劇情簡介
明朝中葉，皇帝朱曆（TAE飾）登基後，處處為太後所鉗制，一心想振作朝綱的他微服私訪來到民間，巧遇女扮男裝的“小華佗”何天心（張娜拉飾），兩人一見如故。天心不知道朱曆的身份，在他面前大罵當朝天子昏庸無能，朱曆反被天心的率直所打動。不久，東廠總管太監李保川家中失竊，這一切正是俠盜“黑蝙蝠”張哲三（高昊飾）所為。
自此朱曆與天心、哲三三人結為兄弟，一同對抗包括吏部尚書趙甫高、大太監李保川在内的朝中舊勢力。最終在衆人的幫助下，朱曆戰勝了各股惡勢力，天心也解開了自己的身世之謎。發現了彼此真實身份的天心和朱曆相愛了，但為了繼續為百姓解除病痛，天心選擇了留在民間，有情人雖天各一方卻心心相印。
分集劇情
第1集
天心參加院士考試，卻差點把監考官氣的窒息。眼看監考官就要一命嗚呼，天心當機立斷，折斷毛筆，在衆目睽睽之下，一把将筆管插進監考官的喉頭…天心雖然救了考官，卻因為救人手法太過于驚世駭俗，被轟出了太醫院！首席太醫冷泉下令，天心終生不得再參加太醫院醫士征選！在天心被轟出太醫院的同一時間，朱曆皇帝要六部尚書跟他席地而坐，一起吃燒餅，聊朝事。
于是朱曆為了探查民情，出宮去了！但李保川的寶貝在宮中遭竊，東廠總動員，鎖街封路。眼看天心快被抓走，朱曆剛好路過，幫天心主持公道。一人單挑衆東廠官兵，可憐的是天心、小石頭，到處逃竄。此時一旁的酒樓上。飛賊哲三，欣賞着這場街頭惡鬥，他身邊的包袱，就是李保川的寶貝。
太師府千金大小姐趙湘凝出門，卻遇到天心、小石頭。天心打翻了字畫攤的墨汁，染黑雙手，不小心跟湘凝在巷口對撞，兩隻手手牢實地壓在湘凝的胸前！天心趁亂逃走、留下快氣瘋的湘凝。在哲三的幫忙下，天心、朱曆終于逃脫。朱曆也得知天心參加太醫院征選的事，兩人留下好的印象，一直是個男人婆的天心，心裡對朱曆居然起了小反應。天心已經被湘凝盯上了。湘凝趁着天心、小石頭出門的時候，将天心抓走了。
第2集
哲三在纏鬥中受了重傷，逃進了閹割房。雖然過追捕，但卻又陰錯陽差、被當成未淨身的準太監，在受傷無力抵抗下、被五花大綁上了手術台。但沒想到執刀的張師父因為傷風向天心求診，忘了吃藥不能喝酒。張師父頭昏眼花、下刀失了準，哲三保住了命根子。不過因為身受重傷、無力逃跑。最危險的地方就是最安全的地方，于是哲三将計就計，假冒太監，躲入皇宮。
天心剛闖禍，馬上被大娘下令禁足，在豬肉攤旁嚴加看守，忽然市集來了大批官兵，頒來聖旨，宣天心進太醫院當實習院士。天心、大娘兩人面面相觑、不明原因。天心為了要進太醫院，答應了大娘三個要求非病不理、非民不親、男裝入宮，這才了了天心多年來的心願，進了太醫院。
天心在太醫院受到冷泉為難，成了清潔工，忙了一天的天心，居然在洗澡的時候跟哲三坦誠相見。哲三為了蒙混過關，慌稱自己是皇上的密探，兩人互相承諾不說出彼此的秘密。哲三也因為這次，對天心一見傾心。朱曆要保川整饬東廠貪官污吏，捉拿飛賊，交給趙甫嵩處理。保川搬出太後，還找來朱曆的表妹雲莺來，企圖牽制朱曆，母命難違，朱曆隻好帶着她去玩。但朱曆不知道，其實雲莺别有目的…
第3集
朱曆硬着頭皮陪表妹放風筝。雲莺對朱曆示好，朱曆多次想要逃跑不成，于是扯斷風筝線，飛到太醫院圍牆邊的樹上！嘿嘿、風筝沒了，這下可解脫了。但沒想到雲莺仗着太後撐腰、硬是要皇上上去撿風筝。朱曆想要救出哲三天心，卻無法違抗太後命令，前來道别。哲三為救天心，私下向朱曆坦白他飛賊的身份。朱曆心生一計…
第4集
行刑當日，天心、哲三還不見朱曆來搭救，心想大勢已去，忽然這時李保川接到了封信，馬上下令，放了天心、哲三兩人。忽然朱曆、哲三同時醒來，原來剛剛是裝醉，朱曆跟哲三找出黃金甕後，向哲三獻計，要飛賊哲三故意暴露行蹤，還要哲三死去。與哲三商讨過後的朱曆，回去經過了湖邊，忽然發現女裝的天心。
朱曆一回去，發現天心穿着男裝，坐在家裡。天心說那是他早逝的雙胞胎妹妹，朱曆是看見鬼了。隔天，哲三引來李保川、趙甫嵩前來抓人，哲三一路逃到了懸崖邊，就在走投無路的時候忽然往下一跳。隻見黃金甕跟哲三的屍首跟着深谷的溪水流去。而懸崖邊的凹洞裡朱曆正拉着哲三的手，頗有英雄惜英雄的味道。當然剛剛掉下去的屍首，也隻是假人一具。
第5集
保川要天心治療太後的厭食症，如果治不好，就砍了天心的腦袋。但其實太後根本沒病，隻是缺乏運動而已。天心三人一出宮，發現附近酒樓傳來吵鬧聲。原來是湘凝在酒樓吃飯，但是錢不小心被扒了，付不出錢，于是跟店家起了争執。天心幫湘凝解圍，沒想到湘凝一路跟着天心回家，守在天心家門口。天心生火要湘凝過來烘衣取暖，但湘凝就是不要。天心起了頑皮心，裝MAN調戲湘凝，逗着湘凝。天心發現，湘凝想要自在的過生活，不願意聽爹的話選妃。天心于是帶着湘凝回去吃飯。
第6集
大娘提醒天心，最近因為選妃，沒事情就别回來了。原來天心的戶卡上記的還是女兒，這時湘凝、哲三吵了起來。哲三故意激諷湘凝。湘凝氣不過，砸的天心家亂七八糟，遭來一頓斥罵，湘凝覺得沒面子，負氣離開。天心喝令哲三馬上跟出去看着湘凝。哲三這才知道，原來她是太師府的大小姐。
天心為了救娘出來，決定以女裝現身。果不其然，大娘被放出了東廠大牢，知道是天心所救。當大娘看見天心時，吓了一大跳。原來天心辦醜出現，以為這樣不但可以救出大娘，還可以避免被官兵挑中，可以不進宮選妃。卻沒想到弄巧成拙，這次選妃專挑長的怪、長的醜的恐龍妹，天心也因此又被抓進宮選妃去了。
第7集
天心一回宮，發現選進宮裡的佳麗全是些拐瓜裂棗的恐龍妹。而湘凝也進了宮來。雲莺覺得湘凝是最大的敵人，一看見她就不順眼，馬上就跟李保川密謀，準備除去湘凝這個最大的敵人。朱曆來找天心，正巧天心要換回男裝，雖然有哲三幫忙掩護，但還是差點曝光。
