人物生平
自幼失怙
呂留良生于崇祯二年正月二十一日（1629年2月13日），出身封建仕宦家庭，祖上在明朝世代為官。其父呂元學曾任繁昌知縣，主要功績是将繁昌縣的三台山修築完成，後因病辭官，回歸故裡，為人樂善好施。呂元學正妻郭氏，為元學育子3人：大良、茂良、願良。天啟元年（1621）之後，呂元學娶側室楊氏，生第四子瞿良。
崇祯元年（1628）九月，呂元學病逝。4個月之後，即崇祯二年（1629）正月二十一日，側室楊氏在崇德縣登仙坊祖居生下遺腹子呂留良。由于其父早逝，楊氏體弱多病，留良由三兄願良夫婦扶養。三歲，嫂亡，過繼堂伯父鴻胪寺丞元啟為子。
呂留良幼時即“穎悟絕人，讀書三遍辄不忘”，八歲能文，十歲時，三兄願良建澄社于崇德，東南士子千餘人，往來聚會，征選詩文，評議朝政，留良深受影響。崇祯十四年（1641），孫子度建征書社于崇福禅院。時留良十三歲，以詩文入社，大得子度贊賞，并被視為畏友。呂留良博學多藝，有二十四絕技，“凡天文、谶緯、樂律、兵法、星蔔、算術、靈蘭、青烏、丹經、梵志之書，無不洞曉。工書法，逼顔尚書、米海嶽，晚更結密變化。少時能彎五石弧，射辄命中。餘至握槊投壺、彈琴撥阮、摹印斫硯，技藝之事皆精絕。然别有神會，人卒不見其功苦習學也。”
抗清失利
順治元年（1644年）明亡後，三兄呂願良随史可法鎮守揚州，呂留良與侄兒呂宣忠（長留良四歲）于順治二年（1645年）散家财召募義勇，與入浙清軍抗衡。宣忠曾署總兵都督佥事。當時，在其友人董時雨的操持之下，四處連絡，苦心經營。監國魯王加封宣忠為扶義将軍，給與敕印，令其還至太湖，率部抗清。後大戰清兵于瀾溪（太湖下遊，烏鎮附近），兵敗。宣忠遣散所部，入山為僧，後因探父病回家被捕遇害。就義之日留良曾為其送行。國仇家恨，使留良痛心疾首，乃至“幼素有咯血疾，方亮工（呂宣忠）之亡，一嘔數升，幾絕。”後來他把這一時期的詩作結集稱為《萬感集》。由于在抗清戰鬥左股中箭，留下終身創傷。《厲耦耕詩》記載有“箭瘢入骨陰辄痛，舌血濺衣洗更新”的詩句。其弟子嚴鴻逵注謂：“子自言左股曾中箭，遇天雨辄痛。”
順治八年（1651）冬，其兄呂願良在貧病饑寒中死去。由于兒子宣忠已死，呂留良為其操辦後事。順治十一年（1655），陸文霦約請呂留良一起評選八股文時，呂留良欣然應允。于是，他們兩人在吳門集市租了一間房子，從事評點工作。因為他們評選的是從清朝入主中原後順治三年（1646）開始八股取士到順治十一年（1654）共五科的文章，故名《五科程墨》。留良借評選時文以宣揚“華夷之分大于君臣之倫”，其民族氣節對士人學子影響極大。
傾接儒士
順治十六年以後，呂留良結識浙東餘姚著名學者黃宗羲、黃宗炎兄弟和甯波隐士高鬥魁。呂留良嗜硯成癖，曾自言：“予幼嗜硯石，所蓄不下二三十枚。”呂留良的長子葆中稱父親呂留良“摹印斫硯，技藝之事皆精絕”。黃宗羲從其所好，贈予呂留良一方八角硯。呂葆中即于此時從黃宗羲問學。兩年後，二兄茂良以留良外務過多，荒廢學業，強留于崇德西門内祖居友芳園之梅花閣，教子侄輩讀書。康熙二年（1663），黃宗羲應聘至梅花閣執教。留良與宗羲、宗炎、吳之振、吳自牧、高旦中等，相聚于園内水生草堂，詩文唱和。又與之振、自牧共選編《宋詩鈔》九十四卷。留良為所選八十餘位宋代詩人撰寫小傳。
