成的，不能當做萬年不變的真理。這些著作是當時懵懂弟子，迂闊門徒随筆記錄，大半非聖人之言，即使是聖人之言，也隻是一時所發之藥石，不能成為“萬事之言論”。
在《焚書·贊劉諧》及《續焚書》的《聖教小引》《題孔子像于芝佛院》等文中，他以戲谑嘲諷的筆調貶低孔子，這在尊孔子為至聖先師的時代，是一種大膽的舉動。他認為孔子并非聖人，孔子沒什麼了不起的，人人都是聖人，沒必要一定要去學孔子。這就把孔子從至高無上的聖人地位上拉下來了。如果一定要将孔子奉為偶像，言行舉動都學孔子，那就是一種醜态了。
李贽否認儒家的正統地位，否定孔孟學說是“道冠古今”的“萬世至論”，認為不能将其當做教條而随便套用。《六經》《論語》《孟子》“乃道學之口實，假人之淵薮”。李贽對孔子及孔孟之道的批判确已達到了“非聖無法”的地步。
反對理學空談，提倡功利主義
李贽最痛恨維護封建禮教的假道學和那些滿口仁義道德的衛道士、僞君子。揭露道學家的醜惡面目，指出他們都是僞君子，“名為山人，而心同商賈，口談道德，而志在穿窬”，仁義道德不過是掩蓋他們卑鄙龌龊的假面具，“本為富貴，而外矯詞以為不願，實欲托此以為榮身之梯，又兼采道德仁義之事以自蓋”。還指斥那些所謂的道學家們：名心太重，回護太多。“實多惡也，而專談志仁無惡；實偏私所好也，而專談泛愛博愛；實執定己見也，而專談不可自是。”“及乎開口談學，便說爾為自己，我為他人；爾為自私，我欲利他”，實際上都是“讀書而求高第，居官而求尊顯”，全是為自己打算，“無一厘為人謀者”。如此口是心非，言行不一的僞君子，反倒不如“市井小夫”與“力田作者”實實在在，幹啥說啥“。
他還進一步指斥道學家們是一群道貌岸然的假道學，“陽為道學，陰為富貴，被服儒雅，行若狗彘”。道學家滿口仁義道德，實際上是借道學這塊敲門磚，“以欺世獲利”，為自己謀取高官利祿，他們“口談道德而心存高官，志在巨富”。
至道無為的政治理想
針對明王朝的腐敗政治，李贽提出了“至道無為、至治無聲、至教無言”的政治理想。他認為人類社會之所以常常發生動亂，是統治者對社會生活幹涉的結果。他理想的“至人之治”則是“因乎人者也”，順乎自然，順乎世俗民情，即“因其政不易其俗，順其性不拂其能”，對人類的社會生活不幹涉或少幹涉。
民本思想
雖然孟子早就提出“民為貴，君為輕，社稷次之”的主張，當在曆代統治者中，實際均未成為一種政治實踐。而李贽大膽提出“天之立君，本以為民”的主張，表現出對專制皇權的不滿，成為明末清初啟蒙思想家民本思想的先導。
對封建統治者殘酷壓榨魚肉人民的暴行，李贽更加以無情揭露。他借漢宣城郡守封邵化虎食民的神話傳說，指斥當權的官吏是“冠裳而吃人”的虎狼，“昔日虎伏草，今日虎坐衙。大則吞人畜，小不遺魚蝦。”在《焚書》中，他還借評點《水浒》，發洩對現實政治的強烈不滿。
李贽将拯黎民于水火，探求一條益國利民的道路，把目光投向了封建統治階級上層，希望“有一個半個憐才者”出現，使“大力大賢”的有才之士“得以效用，彼必殺身圖報，不肯忘恩”。
經濟
李贽承認個人私欲，“私者，人之心也，人必有私而後其心乃見”。“天盡世道以交”，認為人與人之間的交換關系、商業交易合乎天理。
他不同意道學家宣傳的“正其義不謀其利，明其道不計其功”的說法，認為人類的任何舉動都有其謀利和計功的目的。董仲舒“正其義”、“明其道”的宣傳，也是以功利為目的的。從功利的觀點出發，李贽主張富國強兵。他批評理學家“高談性命，清論玄微，把天下百姓痛癢置之不聞，反以說及理财為濁”的行為。他指出：“不言理财者，決不能平治天下”。針對儒家把文武分途，儒者不懂武事的現象，他強調武事重要，認為“知兵之将，民之司命，國家安危之主”。他提倡耕戰，認為“務農講武，不可偏廢”，說“蓋有所生，則必有以養此生者，食也。有此身，則必有以衛此身者，兵也”。針對正統理學家的“存天理滅人欲”的命題，他提出“穿衣吃飯，即是人倫物理”的主張，認為“理”，就在百姓的日常生活當中，對正統思想提出了挑戰。