朱曆表示選妃一事是太後之意，皇上國事繁重，沒有心思在這時候娶老婆！朱曆說天心點子多、要天心幫忙想個既不得罪太後，又可以幫皇帝脫身的好點子？天心、哲三一陣瞎出主意，最後讨論到裝病，朱曆說太醫冷泉一把脈便知真假。天心卻說他有辦法，可以騙過冷泉。
第8集
保川為了讓雲莺中選，偷偷塞了包春藥給雲莺，還暗示雲莺，若是雲莺先懷了龍種，管他湘凝是甚麼來頭，皇後一位，非雲莺莫屬。雲莺下藥成功。頻頻對皇上搔首弄姿，還趁勢想脫朱曆衣服，雖然朱曆巧妙躲過，但還是不敵雲莺的胖後硬上弓。朱曆落慌而逃，剛好遇到也在躲着湘凝的天心。
天心發現朱曆不對，帶朱曆逃進男浴池沖涼散熱。朱曆因為春藥作祟，雖然知道何天是男兒身，但見何天與他夢中情人相貌實在太像了，忍不住還是怦然心動，不由自己的靠近何天。眼看何天就要被朱曆臨幸之際，何天抓起旁邊的水瓢用力的往朱曆頭上ㄧ打，打昏了朱曆，才化解危機。
第9集
太後限定的期限已到，太後抓來天心，問天心要怎麼治好朱曆的病，天心說不出來，太後下令馬上砍了天心，就在這個時候，太後接到消息，朱曆的病已經好了，選妃如期舉行。保川忽然将天心約來，同桌吃飯，說天心替他除去小孟這個害群之馬，另外給了天心一盒毒糕餅，要天心在選妃前給湘凝吃，否則就要對大娘不利。
選妃前，保川在對候選人做最後吩咐，忽然湘凝拿出糕餅，說他牙疼不能吃甜的，東西還是分給大家吃好了，還要天心吃第一塊。保川心知不妙，天心騎虎難下，隻能硬着頭皮吃糕餅。天心一陣掙紮後，就這樣倒在地上，死了。衆人大驚，保川馬上帶着候選人離開，命小太監處理掉天心屍體。
哲三這時候來到，好意幫忙小太監處理屍體，兩個小太監一走，天心馬上醒來，原來這一切都是天心的計策，天心早已吃下解藥。哲三也同時帶來大娘平安無事的消息，天心終于松了一口氣，不顧哲三阻擾，想要去前台看選妃，湊湊熱鬧。天心還在心想入宮這麼久，從沒見過皇上的廬山真面目，但這一去，驚訝的下巴都快掉了下來，原來皇上就是…朱曆！
第10集
天心卻為了發現朱曆的真實身分狂冒冷汗。所謂太歲頭上動土莫過于此，天心想到自己過去老對着朱曆大罵皇上，而且，還差點被皇上臨幸！在天心的小腦袋裡，對朱曆的心動，好像越來越複雜了。天心對朱曆說道，他已經知道他的皇帝身份，朱曆表示是因為害怕天心知情會影響兄弟間的情感，但他們的感情沒有因此受到影響。
道歉之後，說出自己的真實姓名，朱曆。朱曆成立了醫療救護隊，派遣太醫院太醫前往災區幫助災民。但他與哲三、天心兩人，卻沒跟着大隊人馬随行。朱曆微服，希望可以看見災區現況，還偷偷命哲三為巡按禦史，可以命令調派各縣的地方官。但三人還沒到災區，就在京外的一個小縣城裡，發現了居然有縣官在盜賣官糧。
朱曆利用智慧，偵破了盜賣官糧的案件。這時忽然湘凝、茗菁來了。湘凝刻意對朱曆獻殷勤，讓天心醋壇大翻，但其實湘凝的所作所為隻是想要證明天心在乎他，順便氣氣他而已。但天心信以為真，負氣而走，卻不小心遇刺，生命岌岌可危。看天心變成這樣，湘凝心疼不已，不吃不喝的照顧天心。哲三在朱曆的指示下，得知貪污的最上頭有可能是趙甫嵩，決定要打下甫嵩。
第11集
一行人回京後，朱曆馬上當着文武百官的面宣布要成立廉政院，并令哲三為禦史，引起甫嵩等人不滿。朱曆還将當初被保川關入大牢的東廠官兵放了出來，讓哲三調度。朱曆、哲三展開了反貪任務。而他們的第一個目标，挑了平日最招搖的錢兵部下手。天心回宮後，想要繼續找尋本草品彙經要的下落，天心回到太醫院，不但沒有找到，還被冷泉訓斥，冷泉說如果想要活命，就不要再問這本書。讓天心感到疑惑萬千。
太醫院院士早就聽聞天心在宮裡的事情，希望天心跟他們切磋醫術，天心自覺在宮中的一切都是歪打正着，說自己是因為祖傳秘方，但是不便外流。這讓在一旁的華妥聽見，華妥找了機會，進了醫護站，到處翻搜，結果秘方沒搜到，反而找到了天心的肚兜。華妥以為天心私藏宮女，穢亂後宮。
便将此事報給保川，宮女的肚兜都是由尚衣監統一發放，保川發現這件肚兜跟宮女的肚兜截然不同但皇宮守備森嚴，這肚兜究竟怎麼來的？保川陰冷的笑着。天心接茗菁通知，湘凝那天回去後被甫嵩打了一巴掌，開始不吃不喝，這次不管茗菁怎麼哄都沒用。茗菁擔心湘凝出事，懇求天心去太師府看看天心。經過天心一陣好說歹說，湘凝終于吃了東西。
第12集
甫嵩接獲消息，皇上、哲三帶着大批人馬前來，甫嵩情急之下将賬本交給了湘凝。天心躲了起來沒被甫嵩發現，但湘凝手上那本賬冊，讓天心不禁懷疑、擔心了起來…皇上、哲三帶着大批人馬前去搜查賬冊，但趙甫嵩說自己光明正大，不管怎麼搜他都不怕，最後趙甫嵩為了以示清白，要朱曆來搜他的身，哲三一陣搜查後，發現沒有東西。
最後朱曆發現湘凝神情有異，于是謊稱覺得湘凝身上的衣服漂亮，想要做一套給他的表妹，希望湘凝可以脫下來送給他。又命哲三叫來宮女或太監，看着湘凝換衣服。湘凝說不用，自願讓人搜身，不過要讓天心來搜。天心果然在湘凝身上摸到了賬冊，湘凝、天心一陣對望，忽然天心對朱曆說道，湘凝身上什麼都沒有，朱曆一無斬獲，打道回宮。湘凝最後受不過良心的譴責，将賬冊交給了天心，但湘凝在賬冊上動了手腳，并希望朱曆饒了甫嵩一命。
朱曆頓時陷入天人交戰，應該為了湘凝，饒了甫嵩跟那些貪官嗎？朱曆這時又心生一計。朱曆要哲三拿賬本去找衆官員，名為希望官員們慷慨樂捐，其實是要他們吐出貪污所得。藉此順便剝去甫嵩在朝中的勢力。朱曆另外在早朝時，将賬本拿出，甫嵩大驚。其實皇上是用賬本書皮做了一個樂捐清單，衆臣心裡有鬼，隻要做做樣子，保證他們都吓的屁滾尿流，果然甫嵩跟衆官員自願捐出貪污所得。
第13集
李保川得知消息後，心裡十分開心。跑去太後面前嚼舌根，說何家不識擡舉，居然連太後的賜婚都敢違抗，不但無視皇族威嚴，甚至不将太後這個主婚人放在眼裡。還建議太後派人監視何天，不然何天到時若是跑了，太後的面子該往哪擺？就這樣，何天身邊都多了東廠官兵。去吃飯，後邊站着人。上廁所，門口就有人守着。洗澡呢，外面依舊有人看守。
