人物經曆
1962年7月17日，出生于遼甯省新金縣（今普蘭店市）。
1980年9月，進入東北師範大學物理系學習。
1984年7月，從東北師範大學畢業，獲得理學學士學位；9月，成為東北師範大學物理系研究生，師從吳兆顔教授，從事量子力學和數學物理的研究。
1987年7月，碩士畢業，獲得理學碩士學位并留校任教。
1988年7月，晉升為東北師範大學物理系講師。
1989年，被東北師範大學推薦到南開大學在職攻讀博士學位，後成為葛墨林教授和楊振甯先生聯合培養的博士研究生。
1990年7月，破格晉升為東北師範大學副教授。
1992年7月，從南開大學數學研究所畢業，獲理學博士學位。12月，破格晉升為東北師範大學教授。
1992年——1994年，在美國紐約州立大學石溪分校從事訪問研究。
1994年，兼任吉林大學博士生導師。
1996年，調任中國科學院理論物理所研究員。
2007年，任中國科學院理論物理所二級研究員。
2009年11月，當選為中國科學院院士。
2011年11月，被選為發展中國家科學院院士。
2012年7月，任中國工程物理研究院北京計算科學研究中心教授。
2015年5月，任中國工程物理研究院研究生院院長。
主要成就
科研成就
科研綜述
孫昌璞主要從事量子物理、數學物理和量子信息理論的研究。提出了q變形玻色子概念，由此構造楊-Baxter方程新型解，給出其微觀解釋，并應用到量子信息存儲。建立了退相幹的因子化模型，發現了量子臨界環境的動力學敏感性及其對誘導退相幹的增強效應。研究了納米機械冷卻和基于超導量子電路的量子信息處理，提出了固體系統實現量子态傳輸的理論方案。建立了量子絕熱過程的非絕熱修正理論，指出了誘導規範場可觀測效應和它分離手征分子的方案。
量子研究
孫昌璞的關于q-變形玻色子的工作，單篇引用達300餘次，獲美國ISI“經典引文獎”。該論文入選美國斯坦福大學圖書館 《Papers most cited in mathematical physics articles》。美國《科學》1995年專刊介紹中國科學發展，提及了孫昌璞的這個工作。十幾年後，孫昌璞建立了這種變形玻色子和多粒子集體激發的聯系，并進一步應用到量子信息存儲。
孫昌璞在80年代末發展了量子絕熱近似方法的非絕熱修正理論。在這方面，孫昌璞還指出了誘導規範場存在可觀測效應。由于近來磁約束冷原子實驗的發展，十幾年後，人們開始關注這個理論觀念，孫昌璞等人進而提出了類似斯特恩-蓋拉赫實驗可能分離手征分子的理論方案，受到專門評論，認為對實驗提出了新任務。
孫昌璞發現，作為量子開系統，環境出現量子相變時，與它耦合的系統的退相幹會被顯著增強。這種環境誘導的量子退相幹效應和量子相變環境的動力學敏感性，在2008年和2009年已被德國、加拿大實驗組分别證實。他們觀測到了臨界點上量子态不重疊的現象。
孫昌璞在2005年有關熱振子與電荷量子比特耦合的緻冷機制的理論探讨，與德國冷卻LC介觀電路的實驗原理一緻。他還與日本理化所小組合作發現，反演對稱性破壞的約瑟夫森結系統，會發生自然原子電偶極選擇定則所禁戒的躍遷，從而形成循環結構的三能級人工原子。它在絕熱操作下，對總體相位敏感。2008年日本和德國聯合實驗證實了這種人工原子的存在。
科研項目
孫昌璞作為課題負責人，先後承擔了中國科學院“國家知識創新工程”、《國家重點基礎研究發展計劃（973計劃）》以及國家自然科學基金理論物理重大前沿交叉領域等重要項目。
學術論著
截至2018年5月，孫昌璞發表學術論文300餘篇，被引用10000餘次，h因子53。
科研成果獎勵
截至2019年5月，孫昌璞獲得多個國家級科技成果獎。
人才培養
孫昌璞注重青年人才的培養。截至2010年7月，他指導的研究生有6人獲“中科院優秀博士論文”，2人獲全國“百篇優秀博士論文”，1人獲2006年中科院院長特别獎和美國Los Alamos國家實驗室的Director Fellowship。
教學授課
2018年，孫昌璞為北京師範大學物理學科開設研究生專業課《高等量子力學》。
榮譽表彰
截至2018年5月，孫昌璞獲得過美國ISI“經典引文獎”，寶鋼教育基金會優秀教師特等獎以及吉林省特等勞動模範等榮譽稱号，10次被評為中國科學院“優秀研究生指導教師”和“優秀導師”。
1995年，孫昌璞被評為全國先進工作者。
2019年，孫昌璞被授予南開大學“傑出校友”榮譽稱号。
社會任職
截至2010年7月，孫昌璞擔任過中國物理學會理事、《中國科學》、《量子光學學報》、北京大學出版社《現代物理叢書》和《COMUNICATIONS IN THEORETICAL PHYSICS》《Light: Science & Applications》的編委，英國《Journal of Physics A 》、美國《Advances in Mathematical Physics 》和幾個國家部委重點實驗室的學術委員，兼任清華大學和吉林大學等學校的兼職教授、南開大學的特聘講座教授以及日本理化學研究所傑出訪問教授。
人物評價
孫昌璞思想活躍，基礎理論紮實，勇于創新，具有嚴謹踏實的學風，善于團結同志共同提高，在同行享有廣泛的聲譽。（南開大學物理科學學院評）
孫昌璞積極探索國家需求牽引的基礎研究模式創新，并在中物院研新型究生院創建中進行實踐。（北京計算科學研究中心評）
孫昌璞有不少工作得到國際認可，如q-變形玻色子工作是國際上本領域開創性工作之一。（量子信息與量子科技前沿協同創新中心評）