文化
文學
在文學方面，李贽提出“童心說”，主張創作要“絕假還真”，抒發己見，頭可斷面身不可辱”，毫不畏縮。李贽在詩文寫作風格方面，也主張“真心”，反對當時風行的“摹古”文風，他的這一傾向，對晚明文學産生了重要影響。
認識論
李贽哲學思想的形成經曆了從理本論到心本論的轉化的過程。李贽主張宇宙的萬物是由天地（最終是陰陽二氣）所生，否定程朱理學理能生氣、一能生二的客觀唯心主義論斷。李贽還認為，人們的道德、精神等現象存在于人們的物質生活中，“穿衣吃飯，即人倫物理”，就是他提出的著名理論，這是帶有樸素唯物主義的思想。李贽信奉王陽明的心學，所以，他的整個哲學體系的中心是主觀唯心主義的。他認為“真心”、“童心”是最根本的概念，是萬物的本源。自然界是“我妙明真心的一點物相”，沒有“理”，沒有物，世上一切物質和精神皆是隻存在于“真心”之中。什麼是“真心”呢？就是童心、初心，最初一念之本心，即不受外界影響的“我”的心。它們是主宰一切，産生諸相的本源，可稱作“清淨本源”，萬事萬物、山河大地就在一念之中，隻是真心的顯現物，是真心的因素和成分，如同水泡和大海中的海水的關系。這種觀點，與陸王學派的“吾心便是宇宙，宇宙便是吾心”、禅宗的“萬法盡在自心”是一脈相承的。
李贽的認識論是建立在心學之上的先驗論，主“生知”說。《焚書·答周西岩》一文指出，“天下無一人不生知，無一物不生知，亦無一刻不生知。”“人皆可以為聖”。李贽以“生知”說反對神化孔子，從認識能力、認識來源的角度來否定認識正确與否要以孔子為标準的傳統思想，具有解放思想的進步作用，但以“人人生知”反對“聖人生知”說，其認識論方面的局限和缺陷是不可忽視的。
曆史觀
反對曆史保守主義主張“與世推移”的曆史發展觀。“夫是非之争也，如歲時行，晝夜更叠，不相一也。昨日是而今日非也，而可遽以定本行商法哉？”提出“于世推移，其道必爾”的主張。認為春秋替三代，戰國代春秋都是一種正常的曆史發展現象。
社會
主張個性解放，思想自由
李贽終生為争取個性解放和思想自由而鬥争。他蔑視傳統權威，敢于批判權威。他自幼“便倔強難化，不信學，不信道，不信仙釋”。他認為一個人應該有自己的政治見解和思想，不應盲目地随人俯仰。“士貴為己，務自适。如不自适而适人之道，雖伯夷叔齊同為淫僻。不知為己，惟務為人，雖堯舜同為塵垢豼糠”。他認為要獲得個性解放和思想自由，就必須打破孔孟之道及其變種宋明理學的壟斷地位，沖破封建經典所設置的各種思想禁區。他主張每一個人都應該自為是非。為了打破孔孟之道提出的是非标準，李贽編寫了《藏書》和《續藏書》，用自己的是非标準，重新評價了曆史人物。
提倡人類平等
李贽認為，按照萬物一體的原理，社會上根本不存在高下貴賤的區别。老百姓并不卑下，自有其值得尊貴的地方；侯王貴族并不高貴，也有其卑賤的地方。
提倡婚姻自由
李贽主張婚姻自由，熱情歌頌卓文君和司馬相如戀愛的故事。
尊重婦女
李贽反對歧視婦女，對封建禮教壓迫下的婦女，李贽給以深深的同情，他大聲疾呼，為婦女鳴不平。李贽批判了男子之見盡長，女子之見盡短的說法。當有人說：“婦女見短，不堪學道”的時候，他駁斥說，人們的見識是由人們所處的環境決定的，并不是先天帶來的。
宗教态度
李贽自序中說自己“幼年不信道和仙釋，老年信真佛。在陽明先生年譜後語裡，李贽說：“餘自幼倔強難化，不信道，不信仙釋。故見道人則惡，見僧則惡，見道學先生則尤惡。”