那就别提天心回家、睡覺、買東西。弄得天心不隻好幾天沒好好洗澡，好好上廁所，身上味道不好聞就算了，還憋尿快憋得快得膀胱炎了。當然，ㄧ個大姑娘洗澡上廁所，外面要是有人看守，哪個能不害怕，更何況，他還是個不能被發現身分的大姑娘啊。而何大娘，也在看守名單當中。母女倆就算在自己家裡，外邊站着大隊人馬，别說逃了，連蒼蠅都飛不走。
夜裡，天心在床上翻來覆去之際，忽然何大娘跑入天心房内，說不知怎麼回事，外面的官兵都被人打昏了，要何天趁現在趕快跟他逃走。其實是何大娘出手将人打昏，但何大娘的武功從未在天心面前曝光，隻好出此下策。天心、何大娘兩人逃出，但何大娘想起楚弘留下的《九針别訣》忘了拿，要天心趕緊先逃，并約了在某處相見。何大娘這一回頭，發現家裡來了大隊人馬，還被逮個正着，何大娘雖然身手了得，但被團團圍住ㄧ時也難以脫身，就這樣被人抓住了。
第14集
大娘被抓了，天心在小石頭的幫忙下，放了風筝找來朱曆，想要見大娘一面，卻不小心被李保川發現。天心在哲三的掩護下，原本可以逃跑，但天心為了救大娘，決定娶湘凝為妻。不懂天心為什麼逃婚，湘凝前來對天心興師問罪，而湘凝這時候才發現，原來何天是女兒身。但是大娘在保川手上，他不得不這麼做。
湘凝為了幫助天心，決定跟天心成親，再幫助天心和大娘離開。隔天，朱曆、太後親自主持婚禮，趙甫嵩以及文武百官都在場，而大殿外何大娘卻跪在地上，脖子上架了把刀。裡頭是喜氣洋洋的結婚殿堂，外頭俨然是臨時法場！若是天心稍有抗拒，他們馬上砍了大娘。天心當着所有人，将自己扮男裝的來龍去脈講了一遍。太後大怒，何天這小丫頭居然将所有人都給耍了！朱曆跟哲三紛紛求情，就連湘凝也說早就知道天心是女兒身。
但太後在盛怒之下，還是決定，明日午時就将何天心斬首示衆！第二天，朱曆跟哲三來到法場，天心第一次跟朱曆以女孩身份相見，卻在臨死之前！朱曆和天心耳語，問天心為什麼騙他有個妹妹？天心告知，是因為自己答應過大娘，情非得已、才出此下策，以後希望朱曆能幫忙照顧大娘！說得遲那時快，哲三突然出刀綁架朱曆！脅迫他人不準靠近。
第15集
原來這是朱曆和哲三想出來救天心的方法，為了取信李保川，朱曆甚至要求哲三在自己身上劃一刀。李保川堅持不肯退兵，此時大娘突然駕着馬車出現，将朱曆哲三、天心三人帶上車就走，李保川氣得說不出話來。朱曆命哲三好好照顧天心母子，便回到宮内，向太後禀明實情。
太後聽到朱曆居然設計自己被綁架、劫法場，痛心萬分，把朱曆帶到太廟，當着列祖列宗的面，太後鞭打自己，表示愧對祖宗，但忽然間太後頭疼發作，太醫院也都束手無策，朱曆隻能昭告天下，找尋能治好太後頭疼的醫生。這個禍害就是六品宮正莫苡柔。從小就對權力充滿野心的她，夢想成為皇後，擁有至高無上的權力，不甘于隻在後宮做一女官。能幹非常的她，是李保川得力的助手，連李保川也不曉得她擁有如此欲望。
第16集
天心好不容易得到哲三從宮裡帶回朱曆的回信，信上卻充滿了不要天心擔心、粉飾太平的言語，和哲三說的實情完全不同。天心毅然決然離開山上，要去宮裡找朱曆，全沒發現哲三跟大娘也悄悄尾随自己出來。苡柔故意讨好天心，讓天心覺得和自己一見如故，藉此也與朱曆拉近距離。因治療脫力的天心，在朱曆寝宮度過一夜，兩人什麼事也沒發生，但次日醒來，看着對方的睡臉，兩人都忍不住有點害羞、裝睡。
第17集
苡柔為了盡速實現當上皇後的願望，不惜發毒誓拜李保川為幹爹。為了取信天心、朱曆，還掩護天心逃過李保川的搜查。但天心知道了朱曆的為難，自動選擇離開，哲三現身，帶天心回到山上。太後知道了幫自己治病的人是天心，答應原諒天心的罪，但卻不願意饒恕劫法場的哲三，要朱曆交出哲三的命來換天心的命。
天心不在，苡柔對朱曆更頻頻示好，聰明的苡柔，以天心為話題，慢慢卸下朱曆的心房，讓朱曆将天心抗旨逃婚等來龍去脈全部告訴苡柔。苡柔知道朱曆心系天心，趁機向朱曆獻計，讓天心重回皇宮。朱曆感激苡柔對他跟天心如此用心，卻不知道，這一切都是苡柔的計策。
剛回到山上的天心，雖然準備安分過日子，但還是挂念着朱曆，哲三看在眼裡頗不是滋味，大娘也勸天心死了這條心。小安卻突然率領了大批官兵到來！小安表示，大家的罪名都免除了，他是要大家回宮！天心得知這是苡柔幫的忙，當下就把苡柔當成自己的姊妹，苡柔順利的成為朱曆、哲三、天心的好朋友。
原來這一切都是保川向太後建議的，讓天心回宮，安插在後宮當女官，方便監視。大娘不放心天心，決定一起來到醫護站，發現天心以後是歸苡柔管轄。天心以為自己痛改前非，不會再給朱曆帶來任何麻煩，卻不知道，這一切隻是暴風雨前的甯靜。
第18集
苡柔親切的帶着大娘、天心參觀。大家正高興之時，雲莺卻突然出現，一直喜歡朱曆的她，認為天心是玩弄朱曆感情的大騙子，一定隻是想在宮裡為非作歹，所以氣沖沖跑來找天心，不但迎頭就打天心一巴掌，更把大娘趕出宮去。大娘忍氣吞聲，卻在離宮前遇見自己的老友，也就是太醫院首席禦醫冷泉！兩人短暫的會面，卻都想起了不願回憶的昔日往事。
另外，保川察覺天心的身世有異，一邊測試苡柔對他的忠心，一邊要苡柔查出天心的身世。天心昏迷了數天，一起來就遇到雲莺來找麻煩，大娘為了天心日後在後宮的日子，對雲莺低聲下氣，受雲莺的污辱，還被雲莺趕出皇宮。天心見此，暗自叮咛自己，以後在後宮，絕對不惹是生非，不再讓任何人為難。而天心前去探望苡柔，發現苡柔傷的比他還嚴重，并且高燒不退，對苡柔有無限的歉意。苡柔暗自一笑，何天心，你中計了。
第19集
天心要齡春去太醫院幫苡柔抓藥，苡柔乘機對天心打聽他的身世，得知天心的父親早就離開他們了，而天心的針灸手藝，全是靠自學來的。另外保川得知天心在找本草品彙經要一書，保川要苡柔加把勁，問出天心為何要找此書。天心因為感動苡柔代受責罰，和苡柔的感情更好了，把《本草品彙精要》盡數告訴苡柔，沒想到是李保川要苡柔來問的。
