人物生平
早年經曆
司馬睿于鹹甯二年（276年）生于洛陽，祖父琅琊王司馬伷是司馬懿的庶子，魏帝曹芳正始年間，始受封為南安亭侯。嘉平元年（249年），司馬懿發動高平陵政變，從而控制了曹魏政府的實權。之後，司馬懿分别派諸子出任境内幾個重要地區的都督。司馬伷以甯朔将軍之職坐鎮邺城。邺城是曹操封魏王時的都城，曹魏王公的聚居之地，素為屯兵屯糧的重鎮。司馬伷被委鎮此地，反映了司馬懿對他的重視。
西晉開國後，司馬伷又曆任尚書右仆射、撫軍将軍、鎮東大将軍、假節、都督徐州諸軍事等職，初封東莞郡王，後改封琅琊王。平吳之役，司馬伷率軍出塗中，立有大功，遂進拜侍中、大将軍、開府儀同三司、并督青州諸軍事等職。司馬睿父司馬觐為司馬伷長子，初拜冗從仆射，後襲爵琅琊王。平生碌碌，地位顯赫。
太熙元年（290年），司馬觐去世，年僅十五歲的司馬睿依例襲琅琊王爵。同年四月，晉武帝司馬炎去世。繼立的司馬衷魯愚遲鈍，無力駕馭政局。在動蕩險惡的政治環境中，處于帝室疏族地位的司馬睿無兵無權，為避殺身之禍，他采取恭儉退讓的方針，盡量避免卷入鬥争的旋渦。但在當時也獲得名士嵇康之子、侍中嵇紹的高度評價。在洛陽，司馬睿交結密切的朋友隻有王導。王導，字茂弘，出身于北方頭等士族的琅琊王氏，公認的名士領袖王衍是其族兄。王氏家園所在的琅琊國，是司馬睿的封國。司馬睿的琅琊國在西晉算是大國，并與司馬越的東海國相鄰。
留守下邳
永興元年（304年）七月，“八王之亂”進入高潮。東海王司馬越挾持晉惠帝司馬衷親征邺城。當時，坐鎮邺城的将軍是皇太弟成都王司馬穎（前不久，司馬穎擊殺了執政的長沙王司馬乂，強迫惠帝封他為皇位繼承人）。在取得了都督中外諸軍事、丞相等職務之後，司馬穎将皇帝的乘輿服禦盡數劫入老巢，并以邺城遙制洛陽。司馬穎的橫暴和專權，引起了另外一些實力派人物的不滿。尚書令司馬越乘機以惠帝的名義發布檄書，征召四方軍隊讨伐司馬穎。時任左将軍的司馬睿奉命參加了讨邺戰争，年二十九歲。兩軍在蕩陰（今河南湯陰）展開激戰。結果司馬越兵敗，遁回封國東海。惠帝及随軍大臣被司馬穎劫掠入邺，司馬睿也在其中。不久司馬睿的叔父東安王司馬繇因得罪司馬穎而遭殺害。司馬睿害怕禍事殃及自己，潛逃出邺。在出奔洛陽的途中，他行至黃河岸邊曾被津吏捕獲，險遭不幸。司馬睿到達洛陽，馬上将家眷接出赴往琅琊（治今山東膠南縣）去了。
永興二年（305年），東海王司馬越起兵下邳，準備西迎晉惠帝時，起用琅琊王司馬睿為平東（後遷安東）将軍兼徐州諸軍事，留守下邳，看管後方。司馬睿受命後，請王衍從弟、參東海王越軍事的王導為司馬，委以重任。
移鎮建業
永嘉元年（307年）九月，司馬睿偕王導渡江至建邺。晉室政治中心，自此逐漸南移江東。永嘉南渡後，王導始終居機樞之地，王敦則總征讨于上遊，王氏家族近屬居内外之任，布列顯要者人數甚多。以王導、王敦為代表所構成的王氏家族勢力在當時是非常牢固的，這使“王與馬共天下”的局面在江左維持了二十餘年，直到庾氏家族興起，抑制王氏并淩駕于王氏為止。