康熙五年（1665），浙江學使至嘉興考核生員，留良拒不應試，被革除諸生。此舉震驚社會，而留良怡然自得。從此歸隐崇德城郊南陽村東莊（在今桐鄉縣留良鄉），自開天蓋樓刻局，繼續選刻時文出售，并提囊行醫，以自隐晦。其時詩朋文友大半散去，獨與張履祥、何商隐、張佩蔥，專攻程朱理學，創立南陽講學堂，設館授徒。身益隐而名益高。八年（1668）迎理學大儒張履祥至東莊講學，“共力發明洛閩之學”。另一方面他又編輯刻印程朱遺書，“以嘉惠學者”。此時他繼續從事時文評選工作。他開“天蓋樓”刻局，自選自刻，自己經營發行，一時之間“天蓋樓”選本風行全國。呂留良通過評選八股文，宣傳他嚴“夷夏之防”和恢複“井田”、“封建”制的政治主張。這也就是《行略》中所說的“其議論無所發洩，一寄之于時文評語，大聲疾呼，不顧世所諱忌。”此時呂留良曾頻頻出遊，寫了相當數量的記遊詩。他約友人同遊南北湖，即景賦詩，許多詩篇都富有強烈的反清意識。這三十多首紀遊詩，成集時題為《真臘凝寒集》。另外呂留良還結交了黃虞稷、周在浚等一批新友，寫了許多唱和詩，全都收在《零星稿》中。呂留良與黃宗羲由于立身旨趣的歧異，後則絕交。
拒仕為僧
呂留良晚年，正值清政府對文人進行軟硬并施、加強專制統治的時期。康熙十七年（1678）清廷開博學鴻詞科，企圖籠絡當時的一批名士。浙江當事首薦呂留良，留良固辭乃始得免，而與他同時代的湯斌則欣然應試，由于缺乏競争，後得中高官。康熙十九年（1680），清廷為了進一步拉攏和軟化明遺民，征聘天下山林隐逸，嘉興郡守複薦留良。呂留良在被逼無奈之下，隻好削發為僧，取法名耐可，字不昧，号何求老人，去吳興埭溪之妙山，築風雨庵，隐居講學，門人弟子亦甚衆。康熙二十一年秋，呂留良與門人子侄三遊南北湖，按出遊日程寫了一組紀遊詩，編成詩集名為《東将詩》。這時大清江山日益穩固，呂留良時刻惦記的抗清複明基本上已成泡影，這愈發增加了他的憤世嫉俗之感。
留良早衰，年四十餘須發灰白齒落過半，且幼有咯血疾，遇有怫郁即發。康熙二十二年（1683），留良重遊杭州，所寫詩篇收入《欬氣集》中。是年八月，因病與世長辭，終年五十五歲。臨終前數日，仍勉力補輯《朱子近思錄》及《知言集》，作《祈死詩》六篇，子侄弟子勸其休息，答道：“一息尚存，不敢不勉。”臨終時勉勵門人“細心努力為學”，告誡後人一定要恪守“孝友大義”。忽然又說：“我此時鼻息間氣，有出無入矣。”門人呼“先生”，留良答曰：“人皆如此！”聲音半澀而字義楚楚。随令衆人退出，作揖“拱别者三四”。于是從容正容，展伸其足，叉手安寝而逝。留良逝後，“遠近之士聞者莫不震悼失圖，以為斯道之不幸”。八月十七日，何商隐來吊，泣道：“二十載交情畢矣。傷心！傷心！”陳執齋、陸稼書為文祭奠，黃宗炎作詩哭之，查慎行亦有《挽呂晚村徵君》詩。十一月二十九日，留良葬于識村祖茔（在今晚村鄉識村東長闆橋之西）。
夫人姓範，有子七人：公忠（葆中）、主忠、寶忠、誨忠、補忠、納忠、止忠（毅中）。
禍及後人
呂留良去世後，其弟子及曾靜等人崇奉留良其說、為其廣播，後曾靜策動川陝總督嶽鐘琪反叛，被告發下獄，牽連呂的兩個學生。呂亦被剖棺戮屍，著作則被焚毀。