哲三為了幫天心出一口氣，偷偷把蜂窩丢在雲莺的房間，把雲莺螫得滿頭包。雲莺跑來對天心興師問罪，苡柔用巧計說退了雲莺，救了天心一次，天心因此更是把苡柔當成自己的姊妹。個性天真單純的天心從此對苡柔信任無比。齡春說想學醫，拜了天心為師父，天心和朱曆的愛情，眼看也越來越甜蜜，雲莺的死卻打亂了這一切。
在苡柔的提醒下，朱曆在宮裡蓋了一間小藥圃讨天心開心，兩人在藥圃中忘情地接了吻，但雲莺卻在苡柔的設計下看到了這一幕。苡柔跟雲莺說，天心對朱曆果然包藏禍心，要雲莺自己服毒、嫁禍天心，來讓天心離開朱曆。雲莺依言服毒，卻沒想到苡柔深藏禍心，毒性遠比苡柔所說強烈，雲莺毒發身亡，苡柔到醫護站故布迷陣，兇手也指向曾經拿蜂螫藥來給雲莺的天心身上。苡柔以為自己的計謀天衣無縫，卻沒注意到，自己去醫護站的時候，不小心被齡春看見了。
第20集
雲莺一死，天心懷疑是不是哲三替他出氣而痛下殺手，哲三證明自己沒有殺雲莺的動機，此時朱曆帶來消息，說雲莺的案情有重大發展，但兇手的指向，是天心。當下要天心先行逃亡。天心堅持不肯逃亡，要朱曆為自己證明清白，于是哲三把東廠大牢的牢房布置成精美套房，要天心把坐牢當度假，等待清白被證實。
朱曆建議天心一案讓背景清白的哲三來調查，但太後執意要讓保川來處理，一陣僵持下，太後把此事偵察交給趙甫嵩來辦，趙甫嵩對天心用刑，差點把天心的手指夾到無法行醫。朱曆一方面背負太後的壓力，另一方面哲三看不慣朱曆的作法、兩人吵架，苡柔就成為朱曆貼心的傾訴對象。朱曆發現天心并沒有謀害雲莺的動機，一方面太後拼命給朱曆壓力，朱曆極力想替天心找到有力證據，這一切都被苡柔看在眼裡。苡柔更不是滋味。
天心入獄的消息傳到了大娘耳裡，大娘前去哀求冷泉幫忙，冷泉礙于職務，不能答應大娘要求，更何況證據都指向天心是兇手，大娘心灰意冷，眼看天心冤屈不能平反。但也隻能繼續等待冷泉的好消息。甫嵩審理天心，打算用刑讓天心屈打成招，引來朱曆不滿。甫嵩搬出國法、太後懿旨打壓朱曆。天心見朱曆為難，甯願自己被用刑，朱曆不忍，天心也不認罪，最後朱曆出面阻止，甫嵩決定擇日再審。但哲三不滿朱曆眼睜睜看天心受罰，跟朱曆大吵一架，昔日的兄弟，眼看就要一刀兩斷。
第21集
朱曆倍感壓力，苡柔這時給朱曆假的偵辦方向，将目标指向選妃。朱曆、哲三認為甫嵩之前在選妃的時候涉有重大嫌疑，兩人決定先将天心救離開刑部，再繼續調查。朱曆、哲三兵分兩路，一邊去保川那邊搜查毒藥的來源。
另外一邊惜綁架趙甫嵩來審問，哲三一番威脅利誘下，還是沒從甫嵩身上問到什麼，反而更确定甫嵩沒有殺害雲莺的嫌疑，當下決定放走甫嵩，但哲三卻在趙甫嵩面前露了馬腳、洩漏身份，讓趙甫嵩非常生氣，禀明太後，說朱曆三番兩次幹涉查案，現在無故又帶走天心，甫嵩感到心灰意冷，決定辭官引退。
太後果然中計，立刻下令，決定直接問斬何天心。正當哲三在安慰天心的時候，甫嵩帶着懿旨來抓人，哲三無可奈何，隻能眼睜睜的看着天心被抓走。唯一能做的就是馬上通知朱曆。
第22集
正在廟裡替天心祈福的大娘，忽然收到天心要被送去法場的消息。天心、大娘在押解過程一陣生離死别，大娘不願意天心就此送命，當下不顧老陶的阻擋，沖去法場要解救天心。另一方面，朱曆在最後一刻才接到天心要被問斬的消息。全副武裝的大娘上法場打算救人，卻被有備而來的官兵所阻擋！正當情勢緊迫之時，朱曆出現了，身上綁着曆代祖宗皇帝的牌位，大喊誰敢攔！朱曆要求太後再寬限一些時間，讓自己證明天心清白。
太後勉為其難的同意，但朱曆一再地逾矩，也讓痛心不已的太後決定一件事：如果朱曆不能證明天心的清白，朱曆自己就要被廢帝！而天心害怕朱曆被廢，讓天下人因此少了一個好皇帝，決定去刑部自首，坦承自己殺了雲莺。并要朱曆永遠記得他…誓死如歸的天心，前去見大娘最後一面，大娘察覺天心有異，要天心不可放棄希望，就在雙方一陣僵持的時候，傳來消息，謀害雲莺的真兇原來是華妥。
原來苡柔怕朱曆被廢、之前所做的努力會前功盡棄，也擔心朱曆逐漸發現線索，決定栽贓太醫院院士華妥是陷害雲莺的兇手，并将華妥殺人滅口，故布疑陣成密室殺人，營造華妥是畏罪自殺。天心等人一時找不出疑點來但天心總算是脫離險境，哲三去通知大娘，隻有朱曆覺得不對勁。
第23集
朱曆向太後禀告偵辦結果，太後得知原來雲莺跟華妥是蓄意要害天心。當下要朱曆對外隐瞞實情，并且打賞天心，以示補償。朱曆發現華妥之死的種種疑點，跟苡柔讨論着。朱曆察覺這事情或許不單純，背後可能有龐大的集團在指使，苡柔一方面關心朱曆，實際上模糊朱曆焦點，讓朱曆不會懷疑他。
又故意在天心面前跟朱曆親密，讓天心看的不是滋味。就在此時，哲三帶來消息，湘凝進宮了。苡柔決定對天心再起新的陰謀，在李保川處取得太後的頭發、生辰八字，加上詛咒，一起放在天心從小珍藏的布娃娃裡。
又假意提醒天心保川正在宮中有例行搜查，迫使天心将布娃娃藏在禦書房内，這個布娃娃被朱曆發現，讓朱曆對天心首次起了信任破裂之感。而在搜查布娃娃的同時，哲三的假太監身份差點曝光，所幸哲三身手矯健，将刮胡子的剃刀藏了起來，這才保住了小命。
第24集
哲三為了報複湘凝，将湘凝抓起來關在男澡堂内，但沒想到湘凝就這樣不見了，哲三到處找不到湘凝，最後卻被湘凝一把推古井，而哲三以身子護着湘凝，自己卻摔斷了腿。朱曆被蒙在鼓裡的天心，引來更大的誤會，朱曆覺得天心避重就輕，似乎在回避話題。并且天心、哲三之前曾對朱曆隐瞞真實身份，雙方不歡而散。
而兩人的誤會，從此展開。哲三、湘凝被困在井底，哲三擔心湘凝害怕，不顧自己受傷，依舊說笑話鬥湘凝開心。湘凝對哲三除了愧疚之外，也多了一絲絲的情意。好不容易，天心、茗菁終于找到了湘凝、跟哲三，但哲三被救上來時被人發現滿臉胡渣，哲三假太監的身份曝光了。
