哥倫布前時代
巴拉圭原為印地安人瓜拉尼族（Guarani）定居之地，他們在此居住了将近1000多年。
1525年由葡萄牙人阿雷荷·加西亞（Alejo Garcia）發現，1537年西班牙殖民團體首建亞松森市。5年後天主教耶稣會傳教士也前往該地傳教并教授當地人農牧及手工藝。1767年西班牙殖民者把耶稣會教士驅逐。18世紀，巴拉圭地區是南美洲最大的人口集中地區。
獨裁統治戰争
1811年5月15日時巴拉圭脫離西班牙獨立，由何塞·加斯帕爾·羅德裡格斯·德·弗朗西亞遂行獨裁統治。羅德裡格斯是在巴拉圭曆史上最偉大的人物之一。他從1814年開始統治，直到1840年去世，弗朗西亞的成功幾乎是憑借一己之力而建設一個強大，繁榮，安全，獨立的國家。1840年法學教授洛佩斯（Carlos Antonio Lopez）繼任後，始采較開放之政策，從事農工商業各項建設。1844年巴拉圭再設議會，已初具獨立國家規模。
洛佩斯之子小洛佩斯（Francisco Solano Lopez）于1862年繼掌政權，醉心軍國主義。小洛佩斯具備敗家子的全部特征。他曾作為特使訪問歐洲，感受到了英國和法國的強盛，而巴拉圭又是如此渺小，容納不下他這個“南美的拿破侖”。夢想和現實的落差讓年輕的總統變得狂躁，長期懸而未決的邊境問題更方便了他發洩怒火。
1865年至1870年間，巴拉圭發動了拉丁美洲史上最慘烈的戰争——巴拉圭戰争，在5年之間，巴拉圭因為與阿根廷、巴西和烏拉圭三國所合組的聯盟對抗作戰，折損了全國約2/3的成年男子人口與諸多領土，也造成該國在戰後半世紀經濟停滞。
派系競争
早在1869年，藍黨和科羅拉多（紅黨）的首次出現預示着自由派和科羅拉多之間的政治競争。從19世紀80年代後期到自由派推翻，巴拉圭政治生活以共和黨全國協會-紅黨為主。1904年，自由黨開始掌權，這個标志着支持科羅拉多的巴西的勢力下降，而阿根廷的影響力上升。
1932年至1935年年的大廈谷戰争中，巴拉圭戰勝玻利維亞，從玻國取得大片格蘭查科地區。翌年巴玻戰争之統帥埃斯蒂加裡維亞出任總統，旋于1940年8月重頒憲法，分區治理，政治漸上軌道。
現代選舉形式
1947年巴國發生為期六個月之内戰後由紅黨執政。1954年，屬紅黨的斯特羅斯納将軍發動政變，同年9月當選總統，嗣獲一再連任迄1989年2月，始為羅德裡格斯将軍發動軍事政變推翻。從此開始實行民主制度選舉總統。