關于落發為僧，在《與曾繼泉》一文中，李贽寫道：“其所以落發者，則因家中閑雜人等時時望我歸去，又時時不遠千裡來迫我，以俗事強我，故我剃發以示不歸，俗事亦決然不肯與理也。又此間無見識人多以異端目我，故我遂為異端以成彼豎子之名。兼此數者，陡然去發，非其心也。”
李贽視念佛往生西方是真實的，十分推崇淨土，他在觎音問)中說：“念佛者，念阿彌陀佛也。當時釋迦金口稱贊有阿彌陀佛也。當時釋迦金口稱贊有阿彌陀佛，在西方極樂國土，專一接引念佛衆生。”又說道：”人人能念佛，人人得往西方。”可見，李贽以往生為歸，并不排斥他力作用。《豫約》中認為：”夫念佛者，欲見西方彌陀也。見阿彌陀佛了，即是生西方了，無别有西方生也。見性者，見自性阿彌陀佛也，見自性彌陀了，即是成佛了，亦無别有佛可成也”。
轶事典故
另類講學
李贽住在龍湖芝佛寺著述、講學，雖說他是有大學問的人，卻也開荒、種糧、種菜、勤快得很。李贽講學跟别的先生不一樣。别的先生隻收男孩，他偏偏要男女收在一起教；别人都要求孩子走路要輕，說話莫大聲。而李贽偏要他們蹦蹦跳跳翻跟鬥，大聲讀書震天吼；别人教書要白天，李贽白天要求孩子幫大人種田、種地，夜晚聽他講學；别人教書專講“四書”、“五經”，李贽專教些實用的東西，還經常出謎語逗孩子玩。有一次，李贽出了一個謎語：“皇帝老子去偷牛，滿朝文武做小偷；公公拉着媳婦手，孩子打破老子頭。”孩子們猜來猜去，都猜不出來。李贽笑着說：“你們不是猜不着，是還沒有長這個膽量。要幹大事，就得敢破舊規矩，敢想，敢說，還要敢幹。”接着，他解釋說：“第一句‘皇帝老子去偷牛’是君不君；第二句‘滿朝文武做小偷’是臣不臣；第三句‘公公拉着媳婦手’是父不父；第四句‘孩子打破老子頭’是子不子。”學生們聽了以後，感到有趣，到處傳播。
借宿好友
李贽55歲時，攜妻從雲南直奔湖北黃安的天台書院，白天講學論道，夜宿好友耿定理家中，主業是門客，兼職是家庭教師。
他招收女弟子、個性要解放、個人要自由的“異端邪說”，與耿定理的哥哥、刑部左侍郎耿定向的正統觀點激烈沖突，雙方水火不容。耿家門人也分成了兩派，彼此用拳腳來解決真理問題。耿定理一去世，李贽就從耿家搬出來，遷往麻城，投靠另一位知己周思敬，開始了孤寂的學術流浪。
自殺
萬曆皇帝的政令隻有在迎合官僚集團的要求時才是暢通無阻的。于是皇帝的軍隊立即出動，奔赴北通州（今北京通縣），從被削職為民的前禦吏馬經綸家中将卧病在床的李贽帶走，關進了皇家的監獄。對他的審訊也是嚴格按照萬曆皇帝的意圖進行的，隻要他交待其“敢倡亂道”的思想言論問題，而絲毫也沒有涉及關于他的桃色新聞。卧倒在皇家法庭堂前的李贽對此作了簡短的申辯：“罪人著書多有，具在，于聖教有益無損。”奉旨審問李贽的大金吾笑這個老頭子太倔強，不複再審，建議皇帝判将李贽遞解回原籍監視居住。萬曆皇帝對此遲遲不作批複。而李贽，在此之前好幾年就為自己選擇了“榮死诏獄”的最後歸宿。萬曆三十年（1602年）三月十五日，李贽在吩咐侍者為他剃頭後取刀自割咽喉，血流遍地，尚未斷氣。侍者問他“痛否？”李贽以指蘸血寫道：“不痛。”侍者又問：“你為什麼要自殺呢？”李贽又寫道：“七十老翁何所求！”三月十六日夜子時，李贽在獄中與世長辭。
其他典故
涉及李贽的其他典故，還有互相推诿、舉火求賢等等。
史料記載
李贽在《明史》無傳，僅在《明史·卷二百二十一·列傳第一百零九·耿定向》中簡短地帶了一下。
藝術形象
《李贽傳》，時事出版社，2000年。
許蘇民，《李贽評傳》，南京大學出版社，2006年。
張獻忠，《大家精要：李贽》，雲南教育出版社，2009年。