朱曆前去拜托李保川對哲三從輕發落，哲三死罪可免，但要被廷杖五十，充軍十年。保川此舉，引來甫嵩不滿。甫嵩認為自己女兒的清白已被哲三所毀，于是派出人馬要暗殺哲三，所幸哲三被湘凝、茗菁所救，雖然逃過被人追殺之險，但哲三身受重傷，有性命危險。
第25集
湘凝為了救哲三，前去藥鋪搶藥。并且不離不棄的照顧哲三，但不懂醫術的湘凝，隻能眼睜睜的看着哲三的傷勢越來越嚴重，卻又無可奈何。天心問起齡春，當時布娃娃有沒有被人拿走，齡春心地善良，天心也覺得齡春不像是會設計陷害他的人，但究竟是誰在布娃娃裡放了太後的生辰八字，天心依舊沒有頭緒。
就在此時，茗菁假扮男裝來找天心，希望天心救哲三一命。苡柔利用齡春對他的信任，得知天心有可能外出替哲三治傷。而保川居然将春藥交給苡柔，要苡柔先跟朱曆有夫妻之實，爾後朱曆想不負責任都不行。天心替哲三治了傷，并且将哲三帶回家裡休養。湘凝擔心茗菁安危，于是叫茗菁先回家，卻沒想到茗菁回到家後，受到甫嵩的刑求鞭打，但是茗菁始終沒有供出哲三的下落。
這時候李保川來對甫嵩獻計，若是哲三失手将天心殺了，甫嵩不就除了兩個心頭大患嗎？天心回宮後，撞見朱曆、苡柔兩人共度一宿。之前的誤會加上眼前的事情，天心頓時心灰意冷。隔天，太後前來找朱曆，發現朱曆跟苡柔衣衫不整。太後事後找來苡柔，問起苡柔身家背景，就在太後作主下，太後要朱曆力苡柔為妃。事情傳到天心耳裡，悲痛欲絕，但天心仍然強忍歡笑，祝福朱曆跟苡柔。朱曆前來向天心澄清…
第26集
朱曆為了證明自己對天心的情意，決定也要立天心為妃，沒想到天心居然拒絕，并且希望朱曆專心一意的對待苡柔，并告訴朱曆，他跟朱曆從此之後，就隻能是兄妹。大娘害怕哲三藏身地被發現，将哲三移去其它安全的地方。但還是引來甫嵩的探子跟蹤。但大娘警覺性強，将探子以及刺客擒住，并且知道刺客的來源是刑部。于是朱曆、天心、哲三三人佯裝成刺客，回刑部，果然知道了真正的幕後黑手是甫嵩。
哲三不小心在湘凝面前說出這一切都是甫嵩所指使的，引來湘凝不悅，認為哲三誣賴他爹。湘凝決定回去找他爹問個清楚，眼看父女倆就要撕破臉。哲三跟蹤湘凝，最後阻止了。并且跟湘凝說他決定離開皇宮。苡柔被封為貴妃，安排入住儲秀閣。但沒想到朱曆不顧太後吩咐，居然對苡柔百般冷落，還讓苡柔獨守空閨到天明。
苡柔心裡明白朱曆心裡面的人還是天心，心裡決定，一定要除去天心這個絆腳石。太後因為朱曆立妃，特去求子觀音那祈求朱曆、苡柔早日得子，卻沒想到太後居然遭到蜘蛛叮咬，引發過敏氣喘，眼看太後就要一命嗚呼。這時，哲三因為發現太後的侍衛急忙而走，覺得有異，而前來察看。哲三不顧自己舊傷尚未痊愈，帶着太後回去太醫院，總算救了太後一命。但自己也因為這樣，而被官兵捉住。
第27集
太後經過冷泉的治療，脫離了險境。太後叫來哲三，問起哲三為什麼躲入宮中，假冒太監。哲三如實道來，并坦承是因為認識了朱曆、天心這兩個好朋友，所以才不願意離開皇宮。太後欣賞他的以德報怨，坦率直言，有心想要原諒哲三，于是下令放了哲三，并且在天心、朱曆的求情下，免了哲三的罪，并任命哲三成為宮禁侍衛親軍。
而哲三為了湘凝，也不願對甫嵩報複，專心當他的侍衛親軍。茗菁看出，湘凝其實已經喜歡上哲三了。天心在儲秀閣裡悶得慌，整天吃飽睡、睡飽吃，引來翠環不滿。但苡柔對翠環表示，他要慢慢折磨天心…另外醫護站也在這次，讓苡柔下令關了。朱曆發現後，更加深他對天心的歉意于是向太後建議，立何天心為妃。這個消息馬上就傳到了苡柔的耳裡…
第28集
保川對苡柔說道，他在後宮待了三十年，看了多少妃嫔被冷落。提醒苡柔還是得小心天心。而苡柔對朱曆撒謊說天心在儲秀合學習狀态良好，騙取朱曆來儲秀閣，一方面又對天心說宮中有罕見的禁藥黑玉香，讓天心主動開口對朱曆要黑玉香來研究。而朱曆擔心天心學習狀況不好，對天心嚴格叮咛了幾句，引發天心不滿，天心于是在朱曆面前故做儀态端莊，弄得朱曆更是别扭。
天心終于從朱曆那邊得到黑玉香，而且當下就決定要試藥，沒想到黑玉香馬上就讓天心陷入昏迷。天心醒來後，朱曆想要收回黑玉香，但天心發現黑玉香其實有麻醉的功能，希望朱曆給他機會，讓他實驗，或許有天可以造出可以太後頭疼的止痛藥。而苡柔利用自己雙重角色的優勢，一邊欺騙朱曆，一邊瓦解天心對朱曆的情意，斷絕天心的對外聯絡。最後還在天心的食物裡下黑玉香，讓天心染上藥瘾。弄得天心不能自己，失去了行為能力。
但天心發現自己被下藥的時候，苡柔更是變本加厲，直接對天心灌藥，弄得天心生不如死。天心被苡柔所牽制，久久沒有跨出儲秀閣一步，就連最心愛的小藥圃，也因為缺乏照顧而荒廢。哲三發現後，向朱曆問起天心的近況。但哲三堅持自己去儲秀閣看見天心，朱曆表示現在哲三的身份是侍衛，貿然去儲秀閣會引來麻煩。于是朱曆就在哲三的拜托下，決定去儲秀閣一探天心。
第29集
天心無法對外求援，于是打算用針灸舒緩黑玉香的毒性，但針灸都被翠環、苡柔沒收，天心對于苡柔他的虐待，毫無招架之力。哲三回家後，發現湘凝出現在他家裡，并且替他整理環境、打理生活。哲三不解風情，不懂湘凝好意。讓湘凝生氣的離開，回去的湘凝，又跟甫嵩大吵一架。湘凝說出甫嵩當時想要暗殺哲三的事情。
湘凝不但坦承當時就是他救了哲三，而且這幾天都跟哲三在一起。氣的甫嵩給了湘凝一巴掌。甫嵩也決定，這次一定要殺了哲三不可。朱曆還是沒找到天心，朱曆心一橫，決定呆在儲秀閣，沒見到天心不離開。苡柔這才讓朱曆見天心。并且告訴朱曆，天心在試藥的過程中，不小心染上了黑玉香的藥瘾。
苡柔甚至弄傷自己來博取朱曆的同情跟信任，讓朱曆自責不已。而苡柔乘機又對朱曆表達自己的真情，朱曆也覺得對苡柔頗有歉意。苡柔的計劃，一步步的實踐中。
第30集
朱曆找來哲三，對哲三說天心染上藥瘾的事情。哲三不但不相信，還把罪過怪在朱曆身上。哲三決定自己求證天心是不是真的染上藥瘾，并且許諾，絕不會給朱曆帶來任何麻煩。哲三就在湘凝的幫忙下，偷偷潛入儲秀閣。發現了天心，終于将天心救了出來。天心醒來後，對哲三說道黑玉香是苡柔所灌食的，哲三大怒，想去找朱曆，戳破苡柔的謊言，但天心卻阻止了哲三。