辛亥革命後，冤案昭雪。浙督湯壽潛改西湖彭公祠崇祀三賢，列留良為三賢之一。知縣及地方紳耆，為建新墓，築紀念亭于孔廟後，蔡元培為之書額及聯，立碑以垂不朽。今縣境有留良、晚村兩鄉，用其名号命名，并于崇福鎮築呂園以為紀念。而近代革命家鄒容在扼腕歎息之餘更稱當時寵榮一時的湯斌為“馴靜奴隸”。
主要影響
藏書成就
呂留良藏書頗富，清初，祁氏“澹生堂”藏書散出，争購者頗多。當時黃宗羲在石門講學，他與黃宗羲為争購祁氏圖書而不和，他得書3000餘冊，精本亦多。全祖望《小山堂祁氏遺書記》記其故事甚詳。家有藏書樓為“不遠複堂”、“二妙亭”、“天蓋樓”、“南陽耕釣草堂”、“風雨庵”、“講習堂”等。藏書印有“南陽村莊呂晚村藏書”、“南陽講習堂抄書”、“呂氏藏書”、“恥齋”、“不遠複堂”、“難得幾世好書人”、“禦兒呂氏講習堂經籍圖書”等章。家被抄斬後，藏書和著述亦多被焚毀，四庫開館時，查禁焚毀所有著作。今存《呂用晦文集》《東莊吟稿》。與吳之振合輯有《宋詩抄》等數種。長子呂葆中，字無黨，繼承其藏書，家有藏書樓“觀稼樓”、“玉乳山房”、“吾研齋”、“隻拙齋”等，并有多枚藏書印，如“東萊呂氏明農草堂藏書印”、“南陽講習堂”等。
著述名錄
呂留良為學尊朱辟王，推明儒學本旨，精治《四書》，詳辨夷夏之别，其著述由門人輯為《四書語錄》《四書講義》《呂子評語》等。後人曾編有《呂晚村先生文集》八卷、《東莊詩存》七卷、《續集》四卷；《慚書》一卷；與吳之振，吳自牧合選《宋詩鈔初集》，與張履祥合選《四書朱子語類摘抄》三十八卷；又有《精選八家古文》及後人彙刻其時文評語數種；刻印其遺文墨迹若幹卷。此外，雍正《大義覺迷錄》中引用其日記多條。留良自幼推崇朱熹，為文似朱熹，翻瀾不已，善于說理；詩學楊萬裡、陳師道，深情苦語，令人感怆。近人鄧之誠說：“以詩文論，誠宗羲勁敵，唯史學不如。”
後世紀念
呂晚村紀念亭
呂晚村紀念亭坐落在浙江省桐鄉市崇福鎮中山公園的呂園内。此亭是專門為紀念崇福曆史上一位非常有名的人物呂留良于1988年重建的。呂晚村紀念亭靜靜地伫立在呂園中央的綠樹叢中，仿佛在向遊人默默講述270多年前發生在這裡的一個悲壯慘烈的故事。現代的呂晚村紀念亭是清一色水泥鋼筋構造的一座仿古亭，坐南朝北，占地約12平方米，呈正方布局，一級踏步上下，四邊臨風，地面鋪大方磚，亭身用4根24厘米方柱和4根檐梁構架，穹頂為上小下大稻桶式，四坡落水，十字亭脊，亭角彎翹，亭尖做成圓杵狀，全亭不加任何雕飾，給人以一種質樸端實、莊嚴肅穆的感覺。亭子正中基座上，豎有高約兩米、寬70厘米、厚20厘米的紀念石碑，碑的正面刻“先賢呂晚村先生紀念碑”10個大字，由我國教育界先驅蔡元培親筆題寫并撰聯，碑的背面刻有介紹呂氏生平簡要事迹的碑文。朝北亭檐梁條上“呂晚村紀念亭”亭名，出自著名古建築學家陳從周教授之手，正面兩根亭柱上有上海書法家馮骥書寫的一副楹聯（見下）。呂晚村紀念亭的存在，表達了後人對這位中華精英的崇高敬仰和深深懷念之情。而與呂留良同時代的順民湯斌響應滿人的号召，應試做官，如今在湯斌的家鄉河南省睢縣也有滿人為他修建的紀念建築，稱為“賢良祠”。
為民族争存，碎屍無憾；
以文章報國，沒世勿谖。
——蔡元培題浙江省桐鄉市呂留良紀念亭
民族昔淪亡，慘受嚴刑碎白骨；
河山今恢複，洗除奇辱見青天。
——佚名撰、馮骥書浙江省桐鄉市呂留良紀念亭[亭柱楹]