張建業，《李贽論》，社會科學文獻出版社，2010年。
鄢烈山，《威鳳悲歌：狂人李贽傳》，廣東人民出版社，2012年。
人際關系
六世祖林驽是泉州巨商，從事遠洋貿易，乘船往來于泉州與忽魯模斯（今伊朗的阿巴斯港）之間，并娶當地女子為妻。
三世祖因反對封建禮教，得罪林姓禦史，被扣上“謀反”罪名，為避禍改姓李。
李贽幼年喪母，父親李鐘秀以教書為業。
李贽的妻子是黃氏，生有4子3女，除大女兒外，其他都不幸夭殇。
曆史評價
李廷機《祭李卓吾文》：“心胸廓八肱，識見洞千古。孑然置一身于太虛中，不染一塵，不礙一物，清淨無欲，先生有焉。蓋吾鄉士大夫未有如先生者，即海内如先生者亦少矣”。
池方顯《谒李卓吾墓》：“半生交宇内，緣乃在玄州。閩楚竟難得，佛儒俱不留。世人同喜怒，大道任恩仇。我亦尋知己，依依今未休。”
汪本钶《續藏書》序：“先生一生無書不讀。”
袁中道《李溫陵傳》：“……骨堅金石，氣薄雲天；言有觸而必吐，意無往而不伸。排拓勝己，跌宕王公，孔文舉調魏武若稚子，嵇叔夜視锺會如奴隸。鳥巢可複，不改其鳳咮；鸾翮可铩，不馴其龍性。斯所由焚芝鋤蕙，銜刀若盧者也。嗟乎！才太高，氣太豪……”
馮元仲《吊李卓吾先生墓詩》：“手辟洪蒙破混茫，浪翻古今是非場。通身是膽通身識，死後名多道益彰。”
吳虞《李卓吾别傳》：“張問達、王雅量能焚毀卓吾之書于一時，誣陷卓吾之身于一日……卓吾書盛行，咳唾間非卓吾不歡，幾案間非卓吾不适，朝廷雖焚毀之，而士大夫則相與重锓，且流傳于日本。”
顧憲成《束高景逸書》：“李卓吾大抵是人之非，非人之是，又以成敗為是非而已。學術到此，真是塗炭，惟有仰屋竊歎而已！如何如何！”
金聖歎《讀第五才子書法》：“近世不知何人，不曉此意，卻節出李逵事來，另作一冊，題曰“壽張文集”，可謂咬人屎撅，不是好狗。”而李卓吾評點的容與堂百回本《水浒傳》卷首有“和尚讀《水浒傳》……特為手訂《壽張縣令黑旋風集》”一句，“和尚”顯然是指李贽，因此金聖歎所說“咬人屎撅的壞狗”完全就是對李贽的攻擊。
《四庫全書目錄提要》：“贽非聖無法，敢為異論。雖以妖言逮治，懼而自到，而焦竑等盛相推重，頗榮衆聽，遂使鄉塾陋儒，翕然尊信，至今為人心風俗之害。故其人可誅，其書可毀，而仍存其目，以明正其名教之罪人，誣民之邪說。”
《四庫全書總目·别史類存目》：“贽書皆狂悖乖謬，非聖無法，惟此書抨擊孔子，另立褒貶，凡千古相傳之善惡，無不颠倒易位，尤以罪不容誅者。其書可毀，其名亦不足以污簡牍，特以贽大言欺世，至今鄉曲陋儒，震其虛名，如置之不論恐贻害人心，故特存其目，以深曝其罪。”另外，姚瓒在《近事叢殘》中說：（李贽）“好為驚世駭俗之論、務反宋儒道學之說。……懦釋從之者幾千萬人。其學以解脫直截為宗，少年高曠豪舉之士，多樂慕之。後學如狂，不但儒教潰防，即釋宗繩檢，亦多所清棄。”
沈鐵《李卓吾傳》說：“載贽再往白門（南京），而焦竑以翰林家居，尋訪舊盟，南都士更靡然向之。登壇說法，傾動大江南北。北通州馬經綸以禦史谪籍，延載贽抵舍，焚香執弟子禮、而燕冀人士望風禮拜尤盛。”
李敖在《李敖快意恩仇錄》裡寫道：“人物中我偏好‘性格巨星’式，像東方朔、像李贽、像金聖歎、像汪中、像狄阿傑尼斯（Diogenes）、像伏爾泰、像斯威夫特（Swift）、像蕭伯納、像巴頓将軍（Gen.GeorgePatton），我喜歡他們的鋒利和那股表現鋒利的激情。”
黃仁宇在《萬曆十五年》的最後一章專論李贽說：“李贽的悲劇不僅屬于個人，也屬于他所生活的時代。傳統的政治已經凝固，類似宗教改革或者文藝複興的新生命無法在這樣的環境中孕育。社會環境把個人理智上的自由壓縮在極小的限度之内，人的廉潔和誠信，也隻能長為灌木，不能形成叢林。”