第31集
朱曆前來找天心，希望天心跟他一起回宮。又因此跟哲三吵了起來，天心制止朱曆、哲三，答應回宮。不過條件是讓他回太醫院繼續當院士，再也不理後宮的事情。而天心不知道，讓他回宮，是朱曆答應太後，從此之後每天呆在儲秀閣，直到苡柔懷孕的條件。但人在儲秀閣的朱曆，依舊不願意跟苡柔同房睡。
朱曆沒想到，這樣反而讓天心陷入了更大的危機。回到太醫院的天心，從頭開始學起，在學習過程中意外發現曲池跟洋澤的關連，而得知原來洋澤就是太醫院的蒸藥室，這是找到本草品彙經要的唯一線索。果然天心在蒸藥室發現了一把鑰匙。苡柔為了當上皇後，跟保川一起設計冷泉，要冷泉在太後面前證實苡柔已經懷有身孕。
而朱曆也因此，不再對苡柔這麼冷漠了。天心得知苡柔懷孕後，心情大受影響。哲三、齡春想安慰天心，卻讓天心越聽越悶，幹脆走了。哲三因為擔心天心，一路跟随、卻因緣巧合下，來到了藥師佛廟，發現了藥師佛廟的某個符号跟鑰匙上面的相符，兩人找到線索，經過一陣探查，果然皇宮的藏書閣找到了一套花草鳥獸繪本，兩人回去一看發現原來這就是本草品彙經要。
天心也同時發現，本草品彙經要的其中一個編撰者，居然跟他小時候看過的九針别訣的作者是同一人。哲三當場提問，這個楚弘是誰啊？這本書怎麼會在大娘那？他該不會是你爹吧？
第32集
天心、哲三兩人回去找大娘，兩人一搭一唱想要從大娘那邊套出些話來，沒想到大娘守口如瓶，而且居然說要是天心以後在從他面前提到這個名字，從此斷絕母女關系。藏書閣的老太監向保川告密，說何天心借走一套書，保川發現此套書似乎有可能是本草品彙精要。于是跟甫嵩密謀決定要除去哲三，沒想到這些話居然讓湘凝給偷聽見了，湘凝趕緊通知哲三。
哲三慌忙之際，帶着半部的本草品彙精要逃了。天心從大娘那問不到楚弘的消息，于是回太醫院跟冷泉打聽，沒想到冷泉居然跟大娘一樣不承認有這個人。天心另外從資深太醫那打聽到原來楚弘是之前太醫院的太，因為編撰本草品彙精要有誤，而被下令滿門抄斬。
這時候，齡春帶來消息說，保川找到了本草品彙精要，并且馬上就要銷毀了，天心飛快趕去，以肉身擋住不讓保川燒書，眼看保川就要連天心一起燒死的時候，朱曆來了，救了天心一命。還下令不準保川焚毀本草。天心要朱曆幫忙，寫手谕給戶部，好讓他可以追查楚弘的消息。天心循線找到當天替楚弘女兒接生的産婆。得知楚弘的女兒跟天心一樣大，并且發現他們背上居然有一樣的胎記。
天心拿着證據回去找大娘，大娘這才承認天心是楚弘的女兒，并将當年的事情說給天心知道。天心執意要追查出他爹的死因，大娘擔心天心安危，于是将天心關在家中。但當晚，保川便派出錦衣衛去暗殺天心、大娘。兩人趁亂逃出，但大娘卻受了重傷。到處又都是要抓他們的錦衣衛，好在有小石頭搭救，不然天心他們難逃一劫。
第33集
保川拿着追捕天心時，他們掉下來的九針别訣來找朱曆，要朱曆下令，完成先皇遺願，緝拿天心、大娘到案。朱曆無奈之下，隻準保川、甫嵩捉拿他們到案，但不得傷他們半根汗毛。但保川、甫嵩卻假傳聖旨，不但要手下監視京城裡誰買了刀傷藥，更要他們如果發現大娘天心，殺無赦。
哲三、湘凝喬裝，在街上找字畫攤臨摹本草品彙精要，兩人差點被官兵發現，還發現街上貼滿了天心跟大娘的通緝畫像。兩人正在納悶的時候，發現了小石頭。小石頭便帶着哲三湘凝去找天心大娘。哲三發現大娘受了重傷，但是苦無藥材可以治療，于是哲三自告奮勇拿了藥方，要回太醫院拿藥材。
但哲三才走遠，湘凝、天心才想起來，哲三并不識字。哲三回宮後，找來齡春幫忙抓藥，卻因此被翠環盯上。翠環、保川帶了人馬來抓哲三，并對哲三嚴刑拷打。保川打算折磨哲三，挖掘網注但哲三求仁得仁，坦承當時是他偷了保川的寶貝，保川正要将哲三親手殺死的時候，朱曆來了，并且救了哲三一命。
朱曆也因此知道天心的下落。湘凝為了救哲三，以自己的終身幸福當條件，說服了甫嵩放了哲三。哲三因此獲得釋放，而哲三知道是湘凝做此犧牲才換得他的小命，但還是不改愛開玩笑的本性，惹來茗菁怒斥，哲三這才知道湘凝對他的情意。而天心也決定不再躲躲藏藏，要擊登聞鼓告禦狀，替自己的親爹平反冤屈。
第34集
保川要苡柔去探聽朱曆、天心究竟在搞什麼鬼。苡柔推辭，保川便以知道苡柔是假懷孕為由，要挾苡柔。還要翠環私底下監視苡柔，苡柔表面上順從，實際上，已經在盤算反撲保川的計謀。哲三前去探望湘凝，他發現湘凝的改變後，對湘凝更是虧欠，哲三勸湘凝一走了之，但湘凝堅決不答應，哲三隻能告訴湘凝他住在小石頭的秘密基地，如果湘凝想通了，就來找他。太後叫來朱曆，問天心狀告先帝何事，朱曆無奈說出，太後勃然大怒，要朱曆不許辦理，趁早殺了天心。
但朱曆不從，太後見朱曆心意已決，這次朱曆為了正義，狠下心來，第一次不聽太後的命令。朱曆一方面下令要冷泉對本草一書堪誤，一方面又發現九針别訣裡，有着一張挖空的紙卡。保川因為甫嵩放走了哲三，跟甫嵩翻了臉，要甫嵩無論如何都要找出哲三，不然後果自行負責。甫嵩一氣之下心絞痛發作，差點一命嗚呼。
甫嵩病情稍稍緩和之後，大徹大悟。不但答應湘凝退隐官場，還不強迫湘凝嫁人。湘凝以為父親開竅了，馬上去通知哲三這個好消息，沒想到甫嵩居然跟蹤湘凝，找到了哲三。哲三以為自己被湘凝出賣，傷心的湘凝當場走人。甫嵩并以小石頭為要挾，要哲三交出本草品彙精要。哲三去字畫攤取回臨摹的本草，将正本交給大娘，要大娘交給朱曆。而哲三打算用臨摹的本草救回小石頭。沒想到過程中小石頭還是受了傷，死在甫嵩手下的刀裡。
第35集
大娘将本草一書交給了朱曆，并且拜托朱曆一定要救天心。過程中，朱曆無意間發現，本草的序文跟字卡品湊起來，居然露出勿信皇上亡于常命幾個字。哲三隻身來到太師府，打算替小石頭報仇，湘凝為了保護父親，不小心被哲三誤傷成重傷，還要哲三快點逃。哲三雖然逃走了，但是心裡有着無限的愧疚、不安。