建興四年（316年），劉曜圍長安，12月11日，晉愍帝無奈出降，西晉亡。
建興五年（317年）4月6日，司馬睿承制改元，即晉王位（尚未稱帝），改元建武，史稱東晉。他廣辟掾屬以為輔佐，有“百六掾”之稱。農曆六月，孤懸在北方的晉地方長官劉琨、段匹磾、劉翰等一百八十人上書勸進。
登基稱帝
建武二年（318年）4月23日，晉愍帝死于漢國的訃告傳到江東，司馬睿才于4月26日即皇帝位（“上尊号”），改元太興。東晉據長江中下遊以及淮河、珠江流域地區。
司馬睿即位後，因為在皇族中聲望不夠，勢單力薄，所以得不到南北士族的支持，皇位不穩。但是，他重用了王導。王導運用策略，使南方士族支持司馬睿，使北方南遷的士族也決意擁護司馬睿，穩定了東晉政權，維持了偏安局面。司馬睿十分感激王導，任他為宰相，執掌朝政。時人謂之“王與馬，共天下”。
大權旁落
司馬睿完全信任王導，叫他“仲父”，把他比作自己的“蕭何”。王導也經常勸谏司馬睿克己勤儉，優待南方士民，與人為善。司馬睿和王導在草創期上演了一場君臣相敬相愛的佳話。琅琊王家也達到了權勢的高峰，除了王導擔任丞相，王敦控制着長江中遊，兵強馬壯；四分之三的朝野官員是王家人的或者與王家相關的人。另外，王家在南朝時期出了八位皇後。
大權旁落引起司馬睿極大的不滿，他引用劉隗、刁協、戴淵等為心腹，試圖壓制王氏權勢。
永昌元年（322年），素有野心的王敦以誅劉隗為名，在武昌起兵，直撲石頭城（即建康）。王導為保全王氏家族利益，暗助王敦。王敦攻入建康，殺戴淵等，劉隗投奔石勒。司馬睿一敗塗地，無奈之下，司馬睿“脫戎衣，著朝服”，對王敦說：“你如果想當皇帝，早和我說啊，我把皇位讓給你，還當我的琅琊王去。何苦讓百姓跟着受苦呢？”司馬睿近似哀求的話，并沒有撫平王敦的野心。不久，王敦便自己為自己加官進爵，自封為丞相、都督中外諸軍、錄尚書事。司馬睿征讨王敦時，曾下令“有殺敦者，封五千戶侯”，而王敦卻把自己“封武昌郡公，邑萬戶”，無疑又将司馬睿嘲弄了一番。司馬睿皇帝徒具虛名而已，朝中任何事情都由王敦做主。王敦看到太子司馬紹有勇有謀，便想以不孝而廢之，後因百官皆不從而作罷。四月，王敦還師武昌，遙控朝政。此後，王敦更加猖狂，以至于司馬睿和他的朝廷成了擺設。
憂憤去世
司馬睿見無法動搖王氏的權勢，自己名為天子，号令卻不出宮門，漸漸憂憤成病，卧床不起。他想到大臣中隻有司徒荀組對自己比較忠順，就任命他為太尉兼領太子太保，打算讓他參與朝政，鉗制王導。不料司徒荀組受任不久就病死，司馬睿更加憂傷，病勢加重。
永昌元年閏十一月初十日（323年1月3日），晉元帝憂憤病逝。終年47歲，在位6年。谥号元皇帝，廟号中宗，葬于建平陵（江蘇江甯）。遺诏由太子司馬紹繼位。
主要影響