後世紀念
人物墓葬
李贽墓在北京市通州區西海子公園。李贽去世後，馬經綸遵其遺囑，将其安葬于通州城北的馬廠村。1610年，汪可受曾立《卓吾老子墓碑》；1612年，馬經綸之子馬健順協助詹轸光立有《李卓吾先生墓碑》。均先後被毀。年，得以遷至西海子公園内，方得安甯。
李贽生前遺言：“倘一旦死，急擇城外高阜，向南開作一坑，長一丈，闊五尺，深至六尺即止。既如是深，如是闊，如是長矣，然複就中複掘二尺五寸深土，長不過六尺有半，闊不過二尺五寸，以安予魄……未入坑時，且閣我魄于闆上，用餘在身衣服即止，不可換新衣等，使我體魄不安……即安了體魄，上加二三十根椽子橫閣其上……使可望而知其為卓吾子之魄也。周圍栽以樹木，墓前立一石碑，題曰：“李卓吾先生之墓。”
墓前立其好友焦闳書“李卓吾先生墓”碑，碑陰有詹轸光于萬曆四十年（1612年）書《李卓吾碑記》和《吊李卓吾先生墓二首》。其西有通州區人民政府所立《重移李卓吾墓記》碑。兩碑前有周揚題“一代宗師”碑。
人物故居
李贽故居位于泉州鯉城區南門萬壽路，是明代傑出思想家李贽青少年時代居住的地方，後人将其居室改為宗祠。加以修葺，室内懸挂李贽畫像，以供瞻仰。在泉州故居内有一座李贽銅像。
此外，李贽的講學地也成為其紀念場所，在河南省商城縣的黃柏山國家森林公園内有李贽曾經講學過的花潭書院——李贽書院。
在湖北麻城東北的龍潭湖上有一寺院，叫芝佛院，倚山臨水，青樹紅閣。明萬曆年間，許多學者慕名前往膜拜，他們拜的不是寺中大佛，而是寺裡”坐聖門第二席”的“異端之尤”——李贽。
研究會
李贽與東亞文化國際學術研讨會，共同探讨著名泉州籍明代思想家李贽在東亞文化中的貢獻、地位和影響。
人物争議
家庭出身
李贽的家世問題，建國後逐漸引起學界關注。起初，學者多認為李贽出身于海商世家，并強調先世長期航海通商對李贽本人思想的影響。但林海權等人則對李贽的先世提出了不同的說法，并認為李贽的直系長輩主要是農民、塾師、城市小商等，從而李贽也就并非出身于海商家庭。盡管如此，至遲到20世紀80年代後半期，“海商說”仍比較盛行。
民族屬性
李贽的民族屬性，有漢族、回族兩種說法。這一問題因為與李贽思想的形成密切相關，故受到學界重視。
回族說在20世紀50、60年代已由白壽彜主張，後逐漸完善。其證據有：林驽信仰伊斯蘭教并迎取色目女子，且依據《鳳池林李宗譜》、《榮山李氏族譜》、惠安《郭氏族譜》等材料，可認為此種信仰甚至通婚延續數輩；因此，盡管李贽的遠祖是漢族人，但從二世祖起經過六世的演變，該家族已經“回族化”。至于李贽本人，盡管無确鑿證據證明其信仰伊斯蘭教，或可看出已不信仰伊斯蘭教，但其生活習性和臨終所囑葬式，也反映出他本人仍是回族人等等。
20世紀70年代末，陳泗東等人闡述漢族說，對“回族說”提出了質疑，推動了學界的讨論。該說認為：盡管林驽信仰伊斯蘭教、娶過色目女子，但該色目女子能否被認定為回族、是否有生育都并不确定，且《鳳池林李宗譜》的相關表述說的是林驽生前的狀況，沒有确切證據證明林驽的子孫後代在他死後世代與色目人通婚，這種情況下僅憑一次通婚不足以改變該家族的民族屬性；《郭氏族譜》關于李贽“父祖皆回”的記載，即使可靠，也帶有模糊性，即“回”可能是指信仰伊斯蘭教而非在民族屬性上屬于回族；從李贽父祖的血統和李贽本人的文化特征看，李贽仍應屬于漢族。
進入21世紀，漢族說與回族說仍然并存。相關出版物，也有不對族屬做專門表述或明确表述為回族等的不同做法。較之20世紀80年代，學界對李贽的族屬的讨論熱度降低，且涉及族屬的文章也更多地回歸李贽的思想本身。