朱曆從冷泉那邊得知，當年楚弘等人編撰本草一書的事情，而當年前來宣旨的人，正是保川，當年的拟聖旨的人也是甫嵩。朱曆跟苡柔商讨，覺得其中有異，決定策反兩人，解開當年的謎底。而這些話都被翠環給偷聽到了，翠環将一切都告訴保川。保川一邊提拔翠環，另一邊要翠環繼續監視苡柔。湘凝受傷非常嚴重，哲三隻好拜托朱曆，讓天心去替湘凝治傷，而天心不計跟甫嵩的前嫌，盡全力治療湘凝，因此感動了甫嵩。
甫嵩的心漸漸動搖，這時候李保川前來探望湘凝，甫嵩擔心保川會對湘凝不利，跟保川一拍兩瞪眼，跟保川的關系漸漸惡化，保川甚至想要對甫嵩不利。朱曆也找來甫嵩，對甫嵩對之以情。朱曆講出他所發現的一切，并希望甫嵩可以憑着良心，幫助他解開當年的迷團，還給甫嵩時間考慮，并且給了甫嵩一瓶藥丸，要甫嵩心絞痛發作的時候服用。在天心的治療下，湘凝日漸恢複，哲三得知後前去探望湘凝，湘凝希望哲三可以不要傷害甫嵩，幾經拜托，哲三答應湘凝的要求。
第36集
本草一書已經确認編撰無誤之後，湘凝的傷勢也漸漸康複，但朱曆為了天心的安全，依然不準天心離開醫護站，朱曆怕天心悶得慌，特别叫齡春來跟天心作伴。齡春一來，便跟天心說起這段日子他所受的委屈，但是他忍辱負重，就是為了能夠再繼續跟天心學醫。而翠環得知消息，向苡柔禀告，打算利用齡春對天心下蛇毒。
第37集
雖然天心被層層戒護，但翠環的計謀依舊成功。眼看天心就要被下毒而死，齡春情急之下用嘴吸出天心的毒血，自己卻不小心中毒。而齡春臨死前，跟天心說道，雲莺死的時候，他其實看見苡柔從醫護站出來。朱曆跟苡柔談及齡春之死。苡柔将一切責任都賴給了保川，說自己是被要挾，迫于無奈。
連當初天心被灌食黑玉香也是保川的指使，苡柔說自己死不足惜，等龍胎産下，他願意以死謝罪。朱曆當下許諾苡柔，一定會保護他們母子倆的。保川知道甫嵩是來跟朱曆告密，決定要在禦書房除去甫嵩，甫嵩過于激動，心絞痛複發，藥丸掉落在地，保川刻意不讓甫嵩吃藥，甫嵩臨死前，将一封信藏在了禦書房，然後就這樣死了。朱曆前去慈甯宮，發現太後沒事情。原來太後隻是想問天心告禦狀的發展。
朱曆乘機問太後，先皇是怎麼樣的一個人，又告知太後先皇之死可能不單純，而現在甫嵩正打算告訴他一切的真相。但朱曆趕回去禦書房的時候發現，甫嵩已經死了。朱曆在禦書房找到甫嵩留下的證據，找來保川詢問。雖然朱曆知道保川跟當年之事一定有關系，但是單憑一封信，無法将保川定罪。
苡柔想趁這個機會一并除掉李保川、以後他在後宮、便可隻手遮天。苡柔與朱曆計劃、讓苡柔假死、加深朱曆、保川間的誤會。保川被逼急了。決定對朱曆痛下殺手、不知道自己走入圈套、被朱曆逮個正着。保川願意說出當年秘密、但是要求見太後一面。保川拿出當年聖旨。
才知道、原來先帝當時決定廢後、廢太子。保川為了保住太後、才對先帝痛下殺手。朱曆這下難辦、最後決定、判李保川充軍二十年。湘凝自從甫嵩死後，成日郁郁寡歡。哲三前來探視，并帶來保川已死的消息。哲三替湘凝打氣，希望湘凝日後可以行善積德，來替甫嵩贖罪。湘凝也在哲三面前，宣洩情緒。哲三也在此時對湘凝許諾，答應湘凝會照顧他一輩子。
第38集
李保川一死、朱曆便從冷泉那得知、原來苡柔并沒有懷孕。而苡柔也被朱曆發現他想對天心下毒，就此将苡柔軟禁在儲秀閣。太後頭疼又犯了、但是天心這次怎麼治都治不好、天心在本草上發現幾帖藥、加上黑玉香、可以制成一種麻醉藥、讓太後進行開腦手術。手術過後、太後感激天心、決定立天心為後。
而苡柔知道這個消息，就在儲秀閣發瘋了……哲三、湘凝最後決定到處行善，天心想要跟哲三他們一塊去，他也可以行醫、幫助百姓。但天心即将跟朱曆成婚，哲三、湘凝婉拒了天心。而大娘見天心有了歸宿，決定跟老陶去江南過日子。朱曆、天心終于可以有情人終成眷屬了。但此時，邊疆傳出戰事。
天心一方面無法割舍對行醫的熱忱，一方面也想給朱曆時間去完成的理想，于是天心決定離開皇宮，回到民間行醫助人！當朱曆看見留書的時候，天心已經離開了京師….戰事平息！大殿内，文武百官列對兩側，一聲吾皇萬歲萬歲萬萬歲，大臣上前禀告戰事平息，皇上英明，朱曆英明神武的站在大殿上。而遠方，天心背着背籠，帶着大福，插着紅拾字的旗子，心裡說她會回來……然後消失在黃昏裡…天涯海角、有情人分隔兩地。也許哪天、月老的紅線會再度讓天心、朱曆再度相逢…
演員表
職員表
角色介紹
何天心
天不怕地不怕、正義感十足。她熱心助人，活潑可愛，雖然身為女兒身，但是認為男女平等。平日總作男生打扮，加上大剌剌的個性，所有人都當她是個長相清秀的小男生。她是孤兒，她自幼聰穎，喜歡研讀醫書，無師自通。練就了一身針灸絕技，成為鄉裡間有名的小神醫。
天心的最大心願是：一睹收藏在皇宮内的國家藥典《本草品彙精要》，精進醫療技術，造福更多需要幫助的人！為了一償心願，天心以何天為名，參加太醫院的實習院士考試。但是卻因為得罪了主考官，被驅逐出考場，永不錄用！雖然沒能考上太醫院，但是好打抱不平的個性卻讓天心在宮外解救了微服出宮的落難皇帝。
天心好心收留皇上。皇上回宮後特舉薦何天心上太醫院工作，但因太醫院首席太醫冷泉故意刁難，隻得做一些打雜的事情。後皇上建立醫護站被調任當醫護站站長專門給後宮人員看病。後因為皇上選妃，女扮男裝的洩露，皇上曆盡艱難終于救出何天心。最後和皇上兩人互結情義。
朱曆
年幼登基，由國舅及太後掌管國政，處處受箝制。長大之後，有心振作朝綱，但是因為深處皇宮内院，無從得知民情。加上朝中老臣看他年輕，不把他放在眼裡。加上朱曆事母至孝，但太後卻寵信奸宦李保川。朱曆雖有滿腔抱負、執行起來卻是困難重重。朱曆不相信大臣們的歌功頌德，微服出巡，探訪民間疾苦。