晉元帝是中國封建皇朝中最少權威的一位開國之君。他之所以能夠稱帝于江南一隅，不是憑借他本人的權威或者實力，而是因為他出身的西晉皇室在當時已成為漢族政權的象征。隻有在這一旗号之下，北方的大族才能在江南立足，南方的大族才能抗衡來自北方的各種勢力。在擁立司馬睿的大族中，琅邪王氏的勢力最強，影響最大，在司馬睿建立東晉朝的過程中，他的所有政治活動和各項政策都與王氏家族的關系極大。後來司馬睿試圖擺脫扶植者對他的控制，但是由于雙方力量對比懸殊，這種努力不但沒有成功，還終于引發了王敦之亂，導緻他的受辱身亡。
曆史評價
司馬邺：“今左右丞相茂德齊聖，國之昵屬，當恃二公，掃除鲸鲵，奉迎梓宮，克複中興。”
王導：“琅邪王仁德雖厚，而名論猶輕。”
曹毗：“運屯百六，天羅解貫。元皇勃興，網籠江漢。仰齊七政，俯平禍亂。化若風行，澤猶雨散。淪光更耀，金輝複煥。德冠千載，蔚有餘粲。”
蔡東藩：“元帝實一庸主，毫無遠略，始則縱容王敦，使據長江上下遊，繼則信任刁協劉隗，疑忌王敦，激之使叛，而外無可恃之将，内無可倚之相，孤注一擲，坐緻神京失守，受制賊臣，刁協死，劉隗遁，周顗戴淵，又複被戮，其不為敦所篡弑者，亦幾希矣。”
人際關系
家世
曾祖父：晉宣帝司馬懿
曾祖母：伏夫人
祖父：琅琊武王司馬伷
父親：琅琊恭王司馬觐
母親：琅琊王妃夏侯光姬（司馬睿繼承琅琊王之時封王太妃）
叔父：武陵王司馬澹、東安王司馬繇、淮陵王司馬漼
後妃
虞孟母，元配，琅琊王妃，追封元敬皇後。
荀氏，鮮卑人，王府宮人，晉明帝母，譴出改嫁馬某。明帝時，封建安君。成帝時，追贈豫章君。
鄭阿春，夫人，晉簡文帝母。明帝時，稱建平園夫人，追号會稽太妃。晉孝武帝時，追封簡文宣太後。
石婕妤
王才人
子女
兒子
司馬紹，長子，元帝太子、晉明帝，母荀宮人
司馬裒，次子，琅琊孝王，母荀宮人
司馬沖，三子，東海哀王，母石婕妤
司馬晞，四子，武陵威王，母王才人
司馬煥，五子，琅琊悼王，母鄭阿春
司馬昱，六子，琅琊王、會稽王、晉簡文帝，母鄭阿春
女兒
尋陽公主，骠騎将軍荀羨妻，母鄭阿春
轶事典故
曹魏時期，有一本流傳很廣的谶書叫《玄石圖》，上面記有“牛繼馬後”的預言，司馬懿又請星象家管辂占蔔子孫運勢，管辂占蔔的結果與《玄石圖》不差毫厘。司馬懿不解何意。後來他位居太傅之職，權傾天下。他手下有個将領叫牛金的，為他出生入死，立下殊勳。司馬懿忽有所觸，想起“牛繼馬後”的預言，心裡十分忌諱，怕牛金将來會對子孫不利，就派人請他赴宴，酒中下毒，牛金為人坦蕩，沒有提防之心，“飲之即斃”，就這樣稀裡糊塗地送了命。
司馬懿自此以為，牛金已死，子孫便可高枕無憂坐享福貴了，殊不知世事難以預料。司馬懿的孫子司馬觐襲封琅琊王後，其妻夏侯氏被封為妃子。夏侯氏人很風流，沒多久就與王府也叫牛金的一個小吏勾搭成奸，後生下了司馬睿。
此即史書所言，司馬睿并非皇族血脈，而是琅琊王府小吏牛金的兒子。隻是因為有“牛繼馬後”的傳言，導緻了戰将牛金被冤殺。後人遂戲谑地稱司馬睿為牛睿，比如明朝思想家李贽，就直稱東晉為“南朝晉牛氏”，而不稱司馬氏。
