背景設定
世界觀
《寶可夢綠寶石》的故事設定在與前作關都地區和城都地區有一定距離的豐緣地區，其設計基于日本的九州島和九州地方，然而相比其原型旋轉了90°，因為增田順一感到此舉會帶來更好的遊戲平衡。豐緣地區包含了九座城市、六座城鎮和多個景點，彼此之間以道路互相連接。增田順一聲明地名來自漢字“豊縁”，意為豐緣地區是個有“豐富緣分”的場所，表示人與寶可夢關系的主題。
遊戲劇情
因父親在豐緣地區任職道館館主而從城都地區搬來的主角，在未白鎮與小田卷博士的孩子一同踏上了旅行。冒險途中，主角遇到了想要擴大陸地的熔岩隊和想要擴大海洋的海洋隊。熔岩隊老大赤焰松用朱紅色寶珠釋放了固拉多，但卻未能成功控制。為了控制固拉多并滿足自己擴大陸地的野心，熔岩隊嘗試搶奪綠嶺宇宙中心的火箭燃料，并利用它們讓煙囪山噴發。然而一波未平，一波又起。在主角和大吾一同成功控制了綠嶺宇宙中心的局面後，海洋隊老大水梧桐在海底洞窟用靛藍色寶珠喚醒了蓋歐卡。固拉多和蓋歐卡的争鬥引起了豐緣地區東部海洋天氣陷入異常，時而烈焰當空，時而狂風暴雨。為了平息固拉多和蓋歐卡的争鬥，主角需要前往天空之柱喚醒烈空坐并尋求它的幫助。主角力挽狂瀾、平息超古代寶可夢所帶來的災難後，将到達彩幽市的寶可夢聯盟，挑戰四天王和冠軍。
角色設定
玩家角色
遊戲開始時，玩家能夠選擇主角的性别。玩家選擇的主角為男性時會以“小悠”開始遊戲，選擇女性時會以“小遙”開始遊戲。
小悠和小遙
主要角色
初始寶可夢
主角最初的夥伴會從草屬性的木守宮、火屬性的火稚雞和水屬性的水躍魚這3隻寶可夢中選擇。其中草屬性克制水屬性、水屬性克制火屬性、火屬性克制草屬性。
物品道具
裝備
- 寶可夢圖鑒：當玩家救下小田卷博士後，對方将送給玩家一個名為“寶可夢圖鑒”的方便道具，玩家可以通過它看到冒險途中發現或捕捉到的寶可夢的模樣和特征、栖息地等信息。寶可夢導航器：簡稱“寶可領航員”，能夠為玩家的冒險提供大量幫助。玩家在紅藍寶石版中能夠通過它查看豐緣地區的地圖、确認旅途中遇到的寶可夢訓練家的信息、進行寶可夢華麗大賽的寶可夢條件檢查等内容。而在綠寶石版中，寶可夢導航器加入了呼叫功能，在導航器上登錄過的人物都可以進行遠距離呼叫。呼叫功能可以用于聯絡與再戰。它還記錄了訓練家的近況和冒險的提示。音速自行車：重視速度的自行車。一旦加速，玩家便可走沖上斜坡。 越野自行車：重視技術的自行車。運用技術，玩家可以跳過獨木橋或有高低差的踏石。
消耗品
- 精靈球：當玩家在冒險的途中遇到野生的寶可夢時，玩家可以使用精靈球來捕捉寶可夢并完成圖鑒。寶可方塊：以2～4個樹果為材料制作的寶可夢糖果。依選擇的樹果的顔色和種類，寶可方塊的種類會随之改變。通過将它喂給寶可夢，可提升寶可夢對應的狀态。
場景地圖
故事背景設置在以日本九州為原型的豐緣地區
遊戲機制
對戰系統
雙打對戰
雙打對戰是對戰雙方的寶可夢訓練家各自派出2隻寶可夢進行的對戰。某些招式可以同時影響敵人的兩隻寶可夢。借助通信數據線，玩家可以與其他玩家進行4人參加的雙打對戰。與單打對戰不同，玩家在雙打對戰中更需要考慮好戰鬥策略。
在紅藍寶石版中，進行雙打對戰的訓練家是并排站立的。在綠寶石版中，在不同位置站立的兩個訓練家如果同時發現主角，同樣會開始雙打對戰。其中不乏躲在暗處的訓練家。
戰鬥動畫
在遊戲中，當寶可夢從草叢中出現和飛出寶可夢球的時候，它們會有表情豐富的動作。每個寶可夢的動作都不同，有的寶可夢會發出強而有力的呐喊，有的會心情舒暢地振翅。
華麗大賽
寶可夢華麗大賽考察“帥氣”“美麗”等與寶可夢對戰無關的寶可夢的華麗大賽狀态。玩家需要盡可能的展示出自己的寶可夢的魅力。大賽分為兩次審查，第1次的審查會讓觀衆參考寶可夢的華麗大賽狀态來評分，第2次的審查則考察寶可夢的技能。如果獲得優勝，玩家将可以進入更高級别的比賽。
遊戲評測
盡管《寶可夢綠寶石》的大部分内容來源于《寶可夢紅寶石·藍寶石》，但它還是足夠有趣，遊玩它仍然是一段愉快的RPG體驗。與原版相比，《寶可夢綠寶石》提高了遊戲的畫面質量，使得遊戲成熟了不少，遊戲的各種城鎮音樂和對戰音樂仍然引人入勝。如果玩家已經遊玩過原版，那麼他們會發現《寶可夢綠寶石》雖然隻是做了一些細微的改動，卻依然能精準地抓住玩家的心。不過，遊戲的建模還是略顯過時。（GameSpot 評）
總而言之，如果玩家等待了很久才決定遊玩《寶可夢》系列第三世代的遊戲，那麼《寶可夢綠寶石》無疑是最佳的選擇。但如果玩家對《寶可夢紅寶石·藍寶石》沒有興趣，那麼綠寶石也可能不适合進行遊玩。雖然遊戲的劇情會讓玩家覺得是重新遊玩了原版，但它新增的對戰開拓區是個非常有趣的内容，玩家可以體驗到真正的4對4對戰。（Nintendo World Report 評）