因為不忍見天心被東廠刁難，仗義執言。但結果卻是被栽贓成飛賊同夥，差點被東廠官兵逮捕。朱曆在打鬥中受傷、又跟小安走散，被天心帶回家中治傷，因此也認識了何天心的母親何大娘。朱曆擔心身分曝光，引來太後責備、朝臣非議，故隐藏身分。并且和張哲三，何天心結拜為兄弟。幫助張哲三和何天心多次。因把莫以柔看成是天心和其發生一些事情，後無奈立莫以柔為妃。最後和天心相愛。
張哲三
單純直爽、武功高強，樂觀仗義，是個劫富濟貧的飛賊。但常常因為一時的沖動，仗義不成反而誤事。哲三痛恨貪官污吏，尤其是朝中權大勢大的司禮監總管太監李保川。為了幫老百姓出一口氣，哲三暗夜潛入皇宮、盜走了裝有李保川命根寶貝的黃金寶甕。
後來因為被東廠高手追捕、身受重傷，躲進了閹割房，被當成即将淨身入宮的準太監，給五花大綁上了手術台。哲三因重傷、無力抵抗，眼看就要喀喳之際，碰巧負責動刀的師傅因為沒遵照聽天心的醫囑，酒與藥并服，頭昏眼花，下刀失了準頭，讓哲三保住了命根子。
就這樣、飛檐走壁的張哲三，莫名其妙進宮當起了假太監，比較心儀何天心。在皇宮中處處和李保川作對，維護正義，看不慣李保川和趙太師的胡作非為和貪贓枉法，也對此險些喪命，幸得趙湘凝和何天心照顧，後和趙湘凝兩人冤家變情人。
趙湘凝
趙甫嵩獨生女。看似霸道、任性，但其實隻是個渴望父愛的小女生。湘凝在逛街時，巧遇被東廠追捕的天心。不知道怎麼樣表示自己的情意，隻能靠着找麻煩來吸引天心的注意，讓天心頭疼不已。
趙甫嵩一心希望湘凝可以嫁給皇上，成為皇後，無奈的是湘凝喜歡的人是太醫何天。湘凝為此跟老爸翻臉，離家出走來找天心。湘凝越愛越深，在得知天心是女兒身後，湘凝心灰意冷。就在這個時候，哲三意外闖入湘凝的感情世界，兩人打打鬧鬧，冤家變親家！一直以為爹爹沒做壞事，但後來得知爹爹做了很多傷天害理的事後，心灰意冷。
莫苡柔
六品宮正。心機深沉、野心勃勃的女子。外表溫良恭儉讓、但私底下卻是心狠手辣，宮于心計，鏟除異己、鞏固自己的地位。從小生長在書香門第，聰穎過人，但卻因為身為女人，不能科考、處處受限。因為不甘心一生沒沒無名，于是通過各項嚴格的考試、進宮擔任女官。
由于聰明伶俐、成為後宮最年輕的女官、也是司禮總管太監李保川的得力副手。苡柔一心想成為皇後，但卻苦無機會接近朱曆。表面上、苡柔是天心的姊姊，但在台面下，苡柔卻千方百計設計天心，處心積慮讓皇上對天心的信賴瓦解，甚至設下死亡陷阱陷害天心。
在苡柔出色的僞裝下，天心從來沒懷疑過苡柔會陷害自己，甚至連其它人想要點醒天心的時候，天心也都堅決信任苡柔。苡柔對皇上跟天心的離間計也奏效，讓皇上對天心有了誤會。
趙甫嵩
吏部尚書加封太師。正一品。因掌管人事權，門生之衆、黨羽之豐，在朝中無人能敵，與李保川領頭的太監們形成朝中最大的兩股惡勢力，一呼百諾，隻手遮天、俨然就是地下皇帝。趙甫嵩學富五車、才高八鬥，說起話來冠冕堂皇、講起道理來是頭頭是道，陰謀算計手段漂亮，表情上永遠是不動聲色。
他老謀深算，将朝廷預算一手攬在自己身上，表面上以清廉自诩，但實際國庫直通私庫，要進貢給皇上的珍寶古玩、要發往災區的赈災款項都讓他給半路攔截了，加上群臣賄賂、四處的油水搜刮，多年來已經是富可敵國。因為是兩朝元老，加上口才便給，把皇上當成晚輩，常常當文武百官面前直谏皇上。
李保川
司禮監總管太監。長袖善舞，善于利用人性弱點，在後宮朝中興風作浪，搬弄是非。仗着太後寵信，不可一世！李保川生性陰沈，喜怒無常。若論心機，趙甫嵩都不見得比得上他這隻八面玲珑的水晶狐狸。得罪他、輕則挨廷杖，重則殺頭充軍。因為太後寵信，李保川不把朱曆放在眼裡。他把太後當靠山，處處阻礙朱曆改革朝政。他設局陷害天心、哲三，手段陰狠毒辣。
太後
威嚴，主觀、自以為是。太後有點神經質，說話尖酸刻薄。看似大權在握，但其實隻是個缺乏安全感的女人。她不信任别人，隻相信李保川。她對李保川言聽計從，是李保川對付朱曆的擋箭牌，也被李保川利用，成了打壓、謀害天心、哲三的工具。太後不是不明事理，隻是太過寵信李保川，以緻于被李保川蒙蔽。
她自以為關心朱曆，但其實卻是朱曆改革朝症最大的阻力！因為缺乏安全感，常常覺得身體不舒服，吃不下、睡不好，但其實她隻是需要人關心。她最擔心的就是朱曆的終身大事。她一心想促成朱曆跟她侄女、雲莺成親，但是卻沒想到雲莺受苡柔的挑撥，意外中毒身亡！太後以為是天心毒殺雲莺，逼朱曆殺了天心，為雲莺報仇！
何大娘
本名何美麗。刀子口豆腐心、個性強悍，急性子，曾經是禦膳房的廚娘，但是為了天心，隐姓埋名二十年，隐身市場，當年太醫因冤獄被抄家問斬，楚弘在臨死前，将天心托付給大娘。大娘此隐姓埋名，撫養天心長大成人。雖然不在人前展示武功，但何大娘身手了得。
大娘隻擔心一件事，就是正義又單純的天心從小就有乃父之風、一心向醫，何大娘擔心天心會步上父親的後塵，雖然對天心視如己出，但是卻堅決不讓天心進太醫院學醫。因為天心是滿門抄斬的遺孤，大娘為了保護天心，隐瞞着天心的身世、以及自己的真實背景，打算将來把一切秘密都帶進棺材。沒想到何大娘最擔心的事情還是發生了。何天心的身份最終被揭開，但是何天心親生父母的冤案也被徹查清楚，還了一家的清白。
冷泉
太醫院首席禦醫。冷漠、無情，喜怒不形于色，初識天心就對她留下壞印象，認為她是大鬧考場、又走後門入學的無賴，雖然奉命必須讓太醫院破格錄取天心，但依然對天心的創意醫術頗多挑惕，在其它院士上課的時候，指派天心去打掃環境，就是不讓天心學醫，甚至冷眼看官兵把偷藥材救人的天心打入大牢。
然而，實際上的冷泉仁心仁術，雖然醫術一闆一眼、走傳統路線，但并不是外表看來的食古不化，嚴厲的态度是因為人命關天，他希望旁門左道的天心能補足基本功的不足，才有辦法做一名真正的好醫生。與其說是拒絕天心的求知欲，不如說是保護純真的天心，因為在《本草品彙精要》的秘辛中，冷泉也扮演了
